1.慈禧来到前台
攻陷安庆的第七天，曾国藩将指挥部由东流迁往安庆，住进了陈玉成原来的英王府内。就在曾国藩刚刚住进英王府，还没来得及欣赏英王府的豪华气派时，就接到了北京送来的紧急公文。公文说咸丰帝于七月十七日（8月22日）在热河行宫驾崩，6岁的皇子载淳即皇帝位，载垣、端华、肃顺等八人为赞襄政务大臣，执掌朝政，定明年改元祺祥。咸丰帝没来得及收到湘军占领安庆的捷报，就结束了他短短30年的生命。
湘军上下震惊不已。虽然咸丰在打压湘军上不遗余力，但是在后期，将士立了功提拔还是很快的。当此大展宏图的时候，新皇帝能容忍兵权握在汉人手里吗？能容忍一个大臣拥兵数十万吗？曾国藩不知道。想去京城打听消息又不敢去，一生谨慎的曾国藩只得在大营里成天琢磨。
咸丰皇帝在的时候，乳名叫作兰儿的慈禧就经常为夫分忧，替丈夫阅奏折，杀伐决断，做得有板有眼。肃顺等人以大清祖训为据反对慈禧干政时，咸丰却不置可否。直到他临终时，才觉察到慈禧哭得通红的眼睛里没有悲伤，而是一种难以掩饰的兴奋。咸丰皇帝一手培植的助手现在成了要夺儿子皇位的人。
咸丰皇帝弥留之际作出了最后努力，就是给载淳安排了八位辅政大臣。咸丰盘算着，只要慈禧和八位大臣之间斗个你死我活，几年下来，儿子载淳也该亲政了。
如今，一纸诏书遍传清朝各地方大员，但是，人人都感到了天将变色的窒息，“女子临朝，天下必乱”，果真会如此吗？
胡林翼在盘算，肃顺在盘算，恭亲王在盘算……
曾国藩更是心乱如麻。这是因为，在八位大臣之中，真正有实力的肃顺与湘军、与自己走得最近，两江总督就靠他的举荐。但是肃顺其人刚愎自用，锋芒毕露，死得一定很难看。虽然自己一直和他保持距离，但是，你无情人家肃顺有意。再说，举荐、说情大家都看到了，如何能脱得了干系？愁！一时间，湘军大将及与湘军有关系的政客、官僚不断往来安庆，议论多变的形势和进退之策。
首先出场的是胡林翼。
胡林翼对肃顺也没什么好感，而且，由于做官的时间比曾国藩长，湖北省城的官文又知道很多宫中秘密，所以，胡林翼的小道消息听得也比曾国藩多。
胡林翼说，慈禧太后与八大臣有矛盾，恭亲王与大行皇帝咸丰有矛盾。咸丰现在一死，那么很可能会发生太后联合恭亲王推翻顾命大臣、发生宫廷政变的大事。
胡林翼还带来左宗棠的一封信。
曾国藩打开信，左宗棠说日前游浮梁（江西绕州浮梁）神鼎山，得了一联：
神所依凭，将在得矣；鼎之轻重，似可问焉。
曾国藩脱口称赞：“联语字头，恰好嵌着神鼎，果然妙极！”
胡林翼神秘地一笑，说：“曾公真看这联好？”
曾国藩神色有些凝重，沉吟不语。
胡林翼见曾国藩如此，也不便再问，又掏出一个信封递给他，说：“我也有一拙联，不妨一起请教！”
曾国藩打开看时，只见写的是：
用霹雳手段，显菩萨心肠。
曾国藩看后，大声说：“润芝（胡林翼字），妙极了！”
胡林翼急忙问：“曾公真看这联好？”
曾国藩说：“前些天九弟在安庆杀了很多人，心里过意不去写信给我。现在有你这副对联，九弟肯定能药到病除。”
胡林翼摇了摇头，欲言又止。
