其二，改革目标模式的转换。从科技体制改革的直接目标分析，国家创新体系建设与前期的科技体制改革发生了体系模式的重大转变。前20年的科技体制改革所优化的体制模式是研发体系，局限于科学技术创新体系内部，而国家创新体系建设则包含了所有具有创新意义的创新要素，引申到国家的体制、制度层次以及思想、文化层次，其体制模式升华为创新要素的网络化。研发体系与创新要素网络化两种体系模式，将科技体制改革进程区分为两大阶段。大约于1999年之前，基本属于优化研发体系模式改革阶段。1999年至今为完善国家创新体系模式的酝酿、尝试过程。今后即将开始全面进行国家创新体系的建设实施阶段。从其模式内涵分析，国家创新体系建设与研发体系调整阶段的差异主要表现在四个方面：（1）从以院所为主要对象的研发体系改革转变为国家科技创新的整体性、全局性的改革；（2）改革的内涵从单纯的科学技术问题转变为科技与社会体制、机制、观念等综合创新问题；（3）改革的依据从国内发展战略目标需求转变为新世纪长远性、国际竞争性、动态变化性的目标需求；（4）创新要素网络化的要求。突出显示出国家创新体系建设阶段在创新模式上的新特征。
其三，改革任务的战略拓展。国家创新体系模式与研发体系所具有的差别，决定了其改革任务内容有重大的转变。这一转变除了在科技体制改革态势分析中已经提到过的改革任务四大战略拓展之外，还面临激活各类创新主体、优化各类创新要素的任务；需要从国家全局的角度，整合创新要素，优化资源配置，加强创新的网络化建设。要从新世纪长远发展的视角探索创新的战略任务等等。
其四，改革方式必须作适应性转变。“调整、分流、转制”的改革方式，是基于科技体制改革当初科研院所的弊端所采取的。其弊端初步铲除，任务基本完成。对于国家创新体系建设新阶段，“调整、分流、转制”的改革方式已经过时。这一新阶段的主要任务是宏观管理体系的优化、创新环境条件的建设、创新机制的完善化、创新要素网络化建设等，与这些新的改革任务相适应的改革方法理应转变为“建设、完善、优化”。
总之，国家创新体系是科技体系模式的“升华”，国家创新体系建设是科技体制改革进程的“深化”。升华显示出两者之间在形态、特征上的差异；深化显示出两者之间在内容、方式上的变化；国家创新体系建设所提到的建设。就是科技体制改革所涉及的改革。在理念的意义上，“建设”就是“改革”，都是优化创新功能，都是服务于战略目标的实现。形态上的差异、内容上的拓展、方式上的转变，是科技体制改革深化发展新阶段的必然选择，不能再按陈旧的视角看待新鲜的事物。
二、加强我国创新体系建设的必要性和迫切性
党的十六届五中全会通过的《中共中央关于制定国民经济和社会发展第十一个五年规划的建议》把提高我国的创新能力作为重中之重：“增强原始创新能力、集成创新能力和引进消化吸收再创新能力，调整产业结构、转变经济增长方式，成为落实科学发展观的重要突破口。”提高自主创新能力之所以提高到如此战略高度，有其深刻的社会、经济、技术和国际环境的原因。
其一，我国经济强势增长与弱势竞争力并存的状况不可持续。
改革开放以来，我国经济持续高速增长，从GDP来看，目前，我国已成为世界上第四经济大国，外贸进出口总额已稳居世界第三位，所取得的成绩举世瞩目。但也应清醒地看到，我国的经济发展基本上走的是数量型、粗放型增长的道路，科技进步明显滞后于经济增长，自主创新能力严重不足。我国基本上形成了以资源、劳动力和传统技术为基础的低层次产业结构与发达国家以高技术为基础的高层次产业结构相竞争的局面。这种状况持续的时间越长，我国经济发展的可持续性就越弱，国际经济格局变动对我国未来发展的影响就越大，自主创新的空间就越小。
其二，比较优势发展模式已造成科技过度依赖国外和自主产业资源的流失。依靠劳动力和自然资源的比较优势，至多只能使本国物质财富总量与过去相比有所增加，而不可能缩小与发达国家的整体差距。拉美国家的发展模式已说明，出让国内市场，换取国际投资，的确可暂时增加国力和居民收入，可节省技术研发费用，减少投资风险和市场风险；但其代价却是削弱了本国技术研发和创立品牌能力，使自己的产业与市场被跨国公司所控制，成为依附型经济。不可否认，自由贸易和比较优势原则，有一定的合理性，在很大程度上，对发展中国家的经济发展有指导作用，但从长远上看，它却解决不了经济发展中所面临的一些深层次问题。如果我们只满足于“中国制造”，而不加大自主创新的力度，那么，技术对外依赖程度将会进一步强化。在技术、专利和标准已成为重要产业资源的前提下，片面强调比较优势，只能造成我国自主产业资源大量流失。目前，我国对外技术依存度高达50%，而美国、日本仅为5%左右。我国占固定资产投资40%左右的设备投资中，有60%以上要靠进口来满足。一段时间以来，我国的科学研究注重模仿跟踪、梯度转移，关键领域的原始创新能力不足，已形成经济社会发展的突出矛盾。如果不采取措施提高自主创新能力，我国的经济发展和国家安全将无法得到保障。
