在《英国监布烈住大学华文总教习斋路士会见记》和《欧美学校图记·英恶士弗大学校图记》中，我们又一次看到康有为就此事为自己辩护。他从国人“得新则弃旧，故绝无古物之留存”的遗憾说起，引出“近者毁佛寺以兴学”的问题，然后提到自己戊戌年间毁淫祠的建议，申说此建议并未针对“有教之庵寺”，并暗示“毁佛寺以兴学”的责任也不在光绪皇帝：“吾戊戌之主毁淫祠，乃为无名之庙宇耳，非有教之庵寺也。即欲毁弃，而一教之大，安有不明下诏书，辨析而后去取之？坐使吏胥之奉行不善，以致僧尼震惊，是岂焕发明诏之初心哉？”（《康有为全集》第八集，37页，或130页。就此事而为光绪皇帝明确进行辩护见诸《戊戌奏稿》麦仲华在国教折下的注：“按：淫祀与教育有异，然奉上谕后，有司奉行不善，寺观多毁。此胥吏讹索所致，非上谕意也。此折可证。仲华注。”转引自茅海建：《从甲午到戊戌——康有为〈我史〉鉴注》，496页。茅海建认为此注是康有为以麦仲华的名义所写。）
此处康有为所谓“近者毁佛寺以兴学”，有着真实的历史背景。1901年，义和团运动之后，慈禧太后主导朝政，推行新政，史称“清末新政”。新政的一项重要举措就是兴学育才。而在如何解决兴办学堂的经费问题上，新政的有关政策文件中的确有“可借公所寺观等处为之”等庙产兴学的内容。尽管这些政策文件对于庙产兴学只是提了一个大略的方向，其中并没有具体的规定，但各地在督抚的支持和官员的主导下，毁佛寺以兴学的现象屡屡发生，直到1905年朝廷颁发保护寺庙产业的上谕。（参见徐跃：《清末庙产兴学政策的缘起和演变》，载《社会科学研究》，2007（4）。）
值得注意的是，在讨论毁庙兴学问题的这些文字之前，恰是前面已经引用过的“宜立儒教为国教，而其余听民之自由信仰”等文字。如果将前后的文字关联起来，那么，我们可以看到，康有为在此处就毁庙兴学问题而为自己所做的辩护就不像《我史》中那样仅限于就事论事，他实际上是将这个问题上升到政治理念和制度安排的高度，就是说，从政治理念和制度安排而言，最能够表明他没有毁他教之思想的，就是在主张立孔教为国教的同时也主张信仰自由。上引国教折的最后一段专门提到其他宗教也是要申说立孔教为国教的同时也要提倡信仰自由：“除各教流行久远，听民信教自由，及祀典昭垂者外，所有淫祠，乞命所在有司，立行罢废，皆以改充孔庙，或作学校，以省妄费而正教俗。”这就是说，如果说康有为后来作国教折，有意就他改淫祠为学堂的建议所引发的毁庙兴学问题而为自己辩护的话，那么，在此折中他的辩护与他在《英国监布烈住大学华文总教习斋路士会见记》和《欧美学校图记·英恶士弗大学校图记》中的辩护是一样的，二者都将这个问题上升到政治理念和制度安排的高度上而提倡立孔教为国教和信仰自由并行不悖。（茅海建就上引“除各教流行久远”这一段话评论说：“根据这一段话，即变成康建议可以保留流行久远的佛、道及祀典所录的各种寺庙观院。康事后补作此论，以为自己洗刷。”（《从甲午到戊戌——康有为〈我史〉鉴注》，496页）这个评论非常容易让人误解为，康有为原本是主张毁各种寺庙观院以兴学，后来又反其初论而为自己开脱。）
