(一)海洋环境监督管理体制
海洋环境的保护工作十分复杂并且涉及方方面面，因此《海洋环境保护法》明确划分各部门的环境管理权限，规定实行统一监督管理与分工负责相结合的管理体制。
根据《海洋环境保护法》第五条的规定：“国务院环境保护行政主管部门作为对全国环境保护工作统一监督管理的部门，对全国海洋环境保护工作实施指导、协调和监督，并负责全国防治陆源污染物和海岸程建设项目对海洋污染损害的环境保护工作。”国家海洋行政主管部门负责海洋环境的监督管理，组织海洋环境的调查、监测、监视、评价和科学研究，负责全国防治海洋工程建设项目和海洋倾倒废弃物对海洋污染损害的环境保护工作。
国家海事行政主管部门负责所辖港区水域内非军事船舶和港区水域外非渔业、非军事船舶污染海洋环境的监督管理，并负责污染事故的调查处理；对在我国管辖海域航行、停泊和作业的外国籍船舶造成的污染事故登轮检查处理。船舶污染事故给渔业造成损害的，应当吸收渔业行政主管部门参与调查处理。
国家渔业行政主管部门负责渔港水域内非军事船舶和渔港水域外渔业船舶污染海洋环境的监督管理，负责保护渔业水域生态环境工作，并调查处理前款规定的污染事故以外的渔业污染事故。军队环境保护部门负责军事船舶污染海洋环境的监督管理及污染事故的调查处理。
沿海县级以上地方人民政府行使海洋环境监督管理权的部门的职责，由省、自治区、直辖市人民政府根据本法及国务院有关规定确定。
(二)海洋生态保护的相关规定
在《海洋环境保护法》中专章规定了“海洋生态保护”，并且规定了海洋生态保护的法律制度及相应措施。
1.海洋区划和规划制度
为了能够更有针对性地保护管理海洋的生态环境，我国划分了海洋功能区，并且统筹安排了包括海洋生态保护、污染防治在内的工作。海洋功能区划，是指依据海洋自然属性和社会属性，以及自然资源和环境的特定条件，界定海洋利用的主导功能和使用范畴。
根据《海洋环境保护法》的规定，国家海洋行政主管部门会同国务院有关部门和沿海省、自治区、直辖市人民政府拟定全国海洋功能区划，报国务院批准。沿海地方各级人民政府应当根据全国和地方海洋功能区划，科学合理地使用海域。国家根据海洋功能区划制定全国海洋环境保护规划和重点海域区域性海洋环境保护规划。毗邻重点海域的有关沿海省、自治区、直辖市人民政府及行使海洋环境监督管理权的部门，可以建立海洋环境保护区域合作组织，负责实施重点海域区域性海洋环境保护规划、海洋环境污染的防治和海洋生态保护工作。
2.政府对海洋生态保护职责
国务院和沿海地方各级人民政府应当采取有效措施，保护红树林、珊瑚礁、滨海湿地、海岛、海湾、入海河口、重要渔业水域等具有典型性、代表性的海洋生态系统，珍稀、濒危海洋生物的天然集中分布区，具有重要经济价值的海洋生物生存区域及有重大科学文化价值的海洋自然历史遗迹和自然景观。对具有重要经济、社会价值的已遭到破坏的海洋生态，应当进行整治和恢复。沿海地方各级人民政府应当结合当地自然环境的特点，建设海岸防护设施、沿海防护林、沿海城镇园林和绿地，对海岸侵蚀和海水入侵地区进行综合治理。禁止毁坏海岸防护设施、沿海防护林、沿海城镇园林和绿地。
3.海洋自然保护区的建设
保护海洋生态环境的有效措施之一是建立海洋自然保护区，《海洋环境保护法》对建立海洋自然保护区做出了原则性规定。根据法律规定，国务院有关部门和沿海省级人民政府应当根据保护海洋生态的需要，选划、建立海洋自然保护区。国家级海洋自然保护区的建立，须经国务院批准。具有下列条件之一的，应当建立海洋自然保护区：(一)典型的海洋自然地理区域、有代表性的自然生态区域，以及遭受破坏但经保护能恢复的海洋自然生态区域；(二)海洋生物物种高度丰富的区域，或者珍稀、濒危海洋生物物种的天然集中分布区域；(三)具有特殊保护价值的海域、海岸、岛屿、滨海湿地、入海河口和海湾等；(四)具有重大科学文化价值的海洋自然遗迹所在区域；(五)其他需要予以特殊保护的区域。
