把中国佛教哲学作为整个体系来考察，它是一个包含着丰富而复杂的内容，表现出特定思想功能、作用的有机结构体，是一个既区别于印度佛教思想体系，又区别于中国儒、道两家思想体系，具有自身特殊结构的独特思想体系。这里，我们对中国佛教哲学体系的基本思想元素、结构层次、思想核心、多重联系、功能、作用诸问题，作一简要的论述。
中国佛教哲学体系的思想元素
中国佛教哲学的中心问题是人生解脱论，是关于把握生命方式的学说。人生问题的解决是与周围环境相关的，由此中国佛教哲学又论及宇宙问题。对于人生和宇宙还有一个认识方式问题，也就是主体如何实践以达到解脱的方式问题。因此，中国佛教哲学体系大体上可以从人生论哲学、宇宙论哲学和实践论哲学三大方面去考察和阐述，而这三大方面又各自包含了丰富的思想元素。
一、人生论哲学
中国佛教学者在其著作中系统地阐发了人生法则、灵与肉的关系、人的本性和人的理想境界等问题，对印度佛教人生哲学有巨大的发展，这些新思想的内容极为丰富，其要点可以归纳为：
（1）因果报应论。其主要内容是宣传人生的命运是自身思想行为的报应，自作善恶，自受苦乐，个人承担自身思想行为的后果。今世的贫富寿夭是前世思想行为的结果，今世的思想行为又决定了来世的命运。这是佛教用来说明世界存在和生命的基本理论，是支配人生命运的铁的法则。佛教因果报应理论影响极大，给中国佛教信仰者的心灵带来强烈的震荡，同时也最早引起了教外人士的疑惑，甚至反对。东晋后期，思想界曾就这个问题展开过激烈的辩论。慧远等人还撰写了重要的论文，宣扬个人的任何思想待行为必然导致相应的后果；过去、现在和未来三世存在着因果转化的法则。后来，一些在家的知识分子居士为维护佛法，也撰写了大量论证因果报应论的文章。有的佛教学者还提出感应说，认为感应现象就是因果报应的体现。直至近现代，梁启超还著文强调佛教业报理论，并以此确定人生行为的基本准则。
（2）神不灭论。形神关系，即肉体与灵魂的关系是中国佛教学者着重阐述的又一重大哲学问题。佛教的形尽神不灭，存在永恒不灭的精神、灵魂的理论，是因果报应说的理论基石。佛教的神不灭论遭到儒家学者的反对，引起了双方的论战。早期佛教反对灵魂永恒不灭说，含有神灭论的思想因素，持这种观点的佛教学者也反对神不灭的说法，由此又引起了佛教内部的纷争，然终究以主张神不灭论的居优势。中国佛教学者起初是把灵魂与元气相结合，或者以薪灭火不灭的薪火之喻，或者以“火理”是火之本，在无火之前即已存在“火理”的“理先火后”说，来论证神不灭论。后来又转向与佛性或法身结合，提出神明、神识、妙神就是佛性，神还体现在佛的法身上，从而转移视角，把不灭的神作为成佛的内在本性和外在超越形态，或者说神不灭论转化为心性论，深化了神不灭论学说。
（3）心性学说。中国佛教哲学著作中阐发最多、最集中的课题是心性论，心性问题成为中国佛教人生哲学的重心。佛教追求人生解脱，最终归结为心的转化和超越，所以，最为重视心的作用。“心”是指与物（色）相对而言的人的精神、意识。中国佛教学者对心大体上有三种看法：真心、妄心、真妄和合心。多数佛教学者认为“万法归于一心”，有的甚至把真心视为人类和万物的本原。宋代以来的佛教学者还把心作为儒、道、佛三教合一的理论基石，提出三教同心说。“性”，指人的本性、本质。中国佛教学者既有把心与性等同，认心为性的；也有把心与性加以区别的；还有通常是把心性作为一个概念，指心的本性的。与对心的看法相应，中国佛教学者对性也有善（净、觉）、恶（染、迷）和善恶相混的三种基本看法，但多数学者主张人的本性是善的，也就是所谓佛性。佛性问题可以说是中国佛教心性论的核心和主题，不同学者就何谓佛性，佛性是本有还是后天而有，佛性与情欲、妄念的关系等问题，阐发了种种观点，极大地丰富了人类对自我本性的认识。中国佛教还就无情识的草木瓦石是否有佛性问题展开了持久的论辩，表现出中国佛教哲学的某种特定走向。
