康有为经学思想的变化密切关联于他对朱子的评价。前已述及，在《教学通义》中，康有为一方面认为朱子为孔子之后第一人，另一方面又认为朱子对孔子改制之意未能深思。实际上这是康有为评价朱子的一个终生未变的基调，尽管不同的时期具体的表述有所不同。特别值得一提的是，上面提到的康有为在光绪十五年游白鹿洞紫阳书院时写的那三首诗，是可以和《教学通义》的第十四章“尊朱”对照着读的，而其中又有新思想出焉。在《谒白鹿洞紫阳书院》的第二首诗中，有“江右争朱陆，晦庵实太上”之句，表明康有为对朱熹的评价远在陆九渊之上；又有“煌煌遗规在，吾道有蕲向”之句，表明康有为颇有继承朱子事业的意向；而末句“小生独对亭，临风浩怊怅”，更将他思慕朱子的情绪发挥得淋漓尽致。（参见《康有为全集》第十二集，169页。康有为以继承朱子的事业为志向这一点充分表现在《教学通义》一书中，详见后面的分析。）在《再题》中，对朱子的评价与《教学通义》中基本一致而又发新意：“汉宋有晦翁，集成学为至。理气穷太极，治行高揭厉。心性撢精微，训诂新义例。余事事诗文，旁及《参同契》。滂博无不该，精粗无所滞。居敬以穷理，中正岂有弊？《大学》与《中庸》，纯粹有次第。《孟子》配《论语》，洙泗心传继。五经失微言，四书发大义。八百年学风，无出新安制。实为新教主，后圣范一世。大鉴易佛法，路得改耶系。三子大力人，鳌负摇地势。大道虽未闻，太平法尚蔽。此乃刘歆罪，难为考亭喟。”（《康有为全集》第十二集，169页。）其中所发新意除了前面论及的“刘歆变乱六经而致使朱子未闻孔子太平之法”的观点之外，更有意思的是，康有为在此以朱子为新教主，并将朱子与改易佛法的大鉴和尚（即慧能）和改革基督教的马丁·路德相提并论。我们知道，梁启超曾言康有为乃“孔教之马丁·路德”，据说这出自康有为的自况。而早年的康有为是以马丁·路德比拟朱子的。（在写作于1904年的《德国游记》中，康有为又将路德与朱子相比，并对各自的改教作了具体的评说，提到中西争教之差异源于各自立教之不同：“路德创开新教，今四百年间行遍大地，已逾万万人，实为日耳曼第一人才。以儒教之朱子、慧能比之，拨弃旧教而一统则过之，若法力气势之披猖，似尚未能逮彼也。盖立教本自不同，彼抗旧教，至相杀百万，吾国争教惟事纸笔，且初始压力亦无其大也。”（《康有为全集》第七集，409页）将朱子与路德相比促使我们思考以朱子为代表的宋代新儒学在儒教史上的意义和地位，这当然是一个非常重要、也非常宏大的课题；简而言之，关联于史学界的唐宋转型说，宋代以来的新儒教的一个显著特点是从原来对礼乐的高度重视转向对道德的特别强调。）
康有为对朱子的评价也多见于康有为讲学的内容中。在写作于1891年的《长兴学记》中谈到讲学时有一段论及古今学术源流及应有之走向的话，可以代表康有为确立其今文经学立场之后的定论。梳理一下他的看法，大概有以下主要内容：其一，“孔子之学，有义理，有经世。……后世学术日繁，总其要归，相与聚讼者，曰汉学，曰宋学而已”。其二，“宋学本于《论语》，而《小戴》之《大学》、《中庸》及《孟子》佐之，朱子为之嫡嗣，凡宋、明以来之学，皆其所统，宋、元、明及国朝学案，其众子孙也，多于义理者也”。其三，“汉学则本于《春秋》之《公羊》、《穀梁》，而《小戴》之《王制》及《荀子》辅之，而以董仲舒为《公羊》嫡嗣，刘向为《穀梁》嫡嗣，凡汉学皆其所统，《史记》、两汉君臣政议，其支派也，近于经世者也”。其四，“夫义理即德行也，经世即政事也。然孔子之道大，弟子惟颜子得之，子贡知之，自余皆因其质之所近，各得其一体。