康有为在《实理公法全书》中提出的以地球开辟之日纪元以及与此相关的对以圣纪元、以君纪元和以事纪元的批评可以与《大同书》中的大同纪元思想相对照。在《大同书》中，康有为基于他的三世说刻画了人类社会在纪元问题上的进化轨迹。首先，他指出历史上的纪元“或以君主，或以教主，或以立国，大率始于小君主，中于大帝主，而终于大教主也”（《康有为全集》第七集，142页。）。接着，他论及在历史进化过程中以教主纪元何以会取代以君主纪元，并顺带指出中国宜以孔子纪元：“凡人服从君主之权势，不如服从教主之道德。以教主纪年，于义最大，于力最省，允为宜也。若中国既非耶教，自宜以孔子纪年。……从后百年，君主当不现于大地上，君主纪元之义，不俟大同世而先绝矣。非文明大国，亦必不能久存至于大同之世，然则建国纪初祖之义亦必不能存矣。然则所存者，惟教主纪元一义耳。”（《康有为全集》第七集，143页。）然后，康有为提出，以教主纪元与大同之世不相洽，大同之世当以大同纪元：“然诸教竞争，各尊其教，谁肯俯就？此事人人各有自主之权，自由之理，不能以多数胜少数论也。若今日耶元之理，至大至盛矣，然十九世纪、二十世纪等字，终非孔、佛、婆、回之教之人所甘愿。且新理日出，旧教日灭，诸教主既难统一全地，终当有见废之一日。此大劫难挽，亦与国主略同，但少有久暂大小之殊耳。然则君师、国祖之纪元并废，大同之世宜以何者纪年乎？欲为大同之世纪年，即以大同纪年为最可也。地既同矣，种既同矣，政治、风俗、礼教、法律、度量、权衡、语言、文字无一不同，然则不以大同纪年而以何哉！吾敢断言之曰：来者万年，必以大同纪年，虽万国之文字有殊，而义必不能外之也。”（《康有为全集》第七集，143页。）之后又有当今之世宜以教主、大同纪元并行之说：“今欧洲虽久以教主纪年，而又未尝不间纪君主之年者，如日本称立国几年而又称其君主纪年。盖纪事各有宜，不妨大小两元并记之，计久远者从其大元，纪近事者聊从小元，如今中国人亦多有以孔子与君纪元并称者矣。既因现时通俗之宜便，又顺将来大势所必趋，莫若于今两元并纪焉。”（同上书，144页。“于今两元并纪”《不忍》本、中华本作“以教主与大同并纪元”，故知此处的两元并纪是指教主纪元与大同纪元并用。）最后，康有为联系万国同盟之近事，发挥庚子更始之义，提出应以1901年为大同元年：“近年以大同纪元，当以何年托始乎？凡事必有所因，端必有所指，大同因之所托，必于其大地大合之事起之。近年大地万国大合之大事，其莫如俄皇所倡在荷兰之万国同盟矣。是事也，起于己亥，终于庚子。庚者，更也；子者，始也。庚子之冬至为西历一千九百零一年，耶纪以为二十世开幕之一年者。当即以庚子春分为大同元年托始之正月朔日。”（《康有为全集》第七集，144页。）
在《实理公法全书》中，康有为提出以地球开辟之日纪元，是因为他相信通过考明古籍可以确定地球开辟于何时；在《大同书》中，康有为则认为地球开辟于何时无法确定：“大地之生，不知其始，或谓数万年，或谓数百万年，皆推测之说，非必实也。”（同上书，142页。）这实际上意味着他否定了以地球开辟之日纪元的可能性。在《实理公法全书》中，以圣纪元和以君纪元皆在康有为的批评之列；在《大同书》中，康有为则基于他的三世说肯定了以圣纪元和以君纪元的历史合理性，同时也提出这两种纪元将随着历史的不断进化而消亡。两相对照之下，尽管康有为在前后两个文本中对以圣纪元的评价在倾向上有明显的不同，但有一点是清楚的，即他主张在尚未进至大同纪元之前，中国宜以孔子纪元。
