未能等到刘裕同意，鲍嗣之说罢就带兵而去了。刘裕无可奈何，只得引军随后赶去。
“贼兵数倍于我，我们仍要以智胜之！”刘裕向部将令道，“两旁多备旗鼓，一旦前驱遇到贼兵，两下交战，我伏兵就要大张旗鼓、擂鼓助威，以吓唬敌众。”
结果，刘军轰轰烈烈，吓得贼兵仓皇退缩，他们真的以为四面都有伏兵。刘裕趁机挥军冲击，杀死孙军无数。但这时，偏偏鲍嗣之求胜心切，对孙军紧追不舍，结果深入敌军数里，陷落在孙军的包围圈中，刘裕大军竟被甩在身后，不能相救。鲍嗣之独战数十个回合，身心疲惫，最后战死沙场。
贼军乘胜回头，迎击刘裕的大军。刘裕见敌人来势凶猛，只得边战边退，可是麾下业已损失了多名战将，孙军仍在紧逼。
刘裕只好另设计策，于是，在刘裕转身从一个山峦再现时，贼兵却见刘裕突然翻转下马，部众们也故作闲暇，倒地休息起来。孙兵见了，十分害怕，以为刘裕又设置了什么埋伏，迟疑不敢前行，接着，竟慢慢撤退了。
“刘裕的确不是个好对付的敌手，我们还是尽快撤退吧！”孙恩见此情景，忙向部众们说道，“我们不如移兵沪渎，攻打袁山松的营垒，前去掳掠一番。”
接下来，刘裕见到孙恩将退，反而翻身上马，追了过去，挥兵杀贼。致使孙军大乱，四散奔逃。
刘裕超前引着队伍来到山后，准备堵截孙军，见前面乱树丛生，怪石交错。
“启禀刘将军，前方有南北两条路可去海盐，我军将行何路？”副将跑到马前问刘裕。
“你引少许兵马分在北路，摇旗点火，布置疑兵，以慑敌兵，将他们堵向南路！我率大军主力在南路崎岖小路两侧埋伏，以便再度伏击孙恩兵马！”刘裕令道。
于是，全军按令行动去了。果然，不出刘裕所料，孙恩乃草野无识之徒，见北路林中，烟雾缭绕，似有埋伏，慌忙引军南向，正好陷入了刘裕所设的埋伏圈内。
刘裕见了，亲率敢死士兵，先用绊马绳将孙恩的马脚捆倒，接着冲了出来，举刀攻击马上的孙恩，并斩断了孙恩的马腿，将他掀下马来。但当刘裕正要率众冲上来活捉孙恩时，不料，孙恩却被部下救出了重围。于是，孙恩翻身上了另一匹白马，飞身带着残众，向山上逃去。后面卢循率领的万余兵马又涌向城池，挡住了刘裕去路，城内刘军力弱，渐渐支持不住。刘裕赶紧挥军回头，冲进勾章城，以期凭城自保，阻击成百上千攻城的孙恩贼众，并多次将他们推到山下和海中。
然而，刘裕刚刚进城布置防线，就见孙恩大队人马转身杀来。眼看勾章难保，刘裕只好率军连夜奔走丛林，但是孙恩自觉人多势众，仍然紧追不舍。刘裕此时已经身经数战，人困马乏，再也经不起近万孙军的追杀了。
在孙恩大军追赶下，刘裕趁着月色，率着饥疲之兵爬上山坡，来到昨夜设伏孙军的战场旁边，这时，刘裕看到遍地战死的士兵尸体，立刻心生一计。
“将士们，我们不必再跑了，兵不厌诈，来一个疑兵之计吧！”刘裕突发奇想，向部属们大声下令道，“立即停下来，做出怪异的动作，解除死兵的衣裳！”
于是，刘军应命，纷纷下来给死尸们解衣脱帽。孙军前部兵士急匆匆地来到此处，在夜幕下，依稀见那刘军兵士竟然不再逃跑，却在此地只顾剥夺死尸的衣物，而且形态从容不迫，甚为惊奇。
