从新野治军到当阳长坂坡之役，诸葛亮只能当刘备的辅佐而已。
赤壁之战前夕，在危急中，这位年轻的策士，在短期内，自我修炼成为相当成功的外交家。这段期间，诸葛亮的潜能在强烈的挑战下，有了相当完整的激发。
赤壁大战，诸葛亮是个旁观者，但他也是位不放弃任何机会的智者。除了大量吸取周瑜、鲁肃、曹操的智慧外，更以“旁观者清”的优势，趁乱策划夺取了荆南三郡和南郡的大部分领地，也替刘备扎下了创业最重要的根基。在半年不到的期间，这位年轻智者在实务经验上有了惊人的成长，诸葛亮独当一面的能力，获得刘备的肯定。
“借荆州”的策略，显示了诸葛亮成熟的外交手段，刘备在这方面一向较弱，是以这些精彩的“演出”应属诸葛亮的手段。这段期间，诸葛亮在刘备阵营中的文事方面，似乎已完全掌有主导地位了。
进军益州虽是“隆中策”中拟定的“基本国策”，但在入川的策划上，诸葛亮却让给了新来的“凤雏”庞统，这多少表示诸葛亮对庞统才干的信任及本身治理内政工作上的繁忙，也充分显示诸葛亮“不争功”的气度。史料上，这段期间记载的大多是刘备和庞统间的讨论，诸葛亮好像不发一言。但我们相信如此重大的国策，刘备势必也经常向诸葛亮详细咨询，只是既然不负责主要规划工作，诸葛亮似乎刻意避免表示太强的意见，以抢庞统的光彩。由这件事看来，诸葛亮的确是位心思周密、善解人意的大策略家，对权责分明的制度应当身体力行。
从刘备入川时所带去的少数兵力来看，显然在荆州还有第二批的预备部队正伺机而动。入川前，刘备把诸葛亮安排在江陵指挥大局，可看出在刘备的心目中，年轻的诸葛亮，地位已超过老干部关羽和张飞而跃升为第一位了。
刘备和刘璋闹翻后，又连续策动吴懿和李严大军归降，声势大增，眼见益州大军已近乎崩溃。这虽然大多是法正、孟达等在幕后操纵的功劳，但对于西征军庞统而言，这段期间是最得意、光彩非凡的了。
而益州本土派首席将领——成都名将张任，却巧妙地将崩溃中的军队，退守在益州北方第一军事重镇雒城。雒城地势险要，防御工事坚固，刘备的闪电攻势因而受挫，庞统虽绞尽脑汁，仍一点办法也没有。
不久，便接到葭明关守将霍峻的紧急军情报告，刘璋已由阆中（四川省阆中县），派兵围攻葭明，显然想截断刘备的后援，前后夹击属于“客军”的刘备征西军。更让刘备担心的是，刘璋如果再由益州东边切断他和荆州的联系，便可能使征西军完全陷于孤立。基于此，刘备不得不当机立断，也顾不得孙权和曹操可能对荆州的威胁，派人由水路送密函到江陵，下令诸葛亮发动第二波攻击，由益州东部攻入蜀境，以会师成都。
诸葛亮在接获紧急军情后，立刻依照刘备指示，命在北方前线的关羽，返回江陵坐镇，并由刘备阵营的文职长老糜竺、马良等协助，糜芳、廖化、士仁和汇报军情的关平等军，在荆州东部及北部前线布防。自己和张飞、赵云等重要军领袖共同入川，以尽速解决益州的军事行动。
第二批攻势动用的兵力显然不少于第一批刘备自己所带的大军，而且动员之快，令人吃惊，充分显示出这些军事规划，在刘备入川以前，早就准备好了。
第二波征蜀大军及荆州留守大军的编组如下：
征蜀军总指挥：诸葛亮
总参谋长：诸葛亮兼任
参谋：蒋琬、简雍
前锋大军：张飞，由巴东取陆路入蜀，将士约一万五千名
