刘裕和刘敬宣满意的同时，刘毅很不满意：他曾经在刘敬宣手下当过差，当时因为颇有才气，周围的人都认为他将来必为一代雄杰，偏偏顶头上司刘敬宣却不这么看：“非同一般的雄才，应该有宽阔的胸襟，刘毅怎么算得上？他为人外表宽厚而内心狭隘，自以为高人一等，如果有了机会，一定会犯上作乱，最后会自取灭亡！”刘毅听到领导对自己的这段评语后，恼羞成怒，从此将老领导恨得牙根痒痒：将来刘敬宣落不到我手里倒也罢了，若落到我手里，让你看看是谁自取灭亡！现在，刘裕竟然以私废公，让刘敬宣无功受禄，真是岂有此理！算了，现在还得罪不起他，但青山不改，绿水长流，等着吧，总有算账的那一天……
【起居注】
西逃的大楚皇帝桓玄于三月中旬到达寻阳（今江西九江，时为江州治所），早被刘裕宣布为革命同志的江州刺史郭昶之迎接了楚帝大驾，并竭力提供了大量军需物资和后备兵源，一路仓皇的桓玄一行才算放下悬得高高的心，暂时安全了！稍后，曾劝桓玄不可逃跑的相国参军胡藩躲过义兵搜捕，跋山涉水千余里追上桓玄。桓玄见到他后大喜说：“不想今天还能见到王叔治一样的义士（王叔治，指曹魏大司农王修。曾为孔融下属，黄巾起义时，闻孔融被围，连夜冒死前往，共同赴难。后事袁谭，在袁谭被曹军诛杀后，不顾曹操“敢哭之者戮及妻子”的禁令，为袁谭收尸埋葬。曹操感其义气，将他赦免留用）！”
不过桓玄仍不敢停留在寻阳，决定返回荆州老家。三月十四日，桓玄带上退休的大晋皇帝司马德宗一同西上，留下龙骧将军何澹之、前将军郭铨、相国参军胡藩和郭昶之一起驻防湓口（今江西九江市，湓水，即龙开河入长江处），阻挡晋军追兵。
安排停当后，桓玄从容上路。因为危机已暂时过去，桓灵宝又迅速恢复了“伟大”！在船上，他开始抓紧时间撰写《起居注》。在《起居注》中，摆事实、讲道理，雄辩滔滔，充分证明了在最近进剿刘裕匪帮的战争中，他所做出的全部决策，战略战术全都是最最英明、最最合理、最最无懈可击的！之所以从建康“转进”荆州，完全是因为众将没有服从他的英明指挥，不听调度，才导致战局不是十分顺利！这样的事实多让人痛心疾首啊！但只要大家相信桓家，相信大楚，一心一意听从我的指挥，就一定能渡过目前暂时的困难，重新走向胜利！
这样一篇好文章自然不会从天而降，需要作者呕心沥血地字斟句酌，桓玄拿出原来查找错别字时那种认真严谨的工作态度，全心全意投入写作。这项工作是如此辛苦，以至于桓玄都没有时间和部属商讨一下目前的局势和应该采取的对策。等到撰写完成，桓玄下令将这份《起居注》颁布四方，让人民群众都能学习体会精神实质，了解对目前局势的官方正版解释，狠狠打击一小撮散布谣言的反楚分子。
所谓《起居注》，大致可以翻译成《大皇帝工作生活纪要》，是古代史官记录帝王言行的例行文件，常常成为编写史书时需要参考的基础档案。最早开始于汉武帝刘彻时，此后成为定制。按常规，《起居注》的编写唯真唯实，为做到这一点，皇帝无权干预。对于有责任心的皇帝，《起居注》制度是对他们的一项约束。如李世民就曾请求（注意，是请求，不是命令）史官谏议大夫褚遂良让自己看一看《起居注》，结果被褚遂良一口回绝。李世民不甘心，又问：“如果我有什么地方做得不对，你也要记下来吗？” 褚遂良答：“臣职责所在，不敢不记！”就是这么牛！可见在这方面，李世民远没有桓玄牛气。亲自操刀，替自己写《起居注》者，桓玄为中国历史上第一人！也是唯一一人！
