这个规定的一个特别之处，是强调了学校设立经科这一条。1904年，张之洞、张百熙等主持的《癸卯学制》颁布，大约也是从那时起，康有为屡屡强调学校读经的重要性。1912年1月，中华民国教育部颁布《普通教育暂行办法》，其中规定小学废止读经科。1912年4月，蔡元培发表《对于教育方针之意见》，明确反对学校读经，该意见随后成为教育部制定教育政策的理论根据。因此，康有为在《拟中华民国宪法草案》中强调学校设立经科是有明确的针对性的。但之后的情况并没有什么改观，到1913年8月《壬子癸丑学制》颁布，大、中、小学的经科皆被废止。在1916年9月写给当时教育总长范静生的信中，康有为专门针对“各国小学皆不读其教之经，则我何妨取法之”的论调进行了反驳。他的核心看法是，在读经问题上，“我国必不可法欧美之小学，盖有二焉”：“夫欧美之学校之可不读经，以其人人皆被教会之教而无人不已读经也；学校之不读教经者，以其不切于治，而非同孔子之经之治教兼备也。”（《康有为全集》第十集，323页。）其申论中国无教会故应当在学校设读经科曰：“吾国既无教会之特别学堂，又无神父、牧师之家喻户晓、七日宣讲，又无人民之七日礼拜拳跪读经，若吾国果禁读经也，则驱全国之儿童、国民子弟终身不知有经。则二三十年后，经必绝于天下。此其为灭孔教之法，诚至捷矣，其如全国人心风俗将何归乎？”（《康有为全集》第十集，322页。）其申论佛、耶之经不切于治而孔教之经与之有异故不可不读则曰：“且夫孔子之经与佛、耶之经有异。佛经皆出世清净之谈，耶经只尊天养魂之说，其于人道举动云为，人伦日用，家国天下，多不涉及，故学校之不读经，无损也。若孔子之经，则于人身之举动云为，人伦日用，家国天下，无不纤悉周匝，故读其经者，于人伦日用，举动云为，家国天下，皆有德有礼，可持可循。故孔子之教，凡为人之道。故曰‘道不远人，人之为道而远人，不可以为道’。若不读经，则于人之一身举动云为，人伦日用，家国天下，皆不知所持循。孰是孰非，孰从孰违，伥伥乎何所知，茫茫乎何所归。无教之人，魂失凭依，举国之人而失魂也，何以立国为？”（同上书，322~323页。）
由此可见，康有为强调学校设立经科，一方面是鉴于孔教缺乏面向民间的敷教制度——我们知道，这是康有为在《教学通义》中提出来的一个一直非常重视的制度关切，另一方面，则是激于民国不断废止经科的政治现实。陆宝千曾说：“然长素于民国初元所以大声疾呼以孔教为国教者，尚有内激之因缘，则政府之明令废孔是也。”（陆宝千：《民国初年康有为之孔教运动》，载《中央研究院近代史研究所集刊》第八辑，1983。）实际上，康有为辛亥以后有关孔教的很多方面的言说和行动都是激于当时毁文伤教的政治现实。（即使是1917年康有为参与张勋复辟，在很大程度上也是内激之因缘所导致的后果，特别是考虑到康有为在辛亥之变后对清帝退位的拥护态度。对此，曾亦说：“南海毕竟以民主共和为高，晚年虽以虚君共和适合国情，亦未必遽以复辟为惟一途辙，实民初废孔举措有以激成之也。”（曾亦：《共和与君主》，282页，上海，上海人民出版社，2010））在写作于1913年5月的《覆教育部书》中，康有为针对教育部明令孔庙学田充公这一事件，质问说：“闻自共和以来，百神废祀，乃至上帝不报本，孔子停丁祭，天坛鞠为茂草，文庙付之榛荆。钟虡隳顿，弦歌息绝，神徂圣伏，礼坏乐崩，曹社鬼谋，秦庭天醉。