攻下始兴后，刘藩等人得知了卢循正在围攻番禺的消息，在沈田子建议下，刘藩将兵力交付沈田子，让他率军南下救援番禺。晋军援兵到达番禺郊外，卢循闻讯，忙统军前来交战。沈田子学韩信的战术，背水列阵，大败卢循。卢天师只得率残部沿郁水（今珠江及其上游西江、邕江、浔江）向西逃命。孙处与沈田子合兵一处，继续追击卢循，先后在苍梧（今广西梧州市）、郁林（今广西贵平县西南）、宁浦（今广西横县）三次打败卢循。卢循部眼看要全被消灭了，不想孙处突发重病，晋军返回番禺。得到这个喘息的机会，卢循又死里逃走，南下袭占合浦（今广西合浦县东北），并从这里乘船下海，进袭交州。
此时交州的当家人是还未接到正式委任状的交州代理刺史杜慧度，一个才兼文武的厉害人物。
杜慧度的祖上原本是长安人，后移居交趾，到父亲杜瑗这一代，平定地方叛乱，又打败南方林邑国（统治今天越南南方的古国，又称占城或占婆）的入侵，之后世代统治交州，成为半独立的地方实力派。卢循占据广州时，以为杜瑗可作为援手，曾遣使通好，结果杜瑗斩杀其使者，从此双方结仇。
现在，卢循听说杜瑗死了，认为他儿子可能好对付一点，而且自己现在也没处可去了，于是，率领他已经不多的部众下海，穿过今天的北部湾，从红河入海口进入交州，逆流而上，直取交州首府龙编。杜慧度得知，率州中文武官员与当地武装共六千人在龙编东南的石崎给予卢循突然袭击，生擒卢循的长史孙建之。
此败之后，卢循的部众据说还有三千人，又会合了交州叛将李弈、李脱带来的俚、獠山民，凑起了八千人，兵仍不算少。于是卢循并不因石崎的失利而气馁，明知山有虎，偏向虎山行（只可惜他不是武松）！继续向龙编前进。
六月二十五日，卢循部逼近龙编南郊的渡口，一脚又踏进了杜慧度设下的口袋。两岸伏兵齐出，向河中央的卢循船队投掷燃烧着的雉尾炬。所谓雉尾炬，是以锋利的铁簇为芯，在后面绑上浸油的束草，再用铁皮捆扎，外形有点像放大的鸡毛毽子。一旦飞出去，一定是铁簇尖朝前，撞上敌船往往就钉了上去，而它的尾部已经是一团火，所以一旦钉上就几乎没法拔下来，用来近距离攻击木制的各种战船、车辆，非常有效。在满天飞舞的雉尾炬攻击下，不一会儿，卢循的船队便化成了河面上的火龙，部众完全溃散。
卢循也中了箭，又突围不得，知道这次是玩完了，要想不当俘虏，最好是自己了断。卢循是一个很讲究生活档次的人，虽然之前屡屡失败，手下只剩下几千人，但身边仍有一群娇媚的妻妾歌妓跟随，行军之余，仍可随意进出花丛中。现在他要走了，却没有徐志摩的洒脱，决心在挥一挥衣袖之余，也要带走他的花丛。卢循走进自己的座舱，先毒死妻子（大概就是孙恩的妹妹），然后招集姬妾们问：“我要自杀了，你们谁愿意跟我走？” 有的姬妾表示：“雀鼠尚且贪生，何况是人，自然还希望活下去。”有的则比较坚决：“官家都要死了，我们岂能独生！”卢循便先杀掉所有表示还想活的姬妾，然后投水自杀。至于那些表示愿陪他一起死的姬妾是否都跟着自杀，就不知道了。
战斗结束，杜慧度把卢循的尸首从水里捞了上来，砍去首级。连同卢循的父亲卢嘏、卢循的两个儿子，还有亲信阮静、罗农夫等人的人头一道送往建康，巡回展览。历时十二年的孙恩、卢循之乱从扬州开始，纵横大半个南中国，至此终于结束在遥远交州的土地上。
