见此信后，殷仲堪立即将桓伟扣押作为人质，命他写信给弟弟桓玄，求他罢兵。桓玄收到回信，对罢兵的请求嗤之以鼻，对左右说：“殷仲堪这个人优柔寡断，做事总是患得患失，总想给自己和儿女们留后路，不敢做强硬的举动，你们只管进兵，我那位老哥一点危险也不会有！”桓玄的识人能力不错，后来的发展果不出他所料。
郭铨、苻宏继续西进，在西江口（今湖北监利县西南）大败缺粮少饷的荆州军七千余人。殷仲堪又派杨广和自己的侄儿殷道护出兵抵挡，又被桓玄打败。桓玄军推进到距离江陵（今属湖北，荆州的治所）只有二十里的零口，江陵城内人心惶惶。现在，殷仲堪除了指望杨佺期出兵来救他，再无对策了。
但杨佺期不想来，他劝殷仲堪说：“江陵没有粮食，怎么守得住？你不如放弃江陵，北上和我共守襄阳（当时雍州的治所）。”殷仲堪想：“去襄阳，荆州不就丢了？自己岂不成了杨佺期的属下，还能当荆州刺史么？”于是欺骗杨佺期说：“最近刚刚收上来一批粮食，已经不缺军饷了。”
杨佺期信以为真，便亲率八千精兵南下救江陵。可到了江陵，发现殷仲堪送来的犒军伙食不见酒肉，只有稀粥。知道上当的杨佺期气得大骂：“这次完蛋了，让姓殷的害死了！”于是也不与殷仲堪见面，直接向桓玄军进攻，想在军队还没饿肚子前打完这一仗，心里一急躁，用兵自然破绽百出。桓玄针对杨佺期急于求战的心理，以退为进，诱其入伏，在马头（今湖北公安县西北）大败杨佺期，生擒杨佺期和杨广兄弟，将二人斩首，以首级向建康献捷。又不是司马元显让他杀的，这与其说是献捷，不如说是向朝廷示威。
殷仲堪得知杨佺期的死讯，知道这回完了，率数百人弃江陵而逃，打算投奔后秦。逃到冠军城（今河南邓县西北）被桓玄的追兵抓获。在押送回来的途中，殷仲堪被逼自杀，侄儿殷道护被斩首，对他忠心耿耿的罗企生不久也为桓玄所杀。
至此，桓玄踏着两位盟友的鲜血，完全控制了江、荆、雍三个大州，梁、广等州也依附于他，已握有东晋差不多三分之二的疆域，成为最强大的地方势力。他上疏要求中央承认自己的势力，履行他合法占有的手续。正被孙恩弄得焦头烂额的司马元显当然不敢得罪他，特任命桓玄为都督荆、司、雍、秦、梁、益、宁、江八州兼豫、扬八郡诸军事，荆、江二州刺史。为了给在大牢里担惊受怕了几天的桓伟压惊，桓玄给了他一个雍州刺史头衔。
【海盐之战】
建康方面，谢琰战死的消息让东晋朝廷大为震动，吴兴太守庾桓害怕孙恩首次登陆时，百姓群起响应的事再次发生，便残忍地屠杀了几千名男女五斗米道信徒。稍后，司马元显派冠军将军桓不才、辅国将军孙无终、宁朔将军高雅之等人出兵讨伐孙恩。孙无终是刘裕最早的上级，高雅之是刘牢之的女婿，均属于北府军系统。然而北府军的老大刘牢之却没动。因为去年底才刚刚去三吴洗劫过一次，过去不到半年时间，新生的羊毛估计还没长好，油水不会太多，所以刘牢之的动力不足，也就不会像上次那样自告奋勇了。
晋军没有出动真正有力的劲旅，战事便拖了下去。隆安四年（公元400年）十一月，孙恩与高雅之大战于余姚，高雅之大败，晋军士卒十折八九。东南局势再度恶化，司马元显只好加封刘牢之都督会稽等五郡军事，请求他出兵对付孙恩。女婿让人欺负了，老丈人也不能不管啊，于是刘牢之终于出兵了。
孙恩一向畏刘牢之如虎，听到他要来的消息便心生惧意，再加上已经登陆大半年，也抢掠积蓄了不少物资，便不与刘牢之交战，率领所部提前撤回舟山，基本没有损失。北府军兵不血刃，收复各郡县。
