1170年，帕木竹巴圆寂后，向蔡巴曾短暂管理过丹萨替寺。之后帕木竹巴的弟子止贡巴担任过寺主，因经济来源较为困难，他遂离任。1198年，止贡巴和帕木竹巴的另一位弟子达垅塘巴共同扩建丹萨替寺的大殿，而止贡巴在大殿建成后借口转移走了一部分寺院财物和经书，引起达垅塘巴和寺院僧众的不满，双方失和。1208年，由朗氏家族的扎巴迥乃（1175—1255）担任丹萨替寺住持。扎巴迥乃是止贡巴的弟子，常跟随在止贡巴左右，因此他被称为”京俄”，意为”眼前的人”，以后丹萨替寺的历任住持都有”京俄”的称号，而且从扎巴迥乃开始，丹萨替寺住持一职就由朗氏家族成员世袭，朗氏家族也常被人称为帕竹家族了。
元朝于1268年分封卫藏十三万户时，帕竹是一个万户，万户长赤本是由丹萨替寺的京俄荐举的。后来到扎巴迥乃的侄子扎巴仁钦担任丹萨替寺的”京俄”时，他又自己兼任了万户长，并称为喇本，意为”上师长官”，成为典型的政教合一的地方势力。到十四世纪中叶，扎巴仁钦的侄子大司徒绛曲坚赞（1302—1364）时，大力发展帕竹势力，于1354年取代萨迦派掌握西藏地方政权。绛曲坚赞又在泽当地方修建了一座不分教派专门传授显宗经典的泽当寺，而丹萨替寺则成为主要传授帕竹噶举密宗的寺院，并且规定帕竹政权的”第悉”（即领导人）必须先在泽当寺学习后方可继任。@明初，帕竹第悉扎巴坚赞（1374—1432）于1406年被明成祖封为阐化王，标志着明廷认可了帕竹政权在西藏的统治地位。到明朝中后期，帕竹地方政权逐渐衰落，帕竹噶举派也是日益衰败。
五、止贡噶举
止贡噶举，是从帕竹噶举中分出来的一支派。止贡噶举的创始人是帕木竹巴的弟子止贡巴·仁钦贝（1143—1217），他从小就拜帕木竹巴学法，后患癞病，修法而得愈，并彻悟佛理。1179年，他来到墨竹工卡的止贡地方，在原有小寺的基础上扩建成一座大寺，这就是著名的止贡替寺，止贡巴的名字就是由此寺名而来，他所传的教派也就被称为止贡噶举。仁钦贝在止贡替寺时影响很大，据说”有二千七百名僧人派往三圣地等殊胜圣地山中修行者，但来年所聚弟子竟达十三万之多”⒄。止贡巴素以严守戒律著称，他对荤酒丝毫不沾，其弟子们以专心修习密法为主。
止贡巴之后，其所属居热巴家族掌管寺政，止贡替寺第五任住持多吉扎”获得万户长敕封，其权势达到恰及达以内”⒅，成为元朝分封的十三万户之一，势力较强。在元朝初年，止贡派曾与萨迦派发生纠纷，遭到萨迦本钦及元朝军队的镇压，止贡替寺被焚毁，止贡派受到重创。到十四世纪中叶，止贡噶举的势力又逐渐恢复，并联合亚桑、蔡巴等万户与当时新兴起的帕竹万户作战，结果被打败，实力又一次被削弱。到明代，止贡替寺的第十三任住持仁钦旺杰在1413年被明成祖封为阐教王。十五世纪，格鲁派兴起后，止贡噶举又曾与格鲁派间激烈斗争。格鲁派地方政权建立后，止贡噶举处于达赖喇嘛的管辖之下，止贡派仅保有其宗教方面的地位和影响而已。
六、达垅噶举
达垅噶举也是从帕竹噶举中分出来的支派之一，达垅噶举的创始人是达垅塘巴·扎西贝（1142—1210），他十八岁时外逃出家为僧，先学噶当教法，后云游各地广闻教法。二十四岁时与帕木竹巴相见，并从帕木竹巴学习噶举派教法长达六年之久。他对噶举、噶当两派教法都有较深的造诣，1180年，他被达、哲、绒三区头人迎请到达垅，在此处修建了达垅寺，并由此形成达垅噶举派。达垅塘巴德行高洁，受到人们的普遍尊敬，达垅派也在藏区很有声望。后来达垅寺住持的两位侄子争夺职位，其中一位名叫桑结温，他在争夺达垅寺住持职位失败后，于1276年到康区建立了类吾齐寺，这座寺成为达垅噶举在康区的中心寺院，被称为下塘（达垅本寺称为上塘）。
达垅噶举，在元代与萨迦派关系较为紧密。达拢寺第三任住持桑杰雅迥曾与萨迦八思巴会面，时二人行碰头礼相见，桑杰雅迥深得八思巴的称赞和敬重，他还将自己的侄子茫噶拉古如托付给八思巴照顾。达垅寺第九任住持扎西贝孜被明永乐帝封为国师，并赐银印诰命。达垅寺僧众操行清正，历任住持”重法守戒”。1240年左右，蒙古将军多达那波报阔端说：”藏地噶丹派的寺庙最多，达垅派的僧人最有德行，止贡派的京俄法力最大，萨迦班智达学富五明。”⒆可见当时社会对达垅噶举派有着良好的评价。达垅噶举派一直传承至今，达垅寺和类吾齐寺仍是藏传佛教中有影响的寺院。
