自宗喀巴创建格鲁派后，很快形成了以拉萨三大寺院为主的传承中心，并且格鲁派传向了其他藏区，各地纷纷建立起格鲁派寺院，无论是规模，还是影响，均超过了其他教派的寺院。
1．甘丹寺
甘丹寺位于拉萨达孜县境内，为格鲁派的第一座寺院。宗喀巴大师自该寺建立后，常驻寺讲经传法。宗喀巴临终时，将衣冠交付给了他的大弟子达玛仁钦（1364—1432），命其为法座的继承人。达玛仁钦被尊称为”贾曹杰”，意为”法王的代理者”。达玛仁钦也曾师从仁达哇学经，并以善巧辩论著称，当他听到宗喀巴的名声时遂前去辩论，结果他当场被宗喀巴大师关于法四依的解说所倾倒，此后一直追随宗喀巴左右。达玛仁钦在宗喀巴之后登上了甘丹寺的宝座，成为甘丹寺住持。达玛仁钦任满后，将住持之位传给了宗喀巴的另一大弟子克珠杰·格勒贝桑（1385—1438），克珠杰即第一世班禅，他以学问渊博而著称，为宗喀巴佛学思想的主要弘扬者。宗喀巴、贾曹杰、克珠杰三人被尊称为”师徒三尊”，受到格鲁派上下的敬重。甘丹寺鼎盛时期有僧人7000余名。甘丹寺的住持一般称为”甘丹赤巴”或”甘丹金座”，由精通显密、品学兼优的格鲁派大德担任，有严格的继任程序，任期七年。甘丹赤巴的地位远高于其他寺院的住持，在清代甘丹赤巴一般可担任达赖喇嘛的经师，有的甚至出任摄政，在藏族社会享有极高的地位。甘丹寺有绛孜和夏孜两个扎仓，寺内有宗喀巴大师灵塔等众多圣物。
2．哲蚌寺
哲蚌寺，全称为”吉祥米聚十方尊胜洲”，是由宗喀巴大师的弟子绛央却杰·扎西贝丹（1379—1449）于1416年在拉萨西郊根培乌孜山南坳山坡上创建。寺院两面山峰环抱，下方是拉萨河，向下望去，视野极为开阔。寺院的后山上布满了大大小小白色的岩石，”哲蚌”二字可译为”米堆”或”米聚”，得名似与这些白色岩石有关。寺院建成后，宗喀巴大师亲自主持了开光仪式。哲蚌寺初建时有七位说法上师，分别宣讲法要，遂形成七大扎仓，后合并为郭莽、罗赛林、德央、俄巴四大扎仓。哲邦寺在历史上最盛时僧人多达13000余名，成为规模最大的藏传佛教寺院，并以学者辈出闻名藏传佛教界。
3．色拉寺
明朝永乐帝曾派专人迎请宗喀巴去内地，宗喀巴派弟子释迦也失（1352—1435）作为自己代表前往，他被封为”西天佛子大国师”。1418年，释迦也失在拉萨北郊的色拉乌孜山麓修建了色拉寺。明宣德九年（1434年），释迦也失受邀再去内地，明宣德帝封其为”大慈法王”，藏语意译为”绛钦却杰”。色拉寺最初有五个扎仓，后合并为三个，即杰巴、麦巴和俄巴扎仓。色拉寺在鼎盛时期有僧人近万名，规模近次于哲蚌寺，是三大寺中离拉萨最近的寺院。色拉寺著名的主供佛像有马头明王等。
4．扎什伦布寺
宗喀巴弟子根敦珠于1447在后藏日喀则地区修建了扎什伦布寺，寺名意译为”吉祥须弥山”。根敦珠主持寺务达三十八年。该寺起初设立了三个显宗札仓，后增加了一个密宗扎仓，共有吉康、妥桑林、夏孜、俄巴四个扎仓。⑧自四世班禅起，扎什伦布寺为历代班禅大师的驻锡地，是后藏地区规模最大的寺院，为格鲁派六大寺之一。
5．下密院和上密院
宗喀巴大师有次在色拉寺讲授密宗经典时，手拿一部《四家合注》的经函，向到会弟子发问：”有谁能受持《吉祥密集续》的讲传？”连问三次后，弟子喜饶僧格从座中站起，表示自己愿意承担。1433年，喜饶僧格在拉萨建立了续部讲经院，称为”举麦扎仓”，即下密院。后来，喜饶僧格的一位弟子贡噶顿主于1474年又在拉萨附近兴建了”举堆扎仓”，即上密院。上下密院仅指方位而言，均以讲授格鲁派四续部密法为主，是格鲁派修习密宗的最高道场。