（4）人格理想。佛教徒的最高理想是通过修持成就佛果，佛就是佛教的理想人格。中国佛教哲学的人格理想虽和印度佛教的主张有共同之处，但也有显著的差别。早期中国佛教视佛如同中国古代的圣明帝王、圣人，也视为法术无边、长生不死的神仙。后来净土宗提倡人死后成佛，进入西方极乐世界。天台宗宣传“心、佛、众生”三无差别，而禅宗更转向提倡“即心即佛”，这就改变了追求摆脱现实生活、进入彼岸佛国世界的成佛路线，从而把成佛说成自我心性、心理、精神的内在转换，把彼岸世界移至自我心中，由外在超越变为内在超越。
（5）最高境界。与人格理想密切相关的是解脱的真境，即成就佛果的最高境界问题。中国佛教学者对于佛境的描述也各具特色。例如，有的佛教学者喜好通过阐发庄子《逍遥游》，来表达自己慕求精神自由的理想境界；又如，天台宗人以“一念三千”，即整体地把握宇宙万有觉悟的境界，反映了传统整体思维对中国佛教哲人的深刻影响，也表现了中国佛教哲人的广阔视野；又如，华严宗以津津乐道的现象与本体、现象与现象的相资相存、相即相入、圆融无碍的境界为佛的悟境，构成了典型的圆融哲学和境界哲学，也具有独特新颖的哲学意义。
二、宇宙论哲学
中国佛教学者对于宇宙万物是怎样生成的，万物是怎样生灭变化的，宇宙的结构如何，怎样认识宇宙现象，万物本身有没有终极本体，本体与现象关系如何等问题，都作了创造性的论述，内容丰富而深刻。
（1）宇宙结构论。中国佛教学者按照印度佛经的说法，系统地论述了宇宙生成的次第，阐发了宇宙的结构图式，为人们认识宇宙提供了独特的视角。他们还揭示宇宙万法的生起、安住、变化、破灭的过程，并提出了独特的时间观。
（2）宇宙现象论。中国佛教哲学重视对事物与现象的考察、分析和说明，提出了一系列独特的观点。重要的有：1)不真空论。僧肇撰专文阐明万物由因缘和合而生，没有自性，只是名号（假名），是不真的，所以是空的。这个论说，为尔后中国佛教界所普遍接受，影响极大。2)诸法即实相说。天台宗人认为诸法与实相相即不离，现象即真理之所在，真理不离现象。3)三自性说与三类境说。这是类相唯识宗人的学说，前者是关于诸法的三种存在形态的理论，后者是对认识对象三种不同性质的分类。4)事事无碍论。华严宗认为事物与事物、现象与现象之间是圆融的，无矛盾的，彼此互为因果，互为依存，互相渗透。
（3）宇宙本体论。中国佛教哲学也重视对宇宙万物本原、本体的探究和论述，形成了丰富的本体论学说。重要的有：1)气本原说。此说视气为本原。2)道体说。此说引道家的道为本原。3)本无说。认为宇宙万有以无为本，无在有前，有归结为无。4)法性实在论。东晋慧远认为法性是实在的，他的说法受到鸠摩罗什的批评。5)理本体说。普遍原理或最高真理被一些中国佛教学者视为本体，由此而有理佛说、理具说、理事无碍说和理事不二说等诸多论说。6)心本原说。中国佛教学者对心的有无以及染净有持久的争论，然自《大乘起信论》的“一心二门”说流行以来，中国佛教的重要宗派，如天台宗持心本说，华严宗唱真心本原说，禅宗主自心本原说，心本原说日益成为中国佛教心性本体论的基调。
三、实践论哲学
中国佛教信徒的修持实践，是在印度佛教戒、定、慧三学的基础上，结合中国的具体情况加以发展而成，表现出了不同于印度佛教的特殊实践风格。
