莱布尼茨认为，笛卡尔之所以否认人以外的形体实体或物体具有灵魂及相应的能动性，是因为他把能动性看作是思想特有的，而他所谓的思想是思想的意识或自我意识。笛卡尔没有看到，对思想的意识，“大思想”是由无数微知觉构成的，也没有看到，有许多微知觉并没有被意识到或不能被意识到。他说：“我向笛卡尔主义者承认，灵魂实际上总在思想，但是我不承认它意识到所有这些思想。因为我们意识到的大知觉和大欲望是由我们不能意识的无数微知觉和微倾向构成的。出现在我们意识中的东西的理由要在不可感觉的知觉中去寻找；正如发生在可感觉的物体中的东西的理由在于不可感觉的运动一样。”在人这里具有意识到的思想，在动物、植物、矿物那里虽然不具有这种思想，但是有程度不同的类似于思想和知觉的东西。在莱布尼茨看来，构成世界的简单实体既然是上帝的创造物，虽然在完善性方面不如上帝，但总是在不同程度上分有神性。上帝是最大的能动实体，被创造物也应当是能动的实体，尽管其能动性程度不如上帝。他批评说，“那些否认动物有灵魂和否认物质的其他部分都具有知觉、有机体的人，没有充分认识到上帝的尊严，引入某种与上帝不相称的粗糙的东西，即完善性或形式的虚空，你可以称之为形而上学的虚空。这种虚空要被拒绝，正如物质或物理的虚空要被拒绝一样。”
莱布尼茨认为，如果把力从物体中抽掉，物体就不能成为实体，而只不过是实体的样式，因为按照他的规定，“实体是某种充分和能动的东西”。这样就会导致主张上帝是唯一实体，个体事物是这唯一实体的样式或偶性的斯宾诺莎主义。他说：“事物的实体本身就在于它的活动力和被动力。如果把事物的这种力抽掉，那么事物就仅仅是上帝的短暂的变体和幻影，或者上帝本身就是唯一的实体。———这是一种声名狼藉的学说。”“如果把活动从实体那里抽掉，从而把实体和偶性混为一谈，那就陷入了斯宾诺莎主义，即一种被夸大的笛卡尔主义。”斯宾诺莎的实体论是一种泛神论。这种泛神论是旨在克服笛卡尔的二元论的内在矛盾而建立起来的。为了克服笛卡尔的绝对实体与相对实体的矛盾，他否认心灵和形体是实体，认为“思想的实体与广延的实体就是那唯一的同一的实体”，并且把所有个体事物都看作是唯一实体上帝的样式。为了克服笛卡尔的心灵和物体两种实体的对立，他把笛卡尔用以说明两种实体的思想和广延本性看作是同一实体及其样式的属性。表面看起来，斯宾诺莎的泛神论似乎克服了笛卡尔二元论的内在矛盾，但实际上这种矛盾并没有得到根本解决。笛卡尔的绝对实体与相对实体的矛盾变成了唯一实体与无限众多的样式之间的矛盾，两种相对实体的矛盾变成了同一实体及其样式中的两种属性的矛盾。不仅如此，笛卡尔实体论中个体事物由于受机械规律约束而没有独立、自主、自由的缺陷，在斯宾诺莎这里非但没有得到克服，相反推向了极端。在斯宾诺莎这里，个体事物的实体地位被彻底否定，个体事物不过是唯一实体的样式或偶性，不过是上帝的“短暂的变体和幻影”。在他这里，只有同一没有差别，只有整体性没有个体性。也正是在这种意义上，莱布尼茨把这种学说称为“被夸大的笛卡尔主义”。
对于斯宾诺莎的实体论，莱布尼茨是十分重视的。他早年（1676）曾经专程到海牙看望斯宾诺莎，与他进行了很长时间的学术讨论，阅读过他未发表的《伦理学》一书的手稿，后来（1678）还对这本书作过系统的评注。他在同一年的一封信里承认：“已故的斯宾诺莎先生的遗著终于出版了。我在其中发现有许多好的思想是类似于我的，正如我的一些朋友所知道的，而这些朋友也是斯宾诺莎的朋友”。然而，这些言行都是在莱布尼茨哲学思想体系形成之前，当他的哲学思想体系开始形成之后，莱布尼茨对斯宾诺莎哲学的态度发生了根本性转变，几乎可以说是全盘拒斥的。他的态度的转变，并非像有些研究者所认为的那样，只是因为莱布尼茨是位心胸非常狭窄的德国庸人，而是因为随着研究的深入，莱布尼茨逐渐发现他的思想与斯宾诺莎的思想之间的根本分歧。这种分歧就表现在，斯宾诺莎完全否认个体的独立、自主，从而也就否认以个体充分独立自主为前提的普遍和谐，而这两个方面正好就是莱布尼茨所要确立的最高形而上学原理。
