稳住这些不安定因素后，刘裕决定立即出兵。就在他准备出师前，曾因一席话让刘裕大为器重的参军王镇恶前来求见，献上了一条奇袭江陵，在最短时间内解决刘毅的计策，并自请担任先锋。刘裕听完王镇恶的建议，对他的计划大为赞叹，决定依计行事。随后，加授王镇恶为振武将军，以骁勇过人的龙骧将军蒯恩为副，拨出轻快战船一百条作为先锋。这支先锋队的人数不详，不过，假如轻快小船每条能载二十人，总数也不过两千人。临行前，刘裕吩咐：“你们到了荆州，要见机行事，如果一切顺利，刘毅没有防备就干掉他，如果事情不顺利，你们就设法烧毁荆州的战船，在江边等着我。好好慰劳百姓，让他们知道诏书、赦文和我颁发的文书，罪过只在刘毅一人，其余均可不问。”
于是，王镇恶率领这支小船队出发了，开始了一次最不像偷袭的偷袭。他们沿着长江逆流而上，不避生人，不怕招摇，不分昼夜地赶路，只在鹊洲、寻阳、河口、巴陵等地因逆风停留了四天。沿江关卡有人问起，就声称是兖州刺史刘藩的船队去荆州上任。进入江州后已经属于刘毅辖区，地方上的大小官员们早知道刘藩是刘毅堂弟，也听说过刘毅请刘藩来荆州担任副手的事，而且将来极可能把荆州传给他，那就是未来的顶头上司啊，面对这样的大领导，拍马孝敬都还来不及，谁敢阻拦刁难？因此这支船队一路无阻，非常顺利地穿越了刘毅的数百里辖区，于十月二十二日清晨抵达距离江陵城只有二十里的豫章口。
到达豫章口后，王镇恶命军士下船登陆，只留下二百人守船，每船两人，并在每条船对应的岸边竖起六七面旗帜，下面放上一只大鼓。布置好后，王镇恶吩咐留守士兵说：“等一会儿，你们计算我们已经走到江陵的时候，就给我玩命地敲鼓，让远处的人以为有大军正在这儿登陆。”同时，王镇恶又分出一支小部队，命他们去附近停泊了大量官民船只的江津渡口，让他们一听见鼓声响，就纵火烧船，尽情破坏。布置好这些吓人用的纸老虎后，蒯恩在前，王镇恶在后，率剩余士兵向江陵前进，沿途有人问，就告诉他们：“刘兖州上任来了。”
走到距离江陵城还有五六里的地方，正好碰上刘毅的部将朱显之率数十人出城公干。朱显之一看这个架势，忙问是什么人，得到是刘藩到来的回答后，又问刘藩现在在什么地方，王镇恶的士兵回答他：“在后边。”朱显之驰马向前奔，却没找到刘藩，心里已略感奇怪。又仔细一打量，见这些军人并没带酒肉礼品，却扛着梯子，紧握刀枪，行色匆匆，怎么看都和兄弟相会的喜庆气氛不沾边。片刻之后，听到豫章口方向隐隐传来了鼓声，江津渡口浓烟四起，朱显之猛然醒悟过来：偷袭江陵！这不是演习！
朱显之的反应是迅速的，他立即骑着马拼命向江陵城回奔。他跑得飞快，硬是抢先一步进了城，急命守军关闭城门，但为时已迟，城门刚刚掩上，还来不及上闩，就被王镇恶率军撞开。朱显之已经顾不得城门了，急驰入内城报告刘毅说：“外面突然来了一支大军，很可能是从下游上来的，现在已经到达江陵！江津的船只已经被烧掉了！”
这时，在江陵外城，刘毅的甲士一千余人已做好战斗准备。而在江陵内城，刘毅还有追随自己多年的心腹亲兵一千余人及刚刚统归属下不久的荆州军两千人。虽然没有防备，但仓促间仍有约四千人的军队可支配，人数至少是王镇恶的两倍，看起来，刘毅仍没有必败的道理。
【牛牧寺】
