关于李鸿章在这一时期的事业，中国流传着两个有趣却未被证实的故事。亚历山大·密吉不仅是个能干之人而且是个可靠的权威人士，在1901年李总督去世后不久，他第一个在一篇文章中宣扬了这个故事，并表现了对故事的可信态度。他宣称李鸿章之所以在对付太平军时取得了大多数的成功，是因为他在太平军中被俘获过一段时间，当时为了保住性命，他完全听命于大字不识的造反首领，因此他熟悉了太平军的组织和作战方法。这或许是个真实的故事，或许又只是许多“合理却不真实”的捏造之事，这种故事在东方国家由于反复的传播而让人深信不疑。所有的官方记载对这个故事都缄默不语，但这并不能证明它的虚假性；但他被俘的事情如果是真实的，也一定是在极短的时间里发生的。
另一个传说，从表面来看，更像有事实的根据。这个传说讲的是清朝的程学启将军原本是太平军的一位首领（他是李鸿章的属下，曾与戈登一起英勇地袭击了太平军，在1863年收复苏州的战斗中表现十分出众），李鸿章巧妙地劝说了他，让他投靠到了清朝一边。在一份奏折中，李鸿章描述了这位英勇之士在1864年4月攻打嘉兴时如何牺牲了性命，他证实了程学启当过太平军首领的事实：
“四月十五日，”（他写道）“他战死了。我万分悲痛；所有军事将领都失声痛哭。每一个人，无论来自江苏还是浙江，无论是官员，学者还是百姓，都哀悼他的逝世。于是我考察了程学启之前的历史，发现他出身于安徽的一个地方，在叛乱中被俘。程学启看到叛军欺压百姓之后费劲地试图逃脱……他来到朝廷的军营里并投了降。有人立即认出他是首领之辈，职位比至今为止所有投降之人都要高。此后他被委任为我们军队的指挥官，并参与到收复南京的战役中。总督曾国藩那时把此事告知了陛下并保证了程学启的忠诚之心。我亲耳听说过他的功绩和智慧。”
这份奏折接下来还讲述了已故程将军的军事才能和功绩，并顺便将戈登将军取得的胜利全部归结到了他的头上。但是，如果这段流传甚广的传说是真实发生的，那么李鸿章对于程学启的了解就大大超出上面提到的官方调查。
人们通常都相信这位叛军首领花了一大笔银子向李鸿章买来了他在军中的职位和晋升机会，而李鸿章则用这笔钱为自己的仕途铺了路。这个故事中，有些情况是不可能发生的，因为这样的交易在中国总是被当做高深兵法的一部分。人们说程学启与李鸿章妹妹的婚姻就是这个协议的一部分，以此互相保证各自的诚意。
就本书的宗旨来讲，我们没有必要具体描述李鸿章在镇压太平天国运动的过程中所起到的重要作用。这场战争（1853——1864）的主要事件已经由道格拉斯教授作了简单的记录。读者若要寻求更多信息，可以从弗雷德里克·布鲁斯、斯特夫利将军和“中国人”戈登所发的公文和急电中寻找，这些材料被收录在那一时期的《蓝皮书》中，而且我们可以把这些材料作为打造历史的实例解说，将之与曾国藩同一时期的奏折和上谕做比较，后者是一个官方文件集子，由英国驻华领事机构的翻译官R.A.杰米森编译。
由于李鸿章在苏州出尔反尔地杀死了太平军的首领，便与戈登发生了一场著名的争吵，这个事件证明了一个事实，即尽管李鸿章有着非凡的智慧和接触欧洲人的经验，但他无法从戈登的角度看到事情的道德层面，这就像戈登没法倒背中国的经典著作一样。
戈登指望李鸿章同化并实践自己任性化且具有骑士风度的战争观，这一点就说明了他缺乏判断力和洞察力，就跟李鸿章拒绝相信这个英国人会真正重视他的誓言一样。戈登对冒犯他的总督表示了愤怒之情，并欲寻之报复。