后路大军：赵云，由水路直取江州，将士约五千名
荆州留守总指挥：关羽
总参谋长：马良
文事总管：糜竺
驻守大军：糜芳、士仁、廖化、关平
张飞的前锋军由巴东入川，便碰到益州大军强烈的抵抗，指挥这个防御战的是蜀中老将巴郡太守严颜。
严颜是益州年纪最老的将领，经验丰富，他虽强烈反对让刘备入川，但在心态上对刘璋政权并不服气。因此除了冷嘲热讽外，倒也未曾向刘璋提出具体的谏言。不过，听说张飞率领大军东向，严颜立刻集结五千多名士兵据险而守。张飞在军力上虽拥有绝对优势，但一时也占不到任何便宜。
由于张飞一向性急暴躁，因此严颜判断他一定缺乏耐心，只要坚守一阵子，张飞的指挥体系必会出现漏洞，到时候以少数守军反击，必可击败张飞。
但想不到张飞粗中有细，他看到严颜据险而守，也猜得其七八分心理，乃将计就计，在数度攻城不利后，于营中发脾气，怒打兵士，并严刑附近农民，探询越关的小路。
不久，附近居民不得不告诉张飞越山而过的捷径。张飞下令即日放弃围城，全军趁黑夜掩护，越过山路入川。
由于张飞军队阵容庞大，这种军事行动根本无法瞒过严颜的情报人员。严颜判断张飞已无耐心，故打算寻小路越关过而，因此也下令趁夜出关，袭击张飞移动中的军队。
想不到张飞这个军事行动根本就是假的，在黑夜中带着部队穿越山路的大将，只是一个“替身”而已，真正的张飞正率领着最精锐的部队，准备袭击严颜打算出城袭击他的部队。
果然，严颜很快地率领突击队，去追击张飞正在越山的主力部队。真的张飞仍忍耐着不动声色，暗中追随严颜的突击部队直到走了相当距离后，才鸣鼓从后面发动攻击。前面越山的主力部队听到鼓声，也立刻回头夹击严颜军。严颜知道中计，仍拼命死战，意图突围返回巴郡城，但张飞亲自率军阻挡，一时之间也杀不出条血路来。
另外，张飞更令一队人马，乔装成严颜部队，以回师名义向守城的益州军叫关。黑夜间，城上的守军不察，打开城门，张飞的兵马趁机侵入巴郡城，完全控制住留守的益州军。
苦战到天亮，严颜好不容易才率数百名残军突出重围，往巴郡城奔逃回来，张飞亲自率队在后面追击。
严颜奔回城门口，大喊开门，但守城军队早已变成荆州军了。严颜再往回路奔走，正逢张飞追来的大军，敌众我寡，悬殊太大，严颜年纪又大，彻夜苦战，力气早已耗尽，终于所有的残军全遭擒拿。
入城后，张飞立刻升堂要求严颜投降，严颜反而怒声斥责张飞无故犯境，大声表示：“益州只有断头将军，没有投降将军。”
张飞听了大怒，破口大骂，并令左右推出去斩首。
严颜看到张飞生气，反而冷冷笑道：“要杀就杀，何必发那么大的脾气！”张飞打从心里敬佩严颜的勇气，不禁走下堂来，亲自解开严颜的捆索，坦然地表示：“将军真是老英雄，张飞得罪了，还望见谅！”
这下子，反而把严颜怔住了，张飞礼貌地请严颜入座，并说明刘备入川主要是为了建立复兴汉室的基地，因此深获益州名士张松、法正、孟达等的认同，特意给予协助，还望严颜也能共襄盛举。
严颜本来就不是刘璋的死忠派，又见到享有威望的张飞如此诚恳的相劝，便诚心归服了。
由于巴郡附近守军均是严颜的旧属，因此在严颜的“政治喊话”下，几乎未曾再发生任何争战，张飞便顺利地比诸葛亮早一步到达江州。