此外，凡具有特殊地理条件、生态系统、生物与非生物资源及海洋开发利用特殊需要的区域，可以建立海洋特别保护区，采取有效的保护措施和科学的开发方式进行特殊管理。
在实践中，从1990年至今，我国建立了30个国家级海洋自然保护区和60个地方级海洋自然保护区。1995年发布实施了《海洋自然保护区管理办法》。
目前，海洋生物资源面临的两大威胁是经济性物种灭绝和区域性物种濒危。为了海洋生物资源的可持续利用，必须保护好生态环境。建立自然保护区是一个有效的办法，将濒危资源生物种的繁殖和活动区保护、管理起来，使这些生物种群得以恢复和发展。
为正确处理海洋生态系统的保护与开发、利用的关系，《海洋环境保护法》还规定：开发利用海洋资源，应当根据海洋功能区划合理布局，不得造成海洋生态环境破坏；引进海洋动植物物种，应当进行科学论证，避免对海洋生态系统造成危害；开发海岛及周围海域的资源，应当采取严格的生态保护措施，不得造成海岛地形、岸滩、植被以及海岛周围海域生态环境的破坏；国家鼓励发展生态渔业建设，推广多种生态渔业生产方式，改善海洋生态状况。
4.海洋生态保护的其他相关法律、法规
除《海洋环境保护法》之外，与海洋保护有关的法律还有《领海及毗连区法》、《专属经济区和大陆架法》、《海域使用管理法》、《海商法》、《渔业法》、《野生动物保护法》等。为实施上述法律，国务院还制定了相应的行政法规，国家海洋局、环境保护部等部门制订了相关部门规章，沿海地区还制订了地方性的法规和规章。
(三)存在的问题与建议
我国虽然已建立了海洋生态保护的法律体系框架及相应的法律制度，但还存在着一些问题。主要表现在两个方面：一方面，与《联合国海洋法公约》、《生物多样性公约》配套的法律、法规还不够健全，例如公海生物资源利用与养护，我国还缺少配套的法律与法规。另一方面，有待于进一步完善已经建立的海洋管理制度。例如，《海洋环境保护法》规定，要建立船舶油污保险、油污损害赔偿基金制度。2009年9月2日国务院审议通过自2010年3月1日起施行的《防治船舶污染海洋环境管理条例》。该条例借鉴了国际惯例，其中包括配套设立船舶油污损害民事责任强制保险制度、船舶油污损害赔偿基金制度等一系列新制度。可见，制度的完善需要相当长的时间和过程。
根据海洋生态系统保护与发展的需要，结合所存在的问题，提出以下建议：首先，制定海洋生态系统保护立法规划，按照轻重缓急，分步骤制定相应的法律、法规；其次，相关部门尽快制定相应的实施条例、细则，使法律、法规得以落实。再次，相关行政部门严格执法，确保法律、法规、规章的实施。
二、草原生态系统保护的立法
草原是指在中纬度地带大陆性半湿润和半干旱气候条件下，由多年生耐旱、耐低温的以禾草占优势的植物群落的总称。草原生物群落、微生物群落与土壤及其他非生物因子共同组成草原生态系统。草原是一个巨大的物种基因库，保护养育了种类繁多的草原动植物，丰富了生物多样性。但是人类对草原采取了不合理的利用方式，致使草原面临着沙化、盐渍化、草原退化、动植物种类减少等严重问题。为了依法对草原进行保护，我国于1985年6月18日全国人民代表大会常务委员会通过了《中华人民共和国草原法》，并于2002年12月28日进行了修订。
(一)保护草原植被
草原生态系统的基础是草原植被，因此保护草原的主要任务是合理利用草原、保护草原植被不减少、不退化，以及防治鼠虫害对草原植被的破坏等。主要包括以下几个方面：
