于是，秦二世命令御史将那些胆敢逆龙鳞说“是造反”的书呆子，全部下狱问罪；而那些改口说“是盗贼”的儒生则不予追究。对于乖巧的叔孙通，秦二世赏赐其帛二十匹，上好衣服一套，并将其“待诏博士”转正为“博士”。
叔孙通受完赏赐，出宫返回宿舍，一些儒生恼恨地讥讽他：“先生怎么把拍马屁的话说得这么好听呢！”叔孙通苦笑着解释道：“你们有所不知，我也几乎难逃虎口啊！”于是，没过多久便寻机逃离了咸阳。
叔孙通逃离咸阳后，首先回到故乡薛地。此间的薛地已被复辟的楚国占据，不久，项梁率大军来到薛地，他前往投靠。秦二世二年七月（公元前208年8月），项梁于定陶战败身亡，叔孙通便来到彭城，在楚怀王芈心那里做事。汉高帝元年五月（公元前206年6月），西楚霸王项羽将芈心流放到郴州，叔孙通则留下来效命于西楚霸王。汉高帝二年三月（公元前205年4月），刘邦率诸侯联军攻破楚都彭城，叔孙通又改投到刘邦门下，从此成为汉家臣子。
三国时期，名将吕布曾因接连投靠丁原、董卓二人，被世人斥为“三姓家奴”。从上述叔孙通的经历来看，此公至少堪当“六姓家奴”这一称谓！由此可知，叔孙通是位典型的机会主义者，而且处世机变灵活。在最初投奔刘邦时，他原本一身儒服打扮，听说刘邦讨厌儒服，便立即改穿楚地短衣，一下子就博得了刘邦心理上的认同。
说叔孙通机变灵活，还有一件事情可以佐证：他在归汉之初，其门下有一百多名儒生弟子相从，而叔孙通竟然一个也不曾向汉王刘邦举荐，相反却向汉王举荐了许多强盗豪杰。这让那些儒生弟子们十分不爽，私下议论他说：“我们跟随先生多年，有幸归从汉王。如今，先生不向汉王举荐我们，却一味举荐那些豪杰强盗，真不知他是何居心！”叔孙通听到这个议论后，便向弟子们解释：“汉王如今正值披坚执锐打天下阶段，你们谁能帮他在沙场征战立功呢？因此，我只先举荐那些能斩将夺旗的猛士。至于你们，先耐心等待吧，一旦时机到来，我不会忘记你们的。”
叔孙通此言不虚，这个时机果真让他给等到了。汉高帝五年（公元前202年）底，楚汉相争结束，天下大势已趋明朗，叔孙通及其弟子们就逐渐派上了用场：皇帝刘邦拜叔孙通为博士，赐号“稷嗣君”，令其率领儒生负责策划实施定陶称帝的相关礼仪工作。当时，因为天下初定，百业待举，刘邦一口否决了秦朝的繁杂仪法，将诸事从简。如今，趁着刘邦厌恶诸将不懂礼数之际，叔孙通再次建议皇帝制定本朝礼仪，顺便也就将诸弟子儒生提携进来。
叔孙通从皇帝那里得到诏令之后，立即动身赶往鲁地，在当地召集了三十多位儒生，请他们到京城共制朝仪。鲁地儒生中有两位不肯共往，他们当面讥讽叔孙通说：“先生您前后效命了十余个主子，靠阿谀奉承换取荣华富贵。如今天下初定，死者未葬，伤者未起，又想去折腾什么礼乐！所谓礼乐制定，必须积德百年方可兴起，因此，我们不认可您的做法。您的行为不符合古代训条，我们不愿与您同去，您赶快走吧，别在这里玷污了我们！”叔孙通哈哈大笑道：“你俩真是腐儒，太不识时务啦！”
此次出差，叔孙通从鲁地一共征招了三十余位儒生，连同自己原来的儒生弟子，共有一百好几十位。叔孙通将这些人拉到京城郊外，边演练边做笔记，制订礼仪文案。
经过一个多月的演练，叔孙通觉得效果不错，便奏告皇帝，说朝仪已经制定演练得差不多了，陛下可前来亲自检阅感受一下。于是，刘邦便来到城郊的演练场，叔孙通让儒生扮演群臣，按照朝仪程序如此这般地演练“上朝”、“退朝”、“请安”、“叩头”等一系列礼仪程式，然后教授皇帝如何一一应对。
因为给皇帝本人设计的礼仪并不复杂，所以，当这一整套程序演练完毕时，刘邦高兴地说：“这些我能做到。”叔孙通见皇帝满意，便请求皇帝下令择日让群臣也来现场观摩培训，从而熟练掌握这套朝规礼仪。