进入江州后，诸葛亮的第二波西征军，已占领巴东地区。由于刘备正在雒城陷入苦战，诸葛亮不敢怠慢，除了派急使向刘备报告军情外，更和张飞、赵云等兵分三路，向成都进逼。
第一路：张飞大军，由垫江向北，收服巴西（阆申），防止益州军队截断刘备军后路的威胁，并直逼成都北方。
第二路：赵云由长江逆水西进，攻取江阳，绕道南下平定犍为，反包围成都之西。
第三路：诸葛亮继续由西向德阳攻击，直攻成都东面境界。
张飞大军在严颜的帮助下，几乎兵不血刃，很快地平定了巴西，再度和诸葛亮会师德阳。刘璋派出本土派耆老张裔率兵前来堵截，却又被张飞打得大败，张裔残军退守成都，重新部署防线。
赵云的军队也顺利攻下江阳，占领了资中（犍为郡治），由西边向成都进逼。
刘备和庞统的首批远征军，声势虽大，但大多属益州降军，因此在张任有效的阻挡下，整整一年间，攻打雒城不下。但听说诸葛亮等已克巴东，而且占有益州大部领域，特别是赵云已有效截断了刘璋军队对其后方的反包围，也就放心多了。
不久，又听说关中大军领袖马超，被曹操击败后，投靠汉中张鲁大军，不甚得志，因此派出益州相当具有名望的名士李恢，暗中到汉中去结交马超。
一直到建安十九年夏天，刘备获得通知，诸葛亮和张飞已到达成都的东面和东北面，赵云军则已攻破资中，成功地由西北方夹击成都。只等待刘备进一步指示，便可向成都发动总攻击。
刘备和庞统再度向雒城发动猛攻，庞统亲为诱饵引张任出城，果然张任恃勇轻敌，带兵出城，屯兵于雒城南方的雁桥，刘备趁机截断张任和雒城间的通路，庞统也率军回头猛攻张任驻守雁桥的阵营。张任以箭雨反击，庞统亲身在前督战，竟然不幸中箭，当场阵亡，享年三十六岁。
《三国演义》中描述刘备和庞统分兵进击雒城，庞统在落风坡中张任埋伏殉职，诸葛亮在荆州闻讯，痛哭庞统，遂率军入川，在雒城设计擒捉张任，这显然和史实有很大的距离。诸葛亮入川在庞统阵亡前约半年左右，而且张飞及赵云军从未进攻到雒城，雒城之役完全是由刘备和庞统单独对付的。
庞统不但未中计，反而是用计擒伏张任的主要策划者，只是在这场激战中，这位不懂武艺的军师责任心所致，亲赴前线，终于中箭身亡。但在荆州军两面夹攻下，张任的主力军也在雁桥被击溃，张任为庞统部属擒获。
刘备久闻张任忠勇，有意令其归降，但张任年事已大，不想再换所侍奉的主人，拒绝投降。加上庞统殉难，荆州军气愤难忍，对张任非常不谅解，刘备也只得处死张任，以平息众怨。
雒城战役顺利取胜，殉职的庞统功劳最大。
刘备虽然痛惜庞统战死，但他仍非常冷静地想用政治手段劝服刘璋投降，以免造成双方更深的仇恨，对未来统辖益州，也是相当不利的。
因此在法正的建议下，首先由法正自己写了一封长信给刘璋，除了向刘璋陈明情势之外，并且诚恳地劝导刘璋自动投降。他表示：
法正虽然缺乏能力，但既已受任和左将军刘备交往结盟，当力求设法不辱使命，达成任务。但恐将军左右不明本末，把这件事情失败的原因归咎于法正，使我蒙受不白的耻辱，并且损及任务的达成。如今事情已陷入混乱，只得暂留于左将军营中，继续交涉，未能返回成都向您报告事情的经过。
也因为这样，必有不少的谗言，攻击于臣的身上，造成将军对法正的极端不谅解，让微臣深觉遗憾。今国事已危，祸害更迫在眉睫，是以虽身在外，不足以获得将军信任，但仍愿意言无不尽，以尽余忠。
