物种不断灭绝的原因很多，包括化学污染、土地过度开发、森林乱砍滥伐造成的生态环境的日渐恶化。但这对于种质资源而言，这些因素并不是造成减少甚至灭绝的主要原因。近年来，杂交技术及转基因等技术的进步，培育出大量优质高产新品种，一定程度上解决了粮食短缺的问题。这本是一件好事，但世界各地生产者对这些少数的新品种趋之若鹜，就会导致大量的地方品种因受冷落并失去保护，逐渐减少甚至灭绝。随着时间的推移，品种单一的种植方式往往潜藏着巨大的危机。一旦遭受自然灾害，损失将是巨大的，甚至是灾难性的；由于品种单一，容易导致近亲繁殖，原本具有的优良性状的品种逐渐失去优势而衰败。高产优质新品种如果没有丰富的遗传资源做基础，没有新基因的导入，新品种迟早会显现出弱势而走向衰退。地方品种和近缘野生物种的灭绝，会导致丧失可供使用的优良基因，培育优良品种的道路就会受阻。因此，在培育新品种的同时，必须重视地方品种和近缘野生物种的利用与保护。
二、遗传资源的保护与利用
根据《生物多样性公约》第2条对有关用语的解释：生物资源是指对人类具有实际或潜在用途或价值的遗传资源、生物体或其部分、生物种群、或生态系统中任何其他生物组成部分。遗传材料是指来自植物、动物、微生物或其他来源的任何含有遗传功能单位的材料。遗传资源是指具有实际或潜在价值的遗传材料。可以看出，生物资源是指那些作为任何用途使用的动物、植物、微生物或其部分的样品；遗传材料或遗传资源是指那些含有特定遗传密码或遗传性状的动植物、微生物、或其部分的样品，并且这些样品只作为遗传密码或与其性状相关的科学数据使用。遗传资源具有特殊性，阻碍着ABS机制实施。因为同样的资源由于用途不同而需要适用不同的处理方法，但是订立获取资源的合同或其他活动又基本上发生在这些资源作出任何使用之前，使用者往往使用这些材料的遗传信息的时候，提供者已经失去对这些材料的有效控制。遗传资源的提供者很难了解这些资源是怎么被使用的，也难以保证合同的有效履行。
《生物多样性公约》确定各国对它自己的生物资源拥有主权权利，有关遗传资源的所有权由各国立法予以确定。然而至今还没有一个国家制定出具有可操作性的法律明确规定遗传资源的归属。这是因为遗传资源的特殊性，难以确定谁有权提供遗传资源，并有权获得遗传资源所产生的利益。
各缔约国传统的财产权法和合同法难以解决遗传资源的获取和惠益分享中的问题。遗传资源在不同的阶段表现出不同的法律性质：在勘探或获取阶段，遗传资源作为物，在某些情况下，从某种意义上讲是一种无主物，谁应该对遗传资源负管理和保护的义务，难以确定。在提供者与使用者商定合同时，遗传资源作为一种财产，进行交易。在使用者以遗传资源为载体申请并获得专利时，遗传资源作为一种无形财产受到知识产权法的保护。因此，对于这项复杂的、新的权利，国际社会以及各国立法机构应对于遗传资源所涉及的法律关系和遗传资源的权利归属进行阐释，使得这种权利能够落到实处，使法律具有可操作性。
三、遗传资源保护的立法现状及存在的问题
目前，中国颁布和实施了一系列有关物种及遗传资源保护与管理的法律与法规，这些法律和法规中，绝大多数与资源管理有关，而涉及物种和遗传资源的收集、出入境管理、获取与惠益分享的规定很少。在2005年《畜牧法》第一次提到获取与惠益分享，2008年国务院发布了《畜禽遗传资源出境和对外合作研究利用审批办法》，对此进行了具体的规定。
