从各种史书的记述来看，刘裕此时几乎把军事上所有可能的劣势都占全了。一是仓促应战，刘裕与孙恩是同时抵达战场的，无法像在句章、海盐那样事先巧妙布置。二是以弱敌强，刘裕军兵不满千，京口原守军数目不详，也不可能很多，孙恩出动了数万大军，兵力对比至少是十几比一，甚至几十比一。三是以劳击逸，孙恩部众是坐船来的，刘裕的兵卒是用两条腿跑来的，士气低落、民心不稳。总之不论质量、数量、准备，刘裕全落下风。可一场交战下来，结果仍旧是孙恩大败！史书记述的过程简短得就像恺撒的军报：我来了，我看见了，我征服了！这还有天理吗？如果满足了这么充分的战败条件还不打败仗，那写兵书的人都找块豆腐撞死得了！
可历史不以兵书的意志为转移，蒜山之战之所以打得这样匪夷所思，主要是因为史书为了神话刘裕，使用了几处小小的曲笔。下面就让我们透过史书的烟幕弹，来简单解析一下蒜山之战。
首先，史书提到此战发生的地方是丹徒，虽然不能算错，但其实是一个小小的障眼法，我们不能忽略这里有一个更重要的地名——京口。京口是北府军的总部，北府将士的老家。这里的守兵并非海盐那些没什么战斗力的民兵，而是久经沙场的北府军士！这里的民众也是有强悍好武传统的北方流民后代。这些军民，在孙恩大军即将到来之际，因得知强弱悬殊和缺乏主心骨，产生过畏惧和动摇，但等到刘裕到来，众人有了这位名将作为依靠，士气低落、民心不稳的状态就结束了，而史书对此一句没提。
接下来发生的事，就是《宋书·武帝纪》上所记载的那样了：“高祖率所领奔击，大破之，投崖赴水死者甚众。恩以彭排自载，仅得还船。”刘裕带着这批士气高昂（尽管不久前他们还打算逃跑）的敢死之士由南向北冲上蒜山，猛击正在由北向南抢登蒜山的孙恩大军。在保卫家乡的现实利益驱动与刘裕的激励下，原本就不弱的北府军士们都超水平发挥！刘裕从海盐带来的人可能比较疲惫，但当地的守军只要恢复了勇气，都是生力军。孙恩的部众见到刘裕的旗号，先自软了三分，狭窄的山地又使多数兵力派不上用场，前锋招架不住刘裕的猛攻，只得后退。山小人多，孙恩大军后退的前锋把后边的大队人马压成了沙丁鱼罐头，多数人动弹不得，很多人被挤落山崖。慌乱中孙恩大军已无战心，只想尽快离开这鬼地方，终致大败！差点连孙恩都不能幸免，多亏找到一条木筏，才得以狼狈逃回船上。
如果说在海盐，刘裕给孙恩的感觉还只是难缠，那么蒜山之战后，刘裕给他的感觉就是恐怖了！虽然这一战孙恩损失并不是很大，但差点当上“水仙”的经历让他丧胆了！他不敢再招惹这个煞星，全军上船，继续向建康前进。
蒜山之役规模虽小，其意义却超过了之前的句章、海盐诸战，是导致孙恩最终失败的关键一战。它打乱了孙恩的战略部署，延误了他唯一可能得手的战机。孙恩的计划是准备乘守兵空虚之际，一举攻取丹徒，应该说，这本是挺高明的一招。一旦成功，可以收到两大好处：一、控制京口，自然容易将北府军大量家属扣为人质，将来北府军与他交战的时候，自然会投鼠忌器；二、攻下京口，可以此为依托，从陆路速攻建康，急行军的话，只需一昼夜即可到达，就有可能抢在刘牢之和司马尚之的援军到达之前拿下晋朝京城，那样，晋朝说不定就要提前十九年结束了。
