19世纪中期以来海上自由是被认为是海域和海洋资源管理方式的传统制度。在这种制度下，公海被认为是不可据为已有的无主财产，沿海国家的管辖权要求受到了严格的限制，一般而言国家的领海只有3海里海域管辖权。在这种自由海洋制度下，如果发生国家间的公海海洋权益之争的话，以国际的优先权与普遍性标准作为调节这些冲突的方式。在当时由于海洋的用途主要是航行和渔业，国际优先主要是航行自由，普遍性是各国都可以使用公海进行海上航行。这种制度对海上航运大国极为有利。第二次世界大战结束后，传统的海上自由制度受到极大的修改，而由联合国主持召开的几次国际组织海洋法会议是促成战后国际海洋制度建立的重要因素。由国际海洋制度而建立的国际组织又是促进国际功能性合作的重要保证。1958年联合国在日内瓦召开了第一次国际海洋法会议，这次会议产生了“日内瓦法典”（《领海及毗连区公约》、《公海公约》、《捕鱼及养护公海生物资源公约》和《大陆架公约》）；1970年25届联大又通过了《各国管辖范围以外海床海底及其底土的原则宣言》，宣布各国管辖范围以外的海床、海底及其底土以及该区域的资源是人类的共同继承财产。1984年第三次联合国海洋法会议最后会议通过的《联合国海洋法公约》（又称蒙特利尔公约，它于1994年生效），它在原来的国际海洋法的基础上进一步确定国家的12海里领海权和200海里专属经济区，大陆架是沿海国陆地自然延伸，沿海国对专属经济区和大陆架内的自然资源拥有主权并对防止污染和科学研究活动享有管辖权，并决定由国际海底管理局对国际海底资源及其勘探开发进行管理。联合国这几次会议为国际海洋制度的最终确定和完善奠定了基础。从国际海洋制度中的法律与规范来说，这几次会议确定和重申了这样的原则：航行自由、海上航道规则、保护鱼类、保护与共享海床自然资源、防止海洋污染；这些法律与规范体现的原则又通过国际条约进行具体说明，这些条约包括在联合国几次海洋法会议上通过的几个公约中；这些法律与规范的实施又由一些国际组织来监督，如国际法院（对有关案件的判决）、国际海床管理局、国际捕鲸理事会和国际海事组织，这些国际组织都是在联合国几次海洋法会议上决议基础上建立的；通过这些法律与规范所体现的原则和国际组织的协调与监督，各国在国际海洋领域的行为可以预料，即各国应通过国家立法来防止海洋污染，在国际的监督和压力下遵守捕鲸配额，各国的法院负责国际航道规则的强制执行。这样，通过国际组织促进了国际海洋制度的建立，又通过建立国际组织来经常性讨论有关国际制度的执行，磋商有关问题，协调与监督这个制度的执行，这在一定程度上促进和保证了各国在海洋领域内的合作，有效地化解与防范了各国在国际海洋问题上的冲突。
国际组织在某些领域内对国家间功能性合作的促进，这从国际社会的最底层以一种渐进、务实的方式促进国际社会的全面合作，为国家间进一步拓展合作创造了气氛，实现在这些领域内国家间相互交往关系的有序与规范，在一定程度上消除了国家间纷争的火种。但并不是说在这些功能性合作的领域就不存在利益的冲突与权力斗争。在参与这些功能性合作的国家与没有参与这些功能性合作的国家，以及在参与这些功能性合作的国家间都存在利益分配的冲突和围绕着利益分配所产生的权力斗争。比如在国际海洋制度领域内，1976年联合国召开的国际海洋法会议上，只有56个国家是赞成1958年关于公海问题的日内瓦公约的国家，而许多不赞成1958年日内瓦公约的国家纷纷要求扩大自己国家对海洋的管辖范围和性质，这与原来赞成1958年日内瓦公约中强调公海自由的发达国家产生了冲突，而在1958年公约内的一些国家如加拿大和澳大利亚等国也转而用一种更重视沿海的观点来考虑本国的利益，特别是一些拉美国家担心发达的国家利用其先进技术把公海资源据为己有，也与一些发达国家在国际海洋制度上发生了矛盾。在国际组织中促进国家间的功能合作中，也存在着跨国的团结与冲突。在国际海洋领域内，这主要表现在发达国家的石油与渔业利益集团与发展中国家的石油与渔业集团的冲突。
（三）国际组织与国际制度
