印度早期佛教主张人有生必有死，也不赞成灵魂不灭的说法，大乘空宗也从一切皆空的观点出发，否定神不灭论。佛教认为人生的理想境界是超脱生死的“无生”（永生），在没有超出生死以前，要在天、人、畜生、饿鬼、地狱中轮回。这就有一个轮回的主体问题，一个进入超脱生死境界（涅槃）的主体问题，这个主体只能是人死后的不灭的灵魂。所以，在一般的中国佛教学者看来，佛教是理所当然的神不灭论。中国传统思想中也有神不灭论的思想，中国佛教学者是用佛教的轮回和成佛的理论发展了中国传统的有神论。最典型的如慧远曾撰《神不灭论》，梁武帝萧衍撰《立神明成佛义记》，宣扬人死后灵魂不灭，神是轮回果报的主体。慧远的观点受到大乘空宗学者鸠摩罗什的批评，也形成了与中国传统的无神论思想的对立。东晋以来，孙盛、何承天就撰文批评佛教的神不灭论思想。到齐、梁之际，范缜作《神灭论》，系统地提出了形质神用的理论，指出形体是质即实体，精神是形体的作用，形亡神灭，从根本上驳倒了佛教的神不灭论，比较正确地解决了形神关系的问题。梁武帝发动了60多人，撰写70多篇文章，对范缜进行大规模的围攻，但因理亏而失败了。应当指出，我国在古代知识界中，有神论思想相对地不占优势，这是和范缜等人反对佛教神不灭论斗争的胜利分不开的。还应当指出，中国佛教有神论是中国原有的有神论思想和印度佛教轮回果报思想的融合，也与我国的祖先崇拜传统一致，又与儒家的“神道设教”相通，因此，这场无神论和佛教有神论的斗争，虽然带有根本的性质，规模也很大，但实际上并不完全反映外来佛教文化与中国传统文化的特殊分歧和冲突。
因果报应之辩：与生死、形神问题密切相关的、最具佛教思想特色的是因果报应说。佛教因果报应论是关于人生的本原、本质、价值和命运的基本理论。此论宣扬人的活动有三种，即身、口、意三业，这些活动的性质有善、恶和无记（无善恶）三种。业是因，有因就有果，即有报应。报应有三种，即现报、生报（下世受报）和后报（在长远的转世中受报）三报。由于受报应的时间不一，因此人有前生、今生和后生三生。因果报应论就是三业、三报、三生的迷信。中国原有的宗教迷信也有报应思想，但只限于现在这一生。后报是转嫁给子孙的报应。佛教因果报应和中国传统的报应思想不同，强调现世的贫富贵贱是前世善恶行为的结果，今世的善恶行为，又导致来世的祸福报应。它讲的前生和后生，毫无可考，任凭编说，这就引起了中国学者的怀疑。东晋末年，戴逵作《释疑论》，认为“贤愚善恶，修短穷达，各有分命，非积行之所致”（《广弘明集》卷18），不赞成佛教的因果报应的说法。慧远让周续之作《难释疑论》，以为答复。戴逵又作《答周居士难释疑论》，逐条给以驳难，于是慧远作《三报论》和《明报应论》，把印度佛教业报轮回思想和中国有关传统迷信结合起来，系统地阐发了因果报应论。南朝宋初何承天指出，“西方说报应……乖背五经故见弃于先圣”（《广弘明集》卷18《报应问》）。佛教徒释慧琳著《白黑论》（《均善论》），也对因果报应持怀疑态度。由此又引起了何承天与宗炳等人的论辩。何承天根据《周易》的人与天、地并为“三才”的观点，强调人在宇宙中的地位，批驳了把人和畜生等并列为“众生”、轮回转世的说法。在这场争辩中，怀疑和反对因果报应论的学者表现出很大的勇气，但多是从经验主义角度阐发理由，而且又归结为宿命论，实际上很难和因果报应论划清界限。佛教因果报应论，把人的存在时间无限扩大，又和人的行为的因果关系联系起来，因而具有特殊的恐吓和引诱的功能。修善将进入西方极乐世界，作恶则堕入恐怖的地狱世界，这对于缺少科学文化素养的下层百姓来说，在心理上带来极大的诱惑力和威慑力。中国佛教所讲的善、恶，实质上又以儒家伦理原则为标准，因果报应思想给人们带来的祈求幸福和害怕苦难的心理，也就使人们形成了恪守儒家伦理的被动意识，因果报应论成了儒家伦理道德的工具。虽然封建统治者在思想上并不都赞成因果报应论，但是深知此论对下层百姓的妙用，故又持容忍、默许的态度。