现在蒜山失利，两头落空，道爷们只能继续坐船去建康了，虽然比走路舒服，但太慢了。孙恩的船只多是海船，船身高大，抗风浪的能力不错，但在长江中开行，则显得过于笨重，行动迟缓。加之此时久吹西风，逆风逆水前进速度更加缓慢。一千多年后，郑成功率水军攻入长江，进攻南京，行军路线几乎和孙恩一模一样，同样也是因为行动迟缓的原因，让清军援兵从容赶到，最终功败垂成。
【屡败孙恩】
尽管此时孙天师的声势依然浩大，司马元显亲自指挥水军迎击孙恩，却连战连败，只得逃回建康，连老牌酒鬼司马道子都吓得暂时放弃了喝酒，跑进蒋侯庙整天祈神保佑。但实际上，孙恩已错过了攻取建康的最好机会，等他慢吞吞地花了数天时间终于到达建康城西的白石垒时，司马尚之的军队已进驻建康，刘牢之已到达新洲（建康北面长江中的小岛），孙恩一度占有的优势一去不返。
面对形势的变化，孙恩知道攻取建康已不可能，只能乘晋军对他的合围完成之前，尽快突围东走。于是，孙恩未攻建康，而是穿过新洲附近的江面（不知为何刘牢之没有阻击）出长江，由海道向东北方前进，直奔郁洲（江苏连云港东云台山一带，当时是一个海岛，传说中西汉初年田横率五百壮士逃亡之地）。同时分偏师攻破广陵（今江苏扬州），歼灭晋军三千余人，牵制晋军追兵。
宁朔将军高雅之受命穷追孙恩，直至郁洲。孙天师火了，我就算打不过刘裕，还摆平不了你么？回师一场恶战，再次大败晋军，生擒高雅之。
晋军在广陵、郁洲连遭败绩的消息让当朝掌权的司马元显很上火，不过更让他着急的消息来自西边：已经控制了大半个晋朝的桓玄，听说孙恩迫近建康，立即调兵调粮，“忠肝义胆”地表示，他对孙恩侵犯帝都的严重事态深表关切，要亲率大军前来建康勤王！司马元显又不是傻瓜，自然清楚桓玄要是进京，根本没有好事。两头都要命，会稽王世子那几天真是度日如年啊！幸好孙恩行军缓慢，刘牢之等赶得及时，才算把他撵跑了。如蒙大赦的司马元显连忙以晋安帝名义下诏，褒奖桓玄的忠心，但既然贼寇已经败退，就不用再兴师动众了！
虽然桓玄一时没了借口，只得暂时罢兵。但该来的终究会来，司马元显不能不早作准备。目前这种危险的局面必须打破，为了解除家门口的威胁，不给桓玄东下提供口实，一定得把孙恩从郁洲赶出去。而要完成这一任务，还有谁比冉冉升起的北府新星刘裕更合适呢？于是在这一年八月，司马元显下诏，屡建战功的刘裕被提拔为建武将军、下邳太守，正式成为高级将领，并受命组织水军进攻郁洲，讨伐孙恩。
当初刘裕只指挥几百人的时候，孙恩已经不是他的对手，现在刘裕指挥一支像样的军队了，孙天师当然更招架不住。两军在郁洲一番交战，孙恩战败，被迫弃郁洲南下，被俘虏的晋将高雅之又被刘裕解救了出来。十一月，孙恩退到沪渎，被刘裕追上，于是第二次沪渎会战，孙恩大败，继续南撤。接着在海盐再战，孙恩又一次被刘裕打败，再也无力支撑，只得逃往舟山群岛，结束了他最有野心的第四次登陆作战。
第二次郁洲会战、第二次沪渎会战、第二次海盐会战，三战下来，孙恩大军阵亡及被俘达数万人之多。孙恩虽然号称十几万部众，但那是所有手下教徒，男女老少拖家带口一起算的数字，真正能用于作战的精壮男丁也就几万人，经此惨败之后，元气大伤，一蹶不振。
从整个孙恩第四次登陆作战的经过来看，认为孙恩军不过是一群乌合之众，不堪一击的观点是值得商榷的。其实，除了和刘裕交战的部分，孙恩与晋朝正规军的作战结果其实是胜多败少，打败过的晋将前有谢琰，后有袁崧、司马元显、高雅之等，不能简单用无能之辈来看待孙天师。孙恩之所以给人留下无能的印象，只是因为他太倒霉了，偏偏遇上刘裕！