我国《宪法》规定，国家保障自然资源的合理利用，保护珍贵动植物；禁止任何组织和个人利用任何手段侵占或破坏自然资源；并且还在刑法中增加了破坏环境资源罪。与生物及遗传资源保护与管理的相关法律有：《渔业法》、《野生动物保护法》、《进出境动植物检疫法》、《种子法》、《专利法》、《畜牧法》等。相关的国务院条例包括：《水产资源繁殖保护条例》、《野生药材资源保护管理条例》、《植物检疫条例》、《中药品种保护条例》、《自然保护区条例》、《野生植物保护条例》、《植物新品种保护条例》、《濒危野生动植物进出口管理条例》、《畜禽遗传资源进出境和对外合作研究利用审批办法》。此外，还有国务院各行政主管部门发布的部门规章和管理办法，例如林业部《陆生野生动物保护实施条例》、农业部《水生野生动物保护实施条例》和国家质量监督检验检疫局《进境水生动物检验检疫管理办法》等。
虽然我国已经颁布了与遗传资源有关的法律、法规和部门规章，但是这些规定在权利归属、立法层面、执法层面等方面还存在以下问题。
(一)遗传资源的权利归属不明确
根据我国《宪法》第九条的规定：“矿藏、水源、森林、山岭、草原、荒地、滩涂等自然资源，都属于国家所有，由法律规定属于集体所有的森林和山岭、草原、荒地、滩涂除外。”生物资源包括动物、植物和微生物等类别，动植物又区分为野生和非野生，野生动物资源属国家所有，野生植物的所有权没有相关的法律规定。根据民法的基本原则，野生植物应该属于其所属的土地的所有权人或者土地承包权人。
对于非野生的动植物，根据物权法的原则，所有权归属明确。农民圈养的家禽、家畜，培育、种植的农作物，渔民合法捕捞的水产品等属于财产权，权利归属没有争议。对于从国外引进的生物资源，权利主体也是非常明确的，没有太大的疑问。
对于野生动物的权利归属争议较大。有学者认为野生动物应视为无主物，其所有权的取得适用民法上的先占原则。国家可以通过立法限制人们的狩猎、采集、捕捞等行为，达到保护生物资源的目的，但由此认定所有的野生动物资源一律归国家所有有悖法理。在现有的法律制度下，生物资源的所有权的归属可能发生转移。野生动植物资源最初属于国家所有，经过合法途径，转为集体或个人所有。例如狩猎、捕捞和采集，或正当的市场交易等方式获得生物资源的所有权。因此，生物资源可能会有多种类型的权利主体。这种认识，对于将来生物资源获取与惠益分享的立法具有重要的意义，未来的制度设计生物资源的所有权归属不能是单一主体，应当充分考虑不同的情况下，权利归属的主体应是多种类型的。
(二)法律体系存在的问题
目前的立法对于我国生物资源的保护和利用起到了一定的作用，但对生物资源保护的实际需求而言还有很大的差距。国内现有的法律体系条块分割、管理机构职责设置重叠冲突，农业、林业、渔业、海洋、环保各部门各自为政，法律法规相互冲突时有发生，执法人员分散于各个部门，无法有效地履行职责。例如对野生动植物资源的获取为例，就存在多个部门的管理和限制。医药管理局依照《野生药材资源保护管理条例》的规定，对野生药材的采猎行为进行管理，对受保护的野生药材实现采药证制度。《野生动物保护法》对野生动物的狩猎进行管理，采取狩猎证制度。《森林法》则规定了采伐许可证制度。因此，采猎同一种资源，要申请多种的行政许可。