6．强巴林寺
强巴林寺，位于西藏昌都，是由宗喀巴弟子麦·喜饶桑布创建。后由帕巴拉及其转世活佛系统为寺主。强巴林寺同格鲁派的三大寺一样，规模宏大，建筑众多，有大经堂及12个扎仓的经堂、佛殿等多种建筑，是藏东地区的第一大寺。
7．塔尔寺
塔儿寺，在青海湟中县境内宗喀巴大师诞生地，寺院名称为”贡本强巴林”。1379年，由香萨阿切在宗喀巴大师诞生处建立了宝塔，取名”莲聚塔”。后来，第三世达赖喇嘛索南嘉措赴蒙古路过此地时，向仁钦宗哲坚赞及当地藏族部落指示扩建寺院。从此，塔尔寺发展很快，先后建成达赖行宫、三世达赖灵塔殿、九间殿、依怙殿、释迦殿等。经四世达赖指示，1612年，正式建立显宗学院，有了正规的学经制度。该寺设有显宗、密宗、时轮、医明四大扎仓，为藏传佛教格鲁派六大寺院之一。
8．拉卜楞寺
拉卜楞寺，位于甘肃省夏河县，全名为”噶丹雪珠林达尔扎西叶苏奇卫林”，简称”拉章扎西旗”。又因为拉卜楞寺寺主第一世嘉木样曾学经于拉萨哲蚌寺郭莽扎仓，出任过该扎仓的堪布，所以康藏地区的藏族群众习惯把扎西旗寺，称为”安多扎西郭莽”（意为安多地区的吉祥多门院）。拉卡楞寺先后建立了闻思学院、续部下学院、时轮学院、医药学院、喜金刚学院、续部上学院六大扎仓，为安多地区规模最大的藏传佛教寺院。
格鲁派在安多的著名寺院还有青海互助的佑宁寺（即郭隆强巴林）、大通的广惠寺（即甘丹当却林）、同仁的隆务寺、化隆的夏琼寺和甘肃卓尼的禅定寺等。
四、格鲁派寺院教育
宗喀巴师徒们所创建的格鲁派，教法体系鲜明，戒律严格，随着寺院规模和数量的不断扩大，逐渐形成一套完备的寺院教育体系，培养出了无数位藏传佛教高僧大德，在近世的藏传佛教发展中起着举足轻重的作用。
1．扎仓的设立
扎仓，意译为”僧院”，是寺院中最主要的学经单位，相当于大学里的学院。一般大的寺院有好几个扎仓，小寺院只有一个扎仓。扎仓组织实施僧人的学习、学位考辩、班级升降等事务。格鲁派的第一座寺院——甘丹寺中扎仓的设立，是在克珠杰担任甘丹赤巴期间，当时任命了四位讲法导师，分四扎仓开展学经活动，后来四个合并成为绛孜和夏孜两大扎仓。在扎仓之下又根据僧人的来源地设有康村和密村两级组织。如甘丹寺的绛孜扎仓就有十二个康村，其中四个康村下又设有十七个密村。每个康村和密村都有自己的集会房屋，此房屋称作”吉康”或”杜康”，内存有属于本康村或本密村的僧人名册，吉康旁设有僧人暂时存放食物的”绒康”和库房，周围则为僧人的僧舍。凡康村、密村集会均在吉康举行。
扎仓一般主要由堪布负责，在堪布之下设有格贵（掌堂师）、翁则（领经师）等职，来协助管理寺院的各项事务。扎仓中各职位的产生办法及要求不一，如以色拉寺为例，色拉寺中杰巴扎仓的堪布必须由卸任的夏季格贵充任，而夏季格贵又必须由学问好的格西担当；麦巴扎仓的堪布只能由取得名次的拉然巴格西充任；俄巴扎仓的堪布则由修完”金科”（金刚坛城）经，又当过俄巴扎仓格贵的、学问最好者担任；堪布任期为七年。⑨