这种分歧的症结在于对实体的理解。斯宾诺莎认为，只有一个实体，即统一的自然或上帝，“在神之外，不能有任何实体，这就是说，在神以外没有任何自在之物”，“除了神以外，不能有任何实体，也不能设想任何实体”。莱布尼茨则认为，统一的自然不是实体，只有个体事物才是实体。他也承认上帝是实体，但他的上帝实质上是一个个体，是一个单子，而不是整体，他与其他个体的区别只在于他是最完善的个体。
个体虽然是上帝的创造物，但决非上帝的偶性，它们有自己的独立主体地位。既然实体是个体，那实体也就不止一个，而是有无数个。“有理由断定是有无限多的灵魂，或更一般地说，就是原始的隐德来希”。他在一封信中对斯宾诺莎的哲学批评说：“如果只存在着一种唯一的统一，即上帝，那么自然界就没有众多性；那上帝就是独一无二的了。”在斯宾诺莎那里，既然只有一个实体，而万事万物都是实体的样式，那么世界上的事物之间就没有实质性的区别。“凡两个或多数的不同之物，其区别所在，不是由于实体的属性不同，必定由于实体的分殊各异。”“除了实体的属性和分殊以外，没有任何东西可以用来区别众多事物之间的异同。”而在莱布尼茨这里，既然有无限多的实体，每一实体有自己的形式或灵魂，那么各个实体就是彼此不同的，它们不仅有外在的差别，而且有内在的差别。“除了时间和地点的区别之外，永远还必须有一种内在的区别原则，而虽然有同类的许多事物，却的确没有任何两件事物是完全一样的；因此，虽然在我们就事物本身不能对它们很好区别时，时间和地点（也就是外在关系）可为我们用来区别事物，但事物仍然是本身可以区别的。”在斯宾诺莎那里，自然作为实体是不动不变的，没有内在的活动，没有活动的本原力。“我们不难理解整个自然界是一个个体，它的各部 分，换言之，即一切物体，虽有极其多样的转化，但整个个体可以不致有什么改变。”个体事物虽然有变化，但这种变化只是外在因果关系引起的外在变化，决没有什么内在活动。在莱布尼茨那里，个体事物之所以成为实体是因为个体具有内在的力及力所引起的活动，万物的差异正是由它们内在的活动造成的。“凡不具有活动力、不具有区别或不具有区别原则的东西，都决不是实体。”在斯宾诺莎那里，实体是所有样式的统一，这种统一显然是外在的。在莱布尼茨这里，实体是灵魂与形体的统一，这种统一显然是内在的。概言之，斯宾诺莎的实体论是一种整体的、普遍的、一元的、外在统一的实体论，而莱布尼茨的实体论是个体的、单一的、多元的、内在统一的实体论。
关于这两种实体论的分歧，黑格尔在《哲学史讲演录》中指出：“斯宾诺莎是主张普遍的唯一实体的。……莱布尼茨的基本原则却是个体。他所重视的与斯宾诺莎相反，是个体性，是自为的存在，是单子。”费尔巴哈在《对莱布尼茨哲学的叙述、分析和批判》中也指出，“斯宾诺莎的实体并不是单一的实体，换句话说，单一性和个性的概念是与斯宾诺莎的实体不相容的”，而“莱布尼茨所理解的实体概念，不再是指一个单一的（普遍的）实体，而毋宁是指无限众多的实体”，“他把实体加以个体化，或把个体加以实体化；在他看来，个体就是本质；因此，它不是把实体作为nomen appellativum保留下来，而是给与实体一个专有名词：单子，即monas”。黑格尔和费尔巴哈的看法指出了斯宾诺莎泛神论与莱布尼茨单子论之间的基本区别，揭示了莱布尼茨实体论的主要特征。莱布尼茨不仅认为斯宾诺莎的实体论是不能成立的，而且相信他自己的单子论推翻了斯宾诺莎的实体论。