孔子曰：吾志在《春秋》，行在《孝经》。以《春秋》传商，《孝经》传参。《孝经》，义理也；《春秋》，经世也。二书皆曾子、子夏得之，又最老寿，弟子最众，诸贤皆不及也”。其五，“二家弟子，集为《论语》，故《论语》者，曾子、子夏之学。叶水心谓：曾子将死时，以颜色、容貌、词气三者为道，未为知道。考《大戴·曾子》十篇，皆修身寡过之言，终身战兢，不敢稍失。《论语》中如以约鲜失，耻言过行之说，与《立事篇》同，必其门人记之。孔子曰：参也鲁。盖坚毅自守之士，其于孔子思易天下，‘吾为东周’、‘坚白缁涅’之说，盖概乎无所得矣。子夏洒扫进退之教，丧明之哭，盖当孔子没后，境诣尚狭小如此。故孟子谓曾子与子夏皆守约之人，诚笃论也。但长于文学，故《诗》、《礼》、《春秋》皆以传之。子夏只能传经，故孟子以为‘未得圣人之全’，荀子以为‘正衣冠、尊瞻视，嗛然终日而不言’，亦似得其实也。夫言孔子之道，至可信者莫若《论语》，然实出二子门人之手，其传闻附会，误当不少。……故使《论语》出于曾子、子夏之手，其偏失已多，况出于一再传门人之所辑哉！画象经再摹而失真，碑刻经数翻而易貌，以孔子大圣至仁，斯人是与，叹发凤鸟，梦想周公，道长于齐、陈、宋、卫，迹疑于南子、公山，叹荷蒉之已果，追楚狂而与言，及今所记，犹见万一。使颜子、子贡、子张操觚纂录，其精义妙道当何如耶？以伊尹之圣，孟子所记如是，而今《论语》自举伊尹外，无一言及，其为佚文无疑。传守约之绪言，掩圣仁之大道，后来虽以孟子之恢廓，犹云‘穷则独善其身’，自是儒者守为成法。盖儒者隘其道，黔首薄其泽，自兹矣”。其六，“若宋学变为心学，汉学变为名物训诂，又歧中之歧也。至于今日，则朱、陆并废，舒、向俱亡，而新歆之伪书为经学，荆舒之经义为理学。于是，汉学、宋学皆亡。盖晦盲否塞极矣”。其七，“今与二三子通汉宋之故，而一归于孔子，譬犹道水自江河，则南北条皆可正也”。其八，“今言孔子义理之学，悉推本六经，而《易》为孔子自著之书，尤以为宗。《论语》为后世语录之类，不可尽据。虽采《论语》，亦为别白明之。庶几孔子之仁，益光大昌洋，以发来学”。其九，“孔子经世之学在于《春秋》。《春秋》改制之义，著于《公》、《穀》。凡两汉四百年政事、学术皆法焉，非如近时言经学者，仅为士人口耳简毕之用，朝廷之施行概乎不相关也。礼学与《春秋》同条共贯，《诗》、《书》所述，交相发明，盖孔子经世之学，略可窥焉。然古今递嬗，事变日新，故《春秋》立三统之法以贻后王。汉儒笃守《春秋》，知所尊矣，然三统之义，亦罕有心知其意。惟《易》明穷变通久之理，求孔子经世之学，亦以《易》为归焉”（《康有为全集》第一集，347~349页。）。
这里尤可注意者，首先是康有为对《论语》的看法。他认为《论语》为曾子、子夏之学，有守约隘道之弊，而注重义理、德行的宋学则正是曾子、子夏之学的继承者，因而走的是一条歧出之路。其次，康有为认为在这条歧出之路上，朱子最为巨擘，最为正统，最为近道，而认为宋学变为心学乃歧中之歧，或如所言，“宋、明义理之学，自朱子书外，陆、王心学为别派”。还有一点也很值得玩味，康有为在此颇推重《易》，认为无论是讲孔子的义理之学还是经世之学，都要以《易》为归。与此相关的一点是，他与宋儒一样在义理之学上非常推重《中庸》，且他认为《中庸》的思想来自《易》之乾坤二卦。（《万木草堂口说》中记载说：“《中庸》义理，出于乾坤二卦。”（《康有为全集》第二集，155页））众所周知，宋儒的义理之学即来自《易》，这也表明康有为在义理之学上其实与宋儒颇有一致之处。