康有为不仅在理论上阐述以孔子纪元的合理性，还勇敢地将之付诸实践。之所以说他勇敢，是因为在当时的环境里以孔子纪元是一件很犯忌的事情，既有可能被认为是对正统历法的挑战，更有可能被认为是对当时的清朝皇帝乃至整个大清王朝的不恭。1896年1月12日由上海强学会刊行的《强学报》就是以孔子纪元的，而根据《我史》的记述，以孔子纪元在当时引起了强烈震动，而强学会的被封，亦与以孔子纪元有关：“吾以十二月母寿，须归，先调君勉、易一来办事，急须开报。以用孔子纪年，及刊上谕事，江宁震动。适有京师劾案，遂藉此停止。”（《康有为全集》第五集，87页。）康有为在1896年1月26日写给何树龄、徐勤的信中也提到过张之洞“排孔子纪年”的事情。（参见《康有为全集》第二集，100页。）1897年康有为等人在桂林发起、组织的圣学会，也是以孔子纪元的。
既然康有为在戊戌变法之前就已经有了以孔子纪元的思想和实践，那么，给皇帝上一道建议以孔子纪元的奏折并非不可能之事，虽然事实并非如此。历史学界往往以康有为重撰戊戌奏稿为有意作伪，这种评价忽略了康有为重撰这些奏稿时可能的心境。极有可能的是，康有为重撰这些奏稿时不仅带着很多遗憾，而且处于重演的假想之中。因此，从某种意义上说，康有为重撰这些奏稿是对这些奏稿的重演性改写。于是，不难理解，在这些重撰的奏稿中，改写的内容有的是他戊戌以后才有的思想，有的则是他在戊戌时已经有但由于种种原因当时未能写入奏折的思想。
值得注意的是，在大约写于1902年的《致张克诚书》中，康有为提到戊戌时他曾将以孔子纪元的建议入奏：“仆不幸以身任国事，践于患难，遂不克任此。而夙昔所著之书，发明孔子改制，以孔子纪年，并开孔教会，曾经入奏，微旨所存，未尝一日忘之。”（《康有为全集》第六集，373页。）我们并不能由此推断说国教折的撰写不晚于《致张克诚书》。前面已经论及，《我史》中“光绪二十四年”条下“并进呈《孔子改制考》，请听沿边口岸准用孔子纪年”之语的添加要早于国教折的撰写。《致张克诚书》也可能早于国教折的撰写，因为康有为很早就“相信”自己曾经将以孔子纪元的建议入奏。其实，既然以孔子纪元是康有为很早就有的思想，我们倒是可以由此推测，大概后来康有为一直遗憾自己没有在戊戌期间将以孔子纪元这一条写入建议设立孔教的奏折。
关于以孔子纪元的问题，一个更值得注意的地方是，在国教折中，康有为并不是主张要将原有的纪元彻底废弃不用，更换为以孔子纪元，而是建议将以孔子纪元与原有的纪元并行，其所举的先例即是以开国纪元与时王年号并行的日本。在上引《大同书》论纪元问题时，康有为援引日本的情况以提出宜以教主纪元和大同纪元并行。而同样援引日本的情况来说明中国宜以孔子纪元和清朝原有的纪元并行则不仅见于国教折，也见于《英国监布烈住大学华文总教习斋路士会见记》和《欧美学校图记·英恶士弗大学校图记》：“宜以孔子纪年，以统中国数千年之记事，用省烦渎，而与国朝今之纪元并行，如日本之以明治君号纪元，而又以神武天皇纪元二千五百年同为并行焉。”（《康有为全集》第八集，36页，或129页。）