刘裕因为在此次对付孙恩的卓越表现，名声和地位都迅速提高，等孙恩逃回海岛时，刘裕已越过了众多老将，在北府军中的威望仅次于刘牢之了。刘牢之在这次战事中的表现却大失水准，行动迟缓，反应迟钝，无复当年的英勇果敢，给人暮气沉沉的感觉，也许这正意味着北府军即将迎来新的时代吧。
【元显西讨】
由于刘裕等人的奋战，孙恩的威胁暂时解除了，司马元显终于松了一口气。但这番战乱朝廷控制的地区几乎全被波及，经过孙恩军队与大多数政府军的来回扫荡，各地均残破不堪，百姓逃亡，引发了从三吴到建康的全面饥荒！建康已经不再健康，地主家也没余粮了！
正常情况下，这样的困难也不是无法克服的，一方有难，不是还可以八方支援么？但幸灾乐祸的桓玄怎么舍得放弃这个落井下石的好机会？他收拾司马元显的方法是今天老美对付看不顺眼国家时最常用的一招——经济制裁：桓玄一声令下，长江航道被封锁，设立层层关卡，禁止任何人将粮食和其他重要物资从荆、江、雍等州运往建康及三吴。
有了桓玄的雪上加霜，晋朝中央政府更加困难，不论官府和民间，物资都极度匮乏。正常的工资已经发不下去了，司徒以下的高级官员都实行了配给制，每天只能领到七升糙米充饥。政府军的普通士兵就更惨了，只能领到用糠皮和橡果充当的军饷，食不果腹。面对如此困难的局面，司马元显依然不愿亏待自己，仍旧挥金如土，奢侈放纵，吃穿用度都是最好的，甚至超过了皇帝司马德宗的标准。反正那个白痴也鉴别不出生活品位，给他也浪费不是？至于这么做，别人会用什么眼色看他，他就不关心了。
司马元显，这个原本聪慧的二十岁少年，因为过早地被权力溶液腐蚀，本就不是什么真金的他已经彻底堕落了。他不知道或者不愿意知道，掌权之初获得的那一丁点儿声望早被孙恩之乱透支了；他少年得志，任用群小，瓜分肥缺，早已招来了同样贪婪的世家大族们嫉妒的目光；他不加节制地穷奢极欲，正让忍饥挨饿的士民官吏对他滋长着越来越高的怨恨；征招“乐属”，暴露了他政治的低能，迎战孙恩，暴露了他军事的低能，而这些都已被心怀叵测之辈看在眼里，记在心上。他只是一头扎进身边的马屁军团们用谄媚建成的“盖世英才”的幻境中，继续自欺欺人。
见到这样的“喜人”景象，桓玄觉得自己赶超父亲成就的机会来了，不过他很小心，先用笔杆子进行一番舆论攻势，试探一下再说。一封问责信就此送向建康：“此次盗匪进逼京都，几乎社稷不保。只是因为逆风阻挠，前进困难，后来又因为连绵大雨，粮食吃尽，才不得不退，并不是被朝廷打败的。当初，王国宝死的时候，王恭并没有乘机接管朝政，足以证明他对朝廷的忠心和对会稽王的敬重，可你竟然指控他叛逆，加以杀害！到如今，窃据国家要津的各级官员中，人望美誉堪比王恭的，还有谁？并不是这样的人再也没有了，而是这样的人得不到应有的信任和重用，这就是造成此次大祸的根本原因！朝中的官员们，统统敢怒而不敢言，我因为正好在外地任职，所以才敢实话实说！”
虽然收信人一栏写的是会稽王司马道子，但首先看到信的人当然是司马元显。不难想象，看过信后，会稽王世子脸上那又惊又怒又怕的表情，于是立即招来马屁军团中含金量最高的马屁精——庐江太守张法顺商议对策。张法顺说：“桓玄继承父辈留下的资望，一向有雄豪之名，现在又兼并了殷仲堪和杨佺期，已独霸荆楚之地，殿下还能控制的地方就只剩下三吴了。可偏偏又发生孙恩之乱，使得东边郡县残破，民众伤亡惨重，公私困乏。桓玄定然会利用这个机会作乱，这正是让我深感忧虑的事啊！”