【刘毅一党】
义熙七年（公元411年）正月十二日，得胜还朝的刘裕回到了建康，在京城举办了盛大的阅兵，一时风光无限。朝廷锦上添花的马屁工作也适时迈上了新台阶：加授刘裕大将军、扬州牧，赐班剑卫士二十人。对此，刘裕的表现很谦逊，凡是给自己的加封全部请辞（反正那些官职早已有名无实，不管有没有那些职务，他都是朝廷的主宰），反而郑重提议，从优抚恤在北伐南燕和征讨卢循两次战争中死难的全部将士及其遗属，并特别提出，不能让一名战士埋骨他乡！责成他们各自的主将亲自负责此事，一定要把每一名阵亡战士的遗骨送回故乡！毫无疑问，这种充满人文关怀的做法，肯定会赢得晋军下层将士的广泛爱戴。他们很容易感受到刘大帅是自己人，刘大帅关心每个人的疾苦。
要得到中下层人的爱戴对刘裕来说并不算太难，但要得到上层士族和政界、军界其他元老的一致拥护，就不是那么容易的事了。因为他们中多数人也能很清楚地感觉到，刘裕和他们并不是一道的。
比如尽管身居高位的刘裕早已经不差钱了，但他依然保持着原有的生活习惯，那习惯说好听点是俭朴，说难听点就是寒酸土气。家居物品和乘坐的车马上，都没有他这个级别的高官早该有的金银装饰，住宅也没有配得上身份的豪华装修，办公桌是用泥灰抹砌的，灯笼罩是用下等人才用的葛布制成的，歌女舞妓一个也没有。总之，真是特没品位，明摆着和大家过不去！
不妨想想看，一个不上道的局长出入只坐桑塔纳，那么副局长就算再有钱，敢开宝马去上班吗？刘裕的这种生活习惯，甚至让他的孙子宋孝武帝刘骏也无法忍受。有一次孝武帝与几名官员去参观刘裕生前居住过的卧室，侍中袁趁机称赞刘裕的节省，希望能讽劝一向挥金如土的刘骏节制一些。刘骏不以为然，说出一段数典忘祖的高论：“他的出身不过一个田舍翁，能用到这些东西已经有些过分了！”潜台词是：“我们可是龙子龙孙，当然要享受享受！”
如果只是出行不能开宝马，那也能忍了，但刘裕接下来执行的一些政策，无异于直接把刀劈向了士族的核心利益。例如当时会稽郡余姚县有个叫虞亮的豪族，因藏匿私口一千余人，被人告发，刘裕下令将虞亮斩首，连时任会稽内史的皇族司马休之也以失察罪被免职。用大量不向政府申报的私匿人口来充当本家的部曲或佃客，是大士族势力能够长期存在的基础，所以私匿人口这种事虽然不合法，但要细究起来，大士族几乎人人有份，刘裕难道要一一追究？要放在过去，虞亮那点儿事，就算被人揭发，处理结果顶多也就是个严肃批评、下不为例！岂有因为这点事就砍脑袋的道理？而且眼看刘裕的权势越来越大，越来越专横独断，谁敢说他没有当年桓玄的野心？因此，于公于私，都必须组成一个能制衡刘裕的集团。只是谁能担当这个集团的首脑呢？