“卢将军，刘寄奴这是何故？”孙恩见此，惊怕地向卢循问道，“莫非刘军又有什么鬼名堂，又有埋伏？唉，我军这一夜，已中了刘寄奴几次诡计了，切勿再……”
“哦，这刘寄奴恐又在玩弄花招，大王应当小心……”卢循也在疑惑。
而就在孙恩将士们犹豫不决之际，刘裕却在树丛后面与部属们紧急商议好了破敌之策。
“贼兵现在正在疑惑不前，贼兵最怕的是我们昨天的伏击，也怕我们的快速冲击。我们不如在孙恩未能及时进攻之时，现在就将兵士分成三个敢死队，以攻为守，冲进敌阵！”刘裕向部下们吩咐道。
“将军言之有理，我们从速出击——”众兵齐声答应道。
随即，刘裕的三个敢死队从三方冲出，势如离弦之箭。刘裕本人身先士卒，高举大刀，亲自率领中军，以雷霆万钧之势，突然向孙恩大军冲杀下来。孙恩兵将正在犹豫之际，突然遭此冲杀，如梦初醒，只得仓促迎战。但经过几度拼搏，一见刘裕的大刀冲锋队，孙恩军卒想起了自己前几天的败相，都吓得魂飞魄散，立即溃退，纷纷转头远逃。
刘裕又一次大破了孙军，孙军只好率军转走沪渎，乘船向丹徒败退，来到丹阳郡。
接下来，刘裕也转阵疾驰，麾兵丹阳，此时孙恩渐对刘裕产生了畏惧之情。
“刘裕将军，为何孙恩如今越战越弱？”刘敬宣惊奇地问刘裕。
“经过几番较量，我们已经掌握了孙恩流寇式的作战规律。孙恩兵士们通过几次败北，更是尝到了我刘裕雏形‘却月阵’兵锋的厉害，加上丹阳原是我的家乡，对于地理形势、风俗习惯，我更是了如指掌。所以孙恩自然心怯！”刘裕笑道。
“如此看来，孙恩必然要死于将军您之手了！”刘敬宣兴奋地说。
“这个自然……”刘裕笑着点了点头。
于是，几次大战后，刘军士气为之大振。接着，刘裕率军日夜兼程，顺利地赶到了丹阳，并在渡口迎头击垮了孙恩。孙恩只得率引残部，向南溃散。
刘牢之得知刘裕连续战胜了孙恩的消息，忙向朝廷报捷，晋廷因刘裕屡建奇功，升任他为下邳太守，命令刘裕继续带军，清剿孙恩残部。
在刘裕的紧追不舍下，孙恩只得慌忙从郁州逃往临海。刘裕沿途设伏，途经海旁时，孙恩的军马，已经被刘裕杀伤了大半。
眼看孙恩残部到达临海，刘裕急忙派员联络临海太守辛景，让他在临海城前，合军围攻孙恩疲军。于是，孙恩骑着白马正要跨过吊桥时，忽见前后伏兵齐出，涌现在眼前，他立马冲到城边，随即被乱军斩杀在城墙之下。
孙恩既死，孙军群龙无首，遂惊怕四散。然而，孙恩的副将、妹夫卢循召集剩余部众，继续活动在沿海地区，为非作歹。
刘裕击败了卢循在海崖边的残部后，凯旋回师。
二、投桓玄，牢之竞衰灭
“刘牢之将军来访——”当刘裕刚刚回到帐中时，突然，帐下侍卒进来向刘裕禀报。
“老将军何故急速到来，有何指令？”刘裕在营前匆匆迎上刘牢之，拉住他的手，并急切地问道，“请进帐详尽吩咐！”
“孙恩已死，此贼现以孙恩的妹夫卢循为王，卢循是何许人也，如今他已经名声在外了？”进帐坐下后，牢之忙问刘裕。
“卢循其人，也非同寻常！末将曾经打听得知：卢循他也是个文武兼备之士！”刘裕对刘牢之说道，“卢循自幼学文习武，长大后通晓天文地理，娴熟兵书，昔日孙恩之所以能够称霸一隅，都是因为有了卢循的帮助呢！”“哦，看来这卢循还可挣扎几日？不过，孙恩已死，此匪豪情终成强驽之末了。寄奴不必挂牵！”刘牢之笑道，“寄奴贤侄，你连日征战，功劳不小，朝廷对你多有褒奖。然而，这次又有了更大的战事，朝廷还望将军不辞鞍马劳苦，再接再厉，荡平贼军。”