“沙门应否敬王者”之争：这是一个礼制问题，也是关于君权与神权、佛教与儒家名教的关系问题。佛教主张无君无父，一不敬王者，二不拜父母，也就是见到在家的任何人都不跪拜，只合掌致敬，不受世俗的礼法道德约束。按照中国专制主义的政治理论，皇帝是天子，奉天的教令，这种教令是任何人不能违反的。这就形成了佛教与中国传统政治观念的最大冲突。东晋成帝时，庾冰代成帝诏令“沙门应尽敬王者”，指责僧人蔑弃忠孝，遗礼废敬，伤治害政。但尚书何充等人表示异议，结果不了了之。安帝时太尉桓玄又重申沙门应敬王者，并写信给王谧反复辩论，特别突出皇帝的地位，强调君道比佛道伟大，但也遭到一批朝贵的反对。慧远曾作《沙门不敬王者论》，作调和性的反对。北方沙门统法果不同，带头礼拜皇帝，说什么“我非拜天子，乃是礼佛也”（《魏书》卷114《释老志》），硬把当朝的最高统治者说成“佛”。南朝宋孝武帝曾下令沙门必须对皇帝跪拜，否则就“鞭颜皴面而斩之”，僧侣也只好屈服了。中国封建专制主义的国情，决定了君权高于神权，封建礼制高于僧制。
夷夏之辩：和上述关于“沙门应否敬王者”之争直接相关的是夷夏之争。“夷”，是对佛教本是产生于外国的指斥。夷夏之争主要涉及民族性格和风俗制度等问题。何承天认为，华戎的不同在于民族性格，“中国之人，禀气清和，合仁抱义，故周孔明性习之教；外国之徒，受性刚强，贪欲忿戾，故释氏严五戒之科”（《弘明集》卷3《答宗居士书》），并强调儒家礼教比佛教更为宏大。南朝宋末道士顾欢作《夷夏论》，罗列了中国和印度在风俗习惯上的差别，也认为“以中夏之性，效西戎之法”是不足取的。儒家和道教学者注意到民族特点、性格、风俗习惯，是有积极意义的，但是所做的分析则是不恰当的，带有盲目排外的色彩。佛教学者反驳夷夏之分，宣扬佛是“万神之尊”，佛教是“大教”、“至德”具有普遍意义，不应强分地域。这种论证当然也是很难站得住脚的。
儒、道、佛三教高下之争：儒家和佛教的冲突，表现为所谓入世与出世的对立、忠孝观念与无君无父的对立。儒家主动挑战，咄咄逼人，强调就个人修养和国家治理来说，儒家的学说都已完全够用，佛教没有存在的必要。佛教则取迎合的态度，常引用儒家的经传，“合异为同”，为佛教辩护。同时又利用其出世的理论，宣传佛教讲三世，儒家只讲一世，高于儒家。唐代文学家韩愈撰《原道》、《论佛骨表》，强烈地排斥佛教。宋朝佛教徒契嵩作《非韩》、张商英作《护法论》、元代刘谧著《三教平心论》等，对韩愈的排佛论进行反驳。但这也都是宣扬儒佛一致，争取佛教的存在权利而已。
道教和佛教同为宗教，这就发生相互排斥对方，争取宗教地位的问题。道教的成立有其多方面的深刻原因，其中重要原因之一，就是有些人对外来的佛教反感，作为对佛教的反应，中国原有的阴阳家、神仙方术和巫术等汇合一起，形成了道教。和佛教讲死生皆幻、追求涅槃不同，道教讲白日飞升、羽化登仙，以与佛教相抗衡。道教作为中国土生土长的宗教，利用民族感情等有利因素，指斥佛教是夷狄之教，不断挑起夷夏之辩。为了使道教居于首位，东汉末出现“老子入夷狄为浮屠”（《后汉书》卷30《襄楷列传》）的说法。西晋末道士王浮更是作《老子化胡经》，编造种种传说，说老子西游化胡成佛，创立佛教，带释迦牟尼为弟子，即以佛祖为道教的弟子。此书是道教贬低佛教的主要根据。作为《老子化胡经》的回应，佛教徒也编造《清净法行经》，宣扬三圣化现说，即佛派遣三个弟子来教化震旦（中国），儒童菩萨是孔丘，光净菩萨是颜渊，摩诃迦叶为老子。梁武帝也公开宣称周公、孔子、老子都是如来弟子（《广弘明集》卷4《舍道事佛文》），表示佛教和儒、道不矛盾，而又高于儒、道。于是《老子化胡经》的真伪问题，便成了佛道两教争论的重大问题，北魏孝明帝正光元年（公元520年）曾就此问题在殿前举行大辩论，直至唐高宗时也还采取御前会议来解决，这种争论一直延续到唐武宗时代。