呜呼！中国数千年以来，未闻有兹大变也！顷乃闻部令行饬各直省州县，令将孔庙学田充公，以充各小学校经费。有斯异政，举国惶骇。既已废孔，小学童子，未知所教，俟其长成，未知犹得为中国人否也，抑将为洪水猛兽也。呜呼哀哉！何居我闻此政也，抑或误效法国之革命，举教产以充公乎？则彼新旧教争，所毁者教皇之旧教耳，其敬奉者固在路德之新教也，其尊基督如故也。犹吾国昔逐荀子、郑康成于文庙外，而尊孟子、程、朱云耳，于孔子无损也。今乃公然收文庙之祭田，则是直欲废黜孔子矣。在诸公久停丁祭，不敬已久，宁在此举。然贵部主持教化，教者文行忠信，不知以何为教？育者果行育德，不知以何为育也？”（《康有为全集》第十集，115页。）
此内激之因缘亦牵涉到与民俗有关的其他宗教。写作于1913年2月的《议院政府无干预民俗说》就是康有为针对民国破坏民俗的现实而发，其中特别谈到宗教问题，呼吁政府保护各种宗教在中国社会的自由发展。他以广东的情况为例，说明民国破坏民俗的状况的严重性，比如在谈到“藉口破神权之故，而破人民之财产生计”时他说：“如七月锁城隍庙门，扭庙之神头；毁黄大仙祠，以铁练锁黄大仙而枪击之，又投诸河。禁神诞，禁打醮，禁烧衣，捉喃巫者，令穿道衣下狱半月。因此之故，业香纷香烛贩檀香者失业。芳村生花失业，陈村碧江元宝金银纸失业，致数万人无所衣食。佛山五色衣、纸神镜、神花、神位、金银纸、醮料失业，全佛山男女数十万以神事为业，今则数十万人无所衣食。盐步大沥制爆竹者十数万人失业，男妇无所衣食。尤可惊者，甚至烧阴骘文版，而龙藏街全街店铺失业，善堂无以为劝讲之计，小民无自闻劝善之言。”（《康有为全集》第十集，24页。其列举的其他问题还有“藉口行新历之故，夺人民之权利自由”、“藉口于讲卫生之故，而夺人民之财产生计者”、“藉口于改良风俗之故，而夺人民之财产生计，害人民之生命”、“藉口于欧美文明，而夺人民之财产与人民之自由”以及“藉口于平民主义而侵人民之自由及家宅”等方面。）然后，他指出宗教乃风俗之源，根据宪法政府不应当干预：“至于神道设教，尤为大义。管子所谓‘不明鬼神则陋民不悟’，孔子所谓‘明鬼神以为黔首，则百官以畏，万民以服”。至于各教，有一神多神之异，此乃立法之少殊。至于鬼神为德，在上在旁，以临悚人民，惩恶劝善，俾之斋明诚祀，其义一也。日本变法盛强至近矣，而神庙数万，植有松村六百户，而神社五百余者，政府何尝过问之。今即天主之教，何尝不燃矩过百，陈灯光明，而后为祭哉？此为宗教之事，风俗之源，尤非政府所能干预。若以握一日之政权，遂敢妄行，明背宪法，至令数十万人衣食于是者一旦尽失，试问宪法所以谋人民之安宁幸福者安在哉？”（《康有为全集》第十集，25~26页。）
康有为建言保护佛教、道教及其他各种宗教，与他立孔教为国教加信仰自由的政教主张是完全一致的。令人慨叹不已的是，民国以前，至少从1895年公车上书开始，康有为屡屡呼吁朝廷将不在祀典的淫祠废掉，改为孔庙或学校，而民国以后，随着科学观念的影响僭越性扩展到人生观的问题上，孔庙——当然还有其他一些宗教的行教场所——却被当作类似于淫祠一样的东西废掉了。