“哦，又有何贼敢趁机打劫？”刘裕惊问道。
“此番不是草寇作乱，而是晋廷外臣反叛！”刘牢之道。
“何人竟敢如此胆大妄为？”刘裕站起来问。
“荆州刺史桓玄！桓玄因受朝中权臣司马元显的猜忌而被迫起兵反晋了！”刘牢之说道，“……桓玄势大，他现在正统领着荆、江八州军事，威慑南国，颇有压倒晋廷的气焰。为了安定南隅，桓玄竟授任孙恩余匪卢循为永嘉太守，以便利用卢循的力量来牵制朝廷。”
“桓玄作乱？对此，末将也曾有耳闻。”刘裕恍然大悟道，“朝廷此次要命令在下配合讨伐桓玄的大军，清剿永嘉余孽？”
“正是！不过……朝廷倒不是让你孤军清剿卢循，而是让你与剿匪大军一起出兵征讨桓玄！”刘牢之轻声地笑道，“皇上钦命桓玄的宿敌——司马元显为骠骑大将军、征讨大都督，令他总领征讨桓玄的军事，令我为先锋，令你为参将，立刻挥军前去剿杀桓玄叛军！不知贤侄有何异议？”“哈哈……大丈夫身处乱世，只求建立功名，虽马革裹尸，也在所不惜，岂敢有何异议？”刘裕听罢坐下，哈哈大笑道。
“只是……这司马公的劣迹，朝野共知……”停了一会，刘牢之又迟疑地说，“让我们北府将士在他的帐下听用，委屈非常……况且……”“况且什么？”刘裕惊问道。
“况且桓玄也非等闲之辈！”刘牢之迟疑道，“司马元显他是什么东西？”
“不过，末将曾经听说叛军初来时，司马元显当时自驻石头城，英勇善战，也曾让敌人闻风丧胆呀！”刘裕不解地说，“桓玄的父亲不就是那个早想篡位的桓温吗？他们桓氏虽然御敌的本领不大，却世代都妄图篡位呀！他桓氏一直都是大晋的逆贼，可惜朝廷没有早日除了他们！”
但是，刘牢之却无心倾听刘裕的言语，他只因为曾经受到司马元显的猜忌，所以，当场犹豫不决起来。
“大将军您还有疑虑？”刘裕见刘牢之欲言又止，忙说，“大都督司马元显为人的劣迹，的确朝野共知！司马元显本是朝中权臣，常依靠皇家的威势，鱼肉朝中大臣。只是……此番讨逆，我们应当以国事为重，元显虽然为人所不齿，然而我们也决不能因私废公，怀有他念！我们应全力听从標骑大将军、大都督司马元显的调遣，以求平定桓玄，为国建功立业！”“……其实，我本人与司马元显并无私仇家恨！前次孙恩猖獗、进逼建康时，桓玄竟欲率兵东下，声称要来下江讨贼勤王，而司马元显却连忙以皇帝的名义，下诏给桓玄，令他在江陵驻守。司马元显并说下江的贼寇，自有我们北府将士抵挡呢！”刘牢之说，“司马元显很愿重用我北府将士，看来，他似乎很看重我北府将士啊！”
“莫非其中有诈？”刘裕问，“司马公是否另有他图？”
“当然！司马元显无非是怕桓玄来京生事，夺了他的大权。此次，倘若司马元显消灭了桓玄，接着他就要对我们北府兵下手了，因为他忌惮一切权臣呀！”刘牢之忧虑地说。
“唉，如今司马元显身为大都督，举朝廷之兵，依顺伐逆，自然能获大胜，我们也只好听从其命令呀！”刘裕叹道，“莫非我们还能反其道而行之？难道大将军你能够保证他桓玄得势后，不对我们下手？”
