这是一个极具组织才能和领导才能的总经理，他关心爱护下属，理解信任下属，善于发现人才价值，挖掘人才潜能，并且赏罚分明，与部下同舟共济、荣辱与共。他虽然出身豪门士族，却较少门第偏见，于是，北府便成为了当时人才的汇集中心。著名的人才有：彭城刘牢之、东海何谦、琅琊诸葛侃、乐安高衡、东平刘轨、西河田洛、晋陵孙无终等，这些人基本上都出身寒门，但都被谢玄以不计贵贱的态度委以重任，这在东晋帝国的其他政府部门几乎是不可能的。这些人才中，最重要的人才是刘裕的老乡和未来的老领导刘牢之。
正是有了谢玄这个一流的CEO，吸引了大批良将加盟，再加上京口、广陵一带大量武装流民作为高素质兵源，强强联合，北府军，这支两晋时代最强的职业化雇佣军，便在很短的时间内奇迹般地缔造出来了。
北府军成立不到两年，就迎来了第一笔大业务。
晋太元三年（378年）八月，前秦主苻坚命兖州刺史彭超、后将军俱难、洛州刺史邵保等率七万大军攻晋。第二年，前秦军攻克盱眙，生擒晋高密内史毛璪之，又在堂邑（今江苏六合）大败晋军，东晋举国危机。危难关头，方显英雄本色，谢玄、刘牢之等率领的北府军集结停当，从广陵出发，只用了短短半个月时间，经过三阿、盱眙、淮阴、君川四次会战，北府将士们连败秦军，取得了全歼前秦彭超、俱难七万余人的辉煌战绩！彭、俱二将仅逃一命。这是晋军继桓温首次北伐之后获得的对前秦作战的最大胜利，虽然比起几年后将要发生的战争来，这次胜利仍然只能算小巫。
这次战争发生的时候，刘裕只有十六岁，他肯定还没有投军。但不知不远处金戈铁马的回响是否曾激荡起少年不平静的心？当他带着崇敬的心情挤在人群中，看着凯旋的北府军勇士列队入城时，有谁能想到，宿命中他将成为这支英雄军队的主宰！
【昌道内战】
太元八年（公元383年），北府军取得了淝水之战的空前大胜，但东晋王朝却没能随之进入一个中兴时期。谢安、谢玄不久都受到排挤并相继逝世。晋朝的大权由孝武帝司马曜和他弟弟会稽王司马道子执掌。
孝武帝司马曜，字昌明，晋简文帝司马昱之子。传说母亲李陵容在怀他的时候，梦见神仙指示：你将生一个男孩，以“昌明”为字，他的名字便这样定了下来。后来简文帝突然想起自己早年曾看到过一条谶语：“晋祚尽昌明！”有一种恍然大悟的感觉，但仍不敢违背神仙的意志，只得流泪叹息说：“天意！天意啊！”不过这条谶语并不准确，晋朝的国祚在昌明之后还延续了两帝。
李陵容在生下司马曜两年后，又生下第二个儿子司马道子。这两兄弟都是小时了了的类型。司马曜早年聪慧，谢安曾称赞他“精理不减先帝”，等到亲政，“威权己出，雅有人主之量”。司马道子少年时也很聪明，“少以清澹为谢安所称”。谁知一旦掌握了大权，他们就像路过玩具店的男孩，先前哭着、吵着、闹着一定要到手的玩具，等真正到手之后却又不爱惜了。孝武帝司马曜终于当上了晋帝国名副其实的董事长之后，就当起了甩手掌柜，将大部分业务交给了总经理弟弟司马道子，自己把精力投入到喝酒、拜佛、泡美眉的工作中去了。司马道子的工作比哥哥更加繁重，除了喝酒、拜佛、泡美眉之外，还得干贪污受贿、卖官鬻爵等业务。
东晋帝国的政坛在这两位大佬的“英明”领导下，迎来了一个群小乱舞的侏儒时代，据《晋书》记载：“官以贿迁，政刑谬乱。又崇信浮屠之学，用度奢侈，下不堪命。太元以后，为长夜之宴，蓬首昏目，政事多阙。”