这使得整个事件极具纪念性和戏剧性。尽管如此，这只是由于两人的绝对观念的冲突而发生了的许许多多类似交战中的一次而已。如果戈登难以容忍李鸿章的贪婪和虚伪，那么李鸿章这个全身上下洋溢着不可名状的优越感和优雅自信的官僚，同样觉得难以容下戈登的直率和对诚信的无法妥协的坚持。
从李鸿章与华尔、白齐文和戈登开始接触起，李鸿章明显的目标就是要利用外国人出众的军事技巧，与此同时，还要不计一切代价防止他们利用任何职权侵占官僚阶级的特权。比起国内的任何造反，李鸿章更担忧欧洲的进犯，因为他比京城的任何高官都更清楚西方军事远征的真实政治意义，这已经在英法两国和清政府在1860年10月在北京签署的《埃尔金和平条约》中表露了出来。1862年，李鸿章委婉地拒绝了俄国派遣军队镇压太平军的提议，他已经下决心运用聪明而高超的治国之术加上柔弱的政治艺术，来对抗西方强劲的军事力量。
俄国军官指挥的一支俄国军队绝对与李鸿章的策略不相容，因为这支军队不会听从他的命令。但是利用刚刚占领京城的英法军队的支持来镇压中国的造反派，他却一点都不觉得有碍威严；相反，斯特夫利将军和普罗泰特上将愿意与李鸿章的军队合作，共同为大清帝国事业效力，并同时承认他是大清帝国的主权代表，这使他得到了抑制不住的满足感。只要给皇帝提供的战事汇报与奖赏的分配权完全掌握在他自己手中，他就很高兴让戈登和雇佣军队艰苦作战。在其汇报太平军彻底战败的奏折中，如同他记载程学启将军去世消息的奏折中一样，戈登在维护朝廷神圣的战争中所发挥的作用被消减到了微乎其微的比例。
戈登因其表现确实被赏赐了一件黄马褂、一顶花翎和赏金（被他拒绝了）；但是“为了提供准确的历史”，李鸿章用随时准备好的笔墨，悄悄地把“常胜军”及其司令的功绩都消融了，使其淹没在自己的荣光之中，适当地犒劳了自己的远见卓识和勇猛之旅。
李鸿章根据自己对这位勇敢而冲动的军官的依赖程度，对戈登的态度发生了变化，从亲切感恩转变到豪爽无礼；主要因为李鸿章总是在给军队的常规发饷问题上极其不讲信用，所以他们的关系不止一次变得紧张。同样由于钱财的问题，在戈登之前担任“常胜军”司令的美国冒险家白齐文也曾与李鸿章发生过争执，最后投靠了太平军。
事实上，李鸿章看待这场战争的态度和他看待中国后来的所有战争一样，都是站在自己的金钱收益上来考虑的。在这一时期，他的基本军事财政理念就是最终付了多少钱，常以含蓄的方式加上附属的条件，即朝廷欠了军队多少，军队便可以靠从城市——中国城市掠夺多少来获取补偿。前面提及的《回忆录》中有一些记载，说明他直率地承认了这个事实。
第一篇表明的日期是1863年2月25日（戈登在3月份担任司令）：
戈登上校来信宣称要么做最高指挥官，要么什么都不担任。这是所有为我们做事的外国人都有的态度，甚至在他们谋求职位并为之等待多日或数周之后都不改变这一态度。当然，我并非说这个英国官员就是这种态度，因为他既没有申请做大清帝国的总司令，也没有索取报酬。他在最后也没有提及这件事（指报酬），但他的上司却这样说了，这对我来说已经足够。但他若是一个能干的人，能够为军队带来目前所需的武器以便杀死所有太平天国的叛乱分子，那么我认为他在荣誉和金钱方面都会得到丰厚的嘉奖。
在举止和态度方面，戈登是我所接触到的外国人中最好的一位，没有流露出大多数外国人在我看来令人厌恶的自负。此外，他兼具优秀的军人素养，坦率、迅速且务实。他刚来的两个小时之内，他都在视察部队，下达命令。我很高兴部队能够听从他的命令。
