要确立个体独立自主的本体论地位，使个体性上升为形而上学的原则，关键在于使个体成为真正的实体，并说明个体何以能成为独立自主的实体。为达此目的，莱布尼茨对前人提出的种种实体论进行了批判改造，并在此基础上建立起了他自己的实体论。他的实体论，就其广义而言，包括他对个体的独立自主地位和由个体构成的宇宙的普遍和谐的阐述；就其狭义而言，则是指对个体何以能成为独立自主的实体的阐述，其核心内容是他所阐述的个体独立自主的基本形而上学原理。
一、对以前实体论的批判改造
自从亚里士多德把实体概念引入哲学以来，一直到莱布尼茨的时代，对实体的研究成为了西方哲学家形而上学研究的核心内容。虽然近代有些哲学家否认实体讨论对于哲学的意义，但是莱布尼茨并不以为然，他坚持以实体概念为核心讨论形而上学问题。他说：“实体概念是[了解］深奥哲学的关键。”“虽然，一般说来，理解关系、原因、活动这样一些形而上学概念，具有重要的意义，但实体是最重要的概念，因为对上帝、灵魂和物体本质的认识都取决于对这个概念的正确理解。”在《新论》中，当代表经验主义者洛克哲学立场的斐拉莱特说实体和偶性这些词是在哲学上很少有用处的时候，莱布尼茨指出：“我承认我是抱另一种观点，而我认为对实体的考虑是哲学上最重要和最富于成果之点之一。”莱布尼茨的形而上学正是从实体概念的讨论开始的，并且是通过批判地改造前人的种种实体理论阐发的。正如罗素所指出的：“莱布尼茨赋予这个词（即实体——引者）的意义不同于他的前辈赋予它的意义，这种意义的变化是他的哲学中新颖之处的主要源泉之一。”在莱布尼茨以前的西方哲学史上，大致说来主要有5种典型的实体论：实在论、唯名论、原子论、二元论、泛神论。对这5种实体论莱布尼茨都直接或间接地进行了批判改造，同时又吸收了它们之中的有用内容，使他的实体论具有明显的综合特征。从批判改造的情况看，莱布尼茨的重点是近代的二元论和泛神论，在批判改造的过程中，他大量地利用了中世纪的实体论以及具有调和色彩的亚里士多德的实体论。从这个意义上看，他对近代实体论的批判改造有明显的复归古代实体论的倾向。但这种复归不是简单地复活，相反是在现代基点上的复归，在复归的同时对古代的实体论也进行了批判改造。关于这一点，他自己说：“我发现，一些有才能的人相信经院哲学必须被废除……。但是我发现古代人的哲学是基础稳固的，我们不应该用现代人的哲学去破坏古代人的哲学，而应该用现代人的哲学去丰富它。”从以下分析将会看出，他所做的正是这种丰富而不是破坏的工作，而这种工作使他的实体论置于在他看来基础稳固的古代实体论的基础之上。
在莱布尼茨以前的近代哲学史上，最有影响的实体论是笛卡尔的二元论，这种实体论因而成为莱布尼茨讨论的重点。在笛卡尔那里，实体有两大类：一类是有限的或相对的实体，即“心灵”和“物体”，世界上的一切事物也都可以分成这两大部 分；另一类是无限的或绝对的实体，这就是上帝。有限实体和无限实体的本性是不同的，有限实体是上帝的创造物，它们需要上帝的协助才能存在，而且上帝的本性是精神而不是广延，是无限精神而不是有限精神。正是在这种意义上笛卡尔反对经院哲学家把实体一致地用于上帝及其创造物，强调实体“是一个不能在相同意义上归属于上帝和他的创造物的名词”。两种相对实体的本性在他那里也是不同的，精神或心灵的本性是思想，而物体的本性是广延，思想的精神没有广延，有广延的物体不能思想。
显然，在笛卡尔的二元论中，不仅存在着绝对实体与相对实体的矛盾，而且存在着两种相对实体的矛盾。表面看来，笛卡尔似乎承认世界的异质性，然而实际的情形并非如此。笛卡尔所理解的精神是自我意识，而只有人才具有自我意识。这样，在笛卡尔的哲学中只给宇宙中的人留有特殊地位，除人以外的一切事物都是物体，其本性都是相同的，即都在于广延。整个物质世界，从无机物到植物、动物都是一个同质的体系，而且在人那里也只有其精神、灵魂才是与物质世界异质的，而人的形体仍然属于同质的物质世界。亚里士多德和中世纪经院哲学家认为世界万物构成一个金字塔，它的至高处是至善至美的上帝，下面是天上的各种不同等级的天体，地上的各种不同等级的人，再是动物、植物、矿物等，所有这些等级之间都是异质的。笛卡尔推翻了这种认为世界是由多质层次构成的等级体系的观点，消除了中世纪的“隐秘的质”、“实体形式”的概念，使整个物质世界成为一个同质的体系。这种哲学在寻求世界的统一性方面迈进了一大步，而且在强调世界的物质统一性的同时，高扬了精神不服从机械运动规律的独立性、自由性，突出了精神在宇宙中的主体地位，把精神看作是一切物质事物以及精神本身的认识者。但是，它同时把世界二元化为对立的两方面，一面是物体，一面是精神；一面是广延，一面是思想。这不仅导致了物质世界与精神世界的对立，而且直接导致了人的身心关系问题的困境。另一方面，这种理论使世界上除人或精神以外的一切都成为只服从机械运动规律的被动的、惰性的东西，它们只有量的不同，没有质的差异，只有统一性，没有多样性，只有外在的机械位移，没有内在的活动本原，只有形体，没有灵魂，只有普遍性，没有个体性。所导致的严重后果是，使人的独立性、自主性和自由性缺乏本体论上的充分论证，虽然他设定上帝存在作为其根据，但显然具有独断的性质。所有这一切，都是莱布尼茨所不能接受的。为了给个体的独立自主提供本体论的论证，他于是对笛卡尔的实体论进行了全面的批判改造。