另外，国教折中“官立教部以统国教，其余皆听民之自由信仰”的主张，亦见于《官制议》的第十一卷“增司集权”。该书初版由上海广智书局于1904年7月发行，其中多卷刊载于1902—1904年的《新民丛报》，但第十一卷“增司集权”并未在《新民丛报》刊载。在这一卷中，康有为倡导立教部以掌国教，其言曰：“教部掌布宣国教之事。俄、土、波、英皆有教部，与政府对举，最为重要。法、意、普则以教部兼法部，奥、匈、瑞、希则以文部兼教部。盖各国之宪法，信仰各教，虽听人自主，而本国之政治、人心、风俗，则各有其国教之宜，不可失坠也，故皆设教部以统之。中国政治、义理、学校、选举皆出于儒，故礼部者实教部也。但礼部于供奉为多，亦兼领学校、风俗之事，职不专纯，今宜正其名曰教部。各省学政，皆改为提督教事。各府各县皆立教长，各乡皆立掌教。教生即以今举人、秀才之耆宿有德望诚心者充之，以教其乡人。其一县之教长，由各乡掌教公举，而提督教事定之；一道、府之教长，由各县之教长公举，而教部长主之；一省之提督教事，由各道、府之教长公举，而教部长请旨任之；教部长由各省提督教事公举，奏闻而简任焉。自军旅、狱室，皆置教生以教化之。其各县、乡淫祀，皆改为圣庙，立教生以司之。其有教案，皆由教部交涉。其行教于外国者，重赏而后礼之。”（《康有为全集》第七集，311页。）
教部之名，已见于保教折，在那里是说所要立的孔教会“略如外国教部之例”，而“其于礼部，则如军机处之与内阁，总署之于理藩院”，即是以孔教会统属于礼部。前面已经提到，在《教学通义》中，康有为倡议设立道学科，在管理上亦是统属于礼部；在1898年6月21日进呈给皇帝的《日本变政考》中，康有为则建议“改礼部为教部”。在国教折中，康有为的表述则是“官立教部，而地方立教会”，还提到以全国教会之长为教部之最高官职，即教部尚书，没有提到礼部。在《官制议》第二卷“中国古官制”论教官时，康有为一如他在《教学通义》中一样，将敷教之官追溯至“契作司徒”，更提出中国设立教部是在四千年前：“契之司教，盖在教部、文部之间，盖文与教原相近。而中国之为教，并非如各国之托于神道，令人迷信，但在人伦日用之间。各国以佛、回、耶苏之法皆托于神，遂几若言教必托于神，舍神言人若无教者，甚且以中国为无教，真不可解也。岂知中国之立教设部，乃在四千年前乎？”（《康有为全集》第七集，236页。）在《官制议》第十卷“存旧官”中谈到礼部时，康有为说：“今新定百司，不存此部。”（同上书，296页。）于是我们看到在第十一卷“增司集权”中立教部的主张，而其言则曰“礼部者实教部也”，“今宜正其名曰教部”。由此可以看到，教部、教会之名，以及各级教会的教长之名，在各个文本中虽多有不同，但前后意思并没有实质性的差别。只是在保教折中明言以衍圣公为孔教会之长，而在后来的文本中则没有此议。《官制议》第十一卷“增司集权”中还有一些内容与保教折雷同，比如谈到西方教部与政府对举、通过教部解决教案问题、奖赏在国外传孔教者等。但就其核心思想而言则与国教折更为接近，即仍是明确阐发立孔教为国教与信仰自由二者并行之义，且明确提到宪法问题。
在1917年7月19日的《致冯国璋电》中，康有为曾说：“仆戊戌以来主持君主立宪，自辛亥以来主持虚君共和，光明言之，未有改也。”（《康有为全集》第十集，418页。）康有为的君主立宪思想虽然可以追溯到很早，比如约写于1888年前的《实理公法全书》，而其首言立宪，则是在1897年的《上清帝第五书》中，但是，在戊戌变法期间，康有为并没有专门就立宪问题向朝廷提出建议。（《戊戌奏稿》中有《请定立宪开国会折》、《请君民合治满汉不分折》和《谢赏编书银两乞预定开国会期并先选才议政许民上书折》，根据黄彰健等人的研究，皆为康有为后来所撰，对此，茅海建评论说：“《戊戌奏稿》一连三篇精心炮制的另作，大谈开国会立宪法，以至于后人多有误解，将戊戌变法定性为资产阶级君主立宪制的改良主义运动。”