人们往往崇拜英雄，但英雄并不是凭空产生的，要由时势来创造。需要英雄的时代，常常是不幸的时代。而让刘裕崛起的这个不幸时代的奠基人，正是司马曜与司马道子。
因为孝武帝长期不管事，把权柄交给司马道子，司马道子得势之后狐假虎威，自我膨胀，渐渐让孝武帝感到不满。更重要的是，两兄弟挤跑了谢家之后，已经没有了共同的对手，按照政治力学的原理，也该向着兄弟反目的长远目标发展了。因此，两兄弟之间的矛盾从无发展到有，从小发展到大，孝武帝不再完全放手，开始设法打压司马道子的势力。如此一来，东晋政坛逐渐形成了以孝武帝为首和以会稽王为首的两大派系，这两大派系对东晋后期的历史产生了深远的影响。因为唐朝有“牛党”和“李党”互斗，明朝有“阉党”和“东林党”竞争，为叙述方便，姑且将这两派称为“昌明党”和“道子党”。
由于孝武帝的后知后觉，道子党已在朝廷中占了大多数，他虽握有最高决策权，但也投鼠忌器，只能用旁敲侧击的方法来对道子党加以限制。
太元十五年（公元390年）二月，孝武帝乘京口出缺的机会，任命昌明党骨干王恭为都督青、兖、幽、并、冀五州诸军事，青、兖二州刺史，在要地京口布下了一枚重要棋子。接着，太元十七年（公元392年）十月，道子党的荆州刺史王忱病死。经过一番幕后较量，孝武帝将昌明党的另一骨干殷仲堪任命为都督荆、益、宁三州诸军事，荆州刺史。这样，京口和荆州两大地方集团都被忠于孝武帝的昌明党控制。
眼看昌明党渐渐趋于上风，局势却突然发生了让人意外的重大变化。太元二十一年（公元396年）九月，晋孝武帝司马曜突然遭谋杀身亡。第二天，十五岁的太子司马德宗继位，史称晋安帝。
很多人都知道西晋出了个白痴皇帝司马衷，曾经对吃不上饭的饥民为何不吃肉而大感困惑，但假如对中国历代皇帝进行一次IQ排行的话，司马衷也只能屈居倒数第二，倒数第一的宝座是我们司马德宗陛下的。
司马衷至少还能问蛤蟆是为公家叫还是为私人叫，证明他产权意识很强，而司马德宗直接就没学会说话；司马衷至少还知道吃肉也能填饱肚子，而司马德宗连冷热饥饱都不能区分，喝水、吃饭、睡觉、起床这些幼儿园小朋友都掌握的技能也靠别人服侍才能完成，否则就得饿死、冻死。毫无疑问，对权臣来说，再也找不到比这性价比更高的橡皮图章了！
九月二十三日，司马道子升任太傅、扬州牧，赐黄钺，总算拿到这把斧子了。朝政尽归司马道子。双方对弈至此，可以说，在中央，道子党大获全胜；在地方，昌明党独领风骚，正在酝酿着反攻。
隆安元年（公元397年）四月七日，王恭正式上表，列举道子党大佬王国宝的罪状，请求清君侧，荆州的殷仲堪也在桓玄的鼓动支持下，响应王恭。
司马道子不敢对抗两路大军，又见王恭的矛头指向的是王国宝而不是自己，决定丢车保帅，派谯王司马尚之逮捕王国宝及其同党王绪，移送廷尉审判。四月十七日，即王恭声讨王国宝十天后，朝廷下诏赐王国宝自杀，王绪斩首。同时，司马道子派人去向王恭赔礼道歉，王恭乘机来个一劳永逸，便收兵回京口。另一方面，荆州刺史殷仲堪虽然响应王恭，但他胆小怕事，一直干打雷不下雨，并不敢真正出兵，等听说王国宝被杀了，才威风凛凛地挥师东下，司马道子连忙又写信道歉劝阻，殷仲堪赚足了面子，班师！
这一轮的斗争以道子党的大败告终，不过细察经过，可发现双方的水平也就只是在一群笨蛋之中比较谁更笨而已。此时的东晋领导层，可以说是自东晋建立以来水平最低的，这种状态不可能维持太久。