两天后，胡林翼要回武昌，曾国藩送他到城南码头。临别时，曾国藩拿出左宗棠的联语说：“左季高（左宗棠字）的联语，我给他改了一字。”
胡林翼打开信，发现联语中的“似”字已改成了“未”字，变成了“神所依凭，将在德矣；鼎之轻重，未可问焉”。
胡林翼放声大笑：“涤生，你这一字之改，倒是整个颠倒了。”
曾国藩说：“天地有位，阴阳有序，本来就不可以乱来的。左季高弄颠倒了，我把它正过来。”
胡林翼知道，他这话同样也是说给自己听的。殊不知，这一别竟是永别。胡林翼回到武昌，几天后就吐血而亡。曾国藩听到朋友病逝的噩耗，哀伤万分，成天把自己关在指挥营里不出去。这时，彭玉麟来了。
彭玉麟与曾国藩的关系非比一般，曾国藩曾言，彭玉麟是他的“一二知己者”。彭玉麟谨严的品格，更令曾国藩欣赏。
但是彭玉麟说出了一番石破天惊的话语。
彭玉麟说，咸丰皇帝死了，江山交给一个六岁的娃娃，天下必大乱，这个时候正是英雄豪杰奋起、救民于水火之中的时候。我看来看去，只有你曾公能担当得起这个振臂一呼的重任。最后，彭玉麟还说了一句很有名的话：“今东南半壁无主，老师岂有意乎？”
曾国藩对于彭玉麟的惊天之语感到震惊，因为这是他从未想过的。左、胡两个人，还只是试探，一向心细如丝、持身严谨的彭玉麟为什么说出这种大逆不道的话？曾国藩没有回答，而是岔开了话题。
彭玉麟前脚刚走，手下来报，王闿运来了。
王闿运是肃顺的幕僚，这个时候到访，曾国藩何等精明，当然知道其中的玄机。
王闿运是湖南名士，也算是湘军的好友。湘军初建时曾入曾国藩幕府，后应肃顺之邀，在其家教读，甚受尊重，实则用为心腹，连咸丰皇帝也知肃顺幕中的“王举人”。王自视甚高，不愿做官，但自从被肃顺看重后，结交京内外官员、士人，几年后便名满天下。
王闿运一见面便语出惊人：“国家大乱在即，我为大人谋一良策！”
他说：“纵观史册，女子临朝，国必大乱！”接下来，王闿运以事实说明慈禧想篡改先帝定下的八位辅政大臣的遗命，实行垂帘听政。
她联合了恭亲王，内有权臣，外有重兵，肃顺很难和慈禧对抗。所以，肃顺想到了有十几万人马的曾国藩。王闿运按照肃顺的指示，给曾国藩指出了两条路：第一条路，拥兵北上，申明慈禧此举将违背祖制，使国家危乱；第二条路是在东南举起义旗，反抗慈禧。
曾国藩不是没想过造反，可是经过清醒地分析当时的形势以后，这种想法就只能烂在肚子里了。
清政府早在湘军壮大时就防着曾国藩坐大。而且，清政府还在湘军内不断挖人。例如李鸿章、左宗棠，几次大仗打下来，官儿做得比曾国藩还大，等着手下一个个都升了官，他们还会不会和曾国藩一条心，这一点曾国藩没有足够的信心。这样算下来的话，曾国藩的嫡系部队也就几万人了。这点人马，还反什么反？
再则，曾国藩正和洪秀全打得热火朝天。有人说，可以和洪秀全联合啊。说得轻巧，但不可能。双方开始还只是各有所图，现在则是生死仇恨。要是曾国藩现在反了，清政府与洪秀全握手言和，那湘军之败不就在瞬息之间了吗？
王闿运说得口干舌燥，曾国藩漠然听着，一边以指醮茶，漫不经心地在桌上划着。王闿运顺着曾国藩的手指看去，竟是一连串的“狂妄，狂妄，狂妄……”