最佳人选自然是刘毅。虽然在刘裕击破卢、徐之后，其巨大的军功和声望已经使打了败仗的刘毅完全无法望其项背，但即便如此，刘毅仍有自己的强项：他是一位有贵族品位（虽然不是贵族出身）的知识分子，与朝中多数上层士族更有共同语言，所以与他们的关系也始终比刘裕密切。这些上层士族们既不愿看到以刘裕为首的寒人新贵侵蚀他们的既得利益，也不愿意看着秉持铁血政策的刘裕一步步取代软弱可欺的司马皇家，那就只能将希望寄托在刘毅身上了。声望剧减的刘毅虽然已经算不上一张好牌，但除此之外无牌可打！在这些与刘毅结成政治盟友的士族大佬中，最重要的有两个：尚书仆射谢混和丹阳尹郗僧施。
谢混，字叔源，小字益寿，一代名相谢安的孙子。他的父亲便是在千秋亭之战中死于孙恩之手的谢琰。秉承谢家优良的遗传基因，谢混是一位气质型的才子加帅哥，很早就有美誉。有一次谢混与他的从侄谢晦一同拜见刘裕，刘裕称赞说：“不想一下就来了两位玉人！”提到文才，谢混更是号称当时的江左第一。他的仕途也比较顺利，尚晋陵公主，当上驸马爷，历任中书令、中领军、尚书左仆射，成为大士族陈郡谢氏的新生代领袖。不知道谢混和刘毅是什么时候套上的关系，但显然交情不浅，类似于王谧和刘裕。刘毅曾两次想把他扶上宰辅大臣的宝座，都因刘裕阻挠而失败，可想而知，谢混与刘毅结盟的立场是很明确的。
郗僧施，字惠脱，是桓温首席谋士郗超的侄子，因郗超无子，便将郗僧施过继为己子。郗超死后，袭爵为南昌郡公。少年时与王绥、桓胤齐名，先为宣城内史，之后又补授为丹阳尹。与刘毅相识后，两人一见如故，很快结成密友，嘴巴经常跑火车的刘毅曾感慨：“当年刘备遇上诸葛孔明，自谓如鱼得水。今天我与足下相遇，虽然才非古贤，但境遇何其相似啊！”
可能正因为有这些名门士族的支持，刘毅没有因为桑落洲的惨败而学会低调做人，嚣张的态度一如既往。在朝廷为刘裕庆功而举行的西池宴会上，刘毅当众赋诗曰：“六国多雄士，正始出风流。”把战国时的武将们和曹魏时的“竹林七贤”相提并论，暗指自己战功虽然不如刘裕，但才学过之，总评起来并不逊色。刘裕西征卢循期间，刘毅受命坐镇建康，理论上应该掌握后方全权，但刘裕又留下了刘穆之，不难想象，他们之间的合作是很不愉快的。所以刘裕刚从前线回来，刘毅便装出关心老朋友的样子来拜访刘裕，悄悄提醒说：“刘穆之官不大，权力却不小，到处伸手，刘兄，你可得小心防着他一点！”
刘毅大概不知道什么叫疏不间亲，以他的身份说刘穆之的坏话，会有用吗？果然，刘裕听了这段话后内心的想法是：刘穆之确实是最值得信任的人！从而与刘穆之更加亲密。同时，另一点认识也渐渐明确：刘毅没救了，他终究不可能成为我忠实的属下。那么，对于这种不能用又不安全的人应该怎么办？
一千多年前，著名诸侯郑庄公曾对此种问题有过经典的解答。当时郑庄公的母亲很讨厌他，却极喜欢他的弟弟姬段，一心想搞掉庄公，把姬段扶上国君宝座。姬段因为有母亲这个内应，也野心勃勃，对大哥的位置虎视眈眈。郑庄公采取的对策是假装示弱，有意放纵姬段，让他因得意忘形而胡作非为。等姬段把能得罪的人都得罪了，该捅的娄子也都捅了，庄公收集到的罪状也够得上从严从重了，这位大哥便突然翻脸，拍案而起，大兴“正义”之师，“合理合法”、轻而易举地干掉了姬段。
刘毅一向自高自大，易于与人结仇，并且睚眦必报，从无既往不咎的雅量。如果放手让他任意行事，肯定是整完旧仇整新怨，最终站到多数人的对立面。与郑庄公相比，这是一个比姬段还要合格的目标。因而不管刘裕是否了解郑庄公收拾老弟的典故，他都采用了相近的手法来对付刘毅，也算英雄所见略同吧。