（1）伦理观。中国佛教的戒学实践主要是伦理学问题，它涉及伦理的目标与理想、准则与德目、理论机制与哲学基础，以及佛教伦理与儒家伦理的关系等问题。中国佛教学者不断地以佛教的戒条和理想精神境界与儒家的道德规范和理想人格境界相比附，强调两者的一致性。宋代以来，佛教还日益重视与儒家伦理道德观念尤其是忠孝观念的融合，充分体现了中国佛教伦理道德的中国色彩。
（2）修禅论、直觉论、语言观。定学是佛教修持的重要方面，禅定的思想和方法一直为中国佛教信徒所尊崇和奉行。禅宗更是依据印度佛教思想和中国文化传统加以综合和创造，把以定为重心的印度禅转化为定慧一体的中国禅，形成一套特有的禅法、禅风。中国佛教的禅定实践，从哲学视角言，主要是证悟论，是以佛教智慧的直觉契合真理，它涉及证悟的主体与对象、根据与内容、方式与方法、直觉与语言等一系列问题，包含了丰富的认识论思想。
（3）真理观。佛教慧学实践的内涵极为丰富，包含对真理的追求。在对真理的认识问题上，中国佛教学者争论和阐述最多的是真理的层次性、局限性、真理的相对性与绝对性的问题。东晋以来，鸠摩罗什及其弟子僧肇和竺道生就重视探讨真理问题，南北朝时代三论系和成论系还就真理问题展开争辩，隋唐时代的天台、三论、法相唯识和华严诸宗也都阐发了真理问题，开成了独特的中国佛教真理观。
中国佛教哲学体系的多重联系
上述中国佛教哲学的基本思想元素之间的相互联系，形成中国佛教哲学的体系结构。中国佛教哲学的内在体系结构，又和外部思想文化，主要是和儒、道发生的相互联系、相互作用。中国佛教哲学体系内部和外部的多重联系之间的相互作用直接地推动了中国佛教哲学思想的发展和变化。
一、层次和核心
在论述中国佛教哲学体系的内外部联系方式之前，我们有必要先考察一下中国佛教哲学各门类在整个体系结构中的等次和地位。中国佛教哲学的人生论、宇宙论和实践论三大门类，虽然在佛教学者的著作中往往以浑然一体的面貌出现，但是从它们的逻辑发展和时间顺序看，大体上是循着先是人生论、次是宇宙论、再是实践论的脉络发展。佛教学者是为了探究人生问题，而涉及宇宙问题，然后形成一套认识原理和稳定的思维和修持方式。这就是说，人生哲学在中国佛教哲学体系中居于起点的层次，也可以说是属于体系结构中的基础层次。人生哲学既是中国佛教哲学体系的起点，也是重心。居中国佛教哲学著作第一位的是人生问题的论述，其内容也最多、最丰富。这就是说，人生哲学居于中国佛教哲学体系结构的中心地位。
中国佛教人生哲学的根本内涵是讲人生的价值观。中国佛教哲学思想的主调，在于追求成就人生最高的理想境界。价值观是中国佛教人生哲学思想中的主导观念，在人生哲学中居于主导地位，属于主导层次。
中国佛教主流认为，要成就人生的最高理想境界，最根本的途径在于认识、改造、提升或复归人类的本性。南北朝以来，心性问题日益成为佛教学者研究、阐述和争论的中心问题，各种心性学说相继出台。立足于心性，从人的心性出发，阐述成就理想人格、最高境界的根据、可能、途径、方法，成为中国佛教价值观的核心内容。也是整个中国佛教哲学的主要内容。心性论居于中国佛教人生价值勤观的核心层面。抓住心性学说，也就抓住了中国佛教哲学体系的中心环节；了解心性学说，也就了解了中国佛教哲学体系的内在实质。
二、内部联系
中国佛教哲学体系包含着不同学者、学派和宗派的不同学说、观念、命题，而且又处在不断的演变过程中，形成不同的发展阶段。不同阶段的佛教哲学思想，往往具有继承和创新的关系，呈现出既同又异的色调。中国佛教哲学思想是一个庞大复杂的体系，是内部诸思想元素相互联系、相互制约的有机整体，是多元并存、多样统一的矛盾综合体。中国佛教哲学体系的内部联系，主要有相容与排斥（不相容）、相离与相即（不相离）四种形式，其中相容和相即的关系是大量的；排斥，尤其是相离的关系是少量的。