中华人民共和国成立后，巨赞感到，他多年盼望的改革佛教的机遇终于来了。为此，他四处奔波，辗转到了北京，经过详细考查和讨论后，上书毛泽东和各民主党派，提出改革佛教的意见，得到多方赞成和同情。此后，他又与北京市和中共中央统战部领导张友渔、胡乔木、李维汉等进行了接触，谈了自己改革佛教的意愿，并得到鼓励，这使他深受鼓舞。此后巨赞本着“生产化”和“学术化”两个基本方向，以极大的热情投入到佛教的重建中去。整个20世纪50年代，大陆汉传佛教实际上走的都是在坚持修行的同时，实行“生产化”的路子。巨赞又被美誉为“现代新佛学”的奠基人，这是他“学术化”方向的体现。为此，他积极筹办中国佛教协会会刊《现代佛学》，并长期担任主编。在50—60年代初，该刊在国内佛教界具有很高的权威性。在培养佛教人才，提高佛教徒素质方面，他也做出了很多努力。
首先，巨赞把人间佛教契理契机原则作了适应特定历史条件的具体化阐述，即不违反佛教立场，不违背政府政策。“为佛教在新国家新社会中，争取一个合理的立场与正当的工作岗位而到北京”。在当时条件下，这是能够维护佛教界权益的唯一可行方针。同时，为维护佛教权益，也为了解决佛教自身的许多问题，也需要重建联系全国佛教徒的组织。
巨赞早就着手考虑这个问题。刚到北京时，巨赞会见了张友渔副市长，张友渔提出，要“整理佛教”，应当有一个佛教团体从中领导。不久巨赞在天安门上见到胡乔木时，胡也指出应该组织一个协会进行工作。为此，巨赞草拟了一个全国佛教整理委员会和筹备会的章程，并送请中共中央统战部核商。1949年首届人民政协会议闭幕后，巨赞又多次与政府有关人员商谈推动佛教改革问题。在一次座谈会上，陈其瑷传达了周恩来关于宗教问题的指示，并指出“社团登记条例”已反复商讨，不久即可公布，宗教团体亦可参照执行。在1950年6月18日的一次座谈会上，包括巨赞、赵朴初在内的与会人士再次谈到在当时情况下组建佛教协会的重要性。此后巨赞同赵朴初等人，便积极投入到中国佛教协会的筹备工作中去。经过多方努力，1953年中国佛教协会在北京成立，巨赞被选为副秘书长。1957年，被增选为中国佛协副会长，成为佛协核心领导成员之一。
中国佛协成立后，作为全国佛教界的协调机构，在很大程度上安抚了当时佛教界惶恐不安的情绪，为大陆佛教的稳定发展做了大量的工作。在全国土地改革的背景下，通过寺院生产化，以解决经济问题，成为各级佛协主要工作之一。
巨赞深感佛教之衰微，早怀改革之心。然而现实证明，佛教和“整个社会是分不开的，整个社会没有革命，佛教内部的革新也无法进行”。中共领导的新民主主义革命成功后，巨赞认为佛教革新也可推动展开了。他积极配合当时在各地展开的思想改造运动，认为改革佛教的重点是对佛教徒的改造。因此首先要革除追求安逸享受，脱离社会，远离民众的弊病，要培养佛教徒深入社会、深入群众、关心群众疾苦、解除群众苦难的精神。为此，他在北京成立了佛教徒学习会和僧尼训练班，让他们搞通思想，认清时代，认清佛教的真精神。同时巨赞提出，僧尼既是如法如律的佛教徒，又是劳动生产者。因此必须发扬百丈“农禅并举”的传统，让僧尼从事生产，既可以使出家人老者有所养，少者有工作，成为自食其力的劳动者，又可以使僧尼适应社会需要，通过劳动，真正融入社会，体味人间疾苦，发扬人间佛教的真精神。1950年巨赞与周叔迦等人在北京开办大雄麻袋厂，组织僧尼参加生产，不久该厂聚集了100多位僧尼群众。在巨赞等人的倡导下各地寺僧纷纷响应，掀起生产热潮，走上劳动自养道路。仅半年时间，全国佛教徒就开办了纺织、颜料、化工等几十家工厂，太原白云寺僧众还于1958年开办中医医院。巨赞等大力倡导的生产自养的办法既安置了大量僧尼，又服务于社会，沟通了佛教与社会的联系，这种福慧双修，既重视社会责任，又顾及生死解脱，既自利又利他的修行理念充分体现了大乘佛教的根本精神，也完全吻合时代发展的需求，因此是人间佛教契理契机原则在当时的体现。