在莱布尼茨看来，笛卡尔实体论的最根本问题在于把广延看作是实体的特性或实体，正是这种观点导致了他理论上的困境和矛盾。莱布尼茨指出，“笛卡尔主义者持这种意见，即实体可以由广延构成，因为他们把广延看作是某种原初的东西”。他认为，广延并不是原初的东西，它不能就其本身来设想，“它的概念是不完全的”，“它是一个可以进一步分析的、相对的概念”，“因为我们能把它分析成复多性、连续性和共同存在（即部分的同时存在）”。而复多性得涉及数，连续性涉及时间和运动，只有共同存在是接近广延的唯一的东西，因而对于广延概念来说，它总要以某种东西为先决条件。既然广延不是原初的，而要以某种东西为先决条件，它就不可能是实体的本性。同时，广延又不是有广延的事物或实体本身。他针对笛卡尔主义者指出：“如果他们深入分析这个概念，他们就会发现广延并不能构成有广延的事物，正如数不能提供被数的东西一样。”又说：“关于广延，可以说它不是物质存在的一种样式，也不是一种实体。”那么，广延是什么？他作出过许多不同的规定，如“就事物是彼此相似或不可辨别的而言，广延……只不过是事物的某种不确定的重复”，“实际上广延并不是一种属性本身，因为它只是知觉的重复”，“广延是空间的量”，“广延是一种不能构成一个具体存在的属性。我们不能从中抽出任何能动性和变化。它只表达现在的状态，完全不表达一个实体概念应该表达的未来和过去”，等等。其中下述规定也许集中表达了他对广延的理解，即“广延本身对我来说是共同存在并持续相互依赖的实体的复多性产生的一种属性。”正是基于对实体的这种理解，他断定广延是一种属性，而不是存在的样式，“它不可能构成实体本身”。他还批评说：“如果像通常所做的那样，把广延与有广延的事物混淆起来，把它看作实体，那是荒谬的”。
既然实体的本性不在于广延，那它在于什么呢？在莱布尼茨看来，实体的本性在于能动性，“能动性是实体的特性的标志”，笛卡尔的错误就在于不理解实体的这种一般本性。他说：“他荒谬地把物体实体的本性置于广延中。他也不完全理解灵魂和形体的统一。这些错误的原因在于理解实体的一般本性方面的失误。”在莱布尼茨看来，只有把能动性看作实体的本性或本质，才可以克服笛卡尔的三种实体，特别是物体和精神两种实体本性上的不一致。他说：“实体（物质的或非物质的）是不能光就它的没有任何能动性的赤裸裸的本质去设想的。能动性是一般实体的本质。”据此，他给实体作了一个明确的规定：“实体是能活动的存在。”说上帝、精神的本质在于能动性，这与笛卡尔并没有什么根本的分歧，分歧在于世界上除人以外的各种事物是否都具有能动性的本质。在这里，莱布尼茨反对笛卡尔把能动性仅仅归属于精神（思想）或具有精神的人。他认为，思想或理性是人所特有的，自然物体或物质不具有思想的本性，但是能动性并不只是思想的特征，而是所有有知觉的、有内在力的本原的东西的特性。为了避免混淆，莱布尼茨用“知觉”这个词代替“思想”这个词来表达有形实体的能动性方面。他说：“我认为可以用一个比思想这个词更概括的词，就是用知觉这个词，把思想只归之于心灵，而知觉则属于一切隐德来希”。在他看来，有形实体并不像笛卡尔所认为的那样，只是具有广延性的、僵死的、由外力推动的物质团块，而是在自身中具有活力、具有永不静止的活动本质的实体。他说：“仅仅考虑到一种有广延的质量（masseétendue）是不够的，我们还得用力这一概念。”又说：“我在其他地方已经提出，在有形体的事物中除了广延外还有某种东西；的确，有某种先于广延的东西，即一种由自然的造物主在每一个地方都植入的自然力”。关于这种力，莱布尼茨有不同的说法，如原初的力、内在的力、真正的力、活动的力，等等，但其含义基本上是一致的。他强调，“力必定构成物体的最内在本质”，认为它是物体活动的内在本原，而“随之而来就有某种与感觉及欲望相类似的东西”。正是在这种意义上，他把这种力广义地称之为灵魂，“我们应该以与对于灵魂的概念相似的方式来设想它们”。他认为，物体的能动性和活动就根源于这种力或灵魂，“活动的本原就在这种灵魂中”。