在很多年前的、遥远的西方，一个对星辰和大地比对经书和苦修更感兴趣的僧侣靠自己的观察、演算和冥想得出了一个推论。他虽然不敢保证这个推论接近绝对的事实，但也对它的合理性满怀信心。他想：如果这并不是真理，至少它可帮助更有智慧的人找到真理吧。于是，他把这个推论以及观察得来的数据、演算和推理方法写进了一本书里。这本书在意大利那些热衷于探索知识的人之中秘密流传。
当正统的教士们终于得知这本书里惊世骇俗的的理论时，他们义愤填膺，毫不迟疑地判决他为异端，开始了对他的追捕。起初，这僧侣带着他的书逃亡到过许多地方。而即便是在途中，他也不忘记观察星辰。当他在黎明时分疲倦地骑在马上时，他会因第一缕照临的阳光而振奋，好像他是第一次看见阳光。
他逃亡了许多年，而对他的判决也从没有撤销。这一天，在边境的一个小城里，他突然觉得这条路已经走到终点了。这可能是因为疲倦，也可能是因为尊严。
他的朋友，一个对他的知识和人格都无比尊敬的人，也是他这一段逃亡路上的旅伴，对此感到困惑。
“要是如你预感的那样，我们现在就应该赶紧离开，我们可以去法国，寻求法王的庇护。”朋友对带着某种宿命般平静的僧侣说。
“我衷心希望你去那里，”僧侣真诚地说，“带上我的书，用你的智慧、雄辩向他们说明这个猜测。我将留在这里，等那些人。我知道，他们就快来了，我不想连累你。”
“我并不害怕被连累，可你不应该守在这儿等死，像饮鸩的苏格拉底！难道这不是智者的愚蠢嘛？”朋友愤然地说。
“我已经不想再去任何别的地方了，现在死亡对我已经不再可怕，可怕的反而是无休无止的逃亡。”
朋友无法说服固执的僧侣，只能在僧侣的一再催促下带着他修改后的书独自去法国。僧侣将他送出小城，直到通往边境的山道上。他紧紧拥抱朋友，说：“永别了，我最忠诚的朋友，你的友谊和真理对我同样重要！”热泪盈眶的朋友跨马而去，消失在晨雾弥漫的路上。僧侣为他向上帝祈祷平安，然后独自步行回家。他确定已听见了追捕者的马蹄声，但他心灵平静。
他在潮湿寒冷的房间里等待，从狭长的窗户里眺望白天和黑夜。他想着死亡、肉身、灵魂，还有时间的反复性和宇宙的无限性。他给一个住在西耶那的朋友写了最后一封信，在信里写道：宇宙几乎是无限的，它是由无数个世界所组成。但每一个世界又都是有限的，那么，经由这有限的世界所构成的宇宙就不能说是完全无限或绝对无限的。而另一方面，神（有形的或无形的）则是完全无限的，整体的他就存在于整个的宇宙中，无穷尽而且完全地存在于每一个世界的每一个部分中。
如他所预料的那样，数天后他就被抓获了。他被押送回罗马，沿途受尽顽固教众们的侮辱。他们肆意辱骂他，用污水、畜牲的粪尿泼得他一身一脸。他看着那些被恨意扭曲的面孔，没有怒火，只有怜悯，他想：但愿上帝能以智慧使他们得到片刻的欢愉……
裁判所决定给这个变节者一个改过的机会。他们说，如果他愿意写另外一部书来否定他的理论，他就可获得赦免。他拒绝了，为此遭受了严酷的刑罚。他们又说，他只需要公开宣布推翻以往书中的荒谬理论，就能得到上帝仁慈的宽恕。这个原先的僧侣说，如果他祈求上帝的宽恕，他将祈求上帝宽恕他的无知和愚昧，而不是已知和探求。执法者为他“驱魔”，这意味着鞭挞、饥饿、水牢。最终，由于“灵魂已完全被魔鬼攫取”，他被判处火刑。
反叛者在众人的诅咒中经受炼火而死，在他的住所中搜出的所有书稿都被付之一炬。但不久之后，他的怪诞、张狂的理论竟然在荷兰、法国等地广为流传。接着，烧死魔鬼那件事也在读书人中间激起了怒火。判决者发现，最可怕的魔鬼不是隐匿在人的身体里，而是隐匿在书籍里。可如何捕获那书中的魔鬼？由于判决者始终没有找到一个方法，书里的魔鬼竟变成了世代相袭的思想（也许它只是追求真理，并不刻意反叛，却因为迫害而被迫化身为卡尔杜齐所谓“理性的复仇力量”）。这或许因为，无所不在的神存有无所不在的宽容，对于智慧的魔鬼亦然。