宗喀巴强调学僧先显后密的学经程序，不但把显宗引入了正常的、有序的教育轨道，而且也为密宗的规范化教育奠定了基础，在宗喀巴去世不久便陆续建立了格鲁派专门修习密宗的场所——上、下密院（举堆扎仓和举麦扎仓）。上下密院的僧人来源有两种：一种是在拉萨三大寺学完显宗经典并在拉萨大昭寺正月举行的大祈愿法会取得格西学位者；一种是直接来学习密教经典者。对前者习惯上称为”佐仁巴”（意为修习圆满次第者），对后者称为”吉仁巴”（意为修习生起次第者）。藏传佛教密宗修习的内容主要注重于无上瑜伽密中的五部金刚大法，即《大威德金刚》、《胜乐金刚》、《时轮金刚》、《密集金刚》、《喜金刚》，在多数密院中又多以五部金刚大法中的《密集》、《胜乐》、《大威德》为主，比如拉萨上下密院的僧侣主修《密集》、《胜乐》、《大威德》三部密法，学僧在导师的指导下按部就班地学习背诵经典，掌握经典要义，然后再根据个人的根器与爱好专修某一种密法。
时轮金刚为密宗五大金刚之一，在著名的格鲁派六大寺院中只有拉卜楞寺和塔儿寺设有专门的时轮扎仓，其他寺院虽未建立时轮扎仓，但并不乏修习时轮者。”时轮”的内涵极为丰富，时轮既是本尊佛名，又指时轮历算和相关的时轮密法。因此，时轮学院中又讲习天文历算学。
密宗重视气脉理论的研习，与医学有着密切的关系，因之密宗学院也重视医理的传承研究，甚至建立了密宗与医学结合修习的扎仓。如拉卜楞寺曼巴扎仓和塔儿寺曼巴扎仓的建立，使藏医学在寺庙教育中占有了一定的地位，并且建立了一整套学修制度和教学体系。1763年，第二世嘉木样在拉卜楞寺创建了时轮学院，除让该学院的绝大多数僧人主修天文历算外，还抽少数僧人组成一个班，专修藏医学和密宗。后来僧人逐渐增多，于1782年仿照拉萨药王山医学院的规章、修习仪轨筹建了专习医学的曼巴扎仓，1784．年建成，取名”曼巴扎仓索日显陪林”（意为医药学院医方明利他洲）。该院设初、中、高三个学级，并兼设门诊部和制药厂。⑩除了僧人必须学习的宗教典籍外，主要学习玉妥·云丹贡布著的《四部医典》，及《晶珠本草》、《月王药诊》等著作。
2．五部大论
格鲁派显密并重，尤其注重显密宗大论的学习，认为只有学通这些大论，才能对整个佛学体系有所把握。显宗扎仓的课程分为五大部分，即因明学、般若学、中观学、俱舍学和戒律学。虽然在格鲁教派的众多寺院中都以五部大论为主要学习内容，但在班级、学制、学习课程的设置上都存在着一定的差别。
（1）因明部，因明，即佛教逻辑学和认识论。主修印度法称（公元七世纪人）的《释量论》，该书为法称因明七论之一，共分四品，即为自比量品、成量品、现量品、为他比量品，是对陈那（公元五六世纪的人）所著的《集量论》的进一步阐释，系统论述了佛教因明理论和学习方法。通过因明学的学习，培养学僧的逻辑思维能力，掌握认识客观事物的方法，从而能确立正确的见解。
（2）般若部，藏语称”phar-phyin”，意为智慧学。主修印度慈氏（弥勒）的《现观庄严论》，该书被视为是对若般义理的高度概括，体现了般若性空学说的精华。全面论述了三智及八事七十义，涵盖了一个普通的凡夫，循序修持以证得解脱的次第、方法和达到成佛境地的过程。八事是：一切种智事、道智事、基智事、正等加行事、至顶加行事、次第加行事、一刹那加行事、果位法身事。前三事解释境，中四事解释行，后一事解释果。
（3）中观部，藏语称为”dbu-ma”。主修印度月称的《入中论》，该书主要阐释龙树大师的《中观论》。深刻阐发”缘起性空”和”八不中道”（不生亦不灭、不常亦不断、不一亦不异、不来亦不出）及”真谛”、”俗谛”二谛之义。缘起性空学说以为宇宙万法，皆由因缘聚散而有生灭等现象发生，实则无生无灭。认为一切事物均处于因果联系之中，依一切条件生起变化，并以此解释世界、社会、人生以及各种精神现象产生的根源。