将军引入左将军之本意，是法正所深知的，也是法正继续留在左将军身旁、努力想达成任务的主因。但如今却演变成如此尴尬的场面，主要是将军左右有太多不理会英雄从事之道的臣属意气相争，造成双方的误会，以致兵戎相见，终致不可收拾。
今益州的主力部队已遭击溃，雒下虽尚有万余部队，其实战斗意志均已丧失。相反地，左将军主力部队攻下雒城，获得大部分粮食辎重，已拥有绝对的优势，而将军土地日削，百姓日困，谓必先竭，即使想再坚守，将不复持久也。
张翼德将军（张飞）拥兵数万，已定巴东，赵云更由犍为攻入，分平资中、德阳，三道并进，将军将何以察之？
益州有三分之二领域已遭占领，虽仍守住蜀郡和成都，其实吏民疲困，思为乱者十户而八，即使没有敌人进逼，这些百姓也早已不堪役使，只要左将军军队稍加进逼，则必一日俱归附之，是以存亡之势，昭然可见。
以法正之下愚者，犹知此事不复成，况且将军左右尚有众多明智之士，竟而不见于此？
想必将军身旁重臣，平常只会争取幸宠，求容取媚，而不知替将军作长远规划，更未曾尽心献策。若事穷势迫，这些幸臣将各自索生，保护自家安全，相信也不会为将军效死。
法正虽获不忠之毁谤，然扪心自问，绝不辜负将军圣德之义。造成如此结果，其实法正也相当痛心。左将军目前已获绝对优势，但其对将军之本意仍和旧日一样，绝不会对将军有任何不利。因此愚以为将军应懂得应变之道，以保住一族之性命和尊严。
法正这封政治喊话的信函，写得相当有力量，显示他虽一直未得刘璋重用，但对刘璋的个性却了解得相当透彻，以其才干应不是不能够去讨好刘璋，想必是坚持自己的原则而有所不为也。
刘备从涪关南下攻打雒城时，益州参谋郑度曾向刘璋建议：“左将军（刘备）率军袭击我们，其兵尚不满万名，士卒之心未定，军无辎重。因此防守之道，不如将我方巴西、梓潼一带居民，全部遣入涪水以西，并将这地带的仓库野谷，一律烧除。再高筑城墙，挖深防御城沟，以静制动。敌军到，勿与之战，日子一久，他们缺乏粮食，不到百日必得撤退，到时候再追击之，定可获得大胜。”
这种坚壁清野的战术，对于刘备这种“客军”，的确是相当严重的伤害，因此截获此情报时，刘备和庞统都非常忧心。法正却轻松表示：“不用担心，刘璋是不可能采用此计策的。”
果然没多久，刘璋便否决了郑度的计划。他表示：“吾只听说过拒敌以安民，从未听说有劳动人民以避敌的战术。”
从这点可看出法正对刘璋的个性及政风有相当的认识，由他来写这封招降信件，想必能对刘璋产生相当大的心理效果。况且，成都城内的臣属，的确有不少人早已抱持“投机主义”的心理，绝不肯为刘璋尽忠效死。
当刘备军突破雒城防线由北方进逼成都时，蜀郡太守许靖便打算开城投降，被刘璋的防城卫队发现，阻止此一叛变行动。刘璋眼见大势已去，正处危亡关头，加以许靖的声望颇高，便未曾对许靖有任何的处分。
刘璋接到法正的劝降信后，犹疑不决，这时候又发生了一件军事叛变。
虽然刘璋和张鲁一向交恶，当荆州大军围困成都时，刘璋仍以其父刘焉对张鲁素有旧恩，而向张鲁请求协助。张鲁便派出投奔其不久的关中大军领袖马超，带一支援军前来帮忙。
