森林生态系统是陆地生物多样性最为丰富的生态系统，保护区的建立不仅有效地保护了大量的森林资源，而且还保护了各种具有典型性和代表性的森林生态系统，在改善生态环境方面具有极其重要的作用。我国森林类型保护区不仅数量较多，为全国自然保护区主体；而且分布较广，遍布全国林区和生物地理区域，代表着各种森林植被类型。比较典型和重要的有：保护寒温带针叶林的黑龙江呼中保护区；保护温带针叶、落叶阔叶混交林的黑龙江丰林、凉水保护区，保护暖温带落叶阔叶林的辽宁白石砬子、河北雾灵山、河南老君山等保护区；保护亚热带落叶、常绿阔叶林的河南鸡公山、安徽马宗岭等保护区；保护亚热带常绿阔叶林的安徽清凉峰、福建梅花山、江西井冈山等保护区；保护热带雨林、季雨林的云南西双版纳、海南尖峰岭、白水岭、五指山等保护区。此外，我国还建立了一批保护山地森林垂直分布带谱的保护区，如吉林长白山、陕西太白山、湖北神农架、贵州梵净山、云南高黎贡山、哈巴雪山等自然保护区。
中央和地方政府已经意识到保护区的重要意义，对自然保护区的重视程度也在增加，并且制定了《中国自然保护区发展规划纲要》(1996年—2010年)，规划指出：2001—2010年：自然保护区总数达1200个左右(其中国家级160—170个)，自然保护区面积占国土面积的比例达10％，加上风景名胜区，合计约占国土面积的12％。到目前为止，这一规划已经实现。我国85％以上的珍稀野生动植物物种，特别是61％的大熊猫等物种的野生种群都是依靠自然保护区得到保护的。
保护区建立之后，由于管理不当，许多保护区的保护工作存在与当地社区发展产生冲突的现象。一些保护区无法禁止一些经济活动，结果造成有法不依、执法不严等情况发生，致使生物多样性的保护受到严重影响；而风景名胜区和森林公园由于过度旅游，失去了对生物多样性的保护作用。
我国保护区占国土面积的15％，数字看起来很大，而从科学的角度讲，保护地的类型远远不能够满足保护生物多样性的需求。例如，要成功地保护一个可长期维持种群的野生东北虎，需要1万平方公里的面积。野生东北虎生存和繁衍并不要求一定是原始森林，次生林就可以，但要求有大量的蹄类动物、饮用水、隐蔽和安全的区域。因此，应加强执法，坚决杜绝偷猎东北虎，更为重要的是扩大栖息地的范围。常言道：一山不容二虎，成年虎平常都是独来独往，只有在交配期和哺乳期，雄虎和雌虎、母虎和幼虎才生活在一起。一只老虎一年大约需要50只平均重约60公斤的猎物维持生活。要维持这些老虎的生存，需要基数达到500只的猎物。一只抚育幼仔的母虎需要450平方公里的林地，一只雄虎需要覆盖3—5只母虎的领域。因此，要维持一个20只可繁殖雌虎的种群(总数大约60只)，则需要9000平方公里保护良好的连续栖息地。目前在中国还没有一个如此大的保护区。我国长白山自然保护区，在1960年建成，为了保护区内的东北虎、金钱豹、梅花鹿等野生动物，保护区的面积是1905平方公里，由于保护区的面积太小，并且人们大规模地采集红松子，蹄类动物大量减少。由于人类对野生动物的干扰，现在很难见到林中的东北虎、金钱豹和梅花鹿。因此建立更大范围的保护区，为东北虎提供足够的生存空间，才能够恢复东北虎种群。20世纪80年代，我国开始用迁地保护、人工养殖的方法来保护东北虎。有学者认为，中国圈养虎已经形成封闭繁育群体，在人工饲养条件下，圈养虎走向了一条与野生虎不同的进化途径，中国虎保护需要新策略。
我国森林类型自然保护区已初步形成全国性网络，具有一定的基础，但与我国森林资源和森林生态系统多样性保护的要求相比，尚有很大的差距。
二、草原生态系统的保护
我国草原资源十分丰富，中国一直是世界上草原面积较大的国家：草原东西横跨49个经度(78°—127°E)，南北纵越36个纬度(29°—65°N)，总面积约4亿公顷，占我国国土面积的41.7％。草原类型主要有典型草原、草甸草原、荒漠草原和高寒草原四大类。这些草原不仅生活着众多的珍贵野生动物，并盛产珍贵的中草药。
