桓玄，字敬道，桓温的幼子。传说他的母亲马氏有一次和闺中密友在夜里纳凉赏月，天上突然掉下一颗陨石，落在旁边装水的铜盆里。她凑近一看，是一枚直径两寸大的珠子，晶莹剔透，十分漂亮。马氏见了十分喜欢，就把它一口吞了下去。然后马氏按既定程序怀孕、生贵子、生子时有光照室，故又给这个儿子取小名灵宝，总之是一则老套的政治神话。
据说桓温非常喜欢这个小儿子，临终立他为嗣子，承袭南郡公。桓玄七岁时，一次荆州的文武官员来拜见桓冲，桓冲摸着桓玄的头说：“这些人都是你父亲的老部下。”因为桓温的丧期刚刚结束，桓玄触景生情，失声痛哭，涕泪满面，场面感人，也给桓温的旧部下们留下了深刻的印象。桓冲对这个侄儿也很宠爱，甚至超过了自己的儿子，还常指着自己的座位对众人说：“等灵宝长大，我要把这个座位还给他。”
但没等桓玄成年，桓冲就病逝了，没能兑现承诺，桓家在朝中的地位大降。因为桓温晚年把朝廷欺负得够戗，所以司马道子掌权后，把桓玄也当做重点防范打压的对象，尽管他“形貌瑰奇，风神疏朗，博综艺术，善属文”，总之，风度不凡，多才多艺，而且又门第高贵，但一直未得重用，直到二十三岁，才当了个太子洗马。太子洗马，并不是太子马厩的清洁工，“洗”是“先”的通假字，表示在太子的马前驱驰，即太子的侍从，一个秩比六百石的小官。后来又拜他为义兴太守，相较于桓玄的出身名望来说，这仍是个太小的官。因此桓玄觉得很掉份，叹道：“父为九州伯，儿为五湖长！”心里极为不满，于是干脆炒了公家的鱿鱼，弃官回了荆州。因为桓温的威名业绩，桓家在荆州树大根深，门生故吏遍布，所以桓玄尽管没什么官方职务，但在荆州的实际影响力却在刺史殷仲堪之上。
杨佺期，弘农华阴人，东汉太尉杨震的后代。从杨震开始连续七代都有名德，是牌子很老的资深大士族。如果按照杨佺期自己的看法，杨家的门第尚在江南两大顶级豪门琅琊王氏和陈郡谢氏之上。可惜杨家因为过江太晚，又曾出仕伪朝，东晋各大士族都不买杨家的账：肥差美缺就这么多，我们都还不够分哩，你这个新来的还想插前边吗？到后边老实排队去！结果“杨家第一”的观念就只能存在于杨家人的脑海中，上不了晋帝国的中央文件。像桓玄这样的人，甚至认为杨家属于寒门！
对此杨佺期感到极为愤慨，他沉勇果敢，素以善战闻名，与哥哥杨广、弟弟杨思平都是强犷粗暴之辈。当他每一次感受到其他豪门的白眼时，都慷慨切齿。这成为他前进的动力，为了找机会光大门楣，他参与了淝水之战后的北伐，屡建战功，虽然没能让别人认可杨家的门第，但也让很多人认为，杨佺期同志，还是比较能战斗的。
这两个人并不团结，但他们有共同点：都对现状极为不满，想要找机会往上爬，官位都在殷仲堪之下，能力都在殷仲堪之上。殷仲堪让杨佺期和桓玄互相牵制，勉强维持仲裁人的位置。
桓冲的儿子桓修在朝中担任左卫将军，他向司马道子献计说：“西路的叛军可以不征而定。殷仲堪、桓玄等人之所以敢兴兵东下，完全是仰仗着王恭和北府军，现在王恭已经失败，他们的惊慌沮丧自然不用说了，这个时候如果以重利诱惑桓玄和杨佺期，靠他们两人就可以摆平殷仲堪。”
于是，朝廷下诏，发布了一系列人事任免令：一、任命桓玄为江州刺史，代替已当了俘虏的王愉；二、任命杨佺期为雍州刺史，原雍州刺史郗恢调回中央任尚书；三、任命桓修为荆州刺史，由刘牢之派军一千护送上任；四、原荆州刺史殷仲堪降为广州刺史。今天广东比湖北富多了，但在东晋时恰恰相反。当时的广州刺史是刁逵，就是当初把欠债的刘裕抓起来打的大债主，此次人事命令中却没有说殷仲堪如到任，刁逵要怎么安排？可见，司马道子父子其实压根没打算让殷仲堪就任。