为了防备孙恩再来，刘牢之决定在沿海几个要点筑城守备：一、刘牢之本人驻防上虞（今浙江上虞县）；二、参军刘裕驻防句章（在今浙江宁波市南鄞江南岸）；三、吴国内史袁崧在沪渎（今上海市西旧青浦镇附近古吴淞江）筑城设防。
在这三个要点中，句章的守兵最少，不足千人，距离孙恩最近，与舟山群岛几乎是隔海相望，驻守此处实在是一个危险性很高的苦差使。但对刘裕来说，却是难得的机会，他终于能够指挥一支军队独当一面，充分展示自己的将才了。
刘裕一到句章上任，就显出了他的与众不同。当时，因为刘牢之放纵士卒暴掠，北府军在三吴诸郡的名声极差，不想这位刘参军的人马却军纪严明，所到之处秋毫无犯，当地百姓大喜。人在肚子饱胀时，满汉全席也觉得没什么味道，快要渴死时，一杯自来水也会觉得甘美无比，因此刘裕很快在久历兵灾的当地人中赢得了美名，得到他们的积极配合，很快做好了迎击孙恩来犯的准备。
两个月后，即隆安五年（公元401年）二月一日，孙恩大军在浃口第三次登陆，兵锋直取句章。原以为这么一个才几百兵镇守的小城，应该是手到擒来的，谁知道这里的守将非常扎手，不但作战英勇，身先士卒，而且异常狡诈，诡计百出。孙恩数万大军的几次进攻全被打退，不能前进半步。这段糟糕的经历也让孙恩和他的下属们，第一次记住了刘裕的名字。不过由于刘裕兵力太少，孙恩的损失也不大。不久，刘牢之率军前来支援句章，孙恩不敢迎战，又连忙上船，逃回海岛。
孙恩的第三次登陆一无所获，部众迫切需要解决的补给问题依然严峻，因此仅仅过了一个月，孙恩又倾尽全力，发动了最大规模的第四次登陆。这次，孙恩决定不再就近登陆，去碰句章那颗硬钉子，而是挥师向北，在今杭州湾北岸的海盐（今浙江海盐）上岸。海盐，顾名思义，以“海滨广斥，盐田相望”得名，因为制盐业在古代一直是油水极大的行业，所以这里还是很值得一抢的。
不料驻守句章的刘裕情报工作干得也不错，事先探得消息，当机立断，率句章守军星夜北上，赶在孙恩军到达之前，抢先进驻海盐。孙恩不明情况，以为海盐无备，没做什么准备便直接攻城。此时刘裕的兵力不满一千，虽然海盐县令鲍陋临时征召了民兵约千人，但与孙恩的十几万人相比，兵力相差仍很悬殊，而且新召民兵是没多少战斗力的，情况不容乐观。
不过刘裕既然敢来，就不会被困难吓住。他组织数百名敢死队，由自己亲自带队，全都手持短兵，脱去甲胄。这可能是为了行动迅捷，不易发出声响，潜伏在城门处，城上只布置了稀稀落落几个人。孙恩不知刘裕已到，见此情景，以为不会遇到像样的抵抗，便放心前进。正在孙恩大军松懈的当口，刘裕突然打开城门迎头痛击，击败孙恩，斩其部将姚盛。
初战告负，损兵折将，让孙恩怒不可遏。从他曾经打败谢琰和高雅之来看，也是有一定将才的，老被弱小的敌人欺负，面子上也挂不住啊！于是，孙天师下令猛攻海盐，刘裕率部坚守，苦战数天，虽然连续打退孙恩军的进攻，但城内守军也感到压力越来越大，毕竟双方兵力太不对等了。
刘裕决定再出一次老千。数日后的一个清晨，早起准备接着攻城的孙恩部众发现今天的海盐城有点儿异样：城门竟然是开着的，原先飘扬的旗帜不见了踪影，平时戒备森严的城头上只有几个老头在当门卫。这种唾手可得的样子让孙恩部众有点疑惑，便向城头上那几个老头打听：“刘裕到哪儿去了？”