康有为对古今学术源流的这些看法也多见于他的讲学内容和其他著述中，虽然前后表述或有不同，但核心观点可以说是基本未变。在1891年7月28日写给朱一新的信中，康有为为自己的立场辩护时多借宋儒、朱子为说。信中一开始，康有为澄清了朱一新的一个误解，即朱一新误认为康有为的学问是承乾嘉之余绪：“惟区区此心，公尚未达之，似以为有类于乾嘉学者，猎琐文单义，沾沾自喜，日事闻而敂其论，果有关于风俗人心者则无有。若是，则为君子之摈斥也固宜。”（康有为：《与朱一新论学书牍》，见《康有为全集》第一集，314页。在《南海师承记》中记载了康有为对清代汉学家品行方面的批评，其中也涉及康有为对宋学的认同和维护：“江藩人品最劣，所著《国朝宋学渊源记》，左袒汉学，于宋学则收其劣者。为诸生时，阮文达延之修《广东通志》，贿赂风行，挟文达之私书以招摇，文达亦无如之何也。段金坛为巫山令，贪污特甚。孙渊如为山东粮道，受贿三四十万。可知汉学之人专务琐碎，不求义理，心术最坏。”（《康有为全集》第二集，258页））在对乾嘉之学提出直接的批评之后，康有为自陈自己其实是宋儒的继承者：“但仆之为教，亦不敢以考据浮夸领率后生。今将门人功课部缴呈一二，览之亦可见鄙志之所存。盖皆宋儒之遗法，非敢薄之也。”（《康有为全集》第一集，314页。关于万木草堂的功课簿，梁启勋在《万木草堂回忆》中说：“功课簿是万木草堂一件重要制度。每见学生写一条简短的疑问，而康先生则报以长篇的批答。……同学们的功课簿写满之后，先生令存入书藏，供新来的同学阅览，谓等于听他的讲义云。……功课簿之外又设一本厚簿，名曰蓄德录。每日顺着宿舍房间，以次传递，周而复始。各人每日录入几句古人格言、名句或俊语，随各人意志之所好，写什么都可以。譬如写‘学而时习之，不亦说乎’等等均可。这些格言、名句除写在蓄德录外，同时用一张小纸写出，贴在大堂板壁上。它的作用，是用以提起各人的警惕，引起各人的兴趣。每隔三五个月，先生也拿去翻阅一次，借以验其个人思想之所趋向，不无补助。”（夏晓虹编：《追忆康有为》，190~191页）可见康有为的讲学，对于宋儒所重视的义理、德行非常重视。）之后他又说明他的立场虽与宋儒不同，且包含着对宋儒的批评，但他既曾服膺朱子，故对朱子一直保持着很高的评价，且认为与朱子相比，陆子滞于一隅而不举大体：“牛毛、茧丝析之至细，条理、枝叶敷之至繁，博大精深，前儒惟朱子有之，它不能也。仆生平于朱子之学，尝服膺焉。特儒先有短，正不必为之讳耳。朱子教人以持敬之学，最美矣，而于经义何尝不反复辩论？即《诗序》之偏，亦谆谆日与吕伯恭、陈止斋言之，岂亦得责朱子舍义利、身心、时务不谈，而谈此《诗序》乎？盖学固当本末兼备，未可举一而废百，亦不能举空头之高论，抹杀一切也。朱子之学，所以笼罩一切而为大宗者，良以道器兼包，本末具举，不如陆子、止斋之伦滞在偏隅，如耳、目、鼻、口之各明一义，不举大体也。孔子之学，所以师表万世者，更以道器兼包，本末并举，不如诸子之各鸣一术也。”（同上书，315页。）
在写作于1894年的《桂学答问》中，康有为在谈到“当读义理书”时特别强调要熟读、精读朱子的书：“宋儒专言义理，《宋元学案》荟萃之，当熟读。《明儒学案》言心学最精微，可细读。《国朝学案小识》可备源流。《二程全书》、《朱子大全集》、《朱子语类》可精考。《正谊堂全书》可涉猎。《近思录》为朱子选择，《小学》为做人样子，可熟读。司马《书仪》、朱子《家礼》皆近世礼所从出，宜参考。千年之学，皆出于朱子，故《语类》、《大全集》宜熟读。《学案》最博，可通源流，皆宜精熟。数书宜编为日课，与经史并读者。《小学》尤为入手始基也。”（《康有为全集》第二集，22页。此内容亦见于《南海师承记》。）
