至此，陆西星的整个理论可以说“水落石出”，从精气神开始，到澄神凝气，最后以炼气成丹，与道合一终。他的整个理论既继承了《周易参同契》、《悟真篇》的内丹功夫理论，又加入了理学修养方法。整个炼养过程，遵循道的法则，是道在丹法中的体现。陆西星认为以道的法则炼内外丹是道教的最纯正的路径，其余皆左道旁门。他在《玄肤论》后序中叙述他的丹法所依据的理论：
造化二五，陶铸百物，象形虽殊，体本无二，莫不定阴阳之位，构真一之精，顺施化之理，立性命之基。故曰：“天地氤氲，万物化纯；男女构精，万物化生。”如斯而论，可谓本末兼该，上下俱尽者矣。故天不变则道不变，道不变则体是道者亦可使之不变，而长生久视之道端在于此。（《藏外道书》第五册，第367页）
这里陆西星确实是把他的整个理论看做道的体现，把道教的长生久视看做顺从自然法则，把炼丹看做“施顺化之理”，并且把这些与他认为是孔子所作的《易传》统一起来。这是与他三教同源的思想符合的。陆西星极力反对方士外丹黄白之术，以其为“逞其顽技以文神奸，巧蕴机心以干时利”。他曾说：“外丹炉火为伪尤甚，盖银精附体亦可变易金石，而追摄之法世多有之。学人不知，信为点化，误矣！误矣！”（《七破论·破伪论》，《藏外道书》第五册，第376页）又说：“今之好道者，类皆延致方士，烧炼炉火。以冀点化，以求服食，谓之外丹，不知此等之事起于妄心。”（《七破论·破愚论》，《藏外道书》第五册，第376页）在他看来，点石成金之想起于贪求财富，服食长生违背了人靠元精元气元神之炼养而延年祛病的自然原则。外丹炉火与以气论道的正途相左。他在《金丹大旨图序》中表达了他的丹法原则：
古仙丹法载之丹经，无下千帙，读之则愈烦愈难，悟之则惟简惟易。大要观天之道，执天之行，则二者其尽之矣。一阴一阳配合以两者，天之道也。（《藏外道书》第五册，第371页）
天之道即一阴一阳，天之行即《易传》“天地氤氲，万物化醇；男女构精，万物化生”。不遵此道，皆为邪术。陆西星的《金丹大旨图》以图形与简捷的文字说明阐述他的内丹理论。此图首为“先天无极之图”，表明此时是“真空本体，清净圆明”。其二为“太极未分图”，此时“虚无生一”，即由真空中生先天真一之气，其中包含太和之气，但“阴阳体具而未分”。其三为“太极分阴阳之图”，为“一气既判，两仪始分”之时。以下为“阴阳互藏，坎离交媾”，为阴阳二气的运动图。再次为“周天符火”、“返于无极”、“成丹之图”，皆炼气成丹的具体步骤。陆西星的内丹理论，以气始，以气终，比起同时代形形色色的道教派别，较少神秘和虚妄的成分。
陆西星早年习儒，广泛涉猎儒释道各家之书，信奉道教后，认为三教理论都可以融合到他的内丹理论中，如无欲主静的修养方法，儒家称之为“洗心退藏于密”，道家称之为“常无欲以观其妙”，佛家称之为“惟取极静，由静力故，便入涅槃”。老子的“不出户，知天下”，即儒家的“寂然不动之中而万象森然已具”。《老子》的“不争”即佛家的“无诤三昧”。他甚至把《庄子》比做中国的佛经。在他眼里，“三教圣人同一宗旨，但作用不同，故有三者之别耳”（《金丹大旨图》，《藏外道书》第五册，第371页）。
陆西星的三教同一说，是明代中后期整个思想界三教合一趋势在道教理论和修行方法上的表现。这一趋势更显明地表现在三一教上。
四三一教的会三归一
三一教为福建莆田人林兆恩所创。林兆恩（1517—1598）字懋勋，号龙江，道号子谷子、心隐子、常明先生等，道徒尊称为三教先生、三一教主。生于世代业儒的官宦家庭，早年习科举之业，但屡试不中，遂寻师访道，自称“路遇明师，授以真诀”，于三十五岁时倡立三一教。曾多次助官府守御被倭寇侵扰的县城，率弟子掩埋倭乱中死去的百姓，卖田产施棺给死于瘟疫的穷人。中年以后宣讲三一教义。著作甚多，由弟子删编为《三教正宗统论》36册。