低头服软总不是一件让人愉悦的事，司马道子的妥协退让，激起了道子党内一位新秀的愤慨，那便是司马道子的世子司马元显。比起只在喝酒、睡觉方面比较有心得的父亲，实际年龄只有十五岁的司马元显聪明机警，英锐果敢，虽然只是初三学生的年纪，但因为是皇族，已经官居侍中。他向父亲进言，认为王恭与殷仲堪一定会成为大患，这次我们虽然借王国宝的脑袋躲过了初一，怎么能躲过十五？不可不在暗中加强戒备。
司马道子是个没什么主意的饭桶，又刚刚损失了最得力的二把手，一听司马元显说得好像很有道理，就把这个任务交给司马元显了。隆安元年（公元397年）四月，司马道子任命司马元显为征虏将军，中央的警卫部队和徐州的文武官员都配属给了他。
除了司马元显外，王国宝死后司马道子最信任的人是负责逮捕王国宝的司马尚之和司马尚之的弟弟司马休之。司马尚之曾向司马道子建议说：“如今各地藩镇强大，而中央弱小，宰相权轻，相王应该挑选最亲近的人，在外边建立起忠于自己的藩镇。”司马道子深以为然，经过一番筹划，采取了第一个重大措施：任命王国宝的哥哥王愉为江州刺史，以防备荆州的殷仲堪。
江州的治所在寻阳（今江西省九江市），是一个大州，辖区根据时间段的不同一般在十到十一个郡，其范围大致相当于今天的江西、福建两省，较之地广兵强的荆州，还是差一些。为了加强王愉的力量，司马道子又自作聪明地调整了东晋的行政区划，将豫州的四个郡划给江州。
结果他这一举动很快引起了豫州方面的强烈反弹，豫州刺史庾楷勃然大怒：你要提拔王愉是你的事，凭什么从我的盘子里切蛋糕！上疏抗辩说：“江州不过是内地，不用太多防卫，而西府（指历阳，今安徽省和县，当时是豫州的治所，此处代指豫州）北临后燕、北魏，与强大的敌寇相连，不能被削弱！”因为庾楷本也是属于道子党，所以司马道子才放心大胆地削减他的地盘，现在看到他的上疏，不觉一愣：老庾啊，你是真糊涂还是装糊涂啊？江州需不需要防备你还不懂吗？于是不答应庾楷的请求，该割还是割了。
庾楷是一位拥有很强维权意识的刺史，立即改换门庭投靠了昌明党。隆安二年（公元398年）七月，庾楷派儿子庾鸿为使去见王恭，游说王恭说：“如今的司马尚之兄弟，专权为祸超过了王国宝！现在就开始假借朝廷的权威削藩，先是豫州，今后还指不定轮到谁呢。趁现在他们的阴谋还没有蕴酿成熟，我们应该早做打算。”王恭对庾楷的看法非常赞同，立即派人去通知殷仲堪和桓玄。殷、桓二人也表示同意，并公推王恭为盟主，约定一同发兵进逼京城。
王恭的决定遭到了手下大将，当时北府军的实际领袖刘牢之的反对：“将军您是国舅，会稽王是天子的叔父，本是一家人。而且会稽王秉政以来，并没有得罪将军，前不久还为了将军杀掉了他所宠信的王国宝，对将军您的尊敬礼让已经不少了！最近这次人事调动，虽然不能说十分恰当，可也算不上什么大错。而且他割的是庾楷的地，于将军您又有什么损失？晋阳之师（据《公羊传·定公十三年》载：晋国大夫赵鞅调动晋阳的甲兵，以清君侧为名，驱逐了荀寅、士吉射。后世便将以清君侧名义起兵称为“晋阳之师”或“晋阳之甲”）岂可一而再地发动？”王恭一向看不起刘牢之这个大老粗，于是不听他的意见，上表指责王愉和司马尚之兄弟的罪行，请求朝廷准许他出兵讨伐！