（4）俱舍论部，藏语称为”mdzod”。主修印度世亲的《俱舍论》，全称《阿毗达摩俱舍论》，汉译《对法藏》，包括”颂”和”论”部分，论为颂之解释。颂分八品，即：界品、根品、世间品、业品、惑品、贤圣品、定品、智品。前二品主要解释世间和出世间所共有的法则，次三品主要解释轮回的因果及次第，后三品讲解证得解脱之法及次第。认为人生有污染和清净二分，在未解脱之前处在污染分，在污染分之中，一切有情均处在苦海之内，只有不贪世间，生起出离之念，才可能步人清净分。《俱舍论》一书不但讲了处在污染分的苦处，而且也指出了脱离苦海的方法。《俱舍论》类似于佛教哲学概论，系统讲解了佛教的宇宙观和人生观。
（5）戒律部，藏语称为”vdul-ba”。主修印度功德光的《戒律本论》，该书主要讲述僧人行为的准则和规范，包括佛教徒守戒、持戒和违犯戒律后如何按照戒律规定进行还净等法则。全书共分十七事三科。戒律总摄于”三聚净戒”中，分别为：”律仪戒”（即别解脱戒），”饶益有情戒”和”摄善法戒”（即大乘戒律）。”别解脱戒”又复分为七种：比丘戒（253条）、比丘尼戒（341条）、沙弥戒（36条）、沙弥尼戒（10条）、正学女戒（即不落发者，在沙弥尼戒上加六法六随法，共计22条）、居士戒（又称优婆塞戒，计5条）、居士尼戒（又称优婆夷戒，5条）。⑾
以上为格鲁派寺院显宗学院必修的五部大论，但各寺甚至各个扎仓所使用的教材有所不同，如哲蚌寺郭莽扎仓使用第一世嘉木样编写的教材（即他对每部大论都有详细的注疏），而色拉寺则采用拉杰尊巴大师编写的教材。除此之外，还要学习《菩提道次第广论》等著作。
甘丹寺五个学部共设有十四个学级，学制为二十年，哲蚌寺一般设立十五个学级，学制二十年以上。色拉寺设有十三个学级，学制二十二年。扎什伦布寺学制二十五年。
3．显宗经典的学习方法
藏传佛教的学经方法，以老师讲授、自己背诵和与他人辩论为主。
每一年级一般分为好几个班，老师有学院指定的，有个人选择的。教师和学僧的关系是平行的，老师的讲授是义务性的，没有任何报酬，学僧也不缴纳学费，二者纯粹是教和学的关系。考试由学院或寺院公开用口头辩论的方式进行，而不是教师主持进行的，考教完全分离。而且如果学生成绩太差，或不及格，教师也会受到处分。寺院中的教师都是公认的经学造诣好的人担任，学问越好，门下弟子越多。尤其是那些著名的学者，除了假日外，每天的日程都安排的满满的，一群学僧听完了，又来一群人。但作为一名教授学僧的善知识，他们再辛苦也不会抱怨的，因为传授佛法知识是他们的天职，他们具有巨大的精神动力，对弟子充满了慈爱，并为自己能够教授学僧而感到欣慰。曾对拉卜楞寺的寺院教育进行过长期考察的李安宅先生指出：
他越勤奋，越有学问，引来的学生越多，自己越没有时间，因为没有注册和收学费的限制，他就是在自己的屋中授课。听讲的人挤满了屋，甚至到了屋外，一群人听完了，又来一群人。……然而这里的气氛是充满精神的，他不抱怨谁，事实上他既爱学生、学生也爱他，只要他的屋子或院子能够容得下，他就不便拒绝来求指导的。@
曾游学西藏哲蚌寺的邢肃芝回忆他在西藏学法经历时，曾说道：
向上师请求学经，上师是很少拒绝的。最初的时候他单独教你，以后也可能同两三个人一起学，上师按照程度将学生分成班来教。每当弟子有了问题去请教上师，上师是不会嫌烦的，因为他自己也是这样经过的，因此他们都有诲人不倦的精神。……西藏的上师讲经根本不需要看经书，完全凭着自己的记忆和理解，经藏能够倒背如流，随口就可以讲出哪一部论的哪一章哪一段。以慈悲心来教授弟子是格鲁派寺院教育中的优良传统。⒀