回到国教折的内容。在说明以孔子纪元的理由之后，康有为将自己的一揽子建议作了总括性的说明：“伏惟皇上圣明，传心先圣，敬教审时，洞达中外，乞明诏设立教部，令行省设立教会、讲生，令民间有庙，皆专祀孔子以配天，并行孔子纪年以崇国教。其祀典旧多诬滥，或人称杂糅，妖怪邪奇，或无功德，应令礼官，考据经典，严议裁汰。除各教流行久远，听民信教自由，及祀典昭垂者外，所有淫祠，乞命所在有司，立行罢废，皆以改充孔庙，或作学校，以省妄费而正教俗。”（《康有为全集》第四集，98页。）
这里既主张立国教、又主张信仰自由的思想亦见诸《英国监布烈住大学华文总教习斋路士会见记》和《欧美学校图记·英恶士弗大学校图记》：“盖他教虽各有神圣，而中国数千年民俗之宜、功德之盛，无有如孔子者，此为吾国国教也。民间乡曲，宜尽废淫祠而遍祀之，立诸生以同讲劝焉，一如欧美人之祠耶稣，立祭司、牧师也。……宜立儒教为国教，而其余听民之自由信仰，如欧人之以耶稣或天主为国教，而以其余听民之信奉自由也。”（《康有为全集》第八集，36页，或128~129页。）
我们说，在主张立孔教为国教的同时又主张信仰自由，这是国教折的一个重要思想，而其中信仰自由的主张不见于保教折。国教折与保教折的这一差别，自然意味着康有为在不同时期思想的差别和立论角度的差别，而导致这一差别的还有一个更实际的因素，这就是康有为《请改直省书院为中学堂乡邑淫祠为小学堂令小民六岁皆入学折》的实际后果。这道奏折大约在光绪二十四年五月十九日（1898年7月7日）由军机大臣廖寿恒进呈于光绪皇帝，之后很快就得到了光绪皇帝的响应。茅海建经过查阅，得知军机处《洋务档》光绪二十四年五月二十二日录有光绪皇帝朱笔修改过的明发上谕，其中的内容“完全来自”《请改直省书院为中学堂乡邑淫祠为小学堂令小民六岁皆入学折》。茅海建还指出：“这是康有为奏议第三次被直接采用。”（茅海建：《从甲午到戊戌——康有为〈我史〉鉴注》，495页。）关于光绪皇帝对这道上谕的重视，茅海建指出：“此后，光绪皇帝对此道谕旨的执行情况十分关注，并对各地的落实与进展十分不满，七月初三日、初十日另有两道谕旨令各省迅速将办理情况上报。”（茅海建：《从甲午到戊戌——康有为〈我史〉鉴注》，495页。）在光绪皇帝的这道上谕中，关于改民间淫祠为学堂，是这么说的：“至如民间祠庙，其有不在祀典者，即著由地方官晓谕居民，一律改为学堂，以节糜费而隆教育。”（同上书，494页。此处茅海建还指出，上谕中“即著”原为“不妨”，“晓谕居民，一律”原为“酌量”，两处皆由光绪皇帝朱笔改成，使其语气加重不少。不过，总的来说，光绪皇帝的这道上谕是非常平实的，甚至与康有为的奏折相比也是如此。整个上谕中没有出现“淫祠”的说法，只是说“其有不在祀典者”，而且，在康有为的奏折里，还有令礼官“考据经典，严议裁汰”以整顿“旧多诬滥”之祀典的建议，在光绪皇帝的上谕里则没有这一条。）关于这段改淫祠为学堂的谕旨所导致的实际后果，茅海建说：“此段谕旨引发此后全国性改庙为学的风潮，各类庙产被夺事件层出不穷，许多著名的庙宇被勒索。这也成了康有为后来的罪名之一。”（同上书，496页。）