七、主巴噶举
主巴噶举的形成是在帕木竹巴的再传弟子藏巴嘉热·耶协多吉（1161—1211）时期，耶协多吉是后藏人，属于甲氏家族，他修拙火密法，着单衣可以过严冬，因此世人尊称他为”藏巴甲热”（意为后藏甲氏着布衣者）。他早年学过苯教、宁玛、噶当等派教法，他于二十二岁时以一升盐作为见面礼拜见了帕木竹巴的弟子林热‘白玛多吉（1128—1188）。他跟随林热巴在纳普寺修习七天便能穿单衣而修，修行进步很快，深得上师喜欢。据说他在纳普寺闭关精修，获得内外风息都能增加的功能，出现穿越墙壁无任何阻碍的情景。他在纳普寺学法五年，获得林热巴的所有密法传承。林热巴圆寂后，他闭关精修三年，并掘出热琼瓦伏藏的《定味法类》等。他三十三岁时向蔡巴噶举的创始人向蔡巴（1123—1194）学习”悲心强行生起法”，生起极大悲心，一次性受完出家、沙弥、比丘等戒，向蔡巴担任了授比丘戒的亲教师。之后，他在热隆地方倡建了热隆寺，又在拉萨西南地方修建了一座”主”寺，据说建寺时天空出现雷鸣，故命名为”主”（意为”龙”，藏族传统中一般认为天空的雷鸣声是龙所为）。由此藏巴嘉热一系的传承称为”主巴噶举”。藏巴嘉热的弟子很多，史载能证悟大手印者约有五千人，他们被分派到各地去修法授徒。⒇主巴噶举注重苦修，僧众很多，传布很广，有 谚语说：”藏人半为主巴，主巴半为乞士，乞士半得成就。”
主巴噶举先以”主”寺为中心，后来又转到热隆寺，在热隆寺传承下来的这一系，称为”中主巴”。藏巴嘉热的弟子中，有六人以建寺授徒著称，其中以洛热巴·旺秋尊追（1187—1250）和郭仓巴·贡波多杰（1180—1258）最有名，而他们的传承后来分别形成”下主巴”和”上主巴”。
洛热巴出生于雄地，属洛囊家族，故称其为洛热巴，他自16岁见了藏巴嘉热后，不顾家人反对，一意跟随。当时，主寺僧众都守持七种清规，即不返回家乡，不下山，常蹲踞而坐，不跨俗家门槛，着布单衣，禁语，不断供施”百粒食子法”等七种。（21）洛热巴不但严格遵守，还以内外种种不幸的事作为修道的助缘，来增长慧力和神通。洛热巴修建了好几处寺院，整顿僧人戒律，在施舍、厌离世事、精进、禅定、学识、利众等方面为世人所称道。
郭仓巴出生于西藏山南洛扎地方，他听到赞美藏巴嘉热的道歌，生起了信仰，于是19岁时从藏巴嘉热出家，修学了很多密法，后来又先后谒见止贡巴、达垅塘巴、向蔡巴等人。藏巴嘉热圆寂后，郭仓巴去拉堆地方，从一个很有成就的希解派僧人学法，定力有了很大提高。晚年他在协噶尔的郭仓地方修建了寺院，因而被称为郭仓巴。其弟子邬坚巴·仁钦贝（1230—1309）为噶举派中杰出的大成就师，时轮密法方面的权威人物，曾云游邬坚等地（即邬仗那，今巴基斯坦斯瓦特河谷），又受邀赴元大都传法，给忽必烈授时轮密法灌顶。
此外，主巴噶举的一支还传人不丹，史称”南主巴”。主巴噶举是不丹的国教，不丹人自称”主巴”，称不丹为”主域”，不丹的国旗上也绘有一条龙。
八、噶举法要
噶举派的教法源于印度祖师德洛巴、那若巴等密宗大师，最核心的法要为”大手印法”和”那若六法”。噶举派认为，大手印法门是解脱道，那若六法是方便道。解脱道是讲明心见性的法门，为顿悟一心的无功用法门，一般根器好的人才能接受，而根器普通者要修有功用的法门，从方便道人手。解脱法门与方便法门也是常常相互参用，共同印证，并非截然分开。在此仅根据有关资料，对大手印法和那若六法作以简要叙述。
（一）大手印法
“大手印”梵文为”嘛哈玛渣”（mahamudra），可译为”大象征”或”大标记”。对”大手印”含义有众多说法，基本可归纳为三层意思：一指此法的殊胜程度，说此法乃为佛祖亲手印定，周遍于生死涅槃的一切法中，是无上的佛法心髓，故名大手印；二指此法所修证到的某种境界，说此法能通达诸生死涅槃而不超出本元，于法性自然解脱中有所证悟；三指某种修法，说此法乃通过修性空智慧和修离轮回法二者结合，便能现证三身。
大手印法总分为显教大手印和密乘大手印。显教重在修心，密教重在修身。
1．显教大手印
显教大手印主要创自冈布巴大师（达布拉杰），他融合了其师米拉日巴注重实践的修法和噶当派重视显教理论的宗风，使如来藏佛性说和般若中观见有机地结合起来。其后，噶举诸大师将大手印法发扬广大，出现各具特色的修习方法。