就莱布尼茨所确立的两大形而上学原理而言，它们的确在莱布尼茨形而上学体系中得到了充分的论证，以上帝为终极根据，以两大逻辑原理为论证手段，可以推出或至少可以说明这两大原理；但是，在这里这两大原理的终极根据本身是成问题的。正如本书第三、四章所阐明的，在莱布尼茨形而上学体系中本来有许多理论难题是不能用两大逻辑原则完全解决的，其中最重要的是前定和谐问题和现实世界的充足理由问题。我们根据同一性原则可以证明个体自身的同一性，可以推出个体的一切属性都包含在个体之中，或者说个体包含对它发生的一切，但决不能推出个体与个体之间的和谐关系。我们根据充足理由原则可以推出现实世界的存在有一个充足理由，但决不能由此推出这个理由是什么。因此，上帝对于莱布尼茨的体系来说是极为重要的，没有上帝，这种形而上学体系不仅不是完整的、内在一致的，相反会矛盾重重，其中的两大原理也不可能得到充分的论证。
以上帝作为终极根据，首先必须解决他是否存在的问题。尽管上帝存在是当时信奉基督教的西方人普遍承认的，但这并不是所有有理性者所公认的，所有异教徒和非教徒就不承认这个前提，而且对于西方人来说，也并非始终都承认这一点，基督教兴起以前的一般西方人就没有上帝存在的信念。这一切都是十分显而易见的。更何况，莱布尼茨的“上帝”已经不是当时人们心目中的上帝，而是经过他改造过的“上帝”，这种改造过的上帝甚至可以说连社会约定的意义都不具有。莱布尼茨断定上帝存在和赋予上帝以一切特性，都只是一种设定，这种设定至少在今天我们看来是成问题的。诚然，我们不能因为莱布尼茨形而上学的终极根据是成问题的，或不如说是虚假的，而否认这种形而上学的历史价值及其中所包含的许多有价值的内容，但是，由于这种理论体系乃建立在虚假的基础之上，我们不能不怀疑其合理性或真理性，不能不说其中的两大原理基础空虚。
莱布尼茨利用当时人们普遍信奉的信念来给他的哲学主张提供论证，这种在合法名义下行革命之实的做法并非空前绝后的，这也许就是一种理论策略，当然无可厚非。但是我们不能不看到“上帝”在莱布尼茨的体系中的确有某种“救急神”的意义，一旦理论上发生困难他就请出上帝来，“神就仿佛是一条大阴沟，所有的矛盾都汇集于其中”；而且从上面的分析看，上帝在他那里的确起着终极根据作用。因此我们有理由说，请出上帝对于莱布尼茨来说不只是一种理论策略问题，而是他在理论上遇到了无法解决的困难而不得不如此的理论本身的问题。这种理论本身的问题在莱布尼茨体系中有不少，而且往往是根本性的。例如，他为了克服近代早期原子论和机械唯物论的物质实体的困境和矛盾，而赋予实体以能动性，把实体精神化；为了给实体的独立自主提供论证而使实体孤立封闭起来。另一方面他又要证明实体之间的关系是和谐的。那么，这种封闭的能动的精神化的实体怎么可能彼此和谐呢？
显然，这种理论本身是有问题的。由于时代的局限，莱布尼茨不可能克服这种理论本身的困难，只有求助上帝。当把万能的上帝请出来后，这些问题当然就迎刃而解了。反过来看，由于有了上帝的保证作用，那些本来是有问题的理论观点似乎就成为自圆其说的了。又如，他要断定现实世界是完善的、和谐的，又不想否认存在着恶这样的事实，这又是一个难以解决的问题，承认恶的存在就意味着现实世界并不完善和和谐，反之断定现实世界是和谐的，又与存在着恶的事实相冲突。这样，他又请出上帝，说明现实世界虽然不是绝对完善的，但却是上帝在所有可能世界中挑选的最好世界，甚至借用神学家的陈词滥调，称恶是整体完善所必需的。同样反过来，如果我们接受了他那套上帝理论，他的这种理论矛盾也就消失了。由此看来，莱布尼茨形而上学这种完整的理论体系，一旦抽掉上帝这个“救急神”，就不是完整的，相反存在着一些无法自圆其说、违反事实的致命性矛盾、漏洞和缺陷。从这种意义上说，不论他所断定的个体独立自主、宇宙普遍和谐的形而上学原理本身是否正确，有一点是可以肯定的，他对这两大原理的论证是有问题或有缺陷的。因此也可以说，莱布尼茨在理论上并没有真正为他所提出的走出个体与整体关系问题迷宫的出路提供令人信服的说明。
