法门寺地宫文物出土以后，保护和利用问题就提到了议事日程，不仅得到了各级领导的重视与支持，而且受到有关专家的极大关注，提出了许多合理化建议。1987年5月底，赵朴初先生亲临法门寺，对有关人士语重心长地说：“对于这些国之重宝，保护工作十分重要。许多文物颜色现在还是很好的，我担心过不久就会变。对于那些丝织品，要采取科学手段进行抢救。我希望各方面的专家同心协力，能把这些珍宝保护下来，使之传之久远。现在是今之视昔，莫忘后之视今。一千年之后，还能不能看到这些东西，就要看我们的努力了。要用现代人的思想和现代技术，保护我们民族的遗产，以无愧于先祖和子孙。”季羡林教授等专家认为，对于这批稀世之宝，要专门建馆进行保护，除当地政府和国家应拨出专款外，社会各界也可以捐助，各科研单位和高等院校应该组织一定力量，就文物的科学保护进行多学科综合研究，千方百计使这些光辉灿烂的古代珍品万无一失，传之久远。
建馆后，保证众多的文物瑰宝在收藏和展出期间的绝对安全成为法门寺博物馆工作的重中之重。法门寺博物馆坚持硬件、软件一起抓，严格管理，完善制度，努力提高全馆工作人员的防卫意识和应变能力，增强安全防范措施，使安全保卫工作规范化、制度化，真正达到滴水不漏、密不透风。抓紧公安干警和经济民警两支队伍建设，不断提高政治业务素质和军事保卫能力，硬看死守，确保文物和游人的绝对安全。同时，加大投资力度，安装高水平、高标准、高效应的现代化防盗技防报警及消防报警系统，达到国家一级风险标准要求，做到人防与技防密切相结合。为了避免旅游旺季参观发生拥挤现象，在珍宝阁内左侧增设永久性钢楼梯，便于游客分流。展厅内外设有残疾人通道，充分体现社会对残疾人的关爱之情。由于部署周密，安排详尽，多年来未发生任何安全事故，连续被评为省、市、县文物安全先进单位，为繁荣陕西文博旅游事业做出了突出贡献。
保管研究部不仅建立了完整、系统的文物藏品档案，对藏品进行科学化管理，而且严格库房、展室文物出入制度，杜绝一切漏洞，保证馆藏文物万无一失。藏品柜和陈列柜采取密封手段，提高密封性能，定期检测，并设计可置换的干燥剂箱，从而达到恒温、恒湿、防腐、防蛀等效果；采用花岗岩地板，使用空调、通风及换气装置净化与过滤有害气体；照明设备采用滤光装置，减少紫外线对文物的损害。开展从改善大气环境到各类文物保护处理的科技攻关，取得初步成果；邀请省考古所、西北大学等单位专家对法门寺文物实施特殊保护措施，鎏金铜浮屠、鎏金银捧真身菩萨、鎏金迎真身银金花四股十二环锡杖等重点器物的保护取得了突破性进展。
1996年6月，国家文物局文物鉴定专家组对法门寺博物馆馆藏文物进行了等级鉴定工作。经专家确认，国宝级文物27件（组），一级文物80件（组），国宝级文物、一级文物占有比例为全国博物馆之最。