我国草原虽然“地大”，但已不再“物博”。现代化的开发进程使草原遭到了严重破坏。建立草原自然保护区，可以对我国具有代表性的草原类型、珍稀濒危野生动植物以及具有重要生态功能的草原，加以严格保护。除此之外，我国一些优良牧草、畜种的原产地，重要的江河源头草原区，重要的水源涵养草原区，有重要科研、旅游观光价值的草原区域，以及重要地质剖面、冰川遗迹、温泉和历史遗迹、遗址也急需进行保护。
草原自然保护区一般禁止人类活动，这就避免了人类对这些地区的不良影响，草原不会出现退化、沙化、盐碱化现象，国家重点野生动物和植物将不会因捕杀而灭绝，草原生态系统以及生物多样性因之得到了维持。
截止到2007年底，我国共有各级草原自然保护区45个，总面积316.05万公顷，数量和面积还很不够。我国规划到2010年，草原和草甸生态系统类型的自然保护区面积将达1600万公顷，2050年将达2000万公顷。目前，我国有以下主要草原(草地)自然保护区：锡林郭勒草原国家级自然保护区，阿鲁科尔沁草原国家级自然保护区，若尔盖湿地国家级自然保护区，青海湖国家级自然保护区，可可西里国家级自然保护区，三江源国家级自然保护区，珠穆朗玛峰国家级自然保护区，羌塘国家级自然保护区，祁连山国家级自然保护区，敦煌西湖国家级自然保护区，安西极旱荒漠国家级自然保护区，尕海—则岔国家级自然保护区，盐池湾国家级自然保护区，安南坝野骆驼国家级自然保护区等。
三、荒漠生态系统的保护
我国荒漠面积约19200万公顷，占国土面积的30％左右，主要分布在西北内陆地区和青藏高原。主要类型有草地荒漠、典型荒漠、极旱荒漠以及高寒荒漠。截止到2007年，我国共建立荒漠生态系统类型自然保护区29个。其中比较典型和重要的有：保护原始高寒荒漠生态系统和珍稀野生动物的新疆阿尔金山自然保护区；保护高寒荒漠、高寒草甸和珍稀野生动物的西藏羌塘保护区；保护极旱荒漠生态系统的甘肃安西自然保护区等等。我国已建的荒漠生态系统类型自然保护区虽然数量不多，但这些保护区的建立对维持和改善我国西北地区的自然环境、保护野生动物和植被资源具有十分重要的作用。由于荒漠地区自然条件恶劣，荒漠生态系统十分脆弱，一旦破坏，很难恢复，特别是西北地区将是21世纪我国能源和经济建设的重点区域，因而当前更要注重荒漠类型保护区的建设，尽可能多地划定一些保护区。另外，由于荒漠保护区面积大，难以封闭管理，因而要采取特别措施，加强对已建保护区的管理，禁止在保护区乱捕野生动物、滥挖植物资源，特别要阻止保护区内非法采矿活动。
四、内陆湿地和水域生态系统的保护
内陆湿地和水域包括湖泊、河流和沼泽。我国湖泊、河流主要分布在长江中下游平原、东北三江平原、青藏高原、蒙新地区和云贵高原；沼泽主要分布在东北山地、三江平原和川西若尔盖高原等。内陆湿地和水域总面积3800万公顷，占国土面积的4％。截至2007年底，我国内陆湿地和水域生态系统类型自然保护区261个，面积达2713.02万公顷。其中，比较典型和重要的保护区有：保护原始沼泽生态系统及珍禽的黑龙江洪河保护区；保护高原湿地的贵州草海保护区；保护湖泊生态系统和珍禽的内蒙古达赉湖、吉林查干湖、云南茨碧湖、泸沽湖等保护区；保护河流生态系统的海南文澜江、四川通江诺水河等保护区。湿地生态系统具有滞纳洪水、抗旱排涝、净化水质和调节气候等功能，并且还是许多珍禽和水生野生动植物的重要栖息与繁衍场所。但湿地生态系统也具有脆弱易变的特点，易受自然条件制约和污染影响。目前，由于乡镇工业污染日益严重，许多湖泊和河流都受到不同程度的污染，甚至影响到人体健康，因此，应加强湿地生态系统保护区的建设。而目前湿地类型保护区的数量和面积都偏少。我国河湖众多，类型丰富，流域面积在100平方公里以上的河流有5万多条，面积在1平方公里以上的天然湖泊有2800多个，湿地保护区有着很大的发展潜力。
五、海洋和海岸生态系统的保护