生物资源保护部门的管理还可能与其他非生物资源保护的行政管理互相交叉重叠。例如：在很多地方，自然保护区与风景名胜区、森林公园、地质公园、文物保护单位等相互重叠，形成条块分离、多头管理的格局，管理目标的冲突和利益上的矛盾导致政策规划多样、多变，建设管理混乱。一些保护区设计多个行政区域和管理部门，如对于保护区的水域、土地和违法破坏生态环境和渔业资源等现象，保护区管理机构和主管部门难以协调监管。多重的许可制度和管理模式，从理论上讲为生物资源的保护设置了多重制度保障，但实际上多个部门人员分散，执法力量和技术能力薄弱，很难有效地发挥行政管理和执法功能。国内生物资源向境外非法转移依然没有被根本遏制，外国公司以中国生物资源为基础进行研发，然后得到知识产权保护的案例层出不穷。这种多重许可制度对于生物资源的利用者而言，会加大资源利用的成本和降低工作的效率。
现有法律、法规都以资源管理和保护为主，缺少专门针对生物多样性保护的专门立法，各单行法涉及不同的管理部门，相互之间难以衔接和协调。在对遗传资源的引进、输出和管理方面没有明确的规定，在遗传资源的获取和惠益分享方面也没有可供操作的依据，致使国外的合作者通过共同研究和建立数据库的方式，无偿地获取我国的遗传资源，更有甚者，利用不正当的手段窃取我国的遗传资源。
(三)缺乏可操作性的管理办法
目前有关生物遗传资源保护的国内立法中，没有专门的遗传资源的法律，已有的部门规章中，只规定了本部门的职责，没涉及与相关部门职责分工和相互协作，造成各部门职能交叉，争管理权或推脱责任的现象时有发生，再加上缺乏有效监督，难以有效履行国家监管职能，导致我国有的生物遗传资源大量流失和其生境遭受到严重威胁。
在保护和管理的对象方面，多是偏重于农作物资源的管理，而对于渔业、微生物、家养动植物和经济动植物却极少涉及，甚至几乎是空白；在管理的内容上，重点在于动植物资源的市场经营管理，而对于控制生物遗传资源的进出境管理、遗传资源的获取程序和惠益分享机制却没有详细规定；在保护与管理方面，多注重国家现有保护名录下的重点动植物保护，对于未列入名录的动植物遗传资源的保护却没有明确规定，如《野生植物保护条例》和《野生动物保护条例》；现行的规定中缺少资源获取的具体管理办法，在内容上只是规定保护措施或资源出入境管理程序。
(四)遗传资源的专利保护
对于遗产资源的知识产权保护主要体现在专利保护。依据2009年10月1日开始实施的、新修改的《专利法》第5条规定：对违反法律、行政法规的规定获取或者利用遗传资源，并依赖该遗传资源完成的发明创造，不授予专利权。第26条规定：依赖遗传资源完成的发明创造，申请人应当在专利申请文件中说明该遗传资源的直接来源和原始来源；申请人无法说明原始来源的，应当陈述理由。
为了有效地保护遗传资源，我国在2008年第三次修改专利法之时，在专利法第5条增加了新的内容，对依赖违法获取或者利用遗传资源完成的发明创造不授予专利权。《专利法》第26规定发明创造的专利申请人需要作出相应的说明，即本条第5款：依赖遗传资源完成的发明创造，申请人应当在专利申请文件中说明该遗传资源的直接来源和原始来源；申请人无法说明原始来源的，应当陈述理由。需要注意的是，遗传资源的直接来源是指直接提供给遗传资源的国家、地区及提供者，遗传资源的原始来源是指遗传资源的原产地，即该遗传资源的所属国。
此外，对于遗产资源的法律保护还存在着国内法与国际法的衔接问题。中国已加入《生物多样性公约》、《卡塔赫纳生物安全议定书》、《与贸易有关的知识产权协定》、《国际植物新品种保护公约》、《濒危野生动植物物种国际贸易公约》等国际条约，国内立法应当考虑与加入的国际条约相协调。例如，中国1993年加入《生物多样性公约》后，一些国家法规开始体现有关遗产资源国家主权的概念，例如在2000年颁布的《种子法》中第一次明确规定国家对种质资源享有主权，对外提供种质资源需要得到国家有关主管部门的同意。