当布克希望在莱布尼茨的原则中找出斯宾诺莎学说的痕迹时，莱布尼茨在给他的信中指出：“我不理解你怎么会作出这样的指责，因为斯宾诺莎的学说正是被单子推翻了。要知道，存在着多少个单子，就恰恰存在着多少个真正的实体……；而不是像斯宾诺莎认为的那样，仅仅存在着一个独一无二的实体。如果没有单子，那他就说对了，因为，没有单子，万物便是须臾无常的，变为单纯的偶性的样式；因为这样一来，万物的本质和存在的真正根据便消失了，只能以单子的存在为依据的实体的基础便消失了。”原子论是一种多元论的实体论。前面已经说过，原子论曾经对莱布尼茨的哲学的形成产生过重要影响。他像原子论者一样认为世界万物是由不可分的基本元素构成的，这些元素是无限多的，能动的。
但是，当他深入研究之后，他很快发现原子论的缺陷和困境。首先，原子论者认为不可分的原子是物质的，因为它们有大小、形状、重量等量的规定性。而莱布尼茨发现，物质的东西是无限可分的。他说：“我相信物质的每个部分，我不是说可分，而是实际上被分，因而最小的物质微粒应被看作是一个充满无限创造物的世界”。既然如此，说物质的微粒是不可分的原子，就是矛盾的。莱布尼茨认为，原子论者所说的原子不仅不是构成万物的最简单实体，而且实际上是不存在的。他说：“不存在原子或其部分决不能通过力分离的形体。”其次，原子论虽然主张运动是作为实体的原子所固有的，就是说实体是能动的，但能动的本原是什么，原子论者没有回答，而按照他们理论的逻辑，必须排除运动。“要是世界是充满了坚硬的微粒，它们既不能屈缩让位又不能分割，就像人们所描述的原子那样，那么运动就是不可能的”。莱布尼茨也认为实体是能动的，并且把能动性看作实体的本质，但他认为实体能动性的本原不可能在于构成实体的物质，因为物质是实体的被动性方面，而应在于实体的形式或灵魂，只有这才是能动性的本原。他说：“的确，灵魂是隐德来希或能动的本原，而单单有形体的东西或纯粹物质的东西只包含被动的本原。因此，行动的本原是灵魂”。第三，原子论者虽然说虚空是非存在，但又认为它是实在的，因而虚空在他们那里也是一种实体，“德谟克利特主义者把空间设想为一种实体”。
莱布尼茨承认空间是存在的，但“空间是共同存在的事物的次序，或所有同时发生的所有事物存在的次序”，并不是实体，因为它们是一种充满的能动的存在。莱布尼茨的结论是：“原子不存在，空间不是实体，抽掉任何能动性的原初物质本身不能称作实体。”在莱布尼茨看来，原子论像笛卡尔的二元论一样，其要害在于忽视了实体的形式方面，忽视了实体的能动性本原。由于忽视了实体的能动性本原，因而对于这种理论来说，实体就不能彼此凭本身区别开来。这样，虽然他们断定各实体彼此不同，但这种不同只是外在的、量的，而不是内在的、质的。其结果是，这样的实体只有统一性，而没有个体性，实体的个体性原则未被确立起来。莱布尼茨指出：“个体性原则是根据我刚才所讲的区别原则重见于个体之中的。如果两个个体是完全相似和相等的，并且（总之一句话）是凭本身不能区别的，那就不会有什么个体性原则；我甚至敢说在这种条件下就不会有什么个体的区别或不同的个体。就是因为这样，那原子的概念是怪诞的，只是由于人们不完全的想法才产生的。因为如果有原子，也就是说有一些完全坚硬的物体，并且是完全不变的或不能有内部变化的，和彼此只有大小和形状的区别的，则很显然，它们既然可能有同样的形状和大小，那么它们本身就会不能区别，而只能以毫无内在根据的外在名称加以辨别，这是和理性的最重大原则相违背的。但真实情况是一切物体都是可变的，甚至是永远实际有变化的，以致本身和一切其他物体都有区别。”对于实在论和唯名论，莱布尼茨的直接批评和评价较少，但这两种实体论与莱布尼茨的实体论关系十分密切，他的实体论在一定意义上可以说是借鉴这两种实体论批判改造近代原子论、二元论和泛神论形成的。