在张伯祯根据门人1896年万木草堂听讲笔记整理而成的《康南海先生讲学记》中，我们看到，康有为又以沉潜与高明说朱、陆之别，并拟之以孟、荀之别：“至宋儒发挥理学，分朱、陆两派。朱子沉潜，一近圣人实学，有似荀子。陆子高明，一近圣人大义，有似孟子。要之，教人以实学为上，故朱子后学，成材较多，而明儒一代学问，皆宗陆子。”（同上书，107页。）对朱子的评价与之前也基本一致，而表述又稍有差异：“南宋之学，朱、张、吕、陆四大家，别有永嘉之学，朱子集其大成。……朱子不治《春秋》，专言义理，于孔子之道得一半。……其精力全在四书，而于《大学》、《中庸》为最，于六经不甚精通。”还提到“后汉气节，孔子治效之极也；晚明气节，朱子治效之极也”（同上。此内容亦见于《万木草堂口说》。）。
在1896年门人记录的万木草堂听课笔记《万木草堂口说》中，我们看到，康有为以公羊、穀梁之学区分孟、荀，又以孟、荀区分朱子与陆、王：“孟子，公羊之学。荀子，穀梁之学。孟子高明，直指本心，是尊德性，陆、王近之。荀子沉潜，道问学，朱子近之。”（《康有为全集》第二集，135页。）对朱子的批评主要是说他对制度重视不够：“五百年来，义理则出朱子，制度则不然，朱子少言制度。”（同上书，146页。）对阳明的批评主要有两点。一是说他“入佛学”：“王阳明谓：‘戒慎恐惧是工夫，不睹不闻是本性。’征以《易》之‘终日乾乾，夕惕若’，可知阳明翻案，已入佛学。”（同上书，166页。此处编者断句有误。《万木草堂口说》中相关的记载是：“‘戒慎恐惧’与《易》‘乾惕’二字合，不外一敬字。故《易》言‘敬以直内’，最的。‘时时’在‘不睹不闻’前，‘戒慎恐惧’便是中。孔子说是以‘不睹不闻是本体，戒慎恐惧是工夫’，王阳明谓‘戒慎恐惧是本体，不睹不闻是工夫’，入佛学。”（《康有为全集》第二集，169页）又说：“陆子之学，专以悟为宗，如膜中烈日，此佛学也。”（同上书，139页））二是说他近于高明而不中庸：“孟子之道近于广大而不精微，陆子静、王阳明近于高明而不中庸。”（同上书，172页。）
在张伯祯根据门人1896—1897年万木草堂听讲笔记整理而成的《南海师承记》中，我们看到，康有为如是裁定朱、陆：“朱学善于陆，包陆在内”，“朱子能正陆子之偏”（同上书，254页。），“陆子静之学……亦有补于朱子之学”（同上书，253页。）。这基本上可以说是康有为对朱、陆关系的一个最具概括性的论断。此外，康有为又以士人之学与人人之学区分朱、陆：“朱子之学，为士人说法。陆子之学，人人皆可学。王学亦然。”（《康有为全集》第二集，253页。此处编者断句有误。）
由此可见，康有为对陆、王之学的评价远低于朱子之学。而且还可以证明，康有为的这种看法一直延续到晚年。任启圣在《康有为晚年讲学及其逝世之经过》一文中提到康有为69岁时在天游学院对弟子“特开《中庸》三堂，宣明教义”时说的一段话：“《中庸》言博学、审问、慎思、明辨、笃行，为孔门教人求知力行之精义。王阳明之良知良能，粗浅不足道，其人可重，其学不足言也。”（夏晓虹编：《追忆康有为》，381页。）那么，何以学界口耳相传，都认为康有为在尊德性、道问学的工夫上最服膺陆、王之学呢？实际上，这一与事实有所出入但广为流传的看法主要来自梁启超，而与康有为自己的修养经历以及他收服弟子惯用的方式、弟子对他讲学容易发生的触动点和共鸣点有关。