四月三日，作家桓玄回到江陵（今湖北江陵，时为荆州治所），荆州刺史桓石康前往迎接，把刺史的府第腾出来，作为楚朝的临时行宫。桓玄重新任命文武百官，以卞范之为尚书仆射，负责日常政务。楚朝的中央政府又在江陵重新建立，仍然控制原晋朝约一半的疆域，还不能算弱小。
但楚朝这次“天子西狩”，让桓玄的威信大减，他生怕别人因此看不起他，除了颁布《起居注》外，还决定采用严刑峻法来重树声威。但如此一来，人心更加不服，上下离心离德。殷仲文看出情况严重，劝皇上处事应该宽容一点，桓玄大怒说：“这次完全是因为诸将不服调动，无视朝廷权威，再加上天相不利，我们才暂时回到故都。少数别有用心的肖小之辈竟敢乘机散布谣言！对于这样的造谣分子，一定要严厉打击，决不可以姑息迁就！”见到如此丧失理智的主子，一向擅长见风转舵的殷仲文不敢再说话。
不久，荆州、江州各郡的太守们得知桓玄已回到江陵，纷纷上表问候，祝福皇上起居平安。桓玄看了大为不悦：这些地方官，平日里不读书不看报，肯定没有认真学习《起居注》。字里行间没有体现出一点儿积极向上的乐观主义精神。好像我这次输得很惨似的（虽然确实如此）。于是，嘴比死鸭子嘴还硬的大楚皇帝命将所有上奏的表章打回，让他们重写。规定要统一口径：只允许大家祝贺朝廷乔迁新都。做错事并不可怕，可怕的是知错不改，甚至硬把疮疤美化成荷花，楚欲不亡，可乎？
【一战桑落洲】
刘裕等人之所以没有在攻克建康后立即出兵追击桓玄，是因为刚建立几天的义兵成军仓促，没有水军，于是桓玄才能从容“迁都”江陵。但没过多久，建康的晋朝新政府经过高效率的筹备，到四月中，一支约一万人的讨伐军便组建完成，大军以刘毅为主帅，何无忌、刘道规为副，进军荆州。刘裕本人坐镇京口，遥控中央。
桓玄得知晋军开始西进后，采取了三手准备：第一，当然是征集荆州各郡的武装部队在江陵集结，重组军团；第二，为了给重整军备赢得时间，他派武卫将军庾稚祖、江夏太守桓道恭等，率数千军队增援驻防湓口的龙骧将军何澹之，以加强江州的防御力量；第三，采取牵制刘毅西进兵团的行动，让侄子桓歆联络氐族酋长杨秋，合兵进攻历阳，威胁刘毅军的侧后。
桓歆和杨秋行动很积极，首先出动，可惜运气很糟。刚刚上任的豫州刺史魏咏之与诸葛长民、刘敬宣等率州兵迎头痛击。这几位都不是好招惹的，合力一战，大败桓楚帝国的这支少数民族雇佣军。雇佣军司令杨秋被斩于历阳以北的练固，桓歆只身逃脱。楚军在历阳的反攻失败，未能起到预期的牵制作用。刘毅等部继续西进，抵达桑落洲（寻阳东面长江江面上的一个小岛，由于长江航道变化，今天已不存在。具体位置约在今安徽省宿松县汇口镇归林滩一带）。
四月二十三日，驻守湓口的楚军大将何澹之、胡藩等主动出击，率领舰队进攻桑落洲。刘毅、何无忌、刘道规等也不示弱，出动所有战船，两军在桑落洲以东的长江江面上展开对峙，暂时没有开战。何澹之的军队虽然只是楚军偏师，但数量仍超过了刚刚组建的刘毅、何无忌部水军，从表面上看，楚军略占上风。
何澹之的作战计划是利用己方数量上的优势，从两翼包抄晋军。为此他离开阵营中央的旗舰，悄悄转移到侧翼指挥作战，为了不让晋军察觉，他让人在自己原本乘坐的旗舰上插满军旗，布置得像开屏的孔雀尾巴，招摇于两军阵前。只可惜，他忘记了一点：戏一旦演过了头，也就不像了。