王闿运也就不再说了，起身告辞而去。
2.扬眉吐气
曾国藩选择的办法是观望。
咸丰十一年九月三十日（1861年11月2日），慈禧太后发动宫廷政变，将顾命八大臣或处死或革职流放，由两宫皇太后垂帘听政，恭亲王奕以议政王辅政。十月五日（11月7日）改号同治，以明年为同治元年。
慈禧上台以后，捻匪闹得厉害，慈禧采纳恭亲王重用汉臣的建议，大胆向汉官放权。同年十月十八日（11月20日），清廷发布上谕，令曾国藩管辖江苏、浙江、安皖、江西四省军务，自巡抚、提督以下文武官员皆由他节制。慈禧还同意了曾国藩调整这四个省的巡抚等重要官员的建议：李续宜为安徽巡抚、左宗棠为浙江巡抚、李鸿章为江苏巡抚、沈葆桢为江西巡抚。这一方面是出于使这些地方更好地为湘军提供战略物资的考虑，一方面也是在培植自己的势力。曾国藩的好友、手下等多人都升了官，彭玉麟任水师提督、兵部侍郎，骆秉章升为四川总督，刘长佑为广西巡抚，毛鸿宾为湖南巡抚，曾国荃、刘蓉、李桓、蒋益澧等将领都升为布政使。
那么这些位置上原来的人哪里去了？当然是被免了，让我们看到了曾国藩狠辣的一面。比如，为了让左宗棠当上浙江巡抚，曾国藩新账旧账一起算。
浙江巡抚王有龄在曾国藩被困祁门的时候挖墙角，将李元度拉到自己麾下，曾国藩对这件事一直耿耿于怀。这时李秀成正围攻杭州，王有龄向曾国藩求救。曾国藩于公于私都希望王有龄早点消失，于是一边上奏朝廷让左宗棠督办浙江军务，一边让左宗棠随时准备进入浙江作战。咸丰十一年十二月十二日（1862年1月11日），太平军攻下杭州，王有龄自杀，左宗棠的军队还在徽、浙交界时刻准备着。一听到王有龄自杀，浙抚衙门官员死得差不多了，曾国藩立刻令左宗棠迅速入浙，左宗棠事实上成了浙江巡抚。
这是一招“一石二鸟”：一鸟，弄死王有龄，抬举左宗棠；二鸟，借王有龄之死弹劾李元度，使其发配充军，杀鸡儆猴。
李鸿章因为不写弹劾李元度的奏章与曾国藩闹翻，经好友的劝说，李鸿章一年后又回到了曾国藩的大营中。这次回来的李鸿章心思明显不对劲了，曾国藩也看出来了，但怎么说也是自己的学生，曾国藩也乐于抬举他。
安庆被攻陷后，李秀成跑到浙江去大展手脚。看来李秀成真的是喜欢江浙，不然也不会在“第二次西征”时魂不守舍地开小差，导致洪仁玕“围魏救赵”的好计失败。他到了江浙一带，有在武汉收编的二三十万农民队伍，又有从石达开部来的朱衣点、童容海等十余万人，再加上自己原来的几万人，粗粗算起来，已有了近四十万的军队。在天国危难之际，他成了实力最雄厚的军阀。
而在李秀成四十万人面前的，是富人聚居的上海。人多要吃饭，要吃饭就得有钱。这样，上海很可能成为李秀成的第一个攻击目标。
上海不仅是众多富商、士绅躲避战火的地方，也是洋人聚居区。这些人纷纷开展自救：洋人组织起洋枪队，富商们则跑来求曾国藩出兵。
江苏太仓绅士钱鼎铭跑到安庆来，在曾国藩的大营里声泪俱下，叩头乞师。曾国藩不是不想救上海，只是手里能用的兵都围着安庆，就没有答应。
