在这种政治格局下，当前乡村治理的现实结构既有纵向矛盾，也有横向的矛盾。纵向的结构性矛盾主要发生在村民自治权威与地方政府权威之间。而且随着政府权力的扩张和下伸，这一矛盾往往更为激烈；而横向的矛盾主要发生在村级公共权威之间的矛盾，突出表现为村委会与村党支部之间的结构性矛盾。一个村的村委会与村党支部之间的关系如何，在很大程度上决定着该村的治理状况。
乡村治理理想与现实的冲突
我国现行的乡村治理和管理体制，经过20多年的建设历程，但受路径依赖，至今仍未摆脱计划经济时期形成的模式。
随着市场经济的发展和农村经济体制改革的深化，一方面，广大农民对村民自治的愿望与公共服务的需求口益增加；另一方面，国家通过政府基层行政机构对农村社会的强控制治理模式还没有发生本质上的变化，乡村治理在实践中普遍存在深层次的问题与矛盾冲突。
一、政府行政权力与村民自治权力之间的冲突
从国家立法的角度分析，村民自治否定了公社体制时国家政权与农村组织特别是乡政府与村委会之间的行政隶属关系，将过去那种领导与被领导关系转变成为国家政权对基层自治组织的指导关系，
这种相互关系的变化，最主要表现在：村委会主任、副主任和委员均由村民直接选举产生；农村权力的基础已由上级授权而改变成了村民授权。这种改变必然影响到国家行政权力对村委会的管辖权限以及村民行为习惯等，也必然影响到乡镇一级政府的权威。乡镇政府为了维护自己的施政能力，一方面通过强化对村级党组织的领导，并通过建立村级党组织来控制村民自治组织；另一方面，采用控制选举、用党支部会议代替村民会议、以党组织替代村委会行使职权等所谓一元化领导和一体化运作的方式来控制农民自治组织，由此形成农村基层党组织与村委会在权力关系上的冲突。
一、沉重的乡村债务危机
（一）我国乡村债务的现状
由国家审计署提供的数据，2002年，审计署通过对10个省、市的49个县（市）财政收支状况的审计调查，发现乡村债务负担问题非常严重。49个县（市）截至2001年底，累计债务达163亿元，相当于当年可用财力的2.1倍。另据2000年8月15日农业部《关于乡村两级不良债务清查工作的报告》显示：截至1998年12月31日，“全国乡级净债务1 776亿元，乡均408万元；村级1 483亿元，村均 Zl力元。全国农民人均负债374元”。近几年，乡村债务还有所增加。
我国县乡政府当前普遍面临的公共财政危机，对农业和农村经济的发展造成了一些严重的后果。
首先，基层政府财政危机直接加重了农民的负担。
其次，县乡政府无力提供农村最基本的公共服务。
再次，基层政权的顺利运转受到严重影响。
最后，推行农村税费改革后，乡村组织的财源迅速缩小？基层的财政危机变相地向农民转嫁，使基层政府与农民处于利益尖锐对立的状态，已成为影响农村政治和社会不稳定的重要因素。
（二）我国乡村债务形成的主要原因
我国县乡政府沉重的乡村债务问题，形成的主要原因有：
1．事权与财权不一致
由于事权与财权不统一，乡村组织必然采取两方面的行动：一方面举债办事，这一现象愈演愈烈。
另一方面向农民敛钱。
2．乡镇机构庞大所致
主要表现出：县级机构比乡机构膨胀更厉害；事业单位比行政部门的机构膨胀问题严重；具有行业管理职能又有某些服务功能的机构，其行政机关或事业单位都存在急剧膨胀的机制。据国家统计局等11个部委对全国1 020个有代表性乡镇的抽样调查，平均每个乡镇党政内设机构为16个，其人员平均158人，超过正常编制的2～3倍；平均每个乡镇下属单位为19人，其人员达290余人，严重超编。现在一个中等乡镇的工作人员就超过了20世纪50年代一个普通县的编制人数。
3．乡村治理结构和制度的原因
长期以来，我国是政府主导社会，从上到下政府包揽，实行单一型政府治理，形成了“压力型”体制。在这种体制下，民间组织缺失，管理成本高，运行效率低，没有真正的乡村自治。“压力型”体制也造成了乡村组织泛行政化。
三、“人治”大于“法治”
中国的乡村治理是一种政府主导的治理模式，这样一种模式的必然后果是上级对下级、乡政对村治构成强大的压力，并深深地植根于中国的传统政治文化里，也使法律规定的乡村自治制度在很大程度上流于形式。 造成这种现实结果的原因，一方面在于村民自治制度本身规定不完善，与现实条件有较大差距，难以贯彻落实，另一方面，村民缺乏足够的民主意识、权利意识、参与热情和治理能力，但更主要的原因，是地方政府官员和村干部的法制意识、民主意识和责任意识淡薄，“人治”大于“法治”。集中表现在：
1.农村基层组织选举极不完善
多数地方的乡镇党委都是在选举前指定各村党支部书记人选，地方乡镇党委甚至直接任命村党支部书记和支部委员。乡镇党委对村级党支部的组织领导，无论是实行差额选举还是等额选举，大都不过是走形式而已。县级党委对乡镇党委的组织领导，在乡镇党委换届选举时表现得同样突出。参加县级党代会代表的选举，同样是内定名单后履行投票手续。 目前许多地方虽然进行了形式上的民主选举，但是并没有建立相应的民主管理体制，村务的管理权在事实上被极少数管理者和特权者掌握，大多数村民处于政治权力的边缘。