在东边晋军的战船上，何无忌注视着楚军动向，突然发现一个不寻常的现象：楚军阵中有一条最大的战船特别醒目，装饰豪华，旗帜鲜明，像是要去参加狂欢节游行。何无忌不禁笑了，这招是刘裕用老了的，他跟随刘裕作战多次深知其详。何澹之不但在关公面前耍大刀，而且学得又不到家，照着东北虎，画成了波斯猫！于是，何无忌对众人说：“何澹之肯定不在旗舰上，我们应该集中兵力，从中央突破，俘获他的旗舰！”众人不解：“既然何澹之不在旗舰上，那么俘获旗舰又有什么用？”何无忌回答：“如今敌强我弱，硬打不易取胜。何澹之既然不在中军，那么敌人的中军必然很弱，我军集中兵力攻击，一定可以夺取他的旗舰。而且何澹之不在旗舰上，他的部下兵士多半不会知道，他们一旦见到旗舰被夺，必然惊慌失措，士气低落！而我军士气倍增，何愁不胜？”
刘毅、刘道规等都赞同何无忌的意见，于是晋军主动出击，猛攻楚军中央。何澹之的旗舰虽然外表光鲜，但旗多人少，位置过于突出，移动也不灵便，晋军迅速围上靠近，攀上船舷猛攻，很快将这艘战船夺了下来。得手后，何无忌、刘道规等乘机让士兵高呼：“何澹之被抓住了！”然后一船传一船，不一会儿，楚军主帅被擒的消息已响彻整个战场！由于楚军旗舰被夺，楚军士卒大多信以为真，再加上自刘裕起兵以来，楚军屡战屡败，本就是惊弓之鸟，此时无不心胆俱裂，纷纷溃逃！晋军士兵多数也上当了，因而锐气百倍，奋力攻击！
自作聪明的大楚龙骧将军此刻傻眼了，费尽心力地精心布置，反而弄巧成拙！眼见已经一败涂地，何澹之连忙脚底抹油，赶快开溜，逃回江陵！死心眼的相国参军胡藩还不肯逃，奋力苦战，结果所乘战船被晋军以火攻击沉。胡藩身穿着全套盔甲跳入江中，在江底潜行了三十多步，才得以登岸，欲投江陵，因为道路已被晋军封锁，只得向南逃往豫章（今江西南昌）。后来，刘裕听说胡藩忠直的事迹，派人到豫章殷勤相邀，拜他为参领军军事，胡藩便复出投晋，成为日后刘裕麾下的名将之一。
晋军乘胜追击，迅速占领了湓口，随后拿下寻阳，江州光复！因为安帝已被桓玄带去荆州，刘毅等人只得到了晋朝历代皇帝的灵位牌，派人将它们送回建康。至于那位被刘裕在檄文中宣布为“革命同志”的刺史郭昶之，此后下落不明。
【峥嵘洲之战】
荆州毕竟是桓氏家族经营了三代的老根据地，民众对大楚的忠诚度远比建康高，因此桓玄没有花太大力气就在这里重新调集了两万多水军，而且全都衣甲鲜明，装备精良，战船足备，看上去很美。再加上前些天写作太投入，他自己都被自己的文采折服了，似乎已经相信了自己所写的内容：形势是大好滴，错误是没有滴，用兵是如神滴！至于前些天，是谁抱着儿子桓升痛哭流涕的，估计早记不得了。
于是，桓玄的心情大为好转，于桑落洲战后第四天，即四月二十七日，楚国大军从江陵出发，东进迎敌。此次出征，桓玄挟持着下岗皇帝司马德宗，以前秦的前太子苻宏为先锋，自任主帅亲统大军进发。既然前几次都是因为诸将不听节制而失败，这回朕御驾亲征，还能不旗开得胜？
虽然“胜券在握”，但大楚皇帝也不会赶尽杀绝，仁义为本嘛！桓玄先礼后兵，派散骑常侍徐放前往招安，游说刘裕、刘毅，开出的报价好像在说梦话：“只要你们停止反对大楚的叛乱，解散部众，那么改过自新的大道永远是向你们敞开的！我大楚一定会在朝廷给你们安排一个合适的职位，包你们满意！滚滚长江为证，朕决不会食言！”刘毅等人听了这样匪夷所思的和谈条件，有何想法，史书上没说，他们大概只会认为：以后需要加强精神病院的门卫建设了。没理睬桓玄的自言自语，沿着长江，刘毅率军继续往西，桓玄率军继续往东，五月十七日，两军相遇于峥嵘洲。