殷仲堪得到诏书后，又惊又怒，催促桓玄、杨佺期二人赶快进兵。但桓、杨二人本来就是为了出人头地才出来玩命的，此时都生了二心，殷仲堪已经指挥不动他们了。殷刺史发现势头不对，也不通知桓、杨二人一声，就带着自己的直属部队撤走。殷仲堪一边撤，一边还放出风声警告驻扎在蔡洲的桓玄、杨佺期部众，让他们尽快解散回荆州，如果不回来，他回到江陵就要杀他们的家属。桓玄、杨佺期的部众顿时人心浮动。两人大惊，只好狼狈西撤，追赶殷仲堪，直到寻阳才追上。
此时，三个人都冷静下来：大家已经是一条线上的蚂蚱了！现在万万不可以自相残杀！于是，尽管三人之间已无信任可言，但还是达成了合作协议，互送子弟为人质，结成三方同盟，并推桓玄为盟主。盟约签订以后，三人发表了一份联合公报，公报的主要内容如下：一、替王恭鸣冤，要求严厉惩办刘牢之和司马尚之；二、上疏强调殷仲堪无罪，不该被降职；三、部分接受朝廷的人事命令，即桓玄任江州刺史、杨佺期任雍州刺史两项。
虽然战局已经逆转，但司马元显觉得此时兴兵西讨也没有必胜的把握，而且就算成功除掉已经削弱的昌明党，却养大一个刘牢之，恐怕也不是什么好事。于是，朝廷与三方同盟经过一番讨价还价，互做让步，三方同盟放弃第一条要求，朝廷也不再降殷仲堪的官，双方终于达成了停火协议，第二次“昌道内战”结束。
在这次内战期间，还发生了一件看上去似乎无关紧要的小插曲：有一位叫孙泰的宗教界人士当时在新安（今安徽歙县）当太守，以为国赴难、讨伐王恭的名义，利用他是五斗米道教主的有利条件，聚集起私兵数千，欲图大事。司马元显怕他尾大不掉，派人将孙泰和他的六个儿子诱杀，只有一个侄子侥幸逃脱，率一百多名铁杆教徒逃入海岛，发誓报仇！孙泰这个侄子的名字，叫孙恩。
【元显扩军】
成功战胜了昌明党的东西夹攻之后，司马元显意气风发，身边很快聚集了一帮马屁高手，对着他一个劲地摇尾巴，把他吹捧成古今少有的天才少年，运筹帷幄，决胜千里的英明统帅。司马元显也自认为普天之下，舍我其谁了，干脆乘老爹司马道子在府内醉生梦死的机会，让晋安帝下诏，免去他的司徒、扬州刺史职务，由自己接替，正式取代了老爹，成为道子党的第二代党首。司马道子好容易酒醒，才发现自己已经不用去上班了，虽然他早就没上班了，勃然大怒，但也无可奈何。
作为道子党的后起之秀，自信心超过了实际能力的司马元显认为：这次危机虽然借刘牢之之手杀掉王恭而得以化解，但他不相信刘牢之对朝廷会有多忠心，藩镇强过朝廷的危机根源并没有改变，要摆脱地方武力对朝廷的威胁，当务之急要大力加强中央直辖武装力量的建设，如果拿不到别人的枪杆子，就得自己打造一把枪杆子。
于是，他决定让三吴一带的“免奴为客”者“自愿”到建康充当军户，增加中央政府控制的军户数量。因为是“自愿”，所以号称“乐属”。所谓免奴为客，是指曾为奴隶，得到部分解放，上升为半自耕农的人，他们虽然已有一定人身自由，但仍依附于原主。之所以选择三吴，是因为此时东晋虽然不小，但强藩林立，朝廷号令真正有效的地方，除了国都建康，也就剩下三吴之地了。
这道命令一下，司马元显捅了一个大大的马蜂窝，遭到三吴民众上下一致的反对，不但没能建立一支强大的新军，反而引发了东南的大乱，也使笼罩在他身上的“神童”光芒丧失殆尽，露出了镀金的本色。
当地地主反对很正常，夺走他们的依附民，就如同直接割他们的肉。免奴为客者为何也不愿意呢？难道他们不喜欢自由？要弄清楚这究竟是什么原因，需先回顾一下古代的士兵究竟是用怎样的方法从老百姓中挑选出来的。