在前面我们曾经讨论过国际组织促进在某些领域内建立一种制度（Regime）的作用。制度不是一个机构，而是某一领域内各类所发生的事物的组织方式和运作形式，是国际间某些领域内规范国家行为和形成国家间有管理的相互交往关系的重要因素，是国际体系权力结构与这个结构中所发生的政治、经济讨价还价过程之间的中介因素，但国际制度反过来又影响并在某种程度上支配国际体系中所发生的政治讨价还价和日常的决策。因此说国际制度是与国际权力结构相关的，也就是说与国际权力斗争性密切关联的。国际权力分配关系尽管是国际制度形成与运用过程中的最重要因素，但在实际的过程中，它们往往是通过国际组织的组织与运作来实现的。因为，国际制度是由原则、规范、条例和决策程序所构成，但这些原则、规范、条例和决策过程都与国际组织密切关联着。最终体现国际权力分配关系的这些原则、规范、条例和决策程序构成了有关国家在这一领域内的行为规范和国际间处理有关问题所遵循的原则以及处理问题时所遵循的模式，通过制度可以预见有关的国家的对外行为。因此，通过这些原则、规范、条例和决策程序，国际制度可以影响并在某种程度上支配国际体系中所发生的政治讨价还价和日常的决策，无政府的国际社会就此形成了一种“无政府的管理”的形态。实质上也构成了一种广义的国际组织。
国际组织与国际制度的关系可以通过以下方面体现出来。
国际制度一般是通过多边或双边条约建立起来的，在这一过程中国际组织是促成这些原则、规范和条例的重要场所，如在国际贸易中关贸总协定是促成许多国际贸易规则、原则和条例的最重要的机构；或者国际组织本身的宪章就体现了这些原则、规范和条例，如国际货币基金组织的章程就体现出成员国的货币制度与政策需要遵守的原则、规范与条例；国际组织内部的组织形式有时也是决策程序中不可或缺的一部分，如在世界贸易组织与国际货币基金组织中就体现出处理国际贸易问题与国际货币问题的基本方式。在国际经济文化与社会等一些非政治领域人们就很容易看到这些公认的规范、条例和原则，也可以很容易地发现通过这些国际组织所产生的处理有关领域内国际问题的决策程序。在这些非政治领域内，国际组织很明显是促成国际制度建立的重要环节。两位国际政治学者谈到一些非政治领域内的国际组织在促进国际制度建立所发挥的作用时，分析道：
它们（国际组织）为使其观点、原则和规范的合法化提供了讲坛，并为联盟的建立提供了讲坛，也为问题的相互联系提供了讲坛。它们建立了信息收集、分析和监督的有管理的过程。它们使为制定规则与和平解决的决策与谈判过程制度化。它们提供了公共商品，并支持其运行活动。
通过国际组织建立的国际制度还可以通过设定议题，提供监督，产生决策和执行程序以及为希望从互利性中获益的国家建立它们必须要遵守的行为规则。另外，国际组织在国内政治政策的制定和议题确定过程中也发挥了重要作用，因为它迫使政府做出决定。这些组织的功能性活动可以通过信息共享为由来进行信息的收集与监督。这就为监督问题和鼓励国家发展专门化的决策与执行程序产生了可用的优先信息。最后，这些组织可以建立旨在确定行为规则和保证执行的服从措施的行政法律的程序。
由于国际组织在国际制度中的作用，有些学者认为，与其把国际组织看成是一些机构，倒不如将其视为与正式机构联系的政府间和跨政府的系列网络。各国政府必须联合起来妥善处理这些组织中的业务流通；由于各国政府同这些组织打起交道，官员们在定期、面对面的基础上走到一起的网络便发展起来。因此，通过促进某些上层人物之间的交流，国际组织可以有助于使世界政治中的“潜在的联盟”正式成立起来；各种组织的秘书处通过自己建立联盟的活动，可以加速这一过程。②国际组织不会产生单一的领导，也不会产生有效的权力；但这些组织将提供日常政策协调的基础，有效的多元领导正是这种政策协调。这种政策的协调就是所谓的国际社会独特的“无政府的管理”。
尽管在一些领域内并不存在明显或正式的国际制度，也不太容易发现国际组织在这些不明显的国际制度中所发挥的作用。但是国际组织有时与这些不太明显或不太正式的国际制度仍然存在着较强的关联性。如在原子武器与导弹控制领域内，近年来美国与朝鲜民主主义人民共和国之间尽管不存在明确与正式的控制制度，但双方存在着非正式的控制制度。美国要求朝鲜不研制与生产原子武器与中长程导弹，朝鲜在美国与西方国家的压力下决定停止研制与生产这些武器，但条件是美国与西方国家必须对朝鲜的能源短缺状况进行一定的补偿，美国解除对朝鲜的长期经济封锁以及向朝鲜提供粮食援助。在这其中，国际组织发挥了重要作用，国际能源组织担任了相关的核查任务，国际红十字组织负责相关的粮食援助任务，一些国际经济组织担任了一些经济援助任务。而且双方所确认的武器控制目标都是以联合国等一些国际组织主持下签订的核不扩散条约和其他一些的武器控制条约为基础的，依据的是有关国际组织已经确定下来的国际军控方面的有关原则、规范与条例。因此，国际组织在其中也间接发挥了作用。
