与东汉、三国、西晋时代的中国佛教相比，可以看出，东晋十六国时代的佛教哲学，已由比附义理转为自由发挥思想，而这种自由发挥又受到魏晋玄学思维的体用模式的深刻影响。同时，佛教内外的思想争论日益增多并趋于激化，如六家七宗不同学说是佛教内部的争论，因果报应、神灭神不灭以及佛教与儒家伦理纲常的关系等问题是当时佛教与教外学者的一些争论焦点。在争论中，佛教和玄学一样，表现出了与儒家伦理调和的鲜明倾向。此外，在扩展哲学领域和深化哲学思想方面也大大向前推进了一步。当时对宇宙论、本体论、果报论、神不灭论、法身论等问题的探索，都表明中国佛教哲学在向广度和深度开拓。
学派哲学的兴起
南北朝是中国秦汉以后政局分裂持续时间最长的时期，也是中国佛教第二个信仰高潮时期。此时译出的佛经越来越多，讲习经论之风也越来越盛。不同经师、论师各立门户，重视师传，形成了涅盘、三论、成实、地论、摄论等诸多不同的学派。各派都着力宣传本派的哲学，并由此而产生了教内外不同观点的争论。
南北朝佛教学派哲学涉及的内容是多方面的，而其中心问题则是心性论。心性论学说在南北两地侧重点有所不同，在南朝为佛性论。佛性论阐述的是人有没有成佛的内在根据和成佛的可能，是否人人都有佛性，人性是善是恶及如何去恶从善、成就佛果等问题。在北朝心性论的重点为阿赖耶识说。阿赖耶识是梵语的音译，意译为“藏识”，可称为一种更深层的潜意识。大乘佛教瑜伽行派认为，阿赖耶识是宇宙万有的根本，变现万物的根源。阿赖耶识是净是染、是真是妄，成为南北朝佛教争论的重大问题。
南北朝佛教学说重心的转移不是偶然的。晋代以来流行的般若学，宣扬万物皆空，教人不要执著，强调离开执著是佛教的根本出发点。这种学说与中国固有哲学思维并不合拍，中国佛教学者总是赋予“空”以这样那样的实体意义，肯定人死后有永恒的神或灵魂存在。这种看法，在宣传佛性说的《涅盘经》传入之后，更加得到强化。涅盘学认为人人都具有天生的佛的本性，人人都能成佛，所以都应本着这种自觉，精进不懈。中国佛教学者更据此建立成佛的主体性立场。当时的夷夏之争和神灭神不灭之争，也推动了佛教进一步向中国固有哲学思维、观念靠拢。一方面维护神不灭论立场，一方面又超越形神关系的论辨，直说心性问题，从更深的层次，即不只是从形体与精神的关系，而且是从人的内在本质去阐述成佛的主体性，以维护神不灭论，巩固佛教的核心理论基础。这种人人都有佛性，通过修持可以求得死后成佛的学说，也更符合深受战乱痛苦的广大人民的迫切愿望。这种种情况，决定了佛教学说重心的转移。
南北朝佛教学派围绕心性论而展开的哲学理论以及其他富有哲学意义的思想，重要的有：
（1）关于佛性论和顿悟论的新解。南朝晋宋之际竺道生根据对《般若经》和《涅盘经》精神实质的领悟，就成佛的根据、方法、目的和境界等问题提出一系列新见解，形成了富有创新性的佛教思想体系。其中最具影响力的是佛性论和顿悟论。竺道生认为，佛性是众生成就佛果的本性（根据），是人人具有的。当时传入的佛经并没有一阐提［注释：一阐提，梵语音译，意指断绝一切善根、不信佛法的人。］成佛之说，他独具慧眼，首先提出一阐提也有佛性，也能成佛的观点。他还提出顿悟渐修说，认为成佛是一个以不二的智慧冥契不可分的真理而豁然贯通的顿悟过程。谢灵运的《辩宗论》［注释：石峻等偏：《中国佛教思想资料选编》第1卷，220～224页。］结合夷夏之别和儒家学说对此说给予补充说明，支持竺道生的观点。
（2）“神”与“佛性”的沟通。东晋以来，神灭与神不灭的争论仍在激化。在中国佛教学者看来，只有主张众生神明相续，才能成为佛，因此，他们都对神灭论思想不遗余力地给以反驳。他们强调神与物不同，它另有来源和去处，成就佛的法身就是成就神的独立存在形式。梁武帝还立“神明成佛”论，强调“神明”即精神或灵魂，既是轮回报应的承担者，又是众生的佛性和成佛的主体，这就把神与佛性沟通起来，为鼓励众生信教成佛提供了论据。
（3）对于阿赖耶识的歧解。大乘佛教瑜伽行派的根本理念阿赖耶识传入我国以后，引起了南北朝一些论师的极大关注，并产生了种种不同的理解。摄论师认为阿赖耶识是妄识，但其中也有一部分净识，强调发展净识，对治妄识，以成就佛果。地论师分为南北两道，南道认为阿赖耶识就是“自性清净心”、“佛性”；北道则认为阿赖耶识是妄识，因此而与摄论师的看法合流。
（4）真心本觉说和真如缘起说的提出。《大乘起信论》把成佛的基础安顿在众生的共有本性上，并把这种共同本性称为“真心”。真心是离开妄念而有其体的，是原来觉悟的。这种众生普遍具有的真心，也是宇宙万物的本体，是万物生成的根据。与此相关，该论还宣扬“真如缘起”说，这是以宇宙的心来统一阐明成佛论和宇宙论以及两者相关联的新学说，其影响甚为巨大和深远。
