阿耳戈斯国王阿克里西俄斯的命运，已经成了他的沉重负担。在那不幸的一天，神谕告诫，他将被他的孙子杀掉。他便背起了思想包袱。在那之前，国王一直疼爱他的独生女达那厄，一想到会有许多出身高贵的求婚者向她递上爱情的花朵，国王就感到无比骄傲。
现在，他的计划全变了，他唯一的希望是不让她恋爱。当然有一定难度，因为姑娘长得非常漂亮。阿克里西俄斯明白，诡计多端的爱神会竭尽全力找出一些办法，突破他的防范，使他的计划化为乌有。经过多番思考，阿克里西俄斯决定，将达那厄囚禁在青铜制的塔楼里，四周布满警卫，不让任何人，哪怕只是靠近被囚禁的公主一步。
虽说是非常安全地避开了男人的眼睛，天神却把达那厄看得明明白白。朱庇特站在奥林匹斯山朝下望，看清楚了她的俊俏和娇媚，还有她的孤苦伶仃。她坐在铜塔的上端，眼睛里传达出一种机智，盯着远方的城市。在那里，与她同龄的女儿们享受着自由，只要她们高兴，就被允许同男子结婚。
朱庇特怜悯她的孤独寂寞，又钟情于她的美丽，便只身前往，与她交谈。为避免被人瞧见，朱庇特将自己变成一阵金雨，轻轻地淋在塔楼上，溅在她的身边。他的出现，以及他和她精神相通的话语，使他很快获得了姑娘的爱心。人们说，塔楼里的达那厄，爱不着男子，爱上了细雨。
这样的成功拜访，尔后便是家常便饭。达那厄不再感到孤单和被人遗忘，因为有朱庇特与她拉家常，消磨时光，彬彬有礼地吐露他的心声。最后她动了心，屈服了，愿意同他秘密结合。没人怀疑朱庇特的造访，他的来去畅通无阻。
一天早晨，守卫塔楼的警卫，心怀恐怖奔向阿克里西俄斯的宫廷，报告国王，达那厄已经生下一个儿子，取名珀耳修斯。国王一听这令人惊愕的消息，一下子怒发冲冠，发誓要让母亲和孩子一齐死。他吩咐卫兵，将不肖子孙带上来。
阿克里西俄斯还没有残忍到那种地步，愿意自己的手沾满孩子的血，或者目睹她被执刑。于是，他命令仆人，将她和她的儿子放在一只空箱里，抛弃在汹涌的河流中。这个命令一旦发出，便立即被执行。达那厄充满恐怖的心直往下坠，她感觉到箱子在跟波浪搏斗，已经离陆地很远，援救也是鞭长莫及。她紧紧将孩子抱在胸前，急迫地祈祷天神对她母子多加关照，引导他们安全抵达一个仁爱的港湾。
很明显，天神听见了她虔诚的祈祷，一阵狂暴的颠簸后，箱子靠近色瑞法斯岛的海岸。在这里，国王波吕得克忒斯慈祥地接待了母子俩。在这个岛国，金发的珀耳修斯长大成人，第一次在运动会上出现就引人注意。
同时，波吕得克忒斯爱上了达那厄，并表示愿意娶她为妻。但是，达那厄没有回报他的情感，而且明确拒绝求婚。对此，波吕得克忒斯很是生气，于是想强迫叫她就范。这一着，惹恼了年轻的珀耳修斯，他大声宣布，有他在，有他的保卫，没人胆敢逼迫他的母亲。这些大话没有能压抑住独裁者的火气，反而让国王一心想干掉说大话的年轻人。为此，国王吩咐他去杀死墨杜萨，理由是，希望珀耳修斯证明他的敢说敢为是真实的。
墨杜萨是三个蛇发女妖之一。她的姐妹是欧律阿勒和斯特罗，虽然位列神仙阵营，但是没有神和人为她们的美丽喝彩。墨杜萨是唯一被认为确实长得非常好看的姑娘。她的家住在阳光从未光顾过的地方，这使她心里很不快活，所以，她恳求弥涅瓦，放她去访问阳光灿烂的南方。
当弥涅瓦断了她的念头时，她便破口大骂女神居然这么快就否定了她的要求。她扬言，对她的拒绝，必然会招致不良后果，那就是：只要凡人看她墨杜萨一眼，就再也不会恭维弥涅瓦的美丽。如此放肆的话刺痛了弥涅瓦。弥涅瓦决定要给予她惩治，要惩治她的虚荣心，于是将她美丽的鬈发变成咝咝发音扭缠在一起的蛇，并施魔法，谁要是对她尚还美丽的脸蛋儿瞧上一眼，谁就会变成一块石头。