料不到，刘备仍然快了一步，在雒城战陷入胶着状态时，曾先派出李恢到汉中和马超联系，希望马超和他采取联盟。由于刘备和马超之父马腾颇具交情，加上马超进入汉中后，张鲁对他一直很冷淡，使马超心里相当不满。因此当李恢前来说服他时，陷于低潮的马超很快便同意刘备的邀请，送密函表示将投靠刘备。
想不到张鲁又派他前来支援刘璋，诸葛亮便建议刘备暂时隐瞒这个消息，反而暗中派出一支军队给马超指挥，并请他出其不意地用新军反控制住汉中派来的援军，再和刘备会师于成都。
果然，当马超威风凛凛地引着大军到达成都西北时，刘璋还以为是援军到了，非常高兴，立刻派特使冒险突围，到马超军中联系。想不到马超非但不是救兵，还是刘备的同盟军，这果然产生了强烈的心理震撼效果，对刘璋有不小的打击。城中军民听说西凉第一猛将马超投归了刘备，心中大为恐慌，几乎丧失了所有的斗志。
刘备在这时候，再派出能言善辩的老部将简雍前往拜见刘璋。刘璋见大势已去，打算开城投降。
大臣董和劝止道：“成都城中尚有精兵三万，粮食、马匹可供应一年，何必急着投降。”长老黄权、刘巴也认为民心士气仍可用，应尽力而为。
刘璋却感叹地表示：“我们父子两人在益州二十年来，一直并无恩德加于百姓，现在又让益州军民连续打了三年战争，相信对他们已经是够苦的了，要再这样坚持下去。我于心何忍呢？”
益州众大臣听了，也不禁落泪。刘璋便和简雍一起开城门，同坐一辆车子，前往会见刘备。
刘备在见到刘璋后，反而觉得不好意思，想起庞统生前的劝告：“逆取顺守，报之以义。”便也只好亲切地趋前表示：“并不是我不顾及道义，事出无奈，实在是不得已的啊！”
诸葛亮劝刘备，将刘璋迁离益州，以彻底断绝死硬派大臣反抗之意图，刘备虽有些不忍，但理性的考虑仍是经营者最重要的责任。因此刘备便封赐刘璋为振威将军，并带着他自己全部的财产和新官衔的印绶，前往荆州的公安定居。
刘备进入成都后，立刻大摆庆功宴，犒赏荆州的西蜀远征军，摆出了一副胜利者的姿态。
刘备以荆州牧兼领益州牧，又以左将军、大司马的名义开府治事。拜诸葛亮为军师将军，并以原任益州郡太守的董和为掌军中郎将，和诸葛亮并署于左将军、大司马府事。
打开益州府库，大行论功行赏，诸葛亮、关羽、张飞、法正每人赐黄金五百斤、白银千斤、钱五千万、锦千匹。其余赵云、黄忠、魏延、孟达也依功劳大小，各有丰厚的赏赐。
接着刘备更打算将成都城内的官邸屋舍，以及城外的桑园、农地分赐给荆州来的将领及文官。所有的胜利者，都乐不可支地交头接耳，想要好好分享这份得之不易的战利品。
老将赵云独排众议，劝谏刘备说：“昔年霍去病（汉武帝时抗匈奴的名将）曾表示‘匈奴未灭，何以家为’。今曹操对汉皇室的伤害力之大，绝非昔日匈奴可比，虽然我们已赢得益州，但还不可求安居宁。须待天下都定，才能卸甲归田各返故乡，这才是享受太平的时候啊！更何况益州居民刚遭到战争灾害，再夺其田产，必影响其生计，造成社会的不安，是很不公平的。不如归还他们的田宅，使之安居乐业，建立其欢心，然后再来筹集兵粮劳役，才能得到他们真正的支持和拥护啊！”
赵云这番话的确讲得义正词严，他完全站在新政权的稳定性及合法性立场，充分显示其关心民间疾苦、先公后私的高贵人格情操。因此刘备非常感动，立刻宣布停止原先的分赃政策，一切以安抚益州百姓为主。而那些原本急着分一杯羹的有功人员，因为赵云这种大公无私不怕得罪“朋友”的气魄，心里即使不高兴，也不便明着去争取了。