由于国际组织在国际制度中的作用，也有些国际政治学者干脆就把国际组织作为国际制度的组成部分。这样，（或多或少由）国际组织所导致的国际制度实际上是构成了国际社会的一种组织方法与制度框架，是一种广义上的国际组织。它与狭义上的国际组织（国际机构）有着重要的联系，国际机构在很大程度上是广义的国际组织的组成部分。但国际制度并不是完全为了促进国家间的合作，在一定程度上也是为了调整国家间冲突关系，使国际间的冲突处于一种有管理的控制状态下。比如冷战期间，美苏之间也存在着处理相互关系的制度或游戏规则，一文章中扎克尔把国际制度构成确定为：国际法规则、条约、国际组织、国家与其他行为者服从行为的方式、以及有关国际关注的领域的国际行为这些规则按斯坦利·霍夫曼的归纳如下：
（1）彼此不诉诸核武器来对付对方或对方的盟友，尽管诉诸核武器的威胁没有排除，并以之作为稳定器。
（2）避免两国武装力量之间的直接冲突，危机最后时刻总是以一方的退让而告终。
（3）有限战争的规则，在自己与对方的盟国之一或双方的盟国进行战争时，美苏双方都在控制着局部战争或地区冲突的烈度，努力使其限制在一定的范围之内，不至升级为大规模的世界大战。
（4）在事实上默认对方的势力范围以及各自在自己的势力范围内的控制行为，只有一方的行动侵犯了另一方的势力范围时，另一方才会进行坚决的抵制。这些制度保证了美苏之间长达50多年的武装对峙但不越过战争门槛的状态，从而有效地管理与控制了两个超级大国对抗与冲突的烈度。
最后，国际制度还体现了一种社会力量对世界的管理与控制，考克斯在谈到战后资本主义世界的“国家国际化”形态时分析了像国际货币基金组织、经济合作与发展组织等这样的国际组织在作为国际跨国资产阶级的工具把资本主义世界内的各个国家内外政策统一协调起来的状况，较有说服力地描述了社会力量、国家与国际制度三者关系。所以，国际制度有时也体现为某一社会力量的世界性统治。
（四）作为独立行为体的国际组织
我们在第一章中曾经讨论过国际组织在国际法的地位问题，其中一点就是国际组织具有独立的国际法人格地位，因此，国际组织可以独立地承担某些国际法中的权利与义务。从技术上讲，国际组织的活动受成员国的意愿和选票的控制。而事实上，许多政府间国际组织培养了众多的、相对永久的行政人员。
这些人有时把自己与国际组织认同起来，并且努力增加该组织的权威与作用。行政人员的观点有时在某些问题上与某些成员国的观点并不一致。如“联合国应该有所作为”这样的全球性期待也增加国际组织应该是一种独立的力量的意识。这样，在国际组织的实践中往往形成（国际组织的）整体超过它的部分（成员国）总和的状况。这在联合国与欧盟等国际组织中都出现过这种现象。但是就政府间国际组织的独立作用而言，这种观点的支持者也认为这种国际组织的独立作用主要是调解性和妥协性的，而不是强制性的，它的目标是教导和促使，而不是强迫民族国家间的合作。
国际组织的独立性在一定程度上讲是通过某种政府间国际组织的宪章有意识建立的。国际法院的建立是为了独立的行使国际裁判职能的。联合国宪章规定，秘书长或任何工作人员“不寻求来自任何政府或任何在这一组织之外的权威的指示”。在独立性上可能欧洲议会是最独特的，因为它的代表是由民选产生而不是由国家政府任命和指定的。
国际组织的独立性有时也是一种国际官僚自我权力伸张的产物。这是任何行政机构都存在的通例。在联合国与欧盟都存在这种现象。如哈马舍尔德和加利秘书长就都认为联合国的行动应该是秘书长自己指挥的行动，哈马舍尔德曾说他有义务维持和平，“而不必顾及成员国政府的观点与意愿”o加利在任秘书长时也强调独立性，曾批评安理会过多地关注巴尔干而没有相应关注索马里。
国际组织的独立性往往受到成员国的批评，有些成员国认为这些国际组织干预到本不应该它们干预的事务。但不论如何，国际组织的独立性有时在一定程度上可以起到一个中立国在国家间发生利益冲突时所发挥的调解、协调与妥协甚至是仲裁的作用，这对国家间的合作与相互有管理的交往关系起到一定的促进作用。最后，必须注意，任何国际组织的中立性都不是绝对的，它或多或少受有关国家的操纵，特别是大国的操纵，联合国伊拉克武器核查小组就是一个明显的事例。一般而言，国际组织在涉及大国重大利益时表现出来的中立性往往是无所作为，或仅限于调解性的工作。