细心关照过珀耳修斯少年和青年时代成长的天神们，此刻决定给他以帮助，让他能够完成杀死墨杜萨的重任。普鲁托借给他魔术头盔，戴在头上，说隐身便隐身；墨丘利将自己的飞鞋套在年轻人的脚上，使他行走如飞；弥涅瓦用她自己的光洁如镜的、朱庇特用过的帝盾装备他。诗人写道：“弥涅瓦用盾牌武装珀耳修斯，确保在战场上杀死墨杜萨。英雄执行的是王后的命令，就这样，他名声远播，进了万户千家。”
武装好的珀耳修斯，朝着北方奔去，来到格赖埃的家，一处永远漆黑的地方。格赖埃是恐怖三姐妹，她们没有皮肤，倒是长满了龙的鳞甲；她们没有头发，头上却是盘着数不清的像头发的小蛇。她们的手指是铜铸的，背上长了一对金翅膀。但是，她们共同拥有唯一的一只眼睛和一颗牙齿，这些东西，在她们手里传来传去，大家轮流使用。珀耳修斯早已听说，只有她们知道墨杜萨的住址。
凭借魔术头盔的效应，隐身的珀耳修斯慢慢挪近山洞，一点不担心被发现。趁她们在传递眼睛时，他插手其间，顺势接住。一当眼睛在手，他对她们说，只要她们愿意告诉他墨杜萨的准确位置，他就将眼睛还给她们。三姐妹急于想得到宝贝眼睛，立即说出了他需要的信息。珀耳修斯兑现了自己的诺言，归还了眼睛，又出发寻找墨杜萨。
珀耳修斯最后在朦胧的远方，看到了蛇发女妖的家。在靠近时他特别谨慎。盾牌放在他的前面，保持一个角度，让周围的物体，清楚地反映在它平整的、像镜子一样光亮的表面。
他发现墨杜萨睡着了。他不看别的，只按镜面反射角度，手起刀落，就叫她身首分了家。他提起头，扛在背上，三步并作两步，快速逃走。他害怕还活着的蛇发女妖赶上来，替她们死去的姐妹复仇。事实上，她的姐妹们发现她被杀死了，翻身下床，腾起飞上天空，环顾四周，搜寻凶手。结果一无所得，因为珀耳修斯隐身而去。
珀耳修斯的飞毛腿行走如风，跨越大地，掠过海洋。他小心翼翼地背负着令人恐惧的战利品。当他飞速前进时，墨杜萨的血滴落在火热的非洲沙漠上，变成了许多毒蛇猛兽，骚扰一方，使冒险者死于非命。毒血滴在海上，涅普顿用来造出著名的海上怪兽珀枷索斯。
返程路漫漫，使人疲乏。一路上，英雄有许多冒险经历。一次，英雄在飞越高山时，一眼瞥见阿特拉斯苍白的脸仰望着天空，这苍天，阿特拉斯默默地背负了许多年。前文说过，赫丘利曾站在这位置，替阿特拉斯背负了一阵子，让阿特拉斯享受了短暂的自由轻松。
阿特拉斯看见珀耳修斯朝着他飞来，他的希望复苏了。因为他记得，命运女神说过，他是杀死蛇发女妖的英雄。他想，要是他能够瞧一眼墨杜萨的僵硬面容，他就会永远没有劳累和痛苦。当英雄走到可以听得见别人说话的地方时，阿特拉斯说：“快，珀耳修斯，让我瞧一瞧蛇发女妖的脸，因为劳动的痛苦使我实在不能再承受和再忍耐了。命运女神说过，只有她能解脱我。”
珀耳修斯听从了阿特拉斯的话，当面揭开盖着的布罩，让阿特拉斯瞧瞧墨杜萨死灰色的脸。阿特拉斯打量这张脸好一会儿，他没有看出它隐藏着的恐怖，只看见它美丽的破损，打心里可怜它无助的悲愁。转瞬间，凝视的眼睛僵硬了，冷却了，珀耳修斯仿佛觉得阿特拉斯的躯体向着苍穹直伸。从他头上飘下的白发像高山积雪，颤抖的四肢成了粗糙的悬崖峭壁。看了墨杜萨一眼，阿特拉斯变成了大山，山峰直插云端，古人相信，山峰支撑着沉重的天空。
此事之后，珀耳修斯继续赶路，在海岸边，一幅奇特的景象等待着他。在岩石重叠的海岸下边，海浪翻滚着泡沫，冲刷着一位美丽少女的身体，她被链条锁在峭壁边。这位少女就是安得洛墨达公主。她这是在替母亲卡西俄珀亚的虚荣付出代价。因为母亲自夸比任何一位仙女都更漂亮。这下得罪了天神，他们的惩罚就是把少女暴露在这儿，当作海怪的食物。天神送来海怪，骚扰破坏沿岸人民的安宁生活。
神谕说，海怪不会离开，除非牺牲安得洛墨达，才能平息它的怨恨。珀耳修斯看清楚了，这浪潮是在陪伴作为牺牲的少女。