在新建立的统治阶级方面，刘备为平衡荆州派和原益州派的势力，除了在表面上抬出董和与诸葛亮共掌大军行政大权外，在实际的权力分配上，是以诸葛亮和法正共同执掌幕僚长的重责。
在两人的建议下，刘备大量起用原来刘璋政权下的智能之士，不论亲疏，量才适用。
董和原为荆州南郡人，年轻时代便随刘焉入益州，是个非常有能力的行政官员，凡由他治理过的地方，皆能做到“移风变善，畏而不犯”。刘璋时代，董和出任益州最南端的益州郡太守，他和当地的少数民族相处得非常好，的确收到了“南土爱而信之”的治绩。在刘璋昏庸的政权体制下，像董和有这种治绩的地方大员少之又少。诸葛亮深知董和是位难得的人才，因此要求刘备刻意地破格拔擢，成为诸葛亮治理益州的主要副手。
蜀郡太守许靖，是汝南名士许邵之兄，在江南地区拥有盛名，刘璋特别派人敦请他出任蜀郡太守，也是成都治守的最高行政长官，应该说是刘璋相当信任和尊重的大臣。但当成都危急时刻，许靖认为百姓的生命财产最重要，因此主张和平解决成都问题。由于刘璋迟疑不决，许靖甚至打算暗中开城门迎接荆州军队，幸刘璋警觉，阴谋未能得逞。但以许靖声望高，深得民心，刘璋对这个“叛变”事件也未继续加以追究。
刘备掌权后，对许靖临危“卖主”的行为，相当不认同，因此打算不再给予重用。
法正却不以为然，他表示：“天下间的确有不少只有虚名而无其实的人，许靖便是其中一个。但是主公现在于此开创新事业，尚无法使益州百姓认识许靖的真面目，许靖在海内又名声远扬，若不重用他，天下人恐还错以为主公您是故意轻慢贤士呢！依我的建议，还是应继续重用他，才能够延揽远近的人才，这便是燕昭王当时重用郭槐的真意吧！”
郭槐是战国初期燕昭王的大臣，燕昭王承燕王哙末年政治乱局，上台后，便积极寻找人才，发愤图强。由于燕国偏属北方，不易引来中原优秀人才，燕昭王便向郭槐询问“求才策略”。
郭槐笑着对他说：“请先重用我郭槐吧！如果连我这种庸才都受到君王的重用，真正有才能的智士，自然也会不远千里而来了。”燕昭王便拜郭槐为太傅，给予破格尊重，果然不少才智之士，纷纷由中原进入燕国寻找机会。一代名将乐毅也是在这时候投奔燕昭王受到重用的，进而协助燕昭王称霸天下。
法正的意思，是继续利用许靖在海内的声望，对刘备新政权在益州吸取人才，将有很大的帮助。
刘备也接受法正的建议，以许靖为左将军长史，刘备自任汉中王，更拔擢许靖为太傅，日后建立蜀汉帝制，又拜之为司徒。诸葛亮掌权后，对许靖仍保持相当高度的尊重。
零陵刘巴，在早年便是曹操政权的积极支持者，刘备联合孙权对抗曹操时，刘巴带领荆州亲曹人士，力主“中国统一”的重要性，并接受曹操要求，招安荆州南部的长沙、零陵、桂阳三郡。
赤壁之战，曹操势力被迫从荆州退出，荆南三郡落入了刘备的势力范围。诸葛亮鉴于刘巴的才华及人格，特写信招抚之。但刘巴竟然弃官而走，并留书表示不想辅佐非正统政权的刘备，使刘备对刘巴“深以为恨”。
后来刘巴辗转由交趾郡投奔了刘璋，刘璋以之为高级幕僚。当张松、法正计划迎请刘备入川共同对抗张鲁时，刘巴强烈地表示反对，他认为刘备野心很大，入川必为其所害。等到刘备入川，并准备北上征讨张鲁时，刘巴再度进谏表示：“若要刘备去讨伐张鲁，那无疑是放虎归山了。”