其三，市场换技术模式换不来核心技术。引进吸收和自主创新是一个民族与国家技术进步的两种主要途径。从建国初期到20世纪70年代中期，由于我国国内外环境与形势的原因，我们没有办法进行技术引进，当时把自力更生、自主创新和“科技追赶”作为主要政策。改革开放以来，国际环境有所变化，“以市场换技术”战略则成为主线，但却忽视了自身的科技积累和自主创新，将外资导向型经济发展带来的技术引进作为我国科技发展的主要途径。必须承认，这种发展模式使我国由此加快了发展的步伐。目前，我国高新技术产品出口中来料加工和进料加工所占的比重已超过90%；高新技术产业缺乏具有自主知识产权的产品，或自主知识产权的产品在国际上不具备竞争力；关键技术和零部件依赖于进口；这些是我国高新技术产业不具备竞争力的根本原因。另外，发达国家在高新技术行业对我国进行封锁，以国家安全等为理由，限制对我国的技术出口。因此，想靠技术引进为主的科技发展战略已不能成为我们长期的战略方针。
其四，以知识产权和技术壁垒方式进行的新贸易保护主义加剧。
首先，我国加入世贸组织以后，经济发展的外部环境与过去相比已有了较大的改变。要求国家从战略高度考虑制定相关的宏观指导政策，引导企业从追求短期效益转向通过增加创新能力谋求长期效益的轨道上来。其次，科学技术与管理水平的提高，使各国的产品技术规范、标准和合格评定程序日益科学与成熟，并推动经济向前发展。
但是，发达国家依其经济和技术优势而制定的技术规范、标准和合格评定程序，以及由此而衍生的认证标准、评审程序和认证、认可制度等名目繁多，复杂多变，具有强烈的国家意识的主观性、目的性和苛刻性，对我国的产品和服务构成了技术障碍。据统计，2002年我国71%的出口企业、39%的出口产品受到国外技术壁垒的限制，损失达170亿美元。自主创新能力不强、不掌握专利和技术标准的危害性可见一斑。
其五，国内经济社会加速发展形成的资源环境瓶颈制约。经过20多年的快速发展，我国已进入到不进行经济结构调整就不能促进经济发展的时期。单纯依靠消耗自然资源、发挥廉价劳动力的比较优势和出让市场来积累资本、换取技术、发展经济的做法已难以为继。为了改变这种局面，我国提出了走新型工业化道路，实现经济增长方式由“粗放型增长”向“集约型增长”的转换，即从世界经济、科技、社会发展的大趋势出发，结合我国的实际，以信息化带动工业化，以工业化促进信息化，走一条科技含量高、经济效益好、资源消耗低、环境污染少、人力资源优势得到充分发挥的新型工业化道路。新型工业化是以科学技术为先导的高科技含量的经济，强调自主创新和拥有自主知识产权，努力改变我国经济发展过于依赖外资和国外技术的局面。本世纪头20年，是我国现代化建设的关键时期，也是我国自主创新能力需要实现历史性跨越的阶段。这一时期自主创新能力如何，直接关系到我国能否在21世纪中期实现民族复兴的伟大目标。因此，我国必须争取到2020年前后，科学技术整体水平达到发达国家中等水平的中期目标，形成强大的自主创新能力，在高新技术领域占有一席之地，形成支撑我国核心竞争力的知识创新和技术创新基础，完成科技发展由跟踪为主向自主创新为主的战略转变。
三、对国家创新体系内涵的再认识