值得注意的是，道教曾几度借用皇上的最高政治权力给佛教以沉重的打击，这就是历史上有名的“三武之难”。“三武之难”就是指北魏太武帝、北周武帝和唐武宗三个皇帝的毁佛运动。这三次灭佛事件都有深刻的社会政治经济原因，同时也都和佛道两教的斗争相关。北魏时嵩山道士寇谦之深得太武帝的信任，他积极策动反佛。太武帝为了表示反胡亲汉，自称他的拓跋姓本为黄帝子孙，是汉人，应信奉汉人宗教——道教。他在道坛下面受符箓，以作为统治中国的合法根据。他以突然袭击的方式，大规模毁佛，以反佛来显示自己的崇道。北周武帝时，由和尚转为道士的卫元嵩，与道士张宾都深得武帝的青睐，他们联合排佛。武帝屡次召集文武百官、名儒、和尚、道士数千人举行辩论，讨论三教位次先后问题。释道安作《二教论》，以佛教为内、儒教为外，视道教为儒教的分支，否定它的独立地位。甄鸾也作《笑道论》，抨击道教的欺骗性。后来周武帝亲自确定儒教为先，道教为次，佛教为后。随后又下令禁止佛道两教，实际上是废佛不废道。北周灭了北齐，周武帝也废除了北齐境内的佛教，道教取得一时的胜利。但是在两个主持灭佛的皇帝去世后，佛教又迅速恢复起来，并压过了道教。唐武宗为求长生，也笃信道教。得到武宗宠信的道士赵师真献谄，唆使灭佛。唐武宗废佛规模很大，也比较彻底，对佛教的打击极为沉重，此后，除标榜顿悟成佛的禅宗和偏重念阿弥陀佛的净土宗还继续盛行外，其他宗派都几乎一蹶不振了。已故著名历史学家范文澜说：“儒家、佛教、道教的关系，大体上，儒家对佛教，排斥多于调和，佛教对儒家，调和多于排斥；佛教和道教互相排斥，不相调和（道教徒也有主张调和的）；儒家对道教不排斥也不调和，道教对儒家有调和无排斥。”（范文澜：《中国通史简编》，第2编，442～443页，北京，人民出版社，1955。）这基本上是符合事实的，但佛教徒对道教也有主张调和的，这一点，我们将在下面论述中予以证明。
三
南北朝时期，儒、道、佛三教之争激烈，统治者或灭佛或舍道，但被灭的佛和被舍的道，不久就恢复了。到了唐太宗年间，改变过去一教独尊的格局，实行三教并行的政策。虽然后来不同皇帝由于不同原因而有所偏重，武宗甚至一度灭佛，但三教并行的总趋势并没有变化。这种政治决策上的重要转折，对于儒、道、佛三教关系的发展具有重大意义，它决定了三教的思想融合成为必然，并加快了这种融合的步伐。封建统治者有鉴于儒家治世、佛教治心、道教养身的不同功能，可以互补，早在南朝时梁武帝就唱三教同源说。到了唐初，有的文人就公开主张三教在思想上的合流。中唐以来，更是产生了三教一致的思想，如佛教徒神清以三教一致为主导思想作《北山录》，宗密在《原人论》中虽然批判儒、道两教，同时又把它们纳入佛教思想体系之中。到了唐宋之际，由于三教之间的相互影响日益加深，而进一步形成“三教合一”的思潮，即三教在“修心养性”问题上达到大体一致的看法。三教由合流而进一步合一，佛教成为中国文化的一部分，与中国人的精神生活、道德生活休戚与共，并为中国传统文化所融合，形成了宋明理学。
从佛教与中国传统文化相互关系的视角来说，三教融合表现为两个方面，一是佛教融合儒、道；二是儒、道融合佛教。
佛教与中国传统文化的融合，最集中的表现是，通过摄取儒、道的思想而形成中国化的佛教宗派：如天台宗、华严宗和禅宗。佛教宗派中国化的标志是：