1935年6月12日，红一方面军第二师的先头部队，和红四方面军第二十五师在四川省懋功（今小金县）地区胜利会师，大家兴奋异常，热烈拥抱，欢呼雀跃，激动得热泪盈眶，喜讯迅速传遍两个方面军。14日，毛泽东和朱德一起来到达维镇。
中共中央领导人来到了达维镇，红四方面军第二十五师师长韩东山率领部队列队欢迎。他在1982年发表的回忆录中写道：
我们高呼“向一方面军老大哥学习致敬”、“向中央首长致敬”的口号声经久不息。过去听过毛泽东、周恩来、朱德等首长的名字，这次见了面，却一个也不认得，心中好不焦急。正在这时，我在中央首长的行列中，发现了陈赓同志。他在鄂豫皖任过红十二师师长，我曾在该师任副团长，彼此比较熟悉。这时，他是军委干部团团长。经他介绍引见，我认清了各位中央首长。我代表全师指战员向首长表示了崇敬的心情。
第二天，陈赓和他说：“老韩哪，毛主席指示今天晚上由军委宣传队演出，开个一、四方面军驻达维部队联欢会，要你在会上讲话。”韩东山不信，认为是他开玩笑，怎么会让他在这种场合讲话呢？经陈赓再三说他才相信了。那天联欢会开得很热闹。会后举行了会餐。
部队在懋功地区进行整顿，共住了4天。然后，干部团经两河口北上，又翻过一座雪山——梦笔山，到达了一个较大的居民点卓克基，最后翻过打鼓山，到达毛儿盖附近的沙窝地区。
懋功会师是一个伟大的胜利，它粉碎了蒋介石妄图阻止一、四方面军会合的计划，为两支红军开创新的局面创造了极为有利的条件。但是这时内部又出现了问题，即野心家张国焘的作祟。
两个方面军会师后，因为陈赓曾在红四方面军工作过，中共中央派他到四方面军去多做工作。陈赓在大别山工作时，曾反对过张国焘的错误路线，在上海治伤时还向中央告过张国焘的“状”，张国焘一直耿耿于怀。陈赓到了四方面军，张国焘见了他问：“你在一、四方面军都干过，觉得哪一个部队好些？”陈赓是个光明磊落的人，从不模棱两可，隐讳自己的观点。他回答：“依我看，两家各有优、缺点。一方面军打仗勇敢，群众纪律好，政治工作不错；四方面军打仗好，干部、战士的战斗作风也好，只是政治工作、群众纪律比较差。”这本是真情。红四方面军差的地方，也正是张国焘错误路线所造成的。张国焘听了陈赓的话竟然大怒，拍桌子大发脾气骂人。此后，就陷害陈赓，说他是“国民党的侦探”，并命令其控制的川、陕省委作出杀害陈赓的决定。中共中央觉察到张国焘的问题，为了陈赓的安全，周恩来派人送信给他，令他赶快回红一方面军来。
一、四方面军会师后，中革军委决定干部团同四方面军的红军大学合并，组成新的红军学校，干部团的机构便撤销了。由于张国焘排斥陈赓，陈赓就不在这所学校任职。有关情况，宋任穷在他的回忆录中写道：“一、四方面军会师后，中央决定干部团同四方面军的红军学校合并，改编成新的红军学校。红军学校的校长是倪志亮，政治委员是何畏，教育长是李特，政治部主任是刘少奇。由于张国焘要整陈赓，陈赓同志无法在红军学校工作，被调到一军团任师长。”
根据毛儿盖政治局会议决定，红军分两路继续北上。右路军为一方面军的一军团、三军团和四方面军的四军、三十军，以及中央纵队一部与新成立的红军学校；左路军为四方面军的九军、三十一军，一方面军的五军团、九军团等部。8月21日，陈赓所在的右路军从毛儿盖地区出发，北行40里，就进入了荒无人烟的草地。
大草地荒无人烟，到处是野草丛生的沼泽和散发出腐臭气味的黑色淤泥潭。天气变幻莫测，时而狂风四起，大雨滂沱，时而漫天飞雪，冰雹骤降。稍一不慎，踏进泥潭就可能被吞没。严重的问题是没有吃的东西。过草地前，有的部队找些青稞磨成粉带上，有的把青稞粉弄成炒面作干粮，但是数量很少，不久就吃光了。有的指挥员命令杀死自己的战马给战士吃，有的叫杀死驮帐篷的牦牛。实在没办法时，有人把自己的皮带、皮衣放在锅里煮了吃。能吃的野菜、野草被前面的人吃了，后面的部队只好找些不认识的野草充饥，有的人错吃了有毒的草牺牲了。饥饿使战士的体质大大削弱，也就无力与草地进行艰苦的斗争。红一军团政委聂荣臻曾致电红三军团长彭德怀说：“一军团此次因衣服太缺和一部分同志身体过弱，以致连日牺牲者约百余人。经过我们目睹者均负责掩埋，在后面未掩埋的一定还有，你们出动时，请派一部携带工具前行，沿途负责掩埋为盼。”由此可见一斑了。
在过草地时，陈赓也遇见了一件他终生难忘的事。