事实的确如此。“庙产兴学”的政策在各地的确导致了很多庙产被夺事件，从而也成了康有为后来的罪名之一。梁启超在《戊戌政变记》中将改淫祠为学堂的举措所引发的问题作为后来政变发生的原因之一：“中国之淫祠，向来最盛；虚靡钱币，供养莠民，最为国家之蠹。皇上于五月间下诏书，将天下淫祠悉改为学堂。于是奸僧恶巫，咸怀恣怨。北京及各省之大寺，其僧人最有大力，厚于贷贿，能通权贵，于是交通内监，行浸润之谮于西后，谓皇上已从西教，此亦激变之一小原因也。”（梁启超：《饮冰室专集》之一，见《饮冰室合集》第六册，72页。）
论者已经指出，将庙产被夺事件归咎于康有为，在很大程度上是不公平的。（参见徐跃：《清末庙产兴学政策的缘起和演变》，载《社会科学研究》，2007（4）。）在康有为的奏折中，只是说改淫祠为学堂，并没有将佛、道等教的庙宇包括在内，而且，在光绪皇帝的上谕中，也明确指出所谓淫祠的范围只限于“其有不在祀典者”。论者认为，庙产被夺事件实际上与张之洞的主张更有关联。光绪二十四年六月初七（1898年7月25日），光绪皇帝谕令将张之洞所著的《劝学篇》颁发各省督抚、学政各一部，并在谕旨中称其“持平通达”。而在《劝学篇》外篇第三中，张之洞谈到兴学堂的经费问题时说：“府县书院经费甚薄，屋宇甚狭，小县尤陋，甚者无之，岂足以养师生、购书器？曰：一县可以善堂之地、赛会演戏之款改为之，一族可以祠堂之费改为之。然数亦有限，奈何？曰：可以佛道寺观改为之。今天下寺观何止数万，都会百余区，大县数十，小县十余，皆有田产，其物业皆由布施而来，若改作学堂，则屋宇、田产悉具，此亦权宜而简易之策也。……大率每一县之寺观取十之七以改学堂。留十之三以处僧道；其改为学堂之田产，学堂用其七，僧道仍食其三。计其田产所值，奏明朝廷旌奖；僧道不愿奖者，移奖其亲族以官职，如此则万学可一朝而起也。”（转引自徐跃：《清末庙产兴学政策的缘起和演变》，载《社会科学研究》，2007（4）。）由此可见，张之洞关于兴学堂的建议比康有为要激进得多，康有为只是主张将不在国家祀典的淫祠改为学堂，而张之洞则明确主张将佛、道等教的寺、观的十分之七改为学堂。（张之洞就此提出的一个理由也很值得玩味：“方今西教日炽，二氏日微，其势不能久存。佛教已际末法中半之运，道家亦有其鬼不神之忧，若得儒风振起。中华乂安，则二氏固亦蒙其保护矣。”这里至少有两层意思值得注意：一是保中华方能保佛教、保道教，二是保儒教方能保佛教、保道教，而其所针对的皆是基督教在中国的兴起，即所谓“西教日炽”的境况。）
于是，不难理解，康有为后来会就此事为自己辩护。在《我史》“光绪二十四年”条下，康有为提到此事时说：“时大学堂已定，吾乃上折请于各省开高等学堂、各府开中学、各县开小学，拨各省善后款及各规费以充学费。并请废天下淫祠，以其室宇充学舍，以其租入供学费。二十一日奉旨允行。于时各直省蒸蒸争言开学矣。吾以乡落各有淫祠，皆有租入，故欲改以充各乡落学舍，意以佛寺不在淫祠之列。不意地方无赖，藉端扰挟，此则非当时意料所及矣。”（《康有为全集》第五集，95页。）根据茅海建的查对，此处所有文字皆见于手稿本，没有后来的添加。这就是说，在日本流亡期间写作《我史》时，康有为已经针对毁庙兴学问题而为自己辩护了。不过，其时他的辩护只是就事论事，说明自己的主张只是改不在祀典的淫祠为学堂，并没有将佛寺归入淫祠之列。