【欲擒故纵】
此后不久，刘毅便重获显职，任豫州刺史并兼督江州。每有意见和刘裕相左时，只要不涉及要害，刘裕一般都顺从他的意思，对于刘毅有意无意地冒犯和时常做出的违规行为，大多都装作没看见。刘毅果然是有三分颜色就敢开染坊的主，面对刘裕的退让，好像很快就忘记了自己败军之将的身份，越来越骄横。
义熙八年（公元412年）四月，刘裕的三弟荆州刺史刘道规因为身患重病，向朝廷上书请求退休，并获得批准，三个月后，刘道规病逝。这样，荆州刺史这个要职就空了出来，刘裕一翻盘算之后，将这个职务给了刘毅。荆州是东晋最富最强的州之一，东晋历史上好几位声名显赫的权臣，如王敦、桓温再加上楚帝桓玄都出自荆州，因而荆州刺史自然也是个诱人的职务。当初在第二次桑落洲会战前，刘裕为了让刘毅听他指挥，开出的价码正是事成之后让他当荆州刺史。当时刘毅不干，这笔生意没能成交。现在刘裕仍把荆州给了刘毅，从表面上看，颇有以德报怨的君子之风。
不过，就连孔夫子都说过：“以德报怨，何以报德？以直报怨，以德报德！”何况是心胸没有孔夫子宽广的刘裕。所以刘裕在这一任命的背后是隐藏了深意的。一方面当然是进一步助长刘毅的骄恣，麻痹他的神经；更重要的一方面是分割刘毅集团，便于将来各个击破。刘毅的支持者主要集中在中央的高等士族中，在地方上的拥趸并不多。
刘毅原来的主要职务是豫州刺史兼都督豫、江二州诸军事，其驻地不在历阳（今安徽和县），就在姑孰（今安徽当涂），距离建康都只有几十里远，如果骑马，一天之内就可以跑个来回。如果算上刘毅的堂弟，坐镇广陵（今江苏扬州）的兖州刺史刘藩，刘毅集团的势力实际上已从东西两面紧紧围住了建康，再配合上建康朝中的谢混等同党，形成一个紧密联系，反应灵活的布局。显然，这使得刘毅不管是要防备刘裕对他的突然打击，或是发动政变推翻建康城中的刘裕，都十分便利。
现在任命刘毅为荆州刺史，虽然表面看起来是加强了刘毅集团的实力，但同时也让刘毅从近在咫尺的姑孰迁到数千里外的江陵，远离了主要支持者，刘裕可以从容谋算他的同党，刘毅无法作出迅速反应。总之，天上是不会白掉馅饼的！
刘毅似乎没想这么多，他接到这块大馅饼后，首先想到的是如何用它来收拾自己看不顺眼的人。他去找刘敬宣，端出一副黄鼠狼般灿烂的笑脸，无比真诚地给鸡拜年：“我现在蒙朝廷错爱，授予荆州刺史，责任重大啊！如无有能力的帮手恐怕不宜干好。现在想委屈老兄担任南蛮长史，老兄肯帮这个忙吗？”
刘敬宣不是傻子，当然知道刘毅的目的是要公报私仇，所以等他一离开，忙去求救于刘裕。刘敬宣是刘裕最忠实的支持者之一，私交甚好，刘裕自然不能对此无动于衷，于是，他笑着对刘敬宣说：“我一定会让老兄平安无事，只管放心好了！”稍后，朝廷突然下诏，任命刘敬宣为北青州刺史，接替羊穆之，治理南燕故地，使得刘毅的打算再一次落空。作为刘裕的铁杆同党，刘敬宣能够屡屡逃脱刘毅的谋算，其他人就没有这种好运气了，比如前不久已经倒了霉的江州刺史庾悦。