（《从甲午到戊戌——康有为〈我史〉鉴注》，698页））康有为明确以君主立宪为其核心的政治主张是在戊戌变法失败后的流亡生涯中。（1899年7月20日，康有为在加拿大温哥华成立保皇会，继续宣扬其君主立宪主张，是一个最明显的标志性事件。）而国教折中立孔教为国教与信仰自由的主张是与其君主立宪思想完全一致的。而且，从上面的陈述和分析可以看到，国教折中有多处内容和康有为后来一些文本中的内容相同。这些内容计有：论神道教与人道教之别而以孔子为文明世之教主；断当下的时代——包括西方——为据乱之世，尚未达至升平之世；驳孔子乃哲学家、政治家、教育家而非教主；说教主、君主纪元并行；倡立孔教为国教与信仰自由并行；辩戊戌废淫祠之策不含佛道寺观；说各国学校皆隶于教等。与国教折的这些内容相同的文本计有：《意大利游记》、《英国监布烈住大学华文总教习斋路士会见记》、《欧美学校图记·英恶士弗大学校图记》、《苏格兰噫巴颠大学参观记》、《官制议》等。值得注意的是，这些文本大都写作于1904年。所以，基于以上的分析，我们可以断言，国教折的写就大概在1904年或稍后。（孔祥吉说国教折是康有为“到日本后重新撰写”（孔祥吉：《康有为变法奏议研究》，385页），茅海建则猜测“其写作时间很可能在宣统年间”（茅海建：《从甲午到戊戌——康有为〈我史〉鉴注》，496页），皆无根据。另外，前面已提及，在写作于1910年9月30日的《论中国宜用孔子纪年》中，康有为说：“昔在戊戌之岁，吾立孔教会于京师，士大夫多从焉。于是奏请令各省、府、县、乡皆立会，公举耆旧志士学人为会长，改教官为奉祀官，诸生为讲生，而京师立教部，令各省公举教部长以总持焉，而于大事以孔子生纪年。事未行而新政败，吾亦逋亡在外，十二年于兹矣。”（《康有为全集》第九集，163页）细察此语当对应于国教折：其中未提以衍圣公为孔教会总理而是说“公举耆旧志士学人为会长”，此与国教折同而与保教折异；其中明确说到“于大事以孔子纪年”，此与国教折同而与保教折异；且《论中国宜用孔子纪年》一文中还有“康熙时学使吴培禁民妇祀孔子”的陈述，此内容亦见于国教折。故可断言，国教折的写就最迟在写作此文之前。不过，既然国教折的内容与系于1904年的其他文本有那么多的相同之处，我们大概可以断言国教折的写作即使不在1904年，也不会太晚。）
既然国教折反映了康有为流亡期间的思想，那么，可以说，国教折是伪而不废。实际上，国教折最能代表康有为流亡期间的孔教思想，他在流亡期间的其他地方谈到孔教问题的，主旨基本上不出国教折，虽然还有一些新的内容值得重视。
关于孔教是不是宗教的疑惑，涉及对宗教概念的理解，而康有为多次为之申说。上引《意大利游记》中区分神道教与人道教的文字，就属于康有为申说孔教为宗教的内容。在那一段文字之前，还有一段更具概括性的文字：“或有谓宗教必言神道，佛、耶、回皆言神，故得为宗教；孔子不言神道，不为宗教。此等论说尤奇愚。试问今人之识有‘教’之一字者，从何来？秦、汉以前，经、传言教者，不可胜数。是岂亦佛、回、耶乎？信如斯说，佛、回、耶未入中国前，然则中国数千年为无教之国耶？岂徒自贬，亦自诬甚矣！”（《康有为全集》第七集，374页。）
而在《英国监布烈住大学华文总教习斋路士会见记》和《欧美学校图记·英恶士弗大学校图记》中，康有为的申说更为具体，主要包括如下三个要点。