入城之后的王镇恶军行动非常麻利。蒯恩先入城，绕过城中击射堂，直攻内城东门。王镇恶稍后入外城东门，纵火焚烧外城的东门和南门，制造混乱，然后迅速绕到内城西门，与蒯恩东西夹攻江陵内城。攻城之余，王镇恶命士兵高声宣传：刘裕已亲率大军到江陵，罪过只限于刘毅一人，其他人只要投降，全都既往不咎！
刘毅治理荆州的日子还很短，在当地没有多少民望，荆州本地士兵并没有为他卖命的觉悟，又听说是刘裕亲自来讨伐，看看豫章口和江津的架势，误以为真有大军到来。那样，刘大帅肯定是凶多吉少了，还跟着他干什么？于是战斗持续到正午时分，这些人不是投降就是逃散，几乎一个也没留下，刘毅只好率领一千多亲兵退进内城，闭门据守。
王镇恶围住内城，向城内喊话，说刘裕率领的主力大军马上就到，让城里的人认清时势，赶快出来投降！同时，又派人将宣示刘毅罪行的朝廷诏书，赦免刘毅部下的赦书以及刘裕亲笔写给刘毅的劝降信送进内城。
愤怒已极的刘毅现在全明白了：好你个刘寄奴啊，原来这段时间你一直把我当猴耍啊！投降，向你投降吗？然后在你面前像狗一样摇尾乞怜，请求你宽大为怀，让我在你的看押之下苟且偷生？不！那不是我刘希乐的活法！
面对这些充满了谎言的文书，刘毅一个字也没看，统统一把火烧掉：刘裕！你可以打败我，但永远别想征服我！
因为刘裕此次的行动实在太突然了，很多人不明白发生了什么事。一向在人前显得亲密无比的刘裕和刘毅两位大首长，怎么就翻脸了呢？不是我不明白，这世界变化快！刘毅的亲兵多数还不太相信真是刘裕前来讨伐。
此时在江陵城中，有一个叫王桓的军官正在度假。他原是刘道规的部下，曾在前年保卫荆州的战斗中亲手砍下桓谦的人头，因而得到刘裕的特别奖赏，现在见王镇恶的军队入城，就带着十多名家丁主动赶来助战。因为他是江陵当地人，对城中的一砖一瓦、一草一木都非常熟悉，深知哪里是城防的薄弱环节。在他帮助下，王镇恶率军很快在内城东门旁约三十步的一段城墙上挖出一个大洞，然后由王桓带头，王镇恶的军队很快冲进了内城，激烈的巷战打响了。
因为原本都系出北府同门，刘毅的亲兵和王镇恶的兵士大部分是老乡，都是京口、广陵、建康一带的人，很多甚至彼此认识，沾亲带故。打着打着，突然发现是他乡遇故知，下手就不那么狠了，甚至有人相互打听攀谈起来。这一交谈不打紧，刘毅的亲兵们确认了一个消息：刘裕和刘毅果然决裂了！这次真是刘裕亲征！
在此时普通北府士兵眼中，刘裕已经快赶上神仙了，知道是和他为敌，大多斗志全消，再无心恋战。等战斗打到入夜一更时分，刘毅的亲兵大部分已经溃散，勇将赵毅战死，他只和朱显之等率领少量最忠诚的心腹老兵死守刺史府。
因为刘毅的军队差不多损失殆尽，已经没有翻盘的可能了，再加上天色已晚，王镇恶担心夜间战斗会引起误伤，也怕刘毅会乘着黑夜溜走，于是干脆命令士兵停止战斗，退回内城城墙。到达内城城墙外，王镇恶命人封住内城的东、西、北三处城门，故意放开南门，在外边设个口袋，等着刘毅钻。
刘毅也是在战场上摸爬滚打多年的人了，知道围三阙一是虚留生路，所以他并没有上当，而是决定乘着夜色，率最后的三百人尝试突围。三更时分，刘毅带着残部突击内城北门。守在内城北门的正是王镇恶本人，防守非常严密。刘毅发现强行突围不能得手，仅剩下的本钱禁不住拼了，便马上改变目标，转而突击内城东门。防守东门的蒯恩和他的军士白天奋战了一天，此时非常疲劳，稍稍有些松懈就纷纷睡着了，醒着的人不多，刘毅突然冲击，成功突围。惊觉过来的蒯恩和王镇恶都调兵来围追阻截，刘毅带着残部在江陵城漆黑的街道上奋力死拼，不知经过了怎样的苦斗，竟然冲出了江陵城，一路逃亡，来到城北二十里外的牛牧佛寺。