两次的谏言，都不被刘璋接受，刘巴只好闭门称疾，不再参与益州政事。
刘备围攻成都时，大家都认为这次刘巴死定了，但刘备却接受了诸葛亮的建议，下了一道军令：“谁要是害了刘巴，就要诛灭三族。”刘巴听到了，深为感动。刘备进入成都后，刘巴便前来谢罪，刘备自然不好责备他，更在诸葛亮的推荐下，以刘巴为左将军西曹掾。
其余如黄权等当年反对刘备入川的益州大臣，或像李严、吴懿等在战场上归附刘备的益州长老，彭茉等有才华、但一直未受到刘璋青睐的客卿，诸葛亮皆衡量其才干及意愿，给予相当的职位，让他们在新政府的管辖下，发挥其才能。
在五六年间，一下子跨有荆益两大州，刘备的阵容迅速扩大，各方面的立场、意见、利害也出现严重的分歧。因此诸葛亮必须特别注意调和新旧文武官员间的矛盾，让他们能够和衷共济，为新政权的稳定及发展尽最大的努力。
例如关中名将马超，原为雄踞一方的领袖，如今落难前来投靠，应给予特别的礼遇，因此在进入成都后，刘备特别晋封马超为平西将军。这个地位超越了老干部赵云，甚至和张飞平起平坐。
赵云一向不重视权位，张飞对有才华的名士，也懂得特别尊重。但远镇荆州的关羽，反而有意见了。关羽一向自视极高，他看到马超一下子便当了平西将军，心中愤愤不平，特别写信给诸葛亮表示，马超到底有何才能，军略上可与谁相比？
诸葛亮深知关羽为人，只好作书回答他道：
“孟起（马超字）兼资文武，雄略过人，一世之杰，黥、彭之徒，当与翼德并驱争先，犹未及髯（关羽有一副美髯，时人常以美髯公称之）之绝伦逸群也。”
诸葛亮特别在书信中，将马超比作西汉初期的名将彭越及英布等有勇略但较缺智谋的猛将，在当代也只能像是张飞般而已，绝不如关羽之文武全才、超群绝伦。
关羽看到书函非常高兴，特别将书信拿给左右宾客共赏之，可见关羽当时傲慢自得的神态，这也是造成日后荆州失守的最主要原因。不过诸葛亮总算让关羽不平衡的心理稍微获得平服。
当然，诸葛亮自己也以身作则，带头和新附的荆益人士建立良好关系。他和董和“献可替否，共为欢交”，互相取长补短，同心共事，成为最好的朋友。
像刘巴便是个相当不好惹的人物，他才华过人，的确相当有见识。当初，刘备围攻成都时，曾和围城的大军将领有约，打下成都后，府库财物全可充为战利品，由大家分享。因此，城破后，将士们将府库财宝抢掠一空，反而造成刘备入城后军用不足，常为财政问题束手无策，相当“伤脑筋”。
刘巴对刘备建议道：“其实这并不困难，只要多铸一些直百钱（值一百文），平诸物价，由官府制定价格，把市场管理好就可以了。”这可以称得上是一种计划经济，加上配合货币制度的政策，以主动地调整和控制市场，只是在当时有这种头脑的人尚不多。刘备依照刘巴的方法去做，果然数月以后，府库便很快地充实了起来。
但刘巴非常高傲，他看不起武将，居然连张飞都不加以理睬。很多场合，张飞客气地请教他时，他连话都懒得讲，使张飞心中愤恨不平。
诸葛亮便劝刘巴说：“张冀德将军虽然是武人，但他很敬慕足下。主公方收合文武，以定大事。足下禀性高雅，理应懂得一点随和才是啊！”
想不到刘巴骄傲地反驳道：“大丈夫处世，当广交四海之英雄，和粗鲁的武夫有什么好谈的。”