2．行政权的直接干预
主要表现为以下方面：第一，乡镇政府擅自委派、指定或者撤换村委会成员，乡镇政府包揽、于预村民自治事务，侵害了村民的民主权利。第二，一些乡镇干部脱离实际，一味追求政绩，搞形式主义，客观上加重了农民负担，导致乡村矛盾激化、干群对立。第三，在一些发达地区，乡镇政府利用自己是基层政府的政治地位控制乡镇企业的经济实力，采取行政的和经济的手段变“指导关系”为“领导关系”，控制或干预属于村民自治范围内的事务。第四，在经济发展水平落后、财源匮乏的地区，为了加速发展，基层政府力求从农村吸纳资源，低价征用农民土地导致农民利益大量流失，征地补偿款拖欠严重，以-十地换取发展资金，随意以低地价甚至“零地价”招商引资，与民争利时采取许多非法的失范行为，严重侵害农民利益。第五，乡镇干部整体综合素质较低及激励机制欠缺，工作效能差和制度化程度低，其行为具有明显的短期性和寻租性，贪污腐败现象较为严重，造成下群关系紧张。
3．各种“作法势力有所抬头
如在一些地方，少数比较富裕和经济实力较强的村民，开始采取贿赂的手段影响村委会、村党支部的选举和重大的村务决策。另有一些地方，地痞流氓等黑恶势力也企图通过恫吓、欺骗、威逼、利诱等：非法手段控制村民自治，左右村务管理。
尽管以村民自治为核心的乡村治理改革充满着许多严峻的困难和挑战？但是，谁也无法阻挡其改革探索和前进的步伐，因为它代表着巾国现代农村民主政治的发展方向，对于农村社会的进步有着巨大的积极意义。
乡村治理与民主政治建设道路探索
乡村治理改革的评价
对乡村治理改革探索过程巾的种种问题，学术界提出了多种改革建议，许多地区在实践中也进行不断探索。
学术界的简要述评
学术界曾经提出过的几种乡镇体制改革方案：一是撤销乡镇行政建制一一律改革为县级人民政府的派出饥构；二是在撤并乡镇的基础上，精简机构，精简人员，转变职能，科学配置乡镇运行机制和监督机制；三是划小县级行政区划，实行小县制，县以下取消乡镇一级行政建制，用小县制履行目前县乡两级政权的职能；四是实行乡镇自治，即将农村社区事务与国家事务适当分开，国家通过强制性法律预期方式，将基本的社会规范和目标确定下来，社区在法律的框架内实行广泛的自治。
2.改革实践述评
从20世纪80年代后期进行简政放权，完善乡镇政府职能改革试点，到9()年代进行理顺乡镇党政关系、政企关系、推行乡镇工作规范化建设试点，近年来，从中央到地方，各级党委、政府进行了多方面的改革实践？通过江西、江苏、湖南、河北和浙江等地的改革实践情况看，虽然从中央到地方都把乡镇体制改革及其综合配套改革提上了议事日程，各地也进行了许多改革探索，但总的来说，乡镇体制改革还没有真正破题。
乡村治理与民主政治建设
道路的探索新农村建设已经明确把农村物质文明发展的目标定位于“生产发展、生活宽裕”，把农村精神文明发展的日标确定为“乡风文明、村容整洁”，把农村政治文明发展的目标突出地集中在“民主管理”，明确要求进一步加强农村民主政治建设，完善建设社会主义新农村的乡村治理机制，指明了当前和今后一个时期农村民主政治建设发展的总方向和具体目标。
加强农村民主政治建设，完善乡村治理机制，要做好以下几项工作：
第一，要不断增强农村基层党领导的核心作用，增强党对农村的领导能力和执政水平，提高党在农村的影响力和号召力，尤其要重视加强村级党员干部队伍的建设。
第二，逐步建立农村基层组织的科学化、制度化、程序化、规范化。根据党章、《条例》和《组织法》
规定，合理界定农村党支部的职责和村民委员会的职能，把党的领导和村民自治有机地结合起来，形成党支部和村委会协调配合的工作机制。
第三，建立充满活力的村民自治机制，切实维护农民的民主权利。关键是建立村民代表会议制度，建立健全民主监督制度。
第四，明确乡镇机构改革的方向和目标。
第五，发展各种新型的社会化服务组织。
第六，推进村民参与，通过各种有效途径，加强对村民的民主法制教育，培养村民良好健全的民主观念、主体参与意识，以提高村民自身的意识和基本素养，培养村民的制度化意识和程序化意识，不断增强村民政治参与的兴趣，增强村民对政治参与的信任度，引导村民进行理性参与。
在国家取消农业税并对农业进行较大力度补贴的情况下，乡村治理的微观组织基础正在悄悄地发生着变化，并反过来要求地方政府改变自己的治理方式，促使地方治理的民主化、法制化。这些事实让我们看到了乡村治理的新的亮色。通过发挥政府的主导作用，发挥各种组织资源和整合手段的作用，改革和完善现有的乡村治理体制和机制，一定会达到乡村治理的良好状态，为新农村建设打下良好的政治基础。