（5）关于二谛义的争论。二谛指真谛和俗谛。谛，谓真实不虚之理。真、俗二谛是佛教认识论、真理观的根本问题。南朝成实师和三论师都大谈二谛，认为这是对成佛有决定意义的问题。成实师主张二谛相即，三论师认为真谛离有离无，俗谛即有即无，只有综合两者才是中道。梁昭明太子萧统也曾与道俗二十二家反复议论二谛问题。
（6）佛教冥想实践的发展。冥想是佛教实践的根本内容，包括坐禅、念佛等多种方法。佛教初传中国，它的冥想法被视为神仙方术的同类。大乘般若学传入中国后，又把佛教冥想从神异的实践提升为般若的观照。著名僧人昙鸾在研究般若思想的基础上，由信仰长生不老的方术转为虔诚的念佛修行，信奉弥陀净土，祈求永生西方极乐世界，体现了中国佛教的重要追求，它对民间乃至上层知识界产生了广泛的影响。
（7）佛教与儒、道。儒、道、佛三家的关系问题，仍然是南北朝思想领域的重大问题。儒、佛思想斗争的重点是神灭神不灭之争；此外，儒家指责佛教不忠不孝，紊乱纲纪，祸国殃民，受到佛教的抵制。佛、道两教的斗争也甚为激烈。道士打着夷夏之别的大旗，猛烈攻击佛教，指责佛教入国破国，入家破家，入身破身，佛家也大力给以反击。一些佛教学者则强调道家的虚无和佛教的修空一揆，并提出三教同源、三教一致的观点，竭力调和三教的矛盾。
从中国佛教哲学发展的轨迹来看，南北朝时佛教的学风、方法和思想重心都生了变化。讲经风气代替了清淡。“得意忘言”、“彻悟言外”的思维方法，一度又让位于寻章摘句、注释解读。深研经义，自立门户，创建学派，成为佛教的时尚。佛教学者的兴趣转向探求成佛的主体性，从宇宙的心或个体的心去寻求解脱之道。这就带来了修持方法、理想人格和最高境界等一系列重大的变化，并标志着中国佛教和中国哲学由探讨宇宙本体变为探究人类本体、人类本质的历史性转折。
宗派哲学的繁荣
隋唐盛世是军事强大、政治统一、经济发达、文化教育灿烂的时代，也是中国佛教信仰鼎盛的时代，中国佛教哲学进入了繁荣的时期。此时，佛教人才济济，自隋初迄至武则天时，可以说全国第一流的思想家绝大多数都集中在佛学界。这些佛教学者适应国家统一的需要，也循着组织异说、求同求通的趋势，纷纷创建佛教宗派。自隋代直至唐玄宗时，就形成了天台、三论、法相唯识（慈恩）、华严、律、净土、禅、密诸宗，八宗争鸣，竞放异彩。宗派与南北朝的学派不同，“有是创始，有传授，有信徒，有教义、有教规的一个宗教集团”［注释：汤用彤：《论中国佛教无“十宗”》，《汤用彤全集》第2卷，372页，石家庄，河北人民出版社，2000。］。隋唐佛教宗派的形成是中国佛教成熟、兴盛的集中表现，也是佛教中国化的重要标志。
隋唐时代佛教理论的中心也是心性问题。当时一些富于理论色彩的宗派都重视对心性问题，尤其是佛性问题的论述。天台宗十分重视“心”即主体的作用，并对人性的善恶问题给予特殊的关注。法相唯识、华严和禅三宗，都主张从主体活动、主观心性入路，以求成就主体的理想境界。但三宗对心性的论述又有重大区别，法相唯识宗侧重于对个体现实生命的解剖心理现象的分析，从经验的分解入路，以求转变意识，成就智慧，进入佛境；华严宗和禅宗则突出成佛的内在根据，肯定生命的本质是真心或佛心，并强调真心或佛心既能成就佛果，也能开出一切理想的存在。真心是宇宙的心，与法相唯识宗的个体的心不同，表现出两种不同的唯心路线和方法。
下面着重简述中国化的佛教宗派哲学思想的要点，以窥见隋唐佛教哲学的主要特征。
（1）天台宗的止观哲学。天台宗创始人智顗建立了止（定）和观（慧）双修，即大乘佛教“空”的哲学与实践相结合的体系。他以空论哲学智慧为基础，把佛教实践系统化，并揭示了通过在哲学指导下的实践进而跃入深邃境界的途径。这就纠正了以往佛教学者对般若思想空泛理解的偏颇，推动了信仰实践的主体化，使佛教成为真正的中国宗教，因而具有划时代的意义。在哲学上，天台宗的中心思想是阐述宇宙万物实际相状的实相论。“一念三千”和“三谛圆融”两个命题是构成实相论的两个主要层面。“三千”指三千种世间，表示宇宙万物。所谓一念三千是说三千种世间，宇宙万物，具在微细一念心中。又，表现每一现象的原理是圆融三谛（空、假、中），空、假、中同时具于一念。空、假、中都是真实的，故称为三谛。三即一、一即三，三一圆通，无障无碍，是为三谛圆融。一念中呈现宇宙万物并同时观照每一事物的空、假、中，构成为天台宗观法修行的基础。天台宗的实相论具有鲜明的宗教认识论的内容，也具有宇宙论的意义。唐代天台宗人又吸取《大乘起信论》的真如说，以为真如即佛性，由此提出了无情有性说，强调一切无情的草木、山石、砾尘，皆有真如佛性。这与当时佛教心论思潮相呼应，而把天台学重心转到心性论上来，并对以后天台宗思想的发展有着重大影响。