另外，在孔教会主导的定孔教为国教的运动中，其他宗教有反对者，亦有支持者，其中反对声音最大的来自基督教界。（曾亦说：“民初孔教运动的开展及失败，与基督教的活动有莫大关系。盖自清末预备立宪以来，基督教即试图在将制定的宪法中确立信教自由的条款。民国以后，随着孔教活动的开展，以基督教为主，包括佛、道、回在内的宗教界，积极努力，反对定孔教为国教，呼吁信教自由。基于反孔教组织的巨大声势，袁世凯表示，‘自未便特定国教，致戾群情’，‘至于宗教崇尚，仍听人民自由’。至于南方的孙中山，亦有信教自由的承诺。袁氏帝制失败后，陈焕章等再度试图在宪法中‘明定孔教为国教’，各地基督教乃组织政教分离请愿团、基督教公民宪法请愿团、信教自由会等，极力指斥孔教与帝制的关联，甚至称孔教乃中国近代衰弱之祸根，遂致孔教之国教化再度失败。”（《共和与君主》，264页）另外，关于国教运动中孔教与其他宗教的关系，参见韩华《民初孔教会与国教运动研究》一书第十章。值得注意的是，两次国教运动中都有佛、道等宗教团体向参众两院请愿、上书，支持定孔教为国教，尽管在第二次国教运动中来自佛、道等教的反对声音加强，而其理由则曰：“孔教苟废，则各教必不能独存，应请列入宪法，定孔教为国教，庶与信教自由并行不悖。”（中国道教公会：《上参众两院请定国教书》，载《尚贤堂纪事》，第10册第7期，1916，转引自韩华：《民初孔教会与国教运动研究》，249页）相比之下，两次国教运动中宗教界反对定孔教为国教的声音主要来自包括新教和天主教的基督教界。）而在民国初年针对孔教的行动中，基督教界非常有效、充分地利用了孔教是不是宗教这个引起争议的话题：从1912年3月11日《中华民国临时约法》颁布后，基督教界屡屡以其中“人民有信教之自由”的条款呼吁废孔，其根据则是以孔教为宗教；而在两次国教运动中，基督教界又以孔教非宗教为其反对定孔教为国教的主要理由之一。（这两个方面分别参见韩华《民初孔教会与国教运动研究》一书23页以下和240页。）就是说，基督教界的策略是，在废孔的时候把孔教作为宗教看待而以信教自由非难之，在反对定孔教为国教时则又说孔教非宗教故不能定为国教。以至于后来达到如此地步，1917年5月4日，不仅是定孔教为国教的议案被宪法审议会否决，而且，竟然在将1913年宪法草案第19条第2项“国民教育以孔子之道为修身大本”撤销的基础上，又将第11条“中华民国人民有信仰宗教之自由，非依法律不受限制”的条文改为“中华民国人民有尊崇孔子及信仰宗教之自由，非依法律不受限制”。这一改动意味着宪法不得不专门就尊崇孔子的自由做一规定，可见当时孔教处境的艰难。
然而，很快在随后的1920年代，基督教界就遭遇了来自中国社会、特别是由活跃的知识阶层主导的、对基督教在中国的发展产生很大影响的非基运动。非基运动除了诉诸基督教与西方列强的帝国主义之间的明显关联之外，宗教与科学的对立也是持论者所诉诸的一个主要理由。虽然从表面上看，后来的非基运动与早先国会否决定孔教为国教的宪法事件没有什么关联，但试想一下，如果定孔教为国教的议案被通过，就是说，康有为立孔教为国教加信仰自由的政教主张得以实现，那么，服膺孔教的人士则不会在非基运动兴起之时保持沉默，因为他们与那些持科学主义态度的激进人士不同，深知宗教对于现代生活——无论是个人的，还是国家的——的重要意义，不会认为宗教将随着科学的昌明和历史的进化而消亡。因此，在一定意义上，遭遇非基运动也是中国基督教界废孔行动的自食其果，客观上也阻碍了基督教在中国的发展。这一点尤其值得当下的基督教界深思。