在与太平军首领达成这个协议后，戈登把他们投降后的细节交给程学启将军按计划执行。戈登此后便离开军营向李鸿章报道这一情况，并试图从他那里得到额外的奖励，以此补偿他们不得抢夺城内战利品的损失。为了消除军队对抢夺的贪欲，他下令让军队从苏州向外撤行军一天的距离。但是李鸿章现在认为形势已成定局，便忘记了他所有慷慨的承诺，拒绝了戈登给“常胜军”发两个月薪饷的请求。这件事影响太坏了，因为它降低了戈登在官兵当中的威信，并差点引发一场兵变；更坏的事情还在后面。戈登曾经当着程学启的面郑重承诺，只要太平军首领按条件投降，即可免于死罪。即便没有得到李鸿章的命令，戈登也有权许下这样的承诺，并希望投降者受到人道的待遇。
在几个月前，攻占太仓之后，戈登向朝廷移交了七名太平军首领，后者遭到了残酷的拷打和屠杀；他们被凌迟处死。这种野蛮的行刑激起了欧洲人的强烈反感，甚至上海英军的司令官布朗将军明确地向李鸿章表示，如果此类事情再次发生，所有英国军官都将从朝廷军队中撤走。
李鸿章不得不严肃对待这个警告，表示以后会用人道的方式处理这种事。但这一切都是发生在太平军表现出明显的溃败之前。现在，他预见到尘埃即定，他完全可以镇静地期待戈登和英国同僚们的离去。因此，事情的发展已让他不必在压力下实现许下的承诺。于是他毫不犹豫地下令，趁戈登不在场时处死了投降的太平军首领，以免这场残酷的屠杀受到他的阻止。
有关这次屠杀有着各种说法，对其原因编造了各种理由。首先，戈登在极端愤怒中明确地指出，李鸿章不仅下达了处死各位大王的命令，还让苏州遭受任意抢夺。这两个事实都被李鸿章的直接代表人程学启将军证实了。抢夺的做法，毫无疑问是李鸿章故意执行的恐怖行动，能起到震慑作用，并把它作为简单的替代筹集军队薪饷的办法，关于这一点，他没有隐瞒事实。
处死太平天国那些投降的将领后，李鸿章肯定没有弄错戈登对这种背信弃义的做法的反应，因为事成之后，他回避躲藏了几天，以便避开这个英国人对他的报复。实际上，他一直隐藏到戈登怒气冲天地带着军队撤到昆山为止。但他宁愿冒此风险，不论是戈登的怒气，还是英国部队立即从朝廷部队里撤走，他都不害怕因为他很清楚京城方面不但不会降罪于他还会大大嘉奖他，这是由于他采取了最牢靠的措施来保卫大清帝国免遭这些造反首领的再次叛乱。他知道用这种背信弃义的方式屠杀太平军首领，无疑会抹杀掉自己一部分功绩。从这一点来看，他的想法是对的；由于战争的胜利，赐给他的嘉奖要远远超过与他铤而走险惹怒戈登所付出的代价。的确，这些胜利为他后来的事业发展打下了基础。
依照英国的权威人士在现场收集到的可靠证据，对那些投降将领的屠杀行为发生在李鸿章接见他们之后，当时李鸿章在军营里与之会面时态度十分友善。他亲自恭喜了这些首领的弃暗投明，并承诺推荐他们担任清军的高级职务。接下来他说了一番客套话，离去之前将他们交给程学启将军招待。正当他们与程将军安静地交谈过程中，李鸿章安排的刽子手突然朝他们扑去，把他们砍成碎片。
无疑，这就是当时发生的事情。但是两个月后，通过罗伯特·赫德（后来成为爵士）的斡旋，戈登稍微消了些怒气，他同意再次担任原来的职务，这时李鸿章却拿出了一套被狡猾粉饰过的事情经过。为此他还特地发了一份公告，把他的官僚手段说得十分合乎情理，说不仅是权宜之计，也是人道的做法。
这份公告是应戈登的要求才发表的，目的在于公布一个事实：他与遵照李鸿章之命犯下背信弃义的罪行没有任何关系。这份公告的确清楚地传达了这个意思；同时，它为李鸿章的无罪也作出了辩护，让这件事情显得（按李鸿章自己的话说）“总督的意思，尽管看上去似乎与戈登有异议，但事实上是一致的”。此外，为了说明屠杀的合理性和正当性，李鸿章声称，太平军首领们来到他的军营时，拒绝剃发，拒绝卸下武器等等，“纳王说的话模棱两可，举止十分无礼凶残”。
“所以这位总督为了安全起见，必定会对已经达成的条件做任何的更改。刚开始的时候，总督同意戈登招安这些人时，他对最后时刻他们企图更改投降条件的行为毫无所知。出于对事态之后的发展，面对突然出现的种种危险迹象，如果在没有和戈登将军协商的情况下不采取行动，一切都将为时已晚，那么胜利在望的迹象也会烟消云散。