峥嵘洲，位置大约在今湖北黄冈县西北，当时也是长江中的一个小岛，后来由于江水的冲刷和沉积作用，位置渐渐北移，终与北岸连为一体。说起来，长江的航道虽然不像黄河那样天南地北地溜达改道，但千余年来变化也是不小的。其变化的总趋势是身材越来越“苗条”。例如，在刘裕时代，京口北临的长江宽达二十公里，一眼望不到对岸，过江如过海；如今在江苏镇江段，长江的平均宽度约四公里，仅是当年的五分之一。
闲言少叙，此时刘毅等部的晋军不足万人，桓玄原在江陵集合的楚军已有两万人，又会合了败下来的何澹之余部和荆州各地后续赶来的援军，总兵力已有数万之众，在兵力上再次形成压倒性优势。不但有数量优势，在表面上质量也优于晋军。楚军所乘的楼船都是原先政府军的制式装备，看起来高大威猛，比起临时东拼西凑、DIY出来的晋军战船（多是临时征用的民间渔船），如同姚明对垒潘长江。
晋军众将没想到桓玄屡败之后，还能迅速集结起如此强大的军队，一时颇感意外，很多人主张退守寻阳，等待援军。但刘道规反对，并向众人分析说：“绝对不可以这样做！如今敌众我寡，强弱分明，我们唯一的优势就在于屡战屡胜所带来的锐气，敌人唯一的劣势就在于连战连败而导致士气低落。如果我们现在胆怯撤退，等于主动放弃了我们的长处，重振敌人的士气，必定遭到他们的追杀。那时候就算撤到寻阳，又怎么守得住？而且桓玄这个人，虽然名满天下，很多人都把他看成一时的豪杰，但其实内心胆小怯懦，累败之后更加缺少战斗的意志。两军决战之计，胜败主要取决于将领的勇气，岂在于兵力的多寡？”
拿破仑说过：狮子统率的绵羊军队，绝对能够打败绵羊统率的狮子军队！只是刘道规对桓玄的判断，是否正确呢？
桓玄指挥作战时，有一个充满人文关怀的“好习惯”：总在自己旗舰后边拴一条轻快的小艇，里面装上他心爱的字画。曾有人问他为何要这样做？他回答说：“兵凶战危，可不是闹着玩的，万一打了败仗，轻快的小船逃起来比较方便！”宁可打败仗，也要保护文物！这是怎样的精神啊，生命是短暂的，艺术是永存的嘛！可惜，楚军众将士大多数达不到桓玄这么高的思想境界，他们一看到皇帝座舰后面拴着小艇，心中就格外不平：没说的，打了败仗，皇帝跑没影了，就留下我们当炮灰！而且就连他的字画都比我们的命值钱！如果一支军队的士兵都这样想，哪里还能有斗志？如果这样的军队还能打胜仗，那就堪称奇迹了！
奇迹没有发生。刘道规带领部下率先冲击楚军水阵，刘毅、何无忌等在后接应，两军很快在大江之上杀成一团。楚军虽兵多船大，但战意阑珊，一时不分胜负。此时，东风突起，刘毅乘机命令顺风纵火，烧向楚军舰船，楚军顿时大乱。覆舟山之战的关键时刻就刮了一次大风，峥嵘洲又起风，真是天不佑楚啊。晋军知道胜利在望，全力出击，争先恐后地投入战场，乘势猛攻，楚军已然招架不住。眼看败局已定，楚军前将军郭铨又很识时务地临阵倒戈，楚军形势终于发展成谁都无法阻挡的大败！
溃败之际，桓玄匆匆下了一道命令：将辎重粮草一把火烧了！带上安帝司马德宗和几个亲信，乘着装满书画的小艇，连夜遁逃。失去指挥的楚军或降或散，几乎全军覆没！
【仲文反正】