这时，他也看见，少女脚下的水，因为怪兽在用尾巴扫动，泡沫泛起，慢慢地，它那邪恶的躯体伸出水面。非常明显，少女被这可怕的情景怔住了，她死死盯着海怪。她在哭泣，此刻的她没有留意到她的解放者在迅速靠近。珀耳修斯说：“哭的时间有的是，但是行动的时机错过了就不会再来。”说罢，便从鞘中拔出剑来，倏地跳下峭壁，向海怪发起进攻。岸上人群看见他在砍杀海怪，顿时欢呼声四起。山上是快乐的喊叫，岸边是胜利的呼声，鲜血染红了山崖，激战的英雄杀死了海怪，自己丝毫无损。
珀耳修斯杀死了海怪，斩断了铁链，解救了少女，让她回到了欣喜过望的父母的身边。此时，他们说，英雄的任何要求都可以得到满足，算是对救他们女儿的嘉奖。当他提出，他要娶他用无私和生命代价换来的少女为妻时，他们高兴地让他牵住姑娘的手，尽管在此之前，年轻的公主已经许配给她的叔叔菲纽斯。
婚礼如期举行，没想到过要解救未婚妻的菲纽斯，此时却要扮演勇士，要和他的情敌、即将带走新娘的珀耳修斯决一雌雄。未经邀请的他，带着一队武装人马，来到举办婚礼的地方，扬言要抢走安得洛墨达。“我是来找掠夺我爱人的家伙报仇的。他的翅膀、他的父亲朱庇特的霹雳，统统保不住他的命。”说着，他将长枪对准珀耳修斯。
国王刻甫斯说话了：“兄弟，你疯了？你没必要这么冲动。不是英雄夺了你的未婚妻，是你不愿意为解救她做出牺牲，怎么能期望她还爱你呢？作为情人、叔叔，你见死不救，你放弃了她。怎能怪罪别人呢？你咋不跳下去杀死海怪？你当时不做好汉，现在来逞英雄，算个啥？你的自私，使你丧失了已有。不要怨天尤人，谁为她牺牲，她就应该嫁给谁。你别闹，更不要丧失你的身份。回去吧，让我晚年有个安宁。”
菲纽斯犹豫了一下，好像是在做出一种选择。哪料到，他不声不响突然用梭镖朝着珀耳修斯掷去。珀耳修斯往侧面一跃，躲过了这一偷袭。菲纽斯的随从应声而上，短兵相接，打翻桌椅，伤及客人。来人是有准备的，而且人数众多，珀耳修斯明白单靠武力无济于事，猛斗不如智取。
他说：“我本不想出此下策，但是，你，菲纽斯，欺人太甚，等着瞧吧。”珀耳修斯一声呐喊，所有他的人都转过头去，站在他背后。他揭开墨杜萨的头盖布，把她苍白的面孔对着菲纽斯和他的随从。菲纽斯以嘲笑的口吻对珀耳修斯说：“让你的魔法去吓唬别人罢！”说时迟，那时快，菲纽斯和他的同伴们，统统变成了石头人。
被中断了的婚礼继续进行。婚礼完毕，珀耳修斯把新娘带回色瑞法斯。在这里，他听说波吕得克忒斯还在虐待他的母亲。原因就是他母亲不愿做波吕得克忒斯的妻子。珀耳修斯一气之下，用墨杜萨的头对着歹毒的家伙照射，国王变成了岩石。他将王国分给国王的兄弟，伴随着妻子和母亲回到老家。他将借来的头盔、草鞋和帝盾，如数归还给它们尊敬的主人。至于墨杜萨的头，他交给弥涅瓦，作为感谢她帮助的纪念物。这礼物使女神高兴无比，她把它放置在帝盾的中央，保持它石化的魔力，还多次帮她制胜敌人。
到达阿耳戈斯，珀耳修斯发现，篡位者已经窃取了他祖父的王位。推翻篡位者，并叫他付出代价，又是这位征服墨杜萨的英雄的一次大搏斗。篡位者死了，老国王重返金銮宝殿。此时的阿克里西俄斯已经年老，体弱，从囚禁他的监狱中出来时已是精力耗尽。真想不到，将他重新扶上王位的，竟是当年他害怕的年轻人。
不过，天神预示过的话，迟早是要实现的。一天，珀耳修斯在玩铁环时，竟杀死了他的祖父。如果继续留在阿耳戈斯，那个犯罪事实时时刻刻折磨着他，对珀耳修斯来说，真是太痛苦了。这样，他将自己的王国与米塞那阿的王国交换。长期的卓有成效的统治，给珀耳修斯带来好名声。他死后，一直爱他的天神，将他置于璀璨天空的群星当中，同置于群星中的还有他的妻子安得洛墨达和岳母卡西俄珀亚。