若李鸿章严格遵守协议，让这些首领活下来并再次走上造反之路，那么成千上万的人此后便会受害。如果他们成为第一批被允许投降的造反派，那么原定的计划就很难实现了。然而幸运的是，关键时刻的迅速判断，把这些亡命徒送上了断头台，他们的追随者也是树倒猢狲散，所有人的安全都得到了保障，这些都是要考虑的因素。”
李鸿章是个很会颠倒黑白的艺术高手，而戈登在文字游戏方面不是他的对手。作为一名英国军官他怀有偏见，他对官僚手段和传统也一无所知，这让他在屠杀发生时无法宽恕这种行为，但到底还是在赫德和其他调解人的引导下，意识到有关苏州投降的和谈、承诺的大赦、交好的酒宴以及安排的屠杀行为都遵照了中国政治的经典传统，这种传统从远古就开始有了。
在这幅场景中，富有骑士精神、讲究诚信的戈登显然不符合以上传统。根据李鸿章的观点（注意，这就是从中国官僚的观点来看），戈登对那些太平军的性命十分担忧，为自己的誓言遭到破坏感到万分震怒，但这种担忧和震怒既不诚实也很荒谬。在这里我们遇到了划分东西方的鸿沟，无论是李鸿章还是戈登都无法跨越。
在占领苏州两个月后，戈登在昆山还是沉浸在愤怒的思索中，懒于理事，撤下的“常胜军”也越发不满，愤愤不平；李鸿章觉察到了敏感的局势，在他的一生中不止一次受到过威胁，于是他被迫在支付军饷时表现得大方一些。戈登急于看到受罪的中国人民从内战的恐惧中解放出来，经人劝说之下他终于同意和李鸿章和解。
1864年2月，“常胜军”恢复了征战的状态，不是因为戈登喜欢或者信任李鸿章，而是因为在平静的反思后他相信自己能为中国、为英国提供最好的服务，即终结这场毁灭性的持久动乱，哪怕这需要采取他不喜欢的方式。5月份的时候，已经可以预见太平军毁灭的结局，因此李鸿章的直接目的就是确保遣散戈登的军队。李鸿章怀着经典学者本能的恐惧（这并非不合理），担心散兵游勇会叛变、敲诈以及搞破坏，当“常胜军”的任务刚完成后，他便大方地打开金库，立刻打发欧洲军队从中国撤回到他们自己的国家。在和戈登告别时他的心情可谓恼怒多于悲伤，因为这个直率的军人像通常一样坦白地对金钱和虚伪表示了轻蔑的态度，拒绝了皇帝赏赐的礼物和一些华而不实的东西。他还直率地表示他对李鸿章毫无敬意，如今李鸿章已经成为了清朝杰出的保卫者，踏上了财富与权术之路。
但是尽管如此，毫无疑问的是李鸿章与戈登的交往在他脑海里留下了深刻而永恒的印象，让他在后来处理外交事务上收获很多。
李鸿章，和戈登十分相似，那就是在他们辩论的高潮中容易对持异议者发怒，而且什么事情都讲究速成；他性情十分急躁，不近人情而且有时候极其容易发火。但他并不是心胸狭窄的人，而且这个勇敢的英国绅士的高尚品质也从未被他忽视。此后在时间的医治下，戈登在他自尊心上留下的伤痕愈合了，他也忘掉了不愉快的时光，只留下美好的回忆。而戈登这方面，是既不会释怀长恨也不会记恨不忘。
亚洲大陆隔在这两个人中间，他们都能做到让过去的事情成为过去；他们的确也做到了。于是在戈登离开中国三年后，我们发现李鸿章以戈登为例，向皇帝证明了外国人的率真个性和值得信任的特点。在适当的时候本书会引用这份著名的奏折。
16年后，当中国和俄国有可能爆发战争的时候，李鸿章毫不犹豫地同意了赫德提出的建议：寻求戈登将军的帮助。在戈登给中国政府提交的建议里，很无情地点到了中国的软弱性。从另一方面看，这个建议也有利于阻止他们之间的敌意继续发展下去。建议没有让李鸿章信服，也没有阻止得了他去做有利可图的蠢事，就是把钱胡乱花在军舰和武器上；但戈登的建议恰好和李鸿章向皇帝提出的和解之策不谋而合，这个计策与左宗棠和醇亲王的主战派相对；而且，这个建议还有助于李鸿章用自己的观点劝服皇太后以达到自己的目的，确保免去崇厚已经宣判的死罪，后者在圣彼得堡的谈判中因将固尔扎割让给了俄国而被判了死刑。