三一教最初尚不是严格意义上的宗教，而是在林兆恩周围向他问学做举业的读书人。其中坚力量是莆田诸生，如后来称为三一教“嫡传大宗师”的卢文辉和“再传大宗师”的陈襄瑜等，最初皆是做举业的秀才。三一教最初具有文士结社的性质，嘉靖末期，由于林兆恩的影响越来越大，慢慢默许了信徒对他的崇拜，各地陆续建了一些三一教祠堂。林兆恩死后，其门徒将三一教初步具有的宗教性大大地发展了，如确定三一教的传承统绪，订立神职人员的教阶，在三一教典中加进道教的符箓，门徒也不再限于读书人，而是扩大到社会各阶层，仪规也逐渐固定并且严格起来。这时三一教慢慢发展为严格意义上的宗教。三一教在清朝康熙、乾隆年间两次遭到禁毁，但一直在莆田、仙游一带民间秘密流传，后来发展到浙江、安徽、江苏甚至北京，在近现代尚有一定影响。三一教的宗旨即三教合一，林兆恩一生以宣传三教合一为己任，他曾说：
沙界之华，龙天之夏，而为儒者曰：我儒也；为道者曰：我道也；为释者曰：我释也。教既分为三矣。而余之意，则欲会而归之，以复合于孔老释迦之道之本一也。……夫教较然而三也，若不知孔老释迦之道之所以三，则无以识其一，而为道之至。道浑然而一也，若不知孔老释迦之道之所以一，则无以统其三，而为教之大。既识其一，复统其三；较然非三，浑然非一，大矣哉！至矣哉！此儒道释之所同，而孔老释迦之能事毕矣。（《三教正宗统论·三教合一大旨》）
三一教合儒道释三教为一，认为这是恢复三教的本来面目。但既有三教，大道之一与三教之分须各知其理据。知其所以分之理，才能知其所以合之道。一则统三，三则为一。林兆恩三教合一的理论基础是所谓“道一教三”，他说：
或问教之所以三，林子曰：譬之代君理政，各有司存，此其教之所以三也。故孔子之教，惟在于人伦日用，所谓世间法是也。黄帝老子之教，惟在于立极开天，所谓出世间法者也。而况释迦之出世，则又在于虚空本体，无为无作。夫道一而已矣，而教则有三。故孔子之教，圣教也；老子之教，玄教也；释迦之教，禅教也。（《三教正宗统论·道一教三》）
林兆恩认为，在三教出现之前，有一混一之大道，譬如大树，有一未分枝叶之干。儒释道如此树干分为三大枝。儒家之尊德性、道问学，道家之清修、炉火，释家之华严、天台等派别，又大枝之分枝。禅家之五宗，又分枝之分枝。他的三教合一，旨在消泯纷争，回到三教未分时的混一之道。此混一之道，即所谓本体，林兆恩说：
我之本体，其太虚而太空者乎！惟其太虚而太空，故能运虚空。我之本体，其先天而先地者乎！惟其先天而先地，故能生天地。我之本体，其夏而大者乎！惟其夏而大也，故能儒而圣也，道而玄也，释而禅也。（《三教正宗统论·本体》）
此道是“无极而太极”的，太极为有，无极为无，道则不落有无，亦有亦无。此道又是所谓“中”，中统寂然不动和感而遂通。而此道此中，是儒释道所以存在的根据。林兆恩又以此本体为心，他说：
三家者，以心为宗，而黄帝、释迦、老子、孔子非外也，特在我之心尔。……心一而已矣，心一道一，而教则有三，譬支流之水固殊，而初泉之出于山下者，一也。（《三教正宗统论·三教以心为宗》）
林兆恩对心作了详细的论证。这个论证的中心义旨是，任何事物都不能离开心而有意义，任何事物都既是物，也是心，他说：
窃以人之一心，至理咸具，欲为儒则儒，欲为道则道，欲为释则释，在我而已，而非有外也。（《三教正宗统论·三教合一大旨》）
此至理即大道。从道的角度视三教，则三教为一。从心对物的分别说，则有儒释道之异。而视物的角度的选定，全在一心。由此，万物都是人不同观照的结果，林兆恩说：
我也者，其在天地之内乎？其在天地之外乎？而天地也者，其在我之内乎？其在我之外乎？故日月之所以照临者，天地也，我也，不可得而二也；山川之所以流峙者，天地也，我也，不可得而二也。（《三教正宗统论·三教合一大旨》）
我既在天地之内，也在天地之外；天地既在我之内，也在我之外，物我滚合为一。林兆恩的兴趣并不在本体论哲学，他论证天人不二，就是要为三教合一找出本体论上的根据。林兆恩的三一教比起其他主要的宗教来，较少神秘因素，他也不大讲神迹，他以理论上和人格上的魅力来感召门徒。所以三一教极似一个注重实行的知识分子团体在某种规则约束下的集体清修。