司马道子知道事情已无法挽回，正式下令全国戒严。司马元显对父亲说：“这就是上次您姑息纵容的结果了！如果这次再称了他们的心意，那么他们的目标绝不可能只到司马尚之兄弟为止，您的大祸就在眼前了！”司马道子已经吓得六神无主，不知如何是好，索性把全部军国事务都交给司马元显去处理，自己则一头扎进王府，拼命地饮酒消愁，扮演缩头乌龟的角色。
荆州刺史昌明党的西方面军主将殷仲堪行动非常积极。七月底，他以南郡相杨佺期为先锋，桓玄为副，率水师五千沿长江东下，自己率军两万随后跟进，昌明党与道子党的第二次内战爆发。
八月初，荆州军前锋突至湓口（今江西九江市西北湓水入长江处），刚上任不久的江州刺史王愉毫无防备（司马道子安排他到这里是干什么的？他竟然毫无防备），慌忙弃城而逃，结果让桓玄军逮了个正着。昌明党对道子党的战局，1∶0暂时领先。
九月二日，朝廷以司马元显为征讨都督，统一指挥中央军。他将中央军分为东西两路，东路由卫将军王珣、右将军谢琰指挥，抵御王恭，西路由司马尚之指挥，讨伐豫州刺史庾楷。九月十日，司马尚之在牛渚（今安徽当涂县采石矶）大败庾楷，庾楷只身西逃，投奔正在沿江东下的桓玄，司马尚之随即被任命为豫州刺史。九月十六日，东下的杨佺期、桓玄军和西上的司马尚之大战于白石（今安徽巢县东南）。司马尚之大败而逃，司马恢之所率的水军全军覆没，杨佺期与桓玄乘胜推进到横江（今安徽和县东南长江北岸）。至此，从表面上看，中央军已陷入强大的荆州军与京口军的东西夹击之中，且数战不利，局势已岌岌可危。
不过司马元显并没有惊慌失措，因为他看到了王恭大军强大表相背后的致命伤：王恭与北府军主帅刘牢之并非铁板一块，从而做出了他一生中最聪明的一件事——策反刘牢之。
就像王恭看不起刘牢之一样，刘牢之对自己这位顶头上司也是颇不服气的。刘牢之的官位是靠为国家立下百战功勋得来的，每一步升迁都是一段流血流汗、搏命厮杀的历史。不像某些人的高高在上只是因为老爸或者老爸的老爸是朝廷高官，只是因为虚有其表，犹如包了草的绣花枕头，只擅长夸夸其谈！
这样的人还不听良言，一再生事，且只把刘牢之当做一个小小部将。因而刘牢之的内心对此极为不平。就在这个时候，他的一个老朋友，曾为北府旧将现任庐江太守的高素悄悄来见他。高素带来了司马元显的秘信，劝他背叛王恭，倒向朝廷，只要事成，就将王恭现在的职位授予刘牢之。刘牢之不由得怦然心动，便与儿子刘敬宣商议此事，刘敬宣也表示赞同，而且听命于朝廷总比听命于王恭更名正言顺。
数日后，刘牢之在竹里（今江苏句容县北）发动兵变，杀掉王恭的心腹将领颜延，率前方大军投降朝廷，同时派儿子刘敬宣与女婿高雅之回师京口，进攻王恭。此时毫不知情的王恭正在城外阅兵，刘敬宣率领骑兵突然杀到，王恭的部下立即崩溃！王恭想退回京口，但京口已经被高雅之抢占了，只好独自一人骑马逃生。
王恭平日养尊处优，很少骑马，因此逃到曲阿（今江苏丹阳县）时，两腿都被马背磨得皮破血流，痛得实在不能再骑。于是改乘小船，准备投奔桓玄，结果在长塘湖被抓，随后被送往建康斩首。
刘牢之反正，王恭被杀，使战局发生了惊天大逆转。原本昌明党的西路军已经打到了建康城下，志在必得，一眨眼工夫，强大的东路友军变成敌军。不是我不明白，这世界变化快啊！主帅殷仲堪本是个胆小怕事的人，就不用说了，就连杨佺期和桓玄这两个自命豪雄的人物也给吓住了：刘牢之！北府军！这是好对付的么？于是不敢再进逼，回师蔡洲（长江中的沙洲）。
简单介绍一下殷仲堪的两位副手：