这时，极度疲劳的刘毅环顾了一下四周，才猛然发现自己已是孤身一人，连朱显之都不知在什么时候与自己走散了。一股前所未有的凄凉顿时笼罩了刘毅全身，难道我走到尽头了吗？他突然觉得，这地方似乎有点儿眼熟。对了，想起来了，几年前，自己正是意气风发的时候，指挥着数万大军，讨伐桓氏余党（多么怀念那个时代啊，如今已宛若隔世）。当时桓玄的一个堂弟，应该叫桓蔚吧，被自己打败，四处躲藏，就在这里追捕过他。
精神恍惚的刘毅走近牛牧寺，无力地叩响寺门。“吱”的一声，寺门开了一条缝，一个小和尚透过门缝朝刘毅看了几眼，连忙又把门关上了。刘毅大急，隔着门乞求说：出家人不是慈悲为怀么？就让我这个落难人进去歇一歇，吃点东西吧。小和尚在里面很有礼貌地回绝道：“对不住了，施主。一看你就是逃难的大官吧？几年前有个桓大人也逃到寺里，老主持收留了他。后来刘毅大人到了，说我们老主持窝藏逃犯，就把老主持给杀了，我们现在再也不敢收容陌生人了！”
如同在腊月天被当头浇了一盆冷水，刘毅觉得自己仿佛在一刹那被冻僵了！片刻后，他不由得苦笑起来：“得意之时，用法严苛，失意之日，无地留客！这大概就是佛家所说的报应吧？”他又看了看周围，发现不远处有棵歪脖子大树，知道自己已经找到归宿了，便带着突然放松的心，向那棵大树走去。
刘寄奴，我不会被你俘虏的……
【梦游症患者诸葛长民】
刘毅悬在树上的尸体是第二天天大亮后，被路过的乡民发现的。接到报告，原本因为刘毅逃脱而有些忐忑不安的王镇恶这才放下心来。随后，王镇恶下令将刘毅的尸身拖回江陵，在城中的集市上斩首示众，这次奇袭江陵的行动总算是圆满成功了。
在交战过程中，尽管王镇恶的武艺差劲，可也身先士卒，带头拼杀，据说他用的长槊在战斗中折断，自己更是身中五箭，不过可能是因为穿的盔甲比较好，没受什么大伤。取得的成果更惊人，仅用很少的兵力，进行了一天的交战，就灭掉了名震天下的大藩镇刘毅，留下了中国战争史上的一个经典战例。王镇恶从此异军突起，成为刘裕手下最耀眼的将星之一。
当初刘裕曾对王镇恶说过，如果行动不顺利可以在江边等着他，王镇恶在巷战中也让人一个劲嚷嚷刘裕所率的主力马上就到，但实际上，可能为了保障王镇恶顺利偷袭，避免过早惊动刘毅的探哨，刘裕进军的速度并不快，直到刘毅上吊的二十天后，也就是十一月十三日，刘裕所率的四万西征大军主力才到达江陵。从这个数字上看，刘裕显然是做了两手准备的，一旦王镇恶不成功，以这些兵力打一场大仗也绰绰有余了。
不过，既然王镇恶成功了，平定荆州已用不着打大仗，斗志昂扬的几万大军如果就这么空来一趟，一仗不打就回去，岂不是有点浪费国家财富？于是，刘裕决定趁热打铁，干脆趁着这个机会，把谯蜀一并解决掉算了！因为巴蜀远离建康，交通不太方便，现在留在建康城中负责后方事务的人又让刘裕不太放心，所以对谯蜀的讨伐，刘裕并不打算亲征。经过一番盘算，刘裕决定任命资历较浅，但文武全才的年轻将领朱龄石为益州刺史，担任讨伐军统帅，率刘裕的妻弟宁朔将军臧熹、龙骧将军蒯恩、下邳太守刘钟等将领，分出西征军的一半，即两万人，前往伐蜀。除此之外，又像《三国演义》中描写的诸葛亮一样，他写了一份详细的作战计划密封起来交给朱龄石，让他到了白帝城再打开，到时候按计划行事。