其一，对创新及国家创新体系概念的再认识。创新是人类文明进步的本质特征和独有品格，是民族发展进步的不朽灵魂，是国家兴旺发达的不竭动力，也是企业具有竞争力的不竭源泉。创新是一个相当宽泛的概念，它既可以指理论创新、技术的发明创造，还可以是观念、体制的更新等等，是包括多项要素在内的系统工程，其核心要素是取得新认识、新成果。创新是活动主体在已有知识积累基础上的智慧创造，是对传统观念、理论、体制、技术等等进行革命性扬弃的过程，是在获取原有思想理论的基础上，研究新情况，解决新问题，形成新认识，求得新发展的过程。创新，即创造新的东西，含有始创、首创之意。走前人没走过的路，做前人没做过的事，创前人没创过的，这就是创新。经济学家熊彼特于1912年在《经济学发展理论》中首次提出“创新”概念，并作为他的经济学理论的核心。按照熊彼特的定义，创新就是建立一种新的生产函数，在经济活动中引入新的思想、方法以实现生产要素的新的组合。要实现生产要素的新的组合，就需要有新的生产理念、新的生产方式、新的生产技术，这就必然产生出技术创新、制度创新以及其他方面的创新。国家创新体系，是OECD总结其成员国技术创新的成功模式而提出的迎接知识经济时代的一项重大举措。OECD组织认为，“创新是由不同参与者和机构的共同体大量互动作用的结果，把这些看成一个整体就称为国家创新体系。”国家创新体系是围绕技术创新这一中心环节，使参与创新的社会各种机构组成一个共同体，实现知识向经济的转化、科学技术向现实生产力的转化，从而提高整个社会的综合国力和国际竞争力。
所谓国家创新体系，一般说来是以企业为主体，以技术创新为核心，参与创新活动的企业、高校和科技机构组成的共同体，在政府宏观政策的引导下，借助市场机制进行资源配置，为获得具有自主知识产权的创新成果而形成的产、学、研相结合的网络体系。
其二，对国家创新体系内容的再认识。国家创新体系框架的内容主要包括：首先，市场运行机制。这是构建创新体系的前提，需要建立有助于创新活动所需的知识、信息、技术、资本、人才等各种创新资源自由流动与合理配置的灵活开放的市场体系及其游戏规则。其次，企业主体地位。企业特别是国有企业要加快由传统工厂制度向现代公司制度转变，确立作为独立法人的经营主体地位，从而成为科技经费投入与技术创新活动的主体。再次，产学研共同体。科研机构和高等学校是为创新活动提供知识支持和智力支持的两大战略支点，因此应当同企业结成不同形式的产学研共同体，为企业创新活动不断地提供知识源和创新人才并进行技术培训。第四，政府调控职能。现代市场经济下的技术创新活动仍需政府发挥宏观调控作用，在经济转型期尤其需要政府营造良好的政策环境和运用特有的制度安排来推动各种创新力量的整合。第五，中介服务体系。需要各种中介机构作为创新体系中沟通创新信息、加快知识流动、提供创新服务的桥梁与纽带，促进创新活动正常运行和创新成果的扩散。第六，创新投资体系。这包括各级政府在财政支出中提高科技费用比重，鼓励企业加大技术研发经费投入，特别是建立民间风险投资基金和机构。只有科技知识与风险资本的结合，才能产生具有自主知识产权的创新成果。
其三，对国家创新体系主体的再认识。国家创新体系的主体主要包括以下几个方面：（1）企业是创新的主要主体，主要从事知识应用活动，主要指大型企业集团（公司）和高技术企业。他们有较健全的技术开发机构、较强的技术开发实力和财力，能够持续进行技术创新，而中小企业无技术开发的经济技术实力，难以成为技术创新的主体。（2）公共研究机构主体（研究型大学、国立研究院所、非营利研究机构），主要从事知识生产活动。这些机构主要从事竞争前和公共性的科学技术前沿研究与创新，开展一些基础性研究、战略性和前瞻性的创新活动，为全社会和企业提供知识与技术基础，培养创新人才。
（3）教育培训机构主体，主要从事知识传播和扩散活动，为企业主体提供强有力的智力支持。（4）金融机构主体，主要为各类创新活动提供必要的资金支持。（5）政府机构主体，制定有关政策，为创新活动创造良好环境。许多国家制定了国家技术创新战略，重视政府在经济增长中的作用，强调政府在技术创新中的重要位置，通过大量直接投资和制定一系列鼓励技术创新的政策，力图从国家整体上进行动员和部署。（6）中介机构主体，主要为创新提供必要的辅助支撑要素。（7）起支撑作用的基础设施。
其四，对国家创新体系所面临问题的再认识。我国建设和整合国家创新体系面临的主要问题有：企业在技术创新中的主体地位尚。未真正确立；产学研三者之间的结合不甚密切，科技队伍力量分散；政府行为与市场机制在创新中的相互关系尚未理顺；传统体制与市场体制双轨并存，创新资源未能通过市场机制合理配置；创新活动赖以进行的中介机构与服务体系非常薄弱；经济体制、科技体制和高教体制的配套改革尚未完全到位。
四、继续深化科技体制改革，加强国家创新体系建设
围绕我国科技体制改革的特点和面临的问题，继续深化科技体制改革，对我国创新体系建设起到积极的推动作用。