林兆恩创立的三一教，其信徒平时的修行，以艮背为功夫大要。“艮背”出自《周易》艮卦“艮其背，不获其身”句。“艮”者止也，艮背就是将心中的念头集中于背部。为什么集中于背？林兆恩的解释是，背字上北下肉，按方位与五行配合，北方属水，以此推之，南方之心属火。以北方之水洗南方之心火，正合《易传》所谓“洗心退藏于密”这一“孔门传授心法”。艮背功夫的具体做法是：“初学之士，先须念‘三教先生’四个字，孔、老、释迦，三教先生也。……念三教先生者，初从口念而至于背之腔子里，久则念念只在于背。念念只在于背，则心常在背矣。”（《三教正宗统论·心圣直指》）心常在于背，加上调息与身姿、手势配合，自然专于一境而不散乱，如道释所谓定。三一教艮背之法，在内容上以儒家“艮背”为主，在形式上则吸取了道释二教的入定方法，同样具有三教合一的特点。
三一教虽然主张和会三教，但在三教中以儒家为归宗，这一点是林兆恩反复强调的。几乎在宣讲教义的所有场合，他都着重强调这一点，以免信徒偏离了这一方向。他说：
余所谓三教合一者，欲以群道释者流而儒之，以广儒门之教而大之也。然三教合一之旨有二：若谓三教之本始，不待合而一者，非余所谓三教合一之大旨也。余所谓三教合一之大旨者，盖欲合道释者流而正之以三纲，以明其常道而一之也；合道释者流而正之以四民，以定其常业而一之也。如此，则天下之人无有异道也，无有异民也，而天下人亦无曰我儒也，亦无曰我道也，亦无曰我释也。此其唐虞三代之圣，而无有乎儒道释之异名者，故谓之一。一之而归于正也。（《三教正宗统论·道业正一》）
三教合一的意义有二，一是本来之合一，一是人为之合一。三代圣人无儒释道之异，这是本来的合一。人为的三教合一，是要以儒家宗旨统合道释，使人以三纲为指导思想，以四民之业为生计。林兆恩不喜欢道家释家教义，更不赞同道释的出家修行。他指斥道教之炼内外丹为迷妄，他以儒家思想来解说内外丹：
惟道惟德，炼性修心，涤渣铄慝，欲不为累。譬如金之精纯粹美而无有不善之念杂乎其间者，内丹也。群生乐育，异俗向化，荡荡熙熙，无为而治，虽不杂于黄白之术，而帝王之外丹成矣。（《三教正宗统论·破迷》）
他还指斥道教所讲的羽化登仙、长生久视之术，而代以儒家的身心修养：
天惟命之，我惟全之，朝兢夕惕，不易不豫，庶几或能于身死之际，如黄帝之仙去，帝尧之殂落。一点清灵，在天不昧，此则兆恩羽化飞腾之至求也。（《三教正宗统论·破迷》）
他也不同意佛家轮回之旨，他对轮回另有解释：
人生聚则成形，散则成气，聚而复散，散而复聚，轮回之旨也。（《三教正宗统论·破迷》）
他的志向是，恢复儒家一尊的局面，但这个儒家一尊不是董仲舒式的罢黜百家，独尊儒术，而是以儒家统合道释，使天下同文同伦，无有异教歧说。林兆恩同时也指出，他的三教合一是不得已而为之，非究竟法，究竟法是与大道为一。此时非合三为一，而是不知有三有一。他说：
余之所以合三氏之教而一之者，非他也，三纲四业，而为教之始也；见性入门，而为教之中也；虚空本体，而为教之终也。合始中终而大之，述而非作，而变而通，似有出于一人之所建立者，不知有儒，不知有道，不知有释，而为教之一也。非今非古，无是无非，此余三教合一之本旨。（《三教正宗统论·道一教三》）
以归宗儒学始，以虚空无住终，林兆恩实际上走了一个圆圈，不过这个圆圈的初始和终结并不在一点上。因为他的初始阶段是有形迹的，终结阶段是超越形迹的。初始阶段是统合有形的三教，终结阶段是统合无形的三教。无形的三教就是将儒家的“天何言哉”、道家的无名无形、释家的无住无滞统合为一本体虚空。求与此虚空为一，这是最后的修养目标。黄宗羲的下面这句话，可以说是对林兆恩思想轨迹的总结：“兆恩之教，儒为立本，道为入门，释为极则。”（《林三教传》，《黄宗羲全集》第十册，第545页）