汉高帝七年十月初一（公元前200年11月），刘邦在新落成的长乐宫前殿接受群臣的新年朝贺（秦汉时代的十月为岁首），这也是新制汉仪的首次正式使用。
这天天色未明，身着官服的诸侯群臣便早早来到殿前等候朝贺；由车骑及步卒组成的皇帝卫队执戟在手，往来巡逻；宫殿四周旗帜鲜明，彩带飘扬；殿前的郎中、中郎等武士，盔明甲亮地执戟分列两旁。整个长乐宫的气氛喜庆而又威严。
朝贺时间临近，礼官将群臣依次引入大殿，并按照职位的高低，序列东西两排：文官立东向西，武官立西向东。皇帝驾到时，卫官、郎中高声传报，晓谕百官。皇帝走下御辇，步入殿内，面南而坐。
朝贺开始，由礼官引导诸侯群臣按照职位高低顺序，依次向皇帝朝贺。百官朝贺时需自报官职姓名，行跪拜大礼，待皇帝传语“平身”之后，方可起身退下，仍旧站归原位。在现场这种森严的气氛中，百官无不肃敬惶恐。
朝贺完毕，皇帝赐群臣法酒。这里的所谓“法酒”，乃是依照礼仪所设，有数量限制，不准饮多和饮醉。这样一来，刘邦的那些老哥儿们再也不准像从前那样昂首入席并开怀畅饮，也不准再像过去那样毫无尊卑地与皇帝对等交谈。皇帝就案而饮，众臣分席侍宴，并须依照职位的尊卑次序，捧觞为皇帝上寿，如此循环往复。一般饮至九轮，便有礼官宣布罢酒。整个酒宴过程由御史监督，如有违背礼仪者，当场轰出。所以，整个酒宴过程规范肃静，再无从前那种喧哗嘈杂的情景出现。这种场景令刘邦感到十分受用，素来口无遮拦的他当场感慨道：“朕今日方体验到做皇帝的尊贵啊！”
叔孙通因主持制定汉家朝仪有功，刘邦加拜他为“九卿”第一的奉常（太常）职位，任命他为太子太傅，另赐金五百斤。叔孙通不忘当初对诸弟子所作的承诺，趁机为他们表功，对皇帝说：“那些儒生及臣的弟子们追随臣已很久了，他们与臣一道共制朝仪，希望陛下也能赐他们一官半职。”兴头上的刘邦满口答应，将那些儒生全部赐封郎官。
退朝以后，叔孙通来向诸弟子及儒生们通报喜讯，顺便将皇帝赏赐的五百斤金分赐给众人。大家直到这时才真正明白叔孙通先生乃是一位通晓世故的人精，都情不自禁佩服地称赞他：“叔孙先生能知当世要务，乃真正的圣人啊！”这些人先前对叔孙通的误会与怨气，瞬间烟消云散。
叔孙通所主持制定的这套朝廷礼仪，对汉朝乃至中国的整个封建时代，都具有十分重大的影响。遥忆春秋战国，那是一个多么平等和自由的时代啊！在那个时代，百花齐放，百家争鸣，君臣之间促膝谈心，游侠谋士纵横天下，王公贵胄乃至诸侯霸主，他们的大门随时都能向一介平民敞开。正是这样的时代，才催生了苏秦、张仪、管仲、乐毅、范睢、商鞅、老子、庄子、孔子、孟子、孙子、韩非子等等无数英杰俊才，创造了无比灿烂的中国古代文化。
由秦始皇所开创的中央集权专制统治，一夜之间结束了那个曾经令无数英雄志士所向往的自由时代，人们的自由思想从此开始被统治者所禁锢。然而，秦朝毕竟只是一个短命的王朝，它所建立的各种政治制度、礼仪法规以及由此而形成的观念习俗，对世人的影响还不算太大。真正对后世起到决定性影响的，乃是大汉王朝对秦制的承袭和发挥。其中，尤以叔孙通主持制定的这套朝仪为甚！
自从汉朝礼仪制定出来以后，君臣之间的促膝谈心没有了，取而代之的则是磕头如捣蒜；英雄志士纵横驰骋、自由施展才华的时代结束了，取而代之的则是巴结权贵，结党营私；百花齐放，百家争鸣的现象也没有了，取而代之的是罢黜百家，一人思想！人们的人格、灵魂被阉割践踏，唯有权欲和利欲成为人们思想的主宰和行为的动力！
作为皇帝的刘邦，一方面享受着汉制礼仪带来的无限尊崇，另一方面也必须去承受高处不胜寒的孤独和痛苦！他内心深处真的会感到幸福吗？这只有他自己知道。