1.对草原的合理利用
《草原法》规定：草原承包经营者应当合理利用草原，不得超过草原行政主管部门核定的载畜量；草原承包经营者应当采取种植和储备饲草饲料、增加饲草饲料供应量、调剂处理牲畜、优化畜群结构、提高出栏率等措施，保持草畜平衡。牧区的草原承包经营者应当实行划区轮牧，合理配置畜群，均衡利用草原。国家提倡在农区、半农半牧区和有条件的牧区实行牲畜圈养。草原承包经营者应当按照饲养牲畜的种类和数量，调剂、储备饲草饲料，采用青贮和饲草饲料加工等新技术，逐步改变依赖天然草地放牧的生产方式。在草原禁牧、休牧、轮牧区，国家对实行舍饲圈养的给予粮食和资金补助，具体办法由国务院或者国务院授权的有关部门规定。县级以上地方人民政府草原行政主管部门对割草场和野生草种基地应当规定合理的割草期、采种期以及留茬高度和采割强度，实行轮割、轮采。国家对草原实行以草定畜、草畜平衡制度。县级以上地方人民政府草原行政主管部门应当按照国务院草原行政主管部门制定的草原载畜量标准，结合当地实际情况，定期核定草原载畜量。各级人民政府应当采取有效措施，防止超载过牧。
2.退耕还草与禁牧、休牧
对水土流失严重、有沙化趋势、需要改善生态环境的已垦草原，应当有计划、有步骤地退耕还草；对已经造成沙化、盐碱化、石漠化的，应当限期治理。对严重退化、沙化、盐碱化、石漠化的草原和生态脆弱区的草原，实行禁牧、休牧制度。
3.对草原开发与利用的限制
防止过度采挖、保护草原植被：禁止在荒漠、半荒漠和严重退化、沙化、盐碱化、石漠化、水土流失的草原以及生态脆弱区的草原上采挖植物和从事破坏草原植被的其他活动。
对草原开发利用须经严格的审批：在草原上从事采土、采砂、采石等作业活动，应当报县级人民政府草原行政主管部门批准；开采矿产资源的，并应当依法办理有关手续。经批准在草原上从事上述活动的，应当在规定的时间、区域内，按照准许的采挖方式作业，并采取保护草原植被的措施。在他人使用的草原上从事所列活动的，还应当事先征得草原使用者的同意。
对于矿藏开采和工程建设，应当不占或者少占草原；确需征用或者使用草原的，必须经省级以上人民政府草原行政主管部门审核同意后，依照有关土地管理的法律、行政法规办理建设用地审批手续。在草原上修建直接为草原保护和畜牧业生产服务的工程设施，需要使用草原的，由县级以上人民政府草原行政主管部门批准；修筑其他工程，需要将草原转为非畜牧业生产用地的，必须依法办理建设用地审批手续。
草原种植要符合规划，防止沙化：在草原上种植牧草或者饲料作物，应当符合草原保护、建设、利用规划；县级以上地方人民政府草原行政主管部门应当加强监督管理，防止草原沙化和水土流失。
开展旅游要适度：在草原上开展经营性旅游活动，应当符合有关草原保护、建设、利用规划，并事先征得县级以上地方人民政府草原行政主管部门的同意，方可办理有关手续。在草原上开展经营性旅游活动，不得侵犯草原所有者、使用者和承包经营者的合法权益，不得破坏草原植被。
对机动车辆的限制：除抢险救灾和牧民搬迁的机动车辆外，禁止机动车辆离开道路在草原上行驶，破坏草原植被；因从事地质勘探、科学考察等活动确需离开道路在草原上行驶的，应当向县级人民政府草原行政主管部门提交行驶区域和行驶路线方案，经确认后执行。
4.防治草原鼠虫害，保护草原生态
《草原法》第五十四条规定：县级以上地方人民政府应当做好草原鼠害、病虫害和毒害草防治的组织管理工作。县级以上地方人民政府草原行政主管部门应当采取措施，加强草原鼠害、病虫害和毒害草监测预警、调查以及防治工作，组织研究和推广综合防治的办法。禁止在草原上使用剧毒、高残留以及可能导致二次中毒的农药。
(二)建立草原自然保护区