1988年11月9日至2001年11月，法门寺历史文化文物陈列在法门寺博物馆珍宝阁举办。珍宝阁上、下两层均为展厅，陈列面积600多平方米，陈列展览法门寺地宫出土珍贵文物100多件。
下层的序厅、中厅、西厅、北厅、东厅分别陈列塔寺历史沿革、石刻造像、佛经、漆木器、钱币、丝织物、秘色瓷器、琉璃器、金银供养器（包括生活用具、茶具）等9部分内容。
序厅通过法门寺唐代地宫遗址照片，把人们引入了1000多年前的神秘宫殿。中厅汉白玉阿育王塔居高临下，鎏金铜浮屠巍然屹立，四大天王和护法金毛狮子站立两边，佛指舍利宝函耀眼夺目，这里为法门寺文化的主题，再现了佛典的神圣记载，揭示了法门寺文化之谜。西厅法门寺历史沿革以北周千佛碑、唐中宗下发入塔石匣盖铭、《大唐咸通启送岐阳真身志文》碑等为序，以碑石、佛像、佛经等宝物再现了法门寺两千多年的历史延续，勾画出法门寺文化在华夏文明史上的地位和作用。展品以紧锁地宫1113年的第一道石门铁锁开始，拉开了这座华夏最大佛塔地宫的帷幕。唐咸通十五年（874）地宫最后一次封门时的《物帐碑》，使人们对2499件稀世珍品的名称、质地、重量，包括皇帝等在内的唐代供奉者一目了然。漆木器陈列既象征佛祖须弥山——三千大千世界，同时又是安置佛指舍利的香舆宝地，其气象之庄严使佛教僧众双手合十，顶礼膜拜。北厅通过700多件丝（金）织物照片，展示了唐代丝织工艺技术的最高成就。东厅秘色瓷系列属于考古新发现的标准器物，填补了唐代陶瓷研究的空白。
一件件完好如新、玲珑剔透的琉璃器集中体现了唐王朝与伊斯兰文化的交流和碰撞。专门供奉佛指舍利的鎏金双凤衔绶纹银盒、鎏金双蛾团花纹镂空银香囊、鎏金卧龟莲花纹五足朵带银熏炉及银炉台、鎏金鸳鸯团花纹双耳圈足大银盆等生活用具，既是唐代宫廷生活奢华的见证，又反映了当时高超的金银制作工艺。完整的鎏金茶具更使日本游人惊叹不已，日本茶道源于中国，这里就是证明。
上层专门陈列着真身舍利宝函系列与佛教法器文物。
咸通十二年（871），高僧澄依为唐懿宗敬造的鎏金银捧真身菩萨以密宗造像的最高等级体现了丰富的文化内涵和精绝的制造工艺，许多佛教考古的中心器物在这里闪光夺目。五套佛骨宝函系列按照发掘次序、佛教文化仪轨，肃穆庄严地显现中央部位。在这里，唯物主义者看到历史和现实、必然和偶然的巧合，佛教僧众则为佛祖因缘显圣而顶礼膜拜，神秘莫测。在陈列最后阶段，以佛教法器系列为依托，其中三枚锡杖以佛教历史的最高形式作为总结，特别是长196厘米的鎏金迎真身银金花四股十二环锡杖为佛祖释迦牟尼之最高等级法宝。
整个展厅文物陈列纲目清晰，主题明确，重点突出，图文并茂，在表现法门寺历史文化方面有新突破，凝聚成法门寺博物馆的特色。它以其独特的观赏价值吸引了大批中外游客，人们到这里参观游览，既可得到历史文化知识，又可以从幽雅的环境中得到美的享受。