中国古代的兵制经历了非常复杂和漫长的演变过程，如果用一句简单的话来概括，那就是在征兵、世兵、募兵三大基本制度之间反反复复。
西汉实行的征兵类似于今天的“普遍义务兵役制”，凡年满二十三岁的成年男子，都要服两年的兵役。这两年兵役也是有区别的，第一年在郡国的地方部队，这一年的任务除了客串警察，维持地方治安外，还相当于干一年的实习兵。像今天的大学一样，实习军校也是分专业的，有材官（步兵）、骑士（骑兵）、楼船士（水兵）三种。每年到秋天的时候，进行毕业考试，称做“都试”。第二年从地方毕业，转为中央军，或卫戍京师或驻守边境。不过这个顺序并不是固定的，假如遇上大规模战争，国家也会临时征召大批士兵，不受两年服役期的限制。显然，这套制度要能够有效实行，中央政府必须强而有力，统有完善的地方各级政府，国家能够有效掌握户口。
后来王莽篡位，光武中兴，天下经过十多年的混战后重归一统，东汉王朝建立。因为王莽当政期间，有不少地方武官利用“都试”的机会起兵，如西汉居摄二年，即公元7年，东郡太守翟义与郡都尉刘宁等借地方兵“都试”之机起兵反莽。与此同时，由于经历了战乱，国家的经济状况不容乐观，也需要休养生息，在以上两个因素的推动下，光武帝刘秀对兵制进行了调整，其目标是：大力压缩地方部队，只保留中央军，强干弱枝。建武六年（公元30年），撤销了各地的武装部，“诏罢郡国都尉，并职太守”，建武七年（公元31年），又取消了地方的实习兵，“罢轻车、骑士、材官、楼船士及军假吏，令还复民伍”，既然没了考生，考试自然就变得不必要了，因此“都试”也就跟着取消了，地方武官挟兵造反的可能性在相当一个历史时期内被消除了。
没有地方部队，地方的社会秩序如何维持，发生骚乱怎么办？刘秀的方案是，对豪强地主发展私人武装采取默许和纵容的态度，让他们来顶替地方军。今天的西方各国政府，倘若感到钱不够花，要想削减政府开支时，最常用的一招就是将国有企业私有化，而刘秀也正是这样干的。大概在光武帝看来，豪强地主与东汉帝国政府的根本利益是一致的，由他们从依附自己的农民中组织部曲私兵，不但可以代替地方部队，为国家省一大笔钱，而且因为他们的规模都很小，毛毛虫掀不起大浪，也比原来的地方部队安全。
但从长远来看，刘秀的改制造成了很多不利影响。一方面，因为取消了实习期，中央军士兵未经培训就上岗，职业技能没法不下降。这一点在刘秀时代还看不出来，因为那时的汉军将士都是追随光武帝打天下的百战劲旅，但随着时间的推移，中央军的虚弱越来越明显。另一方面，豪强地主的私人武装因不受服役期的限制，其经验技能的积累往往胜过正规军，由于在冷兵器时代，武器的作战效能和价格的落差是比较小的，导致政府军的装备通常差于私人武装，官兵对私兵的优势逐渐丧失，为即将到来的军阀割据奠定了基础。
东汉末年，在“苍天已死，黄天当立”的口号声中，东汉中央政府的威信与军力一起扫地，中央军的无能让私人武装获得了急剧发展的机会，例如我们熟悉的曹操、刘备、孙坚等人的初始军力都是私人组建的，非国家的编制军队。当这些私人武装升级为军阀集团后，尽管他们往往已拥有了合法的官爵职位，控制着大片的州郡土地，但已无法按照原有的征兵制度为自己征募士兵了。这是因为天下分崩，兵连祸结，导致人口锐减，剩余百姓也往往不入坞堡，便成流民，都不在原来住的地方了，原先合法的基层政府机构全都消失无踪，这兵还怎么征？