旁边的李鸿章寻思，上海可是块肥地啊，“商货骈集，税厘充羡，饷源之富”，就这么给了李秀成不是太可惜了？于是他向曾国藩建议说，现在我们围着安庆，可谓是自上而下、自西向东地攻击天京，如果再占据上海，又可以由下往上攻，从东西两线合攻南京。再说，上海富人多，税收自然就多，军队的银饷也没有问题。
曾国藩听了也同意出兵上海，但是派谁去呢？曾国藩看了看满脸期待的李鸿章，说：“我再考虑考虑。”
不怪曾国藩不给李鸿章这个机会，他决定派兵进入上海，还想着借这个机会把江苏巡抚换成自己的人。这时的江苏巡抚薛焕因苏南为太平军所占，正避居上海，无所作为，正是夺权的好机会。曾国藩写信给弟弟曾国荃，想让他领兵去上海；而眼睛望着南京无数金银财宝的曾国荃显然对上海兴趣不大，曾国藩只好把这个机会给了李鸿章。欣喜若狂的李鸿章如脱离藩篱的鸟，开始了他的为官之路。
李鸿章一直当幕僚，手中并无军队，曾国藩也没有闲的队伍，就允许他募集一支军队。他写信给合肥的张数声，让他和李鸿章去庐州一带招募新军，命名为“淮军”。这支队伍后来成为继湘军之后的又一支实力强大的劲旅。让我们来看看这支队伍里都有谁：潘鼎新、刘铭传、吴长庆、张遇春。这些人后来都成了剿捻的主力。曾国藩担心这支军队没有战斗力，特别从湘军中拨出八营归淮军。这八营有曾国藩的两营亲兵，充任李鸿章的亲兵，另有曾国荃的开字两营、薛焕委托曾国藩在湖南招募的林字两营、湘军陈士杰的熊字一营、垣字一营，分别由程学启、膝嗣林、膝嗣武、陈飞熊、马先槐等人统带。曾国藩对李鸿章的期望很大，也是真心欣赏这个得意门生。
同治元年二月，钱鼎铭、潘馥由上海乘轮抵达安庆，告之已雇妥英国轮船二十一艘，分三班潜渡上海。三月七日至五月初（4月5日至6月初），十三营淮军六千五百人全部运至上海。
曾国藩立即上书朝廷打薛焕的小报告，说他连丢城池，竟然还躲在上海，这样的人不能胜任巡抚了，而李鸿章才大心细，可以担任。同时，他还投慈禧所好，说只要李鸿章任了江苏巡抚，他就可以拨给李鸿章军队，保护江浙地区了。慈禧一看就觉得好笑，你曾国藩想保人就直说，还故意做个姿态。慈禧没心情跟曾国藩玩这些花花肠子，谁当都无所谓，只要守住我大清江山就行。于是，慈禧稍作安排，便将薛焕调入京师，任命李鸿章为江苏巡抚。
上海是洋人聚居地，为了保护自己的利益，召集了很多的雇佣军。这些军队人数虽然少，但是武器装备先进，足以对付上海本地的地痞流氓和少量的太平军。如今李鸿章进驻上海，清政府授意曾国藩，有没有可能“借师助剿”，让洋人来帮忙镇压太平军。
曾国藩心里很反感洋人，更看不惯清廷这种奴颜婢膝的态度，也怕洋人抢了南京的功劳，于是，断然拒绝洋人掺合进来。他指出，上海可以，但其他的通商口岸绝对不可行。理由也冠冕堂皇：苏杭之地是我们的心脏，洋人要是来了不走怎么办？洋人船坚炮利，但是太平军又没有水师，有湘军的水师就足够了。在曾国藩看来，江浙官绅请求让洋人“代管”南京、苏杭的建议，是一种奇耻大辱。
3.曾国荃大战李秀成
曾国藩要权有权，兵强马壮，接下来，他要做的就是立刻开赴长江中下游，和太平军进行最后的决战。