诸葛亮见此，也不便再表示意见。但刘备一听，倒是火冒三丈地表示：“我欲统合大家的才智和武略，以共定天下，刘子初（刘巴字）却专门和我作对，他大概仍想到曹操那儿去为官啊！只想把我们当作跳板，好像并无诚意帮助我们吧！”
刘巴见刘备生气，才收敛了不少。
益州初定，诸葛亮急于稳定中央的人事和法制，刘备则常到州中各郡巡视，以彻底有效地控制益州。但最让刘备和诸葛亮担心的，是东方的孙权和北方的曹操，对刘备一下子拥有荆、益两州，颇为眼红，经常出现“挑战”性的动作，让尚未稳定下来的刘备及诸葛亮不禁胆战心惊，小心谨慎地应付着。
建安十五年，也就是刘备平定益州的第二年，曹操对汉中的张鲁发动军事行动。刘备立刻派出大量的情报人员严密地注意北方军事情势，并将张飞及马超两位经验丰富的大将，调往益州北区，加强防备工事。
不久，孙权的特使诸葛瑾到益州晋见刘备，要求归还荆州。
刘备对孙权在他陷入益州军事僵局时召回其妹孙夫人，而且差点带走阿斗，愤恨不已。但由于使者是诸葛亮的哥哥诸葛瑾，一向属于较同情刘备的东吴人士，只好敷衍一下表示：“等我们攻下凉州以后，自然会把荆州还给你们。”
诸葛瑾虽深知这是推托之辞，但也不好再强迫之，只好将刘备的意思回报孙权。
想不到，孙权听了大怒，立刻令大将吕蒙率军袭击荆南的长沙、零陵、桂阳三郡。
刘备获知军情，立刻将益州交给诸葛亮及法正，亲自率五万主力部队返回荆州，进驻公安指挥大局，并命令关羽率荆州大军由江陵南下，直入长沙郡军事重镇益阳，表示强硬态度。
孙权的态度也不退缩，他下令鲁肃由夏口亲自南下益阳，准备和关羽硬碰硬，自己则进驻陆口，掌握军情变化，眼见双方联盟即将破裂，大战有一触即发的态势。
就在这紧急关口，传来北方陷于胶着状态的汉中战局，曹操已取得决定性胜利的消息。刘备大惊，害怕曹操趁势南下，益州可能有变，乃主动派使者和孙权谈判，双方议定平分荆州。以湘水为界，湘水以东江夏、长沙、桂阳三郡属于孙权；湘水以西，南郡、零陵、武陵归属刘备。这场争战暂时缓和了下来，孙刘联盟也得以再苟延残喘一阵子。
其实，以当时的情势而言，不仅刘备受到威胁，如果汉中由曹操完全控制，紧接着东方的合肥战线，也势必告急，孙权同样受到严重压力。所以孙刘联盟战线，对他们两人同样是相当重要的。
刘备的主力军不敢回荆州，而直接到达益州北方的江州巡视。这时张鲁已逃亡巴中，原益州参谋黄权向刘备表示，汉中已失，巴东、巴西、巴中三郡便难以有效防守，三巴陷落，有如去掉益州的胳臂，情况将更转严重，因此不如和张鲁联合，紧守巴中，以对抗曹操势力之南下。刘备立刻令黄权为护军，率军队北上迎接张鲁。
想不到黄权刚到巴中（今嘉陵江上游），张鲁已回到南郑，并正式向曹操投降了。
黄权立刻向三巴发动攻势，逼走曹操所任命的巴东太守朴胡、巴西太守杜沪及巴郡太守任约，将巴中完全置于刘备阵营的控制下。
这时候曹操也派大将张郃，出兵经营三巴，并进驻岩渠。刘备令巴西太守张飞率军迎战，双方相峙五十余日，张飞用计击溃了张郃，张郃兵还南郑。表面上三巴暂时稳定下来，其实更大的一场战争正在紧急的酝酿中。刚获得休息的刘备和他的大军，又不可避免地卷入一场和北方之雄曹操展开的汉中争霸战。