在日期标注为4月7日日记中，精确地表述了他的军事财政措施：
戈登将军属下的三千名“常胜军”、一万五千至一万六千名朝廷的正规军和各省的非正规军，他们现在正在福山一带对造反分子进行一次艰难的进攻。我前天给他们送去了一些薪饷，而且告诉他们如果收复福山他们会得到更多的报酬。此后，若苏州也受到我们控制，戈登名下的这支部队中的所有人都会得到全额薪饷和奖金。
5月份，李鸿章对戈登身上的优秀的军人品质充满了热情，甚至称他为“兄弟”，而且还向皇帝上奏，请求给戈登“中国总兵的职衔”（少将旅长），并得到了批准。赏赐这个官衔的上谕很好地表现了中国人阳奉阴违的作风：
“戈登必须用严厉的措施维持‘常胜军’的纪律，因为这支军队已经无组织无纪律。这样做的目的在于杜绝以前不幸的事情再次发生。”李鸿章转递给戈登一份上谕副本，“有疑问的官员见到该上谕便会遵命。”
但是到了七月份，卑鄙龌龊的裂缝开始了：
戈登这些天想到的只是钱财，一点小钱都向我要好像我是财神爷一样。他说这些人若是拿不到钱就不再打仗了。我告诉他一旦苏州被我们控制住，我们就会有足够的金钱偿还欠款，发放奖金。
白齐文在向政府申请军饷时，也遇到过相同的困难，于是，他借用武力从上海军需官的金库里抢走了银子，因而被李鸿章解雇，在后来关于这场争执的外交辩论中，白齐文得到了英国和美国驻北京大使的支持和同情，但是李鸿章坚决拒绝了进一步讨论，因为白齐文不但要进一步抢夺银两，还要把钱揣到自己兜里。
在戈登上任五个月之后，白齐文愤怒地投靠了太平天国，并从朝廷带走了一百多名心怀不满的欧洲逃兵。戈登心灰意冷，觉得根本就没有希望在这种条件下组织一支训练有素的军队，于是他便辞去了司令职位，但在后来得知白齐文叛变后，由于仗义的性格又回到了司令的岗位上，那时是1863年8月。
由于白齐文的事情李鸿章的神经变得十分紧张，他发了一份公告，说只要抓到白齐文，无论是死是活，都可以得到3000两银子的奖赏；但是，他在后来与英美领事的论战中表现了他微妙的智慧、自满般的无知以及无边界的胆量，这些品质都让他后来的外交生涯变得非同一般。
在白齐文背信弃义的行为发生后，戈登重新回到了自己的岗位上，但李鸿章并没有对他这种宽宏大量的行为心生感激。他照样以吝啬的方式来对待“常胜军”，而戈登站在自己的立场上继续坚持申请正常的薪饷和供给，强烈反对继续他前任的过往作法，即以抢夺为手段支付薪饷。在攻克昆山后，他给李鸿章写了一封态度强烈的信，宣称自己要辞去司令一职，“因为我每个月都要因为部队薪饷的事情而陷入困境”。他还说，在这种情况下保留官职对他这样一名英国军官来说是有损名誉的。但如果事关金钱，李鸿章就是固执不化，但若与金钱无关，他便会让步，不是为别的，只是出于害怕。
李鸿章在戈登占领苏州城（1863年12月）后背信弃义地下令屠杀了前来投降的太平军首领，这种做法完全符合他自己的经世之术和道德观。他这样做是因为他性格中有一个很少暴露给欧洲人的特点，即只要政治目的或个人野心遇到威胁时，他就会对人的性命表现出铁石心肠和蔑视的态度。对于那些在他看来阻碍他执行国家事务或实现个人利益的那些人，他就会表现出东方式残忍的一面，这一点是从他显赫的主子慈禧太后身上学到的。
在“常胜军”对苏州发起最后胜利的袭