第二，中华人民共和国建国之初，面对佛教颓靡不振，佛教徒思想混乱，无法适应社会剧变的状况，巨赞与赵朴初、陈铭枢、周叔迦等人商议，提出要想发扬正确的佛学，符合如来随宜说法、实相常新、适时便巧的宗旨，必须在首都创办一个全国性的佛教刊物，及时传达政府的宗教政策，反映全国佛教界各种情形，纠正佛教界错误思想，这样才能发扬释迦牟尼佛的真精神，振兴佛教。为此，巨赞与喜饶嘉措、赵朴初、陈铭枢、周叔迦等人在1950年6月发起成立了现代佛学社，负责出版《现代佛学》月刊，由陈铭枢任社长，巨赞任刊物主编。此后，巨赞全身心投入刊物的编辑中去，几乎所有的佛学论文都由巨赞亲自编辑审定，在大家努力下，仅用三个月的时间，《现代佛学》创刊号就出版了。
1953年中国佛教协会成立后，《现代佛学》即成为其会刊，到1964年因故停刊时，总共出版了144期。十余年间，《现代佛学》发表了高僧大德大量的佛学论文，推进了佛学理论的发展。人间佛教本质上就是佛教的现代转型，现代佛学就是现代佛教的先导。尽管当时在海峡两岸，太虚及其人间佛教思想都遭受非议。但巨赞所传播的基本思想理论，在极为困难的条件下，保留了人间佛教的内在精神，对此后海峡两岸人间佛教思想蔚为主流，起了积极的作用，这其中长期担任刊物主编的巨赞是功不可没的。该刊作为沟通政府和佛教界的桥梁，也及时宣传政府的宗教政策，有效地稳定了佛教界的情绪，团结了全国佛教界力量。
第三，佛法的弘扬最终要靠佛教徒，因此人才培养是振兴佛教的关键。巨赞法师历来重视佛教界人才的培养。早在20世纪30—40年代，巨赞就先后担任过闽南佛学院、汉藏教理院、沩山佛学社等佛学院的教师。1947年巨赞在杭州创办武林佛学院并担任院长。这些都属太虚一系创办或主持的佛学院。他要求学生勤读佛书的同时，还要兼读文史哲，要关心国家大事，阅读报纸新闻，充分体现了人间佛教佛法不离世间的理念。
中华人民共和国成立后，巨赞更是积极筹备建立佛学院。早在1952年中国佛教协会筹备成立时，巨赞和赵朴初等人就提出，要举办佛教院校，培养佛教人才。1953年中国佛教协会成立后，马上着手筹备建立佛学院。经过多方努力，1956年，中国佛学院在北京法源寺正式创立，喜饶嘉措任院长，巨赞任常务副院长。他不仅担任佛学院的领导工作，还亲自授课，核定教学内容。中国佛学院旨在培养“热爱祖国、拥护和平、具足正信、能发扬佛教优秀传统”的佛教人才，成立后可谓群贤毕至，人才荟萃，师资阵容强大，学员素质整齐，学员学修一体，解行相应，1956—1966年十年间，总共毕业了近400名学员，这些学员毕业后，大都成为各地佛教界的骨干力量。至20世纪80年代，赵朴初提出把人间佛教思想作为中国佛教协会指导思想之所以得到全国响应，与这批骨干力量的拥护是分不开的。
巨赞和赵朴初等人在广泛调查的基础上还提出了新丛林计划，这一计划初衷不坏，旨在从佛教界自身改革做起，以防政治运动冲击，但本身也存在一些问题，例如明显受苏联计划经济影响等，加上不久后大陆“文革”爆发，该计划并未实施。
总之，巨赞法师一生的最活跃年代，正与中国共产党领导新民主主义革命与建设取得节节胜利以及计划经济时代相始终，他是佛教界紧跟这一时代主题的代表人物，也是这一代人中不多的深研佛学，又通达世法，乃至英、日、德、俄诸国文字，晚年犹孜孜不倦学习法文的大学者，主要论著有《评熊十力所著书》、《新佛教概论》、《龙树提婆与无著世亲》、《道安法师传》、《鸠摩罗什法师》、《法显玄奘两大师》、《天台与嘉祥》、《禅宗的思想与风范》、《华严宗的传承及其他》、《般若思想在中国汉族地区的发展》等，汇为《巨赞法师文集》（上中下）3卷本，由团结出版社出版。巨赞既是太虚人间佛教思想的坚决支持者，也是这一理念在那特殊年代的阐发者。他与赵朴初等一起，利用与社会各界的密切关系，以维护佛教界应有权益。在改革开放之后，人间佛教思想之所以能在大陆重放光辉，也与他主持的《现代佛学》潜移默化的宣传分不开。在当代，唯有人间佛教才真正继承了大乘佛教慈悲济世精神。巨赞法师一生即以实践这一精神为己任，忧国忧民，在社会剧变，佛教举步维艰的转折关头，毅然挺身而出，为弘扬正法，殚精竭虑，虽晚年遭受不幸，成败有待后人评说，其精神不可磨灭乃可肯定。