戈登这次留给李鸿章的备忘录直率地强调了中国军事面临的财政困境，这个观点显然与他不愉快的经历有关，如果换了一个比李鸿章气量小的人，也许会疑心作者是不是要和他翻旧账。但李鸿章不是小心眼的人，而且他太熟悉戈登了，知道他的话是大公无私的真心话。
戈登对李鸿章产生了影响，这不仅让他信任欧洲人的军事力量，而且毫无疑问的是，这也引导他开始对西方人进行重新认识。在这个意义上，暂且不说“中国人戈登”打下的胜仗为李鸿章的事业打下了成功的基础，他的影响让李鸿章在形成许多正确看法时起到了决定性的作用，而这些看法为李鸿章后来制定中国的对外政策提供了灵感。是的，这种影响和他对欧洲人道德的极高评价在后来岁月里慢慢减弱了，这是他和各种各样的外交官与金融家接触的结果，以至他晚年的时候（尤其是1900年八国联军犯下滔天大罪后），谈到欧洲人与基督教时总是带有痛苦的幻灭情绪。但是戈登已向他展示了西方文明的精神力量，这让这位儒学家深信不疑，戈登的启示在李鸿章后来的岁月里留下了印记。
随着太平天国运动的结束（1864年），出任江苏巡抚的李鸿章可以说是已经以外交家、政治家和行政官员的身份开创了他的事业。从这个时期到1870年间，在他成为直隶总督之前，他仍然负责指挥军事作战，镇压捻军和回民的造反；但此时他已经是一名大官了，从此以后他手中的笔要比一直握在手中的剑更加强劲，更加有力。
1867年李鸿章成为了湖广总督，翌年出任南洋通商大臣，在后面这个职位上，他与欧洲官员和商人的接触范围和重要性得到了迅速扩大。在指挥作战和赴任新职位的空隙里，他时不时地回安徽老家探望母亲，找一些空余的时光来培养家庭习惯和品德。因此在1868年于武昌接任总督之前，他在安徽住了3个月。在他的结发妻子死在太平军手上后，他又成婚了。在这个时候，老天爷，或者说是父母的智慧为他挑选有了一个性格出众的女人。
有关李鸿章的所有记载上都清楚地说道，他的达观态度、克己哲学、逆境中的坚韧以及自由主义观点在很大程度上都要归因于他的母亲和第二任妻子。他对这两个女人完全是忠诚的；他的孝顺在世人眼里的确光辉熠熠，尤其是在他母亲的葬礼上，他在都察院的敌人都不止一次地以此作为例证来指责他强烈的虚荣心和来路不正的钱财。
1870年李鸿章率兵去陕西镇压叛乱之后（此后他便接任了直隶总督之位），就再也没有与生前的母亲见过面。他的母亲在1882年春天在李鸿章的兄弟、担任湖广总督的李瀚章的官邸里去世。李鸿章遵照传统滔滔不绝地表达了他的悲痛之情，并以不惜一切代价的态度完成了这个儒家丧礼的愿望，这个愿望要求他离开公职守丧27个月。他向皇上递交了卸任奏折，这被文人学士们视为效法的楷模。其中的几篇奏折已经印在英文作品中；但其中有一篇非常值得再次抄录，不仅是因为它使这位总督文学作品中的典范，而且还由于它记载了某些事实，而这些事实关系到对他生平的研究。这篇文章刊载于1882年5月16日的《京报》上：
“李鸿章近日接到家信说母亲抱恙，上奏希望能获假回家看望。他说母亲（其娘家姓也为李）在出任湖广总督的兄弟李瀚章的官邸里已经住了十年有余。她今年高寿83岁，身体一直很硬朗。但去年冬天得了痢疾，虽然医生医好了一些，但夜间仍有发烧迹象。春天的时候情况出现了一些好转。
在此之前，李鸿章曾让长子李经方代为照顾母亲，此后便来信说母亲还是咳嗽不止，难以吸收足够的营养。母亲年老了身子越发衰弱，加上长久不见李鸿章病情更加严重。当这个消息传到李鸿章耳中后，他显得万分焦虑，寝食难安。
自1870年春当李鸿章率兵前往陕西起，他就未能和母亲见上一面。官员为朝廷效命多年而顾不上料理双亲的情况十分常见。现在他母亲的病痛越发严重，李鸿章倍感焦灼，日夜辗转不安。因此李鸿章诚恳地向皇帝表明，是否能让他获假探亲。他希望如愿以偿得到批准，立刻扬帆启程行至武昌，拜见母亲直到看到她康复为止，才能满足自己对母亲的爱（如同乌鸦反哺一般）。若得皇上慷慨允许，他将会感激不尽。如果他获假成功，且母亲看到久久未归的儿子能够回家探望必定会恢复健康。若是如此，他便速速回到工作岗位。