我国濒临太平洋，拥有丰富的海洋资源，近海水域纵跨暖温带、亚热带和热带，有渤海、黄海、东海和南海四大海区，大陆海岸线长达1.8万余公里，近海有5100多个岛屿。我国近海因地域差异形成许多不同类型的生态系统，如河口、港湾、红树林、珊瑚礁、岛屿和海流等多种生态系统类型。截至2007年年底，全国共建立保护区68个，面积达99.91万公顷。其中，比较典型和重要的保护区有：保护珊瑚礁生态系统的海南三亚、临高角等保护区；保护红树林生态系统的海南东寨港、青澜港，广东内伶仃岛——福田，广西山口、福建龙海等红树保护区；保护海涂湿地等保护区；保护岛屿生态系统的海南万宁大洲岛、浙江南麓列岛等保护区。我国是一个海洋大国，近海海域面积相当于陆地面积的1/2，随着海洋国土意识的不断加强，对海洋资源的开发利用将逐年增加，海洋环境的污染也日益加剧。与保护生物多样性的需求相比，海洋和海岸生态系统类型自然保护区建设还存在较大差距，无论在数量上还是在面积上都有待于进一步发展。
附：2007年底全国自然保护区类型(GB分类) 结构 来源：《2007年中国环境状况公报》)
续表
第三节 生态系统的法律保护
目前，我国已初步形成了生态系统保护的法律法规体系。有关部门和管理机构都编制并实施了保护规划，开展了科学研究和生态监测。对保护国家战略资源，维护国家生态安全，促进人与自然和谐，保障社会经济可持续发展发挥了重要作用。
一、海洋生态系统保护的立法
海洋是一个巨大完整的生态系统，占地球表面积的71％。地球上80％左右的动物生活在海洋中，并且海洋中还存在着大量的藻类、植物和微生物。在过去漫长的岁月中，海洋生物也受到环境不断变化的挑战，那些适应环境变化的海洋生物得以繁衍生息。但是，目前人类的过度捕捞、外来物种的入侵、生态环境的改变以及气候变化都直接或间接影响到海洋生物多样性的保护。
为了更好地保护海洋资源尤其是海洋中的生物资源，我国通过加强立法来保护海洋生态系统，进而保护海洋生物多样性。我国《宪法》明确规定：“国家保护和改善生活环境和生态环境，防治污染和其他公害。”“国家保障自然资源的合理利用，保护珍贵的动物和植物，禁止任何组织或者个人用任何手段侵占或者破坏自然资源。”
我国制定的与海洋生态系统保护有关的法律包括《环境保护法》(1979年制定，1989年修订)、《海洋环境保护法》(1982年制定，1999年修订)、《野生动物保护法》(1988年制定，2004年修订)、《水法》(1988年)、《水土保持法》(1991年)等。国务院制定的行政法规主要有《水产资源繁殖保护条例》(1979年)、《野生动物抢救管理规定》(1981年)、《防治海岸工程建设项目污染损害海洋环境管理条例》(1990年)、《防治陆源污染物污染损害海洋环境海洋管理条例》(1990年)、《水生野生动物保护条例》(1993年)、《自然保护区条例》(1994年)等。另外，还有一些地方性规章，例如《天津市海域环境保护管理办法》、《青岛市近岸海域系统环境保护规定》、《海南省红树林保护规定》、《海南省珊瑚礁保护规定》等。
与海洋生态保护有关的强制性环境标准有《海水水质标准》、《渔业水质标准》、《污水综合排放标准》、《船舶污染物排放标准》、《海洋石油开发工业含油污水排放标准》。
我国缔结或签署的与海洋生物多样性保护有关的国际公约主要包括《联合国海洋法公约》、《国际油污损害民事责任公约》、《国际干预公海油污事故公约》、《干预公海非油类物质污染议定书》、《国际油污防备、反应和合作公约》、《防止倾倒废物及其他物质污染海洋公约》、《国际捕鲸管制公约》、《跨界鱼类种群和高度洄游鱼类种群的养护与管理协定》、《亚洲—太平洋水产养殖中心网协议》、《核材料实物保护公约》等。
以上法律、法规以及公约对于我国海洋生态系统的保护提供了法律依据，其中《海洋环境保护法》对于海洋生态保护产生了最为直接的影响，以下简要介绍该法。
《海洋环境保护法》(1982年8月23日第五届全国人民代表大会常务委员会第二十四次会议通过，1999年12月25日第九届全国人民代表大会常务委员会第十三次会议修订)，修订后的法律专章规定了“海洋生态保护”，从而更好地保护海洋生态环境以及海洋生物资源。