“唉，既然如此，我们当谨慎从事！只是，唉……”刘牢之听罢，轻声地说道，随即叹了口气，摇了摇头，向刘裕挥了挥手。二人无语，相偕出了营帐。
刘牢之、刘裕的征剿大军来到历阳，与桓玄叛军开始短兵相接，双方摆开了阵势。牢之和寄奴正欲出战，忽见从城边桓玄的阵中走出一员雄伟老将，待其骑马走到近前时，刘牢之才看清，来人不是别人，原来正是牢之的舅舅何穆。二人阵前相见，顿时悲喜交集。
“舅舅，在两军相对之中，你老人家为何前来？”牢之惊问道。
“荆州刺史桓玄大人派老舅前来，向你们说明厉害，为你们指明前程！”来人何穆笑着向刘牢之说道。
“阿舅之意？”刘牢之轻声问。
“如今，天下已乱，豪杰并起，司马家的晋廷大失人心，已经岌岌可危。司马元显更是淫威冲天，甥儿岂能在司马元显帐下，听其号令？你身为大将，当认清是非，弃暗投明，不可为虎作伥——”何穆大声地向刘牢之说道。
“……甥儿本也无心追随奸臣司马元显攻打桓公，只是作为北府战将，皇命在身，我也是身不由己呵！”刘牢之又说。
“桓公乃当世之英雄，镇守八州，司马无勇无谋更无德行，你们北府兵将虽然作战勇敢，无奈军纪混乱，也不得人心。你们怎能战胜桓公呢？倘若失败，你们将身首异地，即使侥幸得胜回朝，又能如何？鸟尽弓藏，你们最终也逃脱不了被司马氏绞杀之命运啊。”何穆继续说道，“桓玄大人爱才之心可敬，他让愚舅前来劝说，望你归附于他的麾下，以便大事成功，日后得到封妻荫子的结果。”
“然而……”刘牢之听后犹豫道，“倘若甥能为国建功立业……”
“从古至今，战乱时代，君臣之间彼此相互信任的只有燕昭王与乐毅、刘玄德与孔明，但是他们都是功业未成而明君早逝的人，假如功成名就，恐怕就难保他们不大祸临头了！常言道：‘飞鸟尽，良弓藏；狡兔死，走狗烹；敌国破，谋臣亡。’正因为如此，才有勾践杀文种，秦王除白起，汉高祖斩韩信的悲剧。唉，这些英雄霸王之主，尚且不相信其手下的功臣大将，更何况那些凶残愚昧、平庸无能之辈呢！”何穆继续对刘牢之说。
“然而，对此，愚甥也略知一二……”刘牢之仍在犹豫。
“自古功高震主，决非幸事！拥有足以使君主震动的声威，建立无法封赏的勋功，是决不能被昏暴君王所宽容的！相反，管仲箭射齐王衣钩反被齐王重用，雍齿多次威逼汉高祖反而能受到汉高祖的厚封，何况足下与桓公之间无射钩屡逼之仇呢！如今你与桓公为敌，战败了将会遭到灭族之灾，战胜了同样也会遭到灭族之灾，你成败都无出路！与其身败名裂，为天下所不耻，不如调转矛头，保住自己的富贵，以便英名天长地久。何去何从，请甥儿三思！”何穆又慢慢说道。
“舅父所言是矣，我决定投向桓公！”刘牢之听后说道，“甥儿自以为手握重兵，才能智谋足以统辖江南大地，足可帮助桓公打败司马，况且進王司马尚之已被桓公打败，晋人士气低落，军心沮丧……”
“知道了就好，请立即行动！”何穆大声说道。
“是的，舅舅之意……甥已知矣，我当遵命行事……”刘牢之听后嗫嚅道。
随即刘牢之回马人阵，和刘裕等参将讨论起来。