太阳偏西了，陈赓感到十分疲惫，掉下队来，同他那也十分疲惫的瘦马，慢慢地朝前走着，来到一个掉队的小红军的身旁。这个小家伙，看来不过12岁，一口四川腔，圆溜溜的脸，一双大眼睛，两片薄嘴唇，鼻子有点翘。穿着一双破草鞋的脚板子，冻得又青又红。陈赓靠近他身边说：“小鬼，你骑一会儿马吧。”
小鬼摆出一副满不在乎的样子，盯着陈赓那满脸胡子的瘦脸，微微一笑说：“老同志，我的体力可比你强多了，你快骑上走吧！”
陈赓用命令的口吻说：“叫你骑你就骑，骑一段再说！”
小鬼用倔强的语气回答：“你要我同你的马比赛吗？那就比一比吧。”小鬼把腰一弯，做着一个准备跑的姿势。
“那，我们就一块走吧。”
“不，我还要等我的同伴哩。”
陈赓无奈，从身上取出一小包青稞面，递给小鬼说：“你把它吃了。”
小鬼把身上的干粮口袋一拍，说：“你看，鼓鼓的嘛，比你的还要多呢。”
陈赓终于被这个小鬼说服了，只好爬上马背，一个人朝前走。
不知为什么，陈赓此时的心情总是平静不下来。他脑子里总是闪动着那孩子的影子。想着想着，突然喊了一声：“不对，我受骗了！”急忙掉转马头，向来路奔跑而去。
当陈赓寻找到那个孩子的时候，已经晚了。
陈赓把小鬼抱上马背，有一件硬东西触到他的手，急忙摸出来看，原来正是小鬼那个鼓鼓的干粮袋，里面只有一块烧得发黑的牛膝骨，上面留有几个牙齿印。
正在这时，小鬼停止了呼吸。
陈赓一只手紧搂着小鬼的尸体，一只手狠狠地给自己一个嘴巴：“陈赓啊！你这个大笨蛋，怎么对得起阶级小兄弟！”
讲这个故事的红军老作家陈靖在1983年10月3日写道：
这位在黄埔时代就被称为“黄埔三杰”之一的人物，人们只知道他是天不怕、地不怕、鬼不怕的英雄，怕的却是一个廖（仲恺）先生；第二次国内战争中，又有人传他怕彭（德怀）总。但谁也不知道他还有第三怕……这就是陈赓同志怕同小孩子开玩笑，怕听小孩子生病，怕听小孩子哭……
如果陈靖说的符合事实，那陈赓这个“第三怕”，大概就是从这个《马背上的小红军》的故事开始的吧？
红军过草地，又发生了一件大事，就是军委副主席周恩来病倒了，高烧不退，医生诊断是肝脓肿和阿米巴痢疾，药早已用完了，无法医治，烧得昏迷不醒。毛泽东赶来看望，彭德怀听说后，也带着陈赓、萧劲光赶来了。看见周恩来醒不过来，大家都很着急，但没有办法。
这时陈赓说：“把他交给我吧！我当过医生，会想办法给他治的。”
彭德怀瞪起了眼睛：“你当过医生？我怎么从来没听说过？”
陈赓说：“我在中央特科工作时，在上海开过医院，除了拔牙和接生，我都干过。恩来同志那时还到我的医院住过哩。”
彭德怀皱起了眉头：“冒牌医生能算得数吗？这可不是开玩笑的事。你有什么办法？”
陈赓挥着手：“首先要降温，这样高烧下去不行。赶快弄些雪来，给他肝区和额头实行冷敷，兴许有救。”
毛泽东张眼一望，周围是一片草地和水淖子，哪来的雪？陈赓指着一座小山说：“那山的背阴处一定有。”
于是他带着人和马到了那个小山上，那里果然有雪。回来用油布缝了几个袋子，装上雪，给周恩来额头及肝部等处放上，果然有效，过了几小时，周恩来终于醒了过来。
毛泽东和彭德怀这才放下了心，他俩安慰了周恩来一番后，彭德怀对萧劲光说：“你要不惜一切代价，派人把周副主席抬出草地。”
萧劲光急忙从休养连接来邓颖超，又从迫击炮连抽一个排当担架队。陈赓自告奋勇当担架队长，跟着担架走。他的双腿都负过重伤，走起来一瘸一拐，但他坚持干，一步也不离开担架。
邓颖超也有病，患的是肺结核，痰中带血，不断发烧。她到了周恩来身边，看他脸色青灰，瘦得变了形，脸上胡子很长，她流泪了。给他盖毛衣时，发现毛衣上有虱子，她拿起毛衣边找边掐，总共找到了170多个，把指甲都染红了。
周恩来肚子疼得厉害，邓颖超扶他下地大便，排出了半盆棕绿色脓汁。真是奇迹，肝里的脓全从肠子里排出来了。
周恩来看见抬担架的战士身体也很虚弱，不忍心叫他们再抬，几次硬要下担架改为骑马，都被陈赓按住。他说：“现在我是担架队长，你是病号，上边交代了，你得服从我的指挥。”
周恩来居然没吃什么药，身体就一天天好了起来。周恩来说：“陈赓，你是一员虎将，又是一员福将。谁遇到你准保都有好运道。东征时，你把蒋介石从战场上背下来，救了他一条命；如今你又救了我一条命。”
陈赓说：“要是早知道那小子后来变得那么坏，那时他想自杀，真该不管。”
经过7天7夜的艰苦跋涉，红军终于从荒无人烟的草地走了出来，到达了班佑。这是四川省北部的边沿，可以看到牧民们为了临时躲风避雨修建的简易房子了，他们是以牛粪作燃料，屋中没有人，却留有堆堆的牛粪。