城头上的老头回答说：“因为大军攻城太急，他兵少难以抵挡，昨天夜里偷偷开城逃走了。”孙恩的人大喜，总算把讨厌的刘裕打跑了，于是争相入城。倒霉的孙恩部众没想到，刘裕早已经将海盐城打造成了一个大陷阱，等他们入城，兵力被街道分割，丧失了有效指挥，又没有防备之时，刘裕突然率埋伏的精兵杀出来，大败孙恩，将他们赶出了海盐城！
又吃了一次败仗之后孙恩服了，也清醒了，论打仗他怎么也玩不过刘裕，但他现在兵力雄厚，刘裕兵少，暂时也不能给他致命打击。海盐打不下来，可以去其他地方试试，大军岂能耗在这儿等死？这么大的柿子林，就不信捏不到软柿子！于是，孙恩放弃攻打海盐，挥军北上，进攻沪渎。
【嗣之争功】
发现孙恩将北攻沪渎之后，刘裕也放弃海盐，尾随追击。海盐县令鲍陋感激刘裕的救助之恩，特地派儿子鲍嗣之率一千民兵前来助战。但好心也会办坏事，事坏就坏在这一千援兵的主将鲍嗣之身上。
鲍嗣之是头不怕虎的初生牛犊，这几天参与刘裕指挥的海盐保卫战，见刘参军连连取胜，赢得好像很轻松。他一点儿门道没看出来，反而觉得打仗原来这么容易啊！年轻人气盛，这回一见到刘裕就提出要当先锋！
刘裕劝告他说：“孙恩的人打了几年仗，已经有很丰富的作战经验，不是好对付的。而吴地民兵没见过真正的大战，不是他们的对手。如果先锋失利，会导致全军战败，所以你的人最好还是殿后，做我军的支援。”但鲍嗣之不干，坚持要当先锋，还说刘裕不让他当先锋是害怕他立功或分了战利品。
刘裕和刘牢之不同，比较重视“人和”，为了和当地人搞好关系，只好勉强同意了。为了不让鲍嗣之误事，刘裕也进行了一些准备，在预设战场准备了大量旗鼓，布下了多处埋伏，不过因为兵少，每处埋伏不过几人而已。
第二天，交战开始，孙恩派一万人回击追兵，很快便与鲍嗣之的民兵交上了火，刘裕看准时机，布下的埋伏同时发动。于是，四面出现晋军战旗，鼓声震天，孙恩以为中伏，大惊之下慌忙后撤。鲍嗣之莫名其妙地得胜之后，更加坚定了自己的判断：刘参军果然是忽悠人的，孙恩的军队明明很好对付嘛！扬名立功的机会绝不能放过，追！
真是不怕龙一样的对手，就怕猪一样的队友。鲍公子的追击命令下达得如此之快，以至于刘裕都来不及把他拦下。他率领的海盐民兵一冲出刘裕的设伏地域，立即把兵力微弱的真相暴露无遗。回过神来的孙恩杀了一个回马枪，鲍嗣之和他的一千民兵全军覆没，鲍公子阵亡了！不仅如此，败势还牵动了后面的刘裕。刘裕不得不且战且退，部众损失不小，孙恩的大军步步进逼，眼看刘裕也难逃全军覆没的厄运了。
危急关头，刘裕的战术天才和极佳的心理素质再次展现了出来。退到最初交战的地点时，刘裕命部众停下来，收集战死者身上的衣甲兵器。这些都是要钱买的，可别浪费了！看上去非常从容不迫。本已稳占上风的孙恩又怔住了，不敢进逼。这段时间以来，他们吃刘裕的亏，上刘裕的当，次数已经太多了，因此每见到他有什么不寻常的举动，都会在心里犯嘀咕，该不会又有什么诡计吧？
片刻后，刘裕突然大吼一声，挥军反攻。已经得了“恐刘症”的孙恩军士大惊，以为又中计了，慌忙撤退。刘裕当然不敢紧追，等孙恩撤远，才率余部撤回海盐。此役因鲍嗣之误事，刘裕先胜后败，但是他临危不乱，处置得当，避免了全败的恶果，但也一时无力去支援沪渎了。