除了安排朱龄石伐蜀，刘裕在江陵停留期间还做了几件大事。首先当然是对刘毅集团残余人员的处理，这可是个技术活，就像做外科手术，高明的医生会精确地割除病变的脏器，尽量不损伤其他身体组织：刘毅的主要谋士大士族出身南蛮校尉郗僧施，一向不买刘裕的账，是刘毅最坚定的死党，这种人留之无用，“咔嚓”了事；另一个重要助手毛修之，原先与刘裕和刘道规兄弟都有交情，而且刘裕也爱惜他的将才，因此赦免不问；另外多数非核心幕僚，如文学家谢灵运等人，都被刘裕赦免并留用；刘毅的堂兄江夏相刘粹大义灭亲，有为西征大军提供粮草的功绩，加封滠阳县男，食邑五百户，其实等刘裕到达江夏的时候，刘毅早死数天了，傻瓜才会为他殉葬，给刘裕大军提供粮草是理所当然的事。王镇恶以此战的功绩也只是封汉寿县子，食邑五百户，刘粹得到的赏格几乎与其相当，刘裕的用意不问可知。安定人心的工作当然不能只限于上层，所以刘裕又顺势大幅度减免了荆、江二州的捐税，使两地民心大悦。
其次，既然已把荆州许给了司马休之，当然得说话算话。但让司马皇族无功受禄，凭空得这么大一块蛋糕，又觉得有点不妥。而且荆州过大过强，长期以来，荆州的掌控者常常成为左右朝政的权臣，本事差点的也能和朝廷分庭抗礼，俨然就是第二中央。如今的晋朝天下，刘裕即朝廷，朝廷即刘裕，他当然不希望荆州再次成为自己的掣肘，因此，削弱荆州的实力势在必行。他采取的措施是调整晋朝的行政区划，将荆州南半部十个郡，大致相当于今天湖南省的地方划出来，以长沙郡为治所，建立一个新州——湘州，与原荆州并立，形成今天湖北与湖南两省的雏形。
就在刘裕处理这些事物期间，有两封书信送到江陵，带来的不是什么好消息：建康可能要出事！
事情还要从那个留在建康负责后方让刘裕感到不放心的人说起。现任豫州刺史兼监太尉留府事诸葛长民，在听到刘毅战败自杀的消息后，感到了一阵兔死狐悲的哀伤。虽然以他的眼光早料到刘裕迟早会和刘毅翻脸，但刘裕动手如此突然和下手如此之狠，以及刘毅的下场之惨，仍让这位贪财好利的豫州刺史大为震惊。他简直不敢相信意气风发的刘希乐就这么没了！
如果粗略来看，刘毅的死和诸葛长民似乎没多大关系，因为他并不是刘毅的同党。实际上当初刘裕对付刘毅的挑战时还拉诸葛长民当过帮手，他的为人和刘毅也没多少相似之处，爱财但没有太大的权力欲，只想做一个快乐的贪官，好好享受到手的金银财宝、美色娇娃。原先诸葛大人以为，官到做时方恨小，贿到受时方恨少，贪婪是人类进步的阶梯。但等他真正到了职高位显、权倾一方的时候才发现，自己真是生不逢时，贪官也不是这么好当的啊！
要是如今还处在司马道子、司马元显或桓玄当政的时代多好啊，在那腐化堕落蔚然成风的“良好”氛围中，自己贪污受贿、巧取豪夺、掠人妻女、侵吞民产的业余爱好根本就不算什么事！可惜啊，现在是刘裕当政了，这个明明已经不缺钱却仍然只用葛布灯笼的土包子是提倡清廉政治的，而且不仅仅是口头提倡，还经常抓反面典型重加惩处！物伤其类，诸葛长民不可能不受触动。他现在激起的民愤已经很大了，可是要他就此收手，不贪不占，那份痛苦简直等于让他去死。像吸食了海洛因的瘾君子，虽然明知有害，但已欲罢不能。久而久之，这份煎熬让诸葛长民在晚上越来越睡不好觉。