那么，莱布尼茨为什么没能真正解决个体与整体关系迷宫的出路问题呢？笔者以为这主要有三个原因：一是时代的原因。在近代早期自由资本主义时期，极端个人主义盛行，整体特别是国家被看作是专制主义的象征，似乎是本来可以不需要的赘物。如果说需要的话，其权力也不过如洛克所说的仅仅在于维护自然法、惩罚犯罪者的执行权。人民是国家的主人，国家不过是主人的受托人而已。这样一来，只有个体是主体、实体，国家不过是公仆、从属，只有个体与个体之间的平等，没有个体与国家之间的平等。在这种早期启蒙精神的影响下，莱布尼茨忽视或淡化作为一个系统的整体对个体的作用是不难理解的。二是思维方式的原因。近代早期普遍盛行的是非此即彼的传统逻辑思维方式，莱布尼茨也不能超出这种思维方式的局限。例如，他对实体的概念的理解就是如此。它是独立的，那它就必须是封闭的，而不能是受外物实际影响的；它是能动的，那它就必须是精神的，而不能是物质的。这样就导致了封闭能动的实体与普遍和谐的矛盾。就是这种思维方式在使莱布尼茨在理论上陷入困境，最终不得不求助于上帝。三是传统形而上学观念的原因。传统形而上学观念的一个重要特点是，在解决现实问题时，不是立足现实，而总是试图从宇宙的角度找到某种永恒的真理，然后从这种永恒的真理推演、派生出某些法则来规范现实，解决现实问题。亚里士多德、笛卡尔是如此，莱布尼茨也是如此。他的目的是要解决现实社会中的个体与整体的关系问题，但他却不以人类社会的历史和现实的经验事实为根据，从而寻找问题的答案，相反要通过对宇宙万物的最一般本性的研究得出所有的个体都是独立自主的、整个宇宙是普遍和谐的结论，然后再用这种绝对的形而上学“真理”来回答现实问题，说明个人和社会亦应如此。就宇宙而言，整体作为一个系统其作用在近代早期是不明显的，个体与整体的关系看上去不过是一种所有个体之间的关系。然而现实的社会较之当时人们所了解的宇宙整体复杂得多，作为整体的国家是实在的，君主的权力是至高无上的，统治阶级才是真正的主体。在这种情况下，仅仅考虑一般的个体和个体之间的关系是不够的，还必须考虑现实的国家等整体力量与个体的关系，否则在理论上就有可能发生偏差。
上述几个原因，都是属于历史和时代方面的原因，莱布尼茨作为那个时代的一员，他是无法完全摆脱时代的局限的。就个人的作为而言，应该说莱布尼茨在解决个体与整体关系问题方面已经作出了那个时代所能作出的最大努力，给迷宫的出路提供了具有历史意义的回答。莱布尼茨虽然没有、实际上也不可能给我们一个具有永恒意义的圆满答案，但他的哲学探索的经验教训在寻求个体与整体关系迷宫的出路方面至少提供了三点启示：其一，必须转变传统形而上学那种试图找到某种永恒的普遍的真理，然后借助这种真理一劳永逸地解决现实的个体与整体关系问题的做法，立足人类社会的现实，从社会现实中寻求理论上的回答。其二，必须尊重个体和整体都具有或可能具有实体地位的事实。从人类历史和现实来看，不仅个体是实在的，整体也是实在的，它们都能成为实体。虽然历史上有过整体主义占统治地位的时代，也有过个体主义占统治地位的时代，但任何时代个体和整体都是实在的、相互作用的，只不过有的时代某一方的作用更大，成为真正的实体或主体。解决两者之间的关系问题，不是要忽视或否定某一方，而是要寻求一种既有利于整体也有利于个体生存和发展的途径。其三，必须重视在实际解决个体与整体关系问题过程中这两者各自的能动作用。个体和整体的实体地位，以及个体与个体、个体与整体之间的和谐都不是本来就有的，而是获得的，是个体与个体、个体与整体相互作用的结果，无论个体还是整体在这一过程中都具有不可忽视的能动作用。如何利用两者的能动作用实现以个体和整体各自独立自主为前提的个体与个体、个体与整体的和谐，是从理论上、实践上解决个体与整体关系问题的关键之所在。个体与整体的关系问题本身不仅是复杂的，还是社会历史性的，而这种性质表明，对这个问题的解决也总要受时代的制约，是动态性的、相对性的。因此，我们不可能找到解决这个问题的永远有效、普遍适用的出路。如果说有某种一般意义的出路的话，上述三点启示也许就属于此列。