司马元显给了他一个白眼：这还用得着你说？现在是问你该怎么办。
张法顺接着献计：“桓玄虽然以诈术夺取荆州，但为时不久，当地的人心还没有完全归附他，人力物力还不能为其所用，他得花一段时间来安抚。如果乘此时机，以刘牢之为先锋，殿下率大军跟进，挥师西征，一举荡平桓玄并不是不可能的事！”司马元显认为这个办法不错，但毕竟事关重大，心中还有些迟疑。谁知没过几天，一封密信送到司马元显手中，使他最终打消了疑虑，决计出兵。写这封密信的人是第二次昌道内战的导火索，前豫州刺史庾楷。
当初庾楷因为不满朝廷削他的地，且觉得昌明党更加得势，背叛了原老板司马道子，倒向王恭、殷仲堪一边。没想到一场豪赌下来，输了个底朝天，王恭竟然被干掉了！自己的豫州也丢了个干净，被迫投靠桓玄。桓玄对他还算不错，刺史自然不能指望了，但还是给了他一个武昌太守的职位。虽然从省长降为市长，但对大名还列在朝廷通缉要犯名单中的庾太守来说，也该知足了。
但要能知恩图报，那就不是庾楷了。大概因为有了上次的教训，庾太守认为还是站在朝廷一边更有把握一点，眼见桓玄一步步走向和朝廷摊牌的道路，他担心会连累到自己，决定秘密向司马元显靠拢。在密信中，庾楷大肆诋毁现在的恩主桓玄，声称桓玄已经丧尽人心，部下都不肯听他的命令，建议朝廷出兵讨伐，自己愿意充当内应。只是庾太守此时可能没想到，这次，他又掷错骰子了。
司马元显得信之后，自然大喜，立即命令张法顺前往京口，与刘牢之商议出兵西征的事。刘牢之对此事并不热心，他认为此时桓玄已经非常强大，不容易对付。尽管碰了个钉子，司马元显并没有放在心上，觉得自己仍然有足够的能力让刘牢之听命于他，于是西征的各项准备工作也就不顾重重困难依旧继续进行，不知不觉中，隆安五年过去了。
公元402年，东晋历史上的一个多事之秋终于到来了。农历正月初一，朝廷宣布大赦天下，不过刚刚被指控有罪的桓玄不在此列，改年号为元兴。加授司马元显为骠骑大将军、征讨大都督，指挥全国军队，至于能不能指挥得动是另一回事。刘牢之为前锋都督，司马尚之为后卫，共同出兵征讨罪大恶极的前南郡公、荆州刺史桓玄，晋朝的新一轮内战爆发！从形式上看，此次内战是原来昌明、道子两党斗争的继续，姑且称做第三次昌道内战，尽管双方的内部都已发生了天翻地覆的变化。
【桓玄东进】
大战在即，张法顺求见司马元显，秘密进言说：“我看刘牢之这个人很不可靠，说不定会背叛我们，让他担任前锋，万一生变，就会大祸临头。而骠骑司马桓谦，虽然身在建康，但毕竟是桓家人，据说一直偷偷给桓玄充当耳目，刺探朝廷的情报通知荆州，也是应该提早除去的隐忧，不妨命刘牢之杀掉桓谦以表忠心。如果刘牢之接受了，就得罪了桓家人，断了他首鼠两端的念头；如果刘牢之不接受，我们就提前杀掉他。”
这确是一条毒计，从事后诸葛亮的角度来看也算是有先见之明了，但司马元显没有接受。不接受的原因其实也很好理解：张法顺的主意基本上没有可操作性！
首先，桓谦是桓冲的儿子，桓冲不论在朝廷还是在荆州一向享有美誉，杀他没有罪的儿子是件大失人心的事。何况对于桓谦，司马元显已经另有打算了：他任命桓谦为荆州刺史，因为桓家在荆州的势力根深蒂固，用桓家人代替桓家人，可以减弱荆州军的反抗。这种处理方法，应该说比张法顺的主意更高明。