孙天师的选择果然是明智的，避开了刘裕的纠缠之后，战局大为改观。五月，攻克沪渎，大败晋军，斩守将吴国内史袁崧及其属下晋军四千余人，一扫与刘裕作战以来的晦气，取得自余姚之战后的又一次大捷。乘着军威大振，于隆安五年（公元401年）六月一日乘胜率水陆大军攻入长江，逆流而上，兵锋所向，直指国都建康！此时他的部众号称十余万人，乘坐在千余艘战船之上，浩浩荡荡，势不可挡。建康城里的大晋朝廷大为震动。
六月二日，建康及周边地区全部戒严，所有文武官员取消休假，在各自的衙门通宵值班。司马元显的急令一道道发出，显得有些手忙脚乱：一、冠军将军高素驻防石头城（建康城西北长江边）；二、辅国将军刘袭用木栅切断淮口（建康城西秦淮河入长江口），防止孙恩军战船突入秦淮河；三、丹阳尹（建康市长，当时建康属于丹阳郡）司马恢之在长江南岸、建康之北布防；四、桓冲的儿子，前吴国内史桓谦驻防白石（在今南京城西）；五、左卫将军王瑕等保卫皇宫；六、急调豫州刺史司马尚之从历阳调兵戌卫京城；七、调远在会稽的刘牢之入援，北上阻截孙恩军西进之师。
在这一堆防御措施中，最有分量的当然是调刘牢之北上，但此时刘牢之所率的北府军主力尚远在山阴（会稽郡治所，今浙江绍兴），缓不济急。油水不多时，刘牢之真是磨洋工啊！海盐的恶战，沪渎被攻克，已发生这么多事，他居然还一直待在会稽无动于衷，于是刘牢之便命在海盐的刘裕急速北上，阻击孙恩军，刘裕虽然兵少，毕竟距离近多了。
接到命令后，刘裕没有丝毫犹豫，立即离开海盐，率领那支不足千人的队伍，加快速度，不分昼夜地强行军，终于差不多与孙恩同时抵达丹徒。
【蒜山之战】
丹徒，根据史书上的一般记述在今江苏镇江市丹徒区，但细察其交战经过，说成京口其实更合适，用今天的标准来看，京口应该是丹徒市京口区。作为北府军的大本营，这里的守备原本不弱，但因为半年前刘牢之率北府军主力南下会稽，此时兵力非常空虚，如此强大的敌军突然迫近，守军个个人心惶惶，士气不高。当地百姓更是早早准备，将家里值钱的东西用担子一挑，紧盯着军队的动向，作好时刻出逃的准备。直到刘裕赶到，守军的士气才稍有振作。
当时在京口之北，紧贴着长江南岸有三座小山，由东到西分别是北固山（辛弃疾的千古名作《京口北固亭怀古》，就是在这里写下的）、蒜山、金山（就是《白蛇传》中法海老和尚的出家地点），其中以今天最没名气的蒜山最为重要。蒜山是个伸入长江中的小半岛，山下是连接江北的重要渡口蒜山渡。此山虽然不是很高，面积也不大，但四周坡度很陡，形势险要，山顶却较平坦，利于驻军。占据此山，北可以监控长江，南可以俯瞰京口，实是兵家必争的要地。
早在孙策、孙权兄弟坐镇京口（当时叫京城）时，蒜山就是重要的军事据点。传说在赤壁之战前，诸葛亮出使东吴，与周瑜在蒜山驻地会晤，面商抗曹之策。两人各自把想法写在手上，待写好一看，都是“火”字，就此定下了火攻曹操的计划，此地因此得名“算山”，后来不知怎么变成“蒜山”了。不过这个传说的可信度不太高。后来，由于蒜山的位置过于突出，所谓“堆出于岸，流必湍之”，随着长江水流对南岸的不断侵蚀，大约在南宋年间，绝大部分坍塌入江，只剩下了一块高十米左右的巨大石碛留在今天江苏省镇江市长江路边。
孙恩要取丹徒，蒜山这个制高点自然势在必夺！于是孙天师本人也身先士卒，率数万部众下船，鼓噪而上，抢夺蒜山，北府危在旦夕！刚赶到京口的刘裕已来不及做任何布置，也顾不得兵卒长途跋涉的疲劳，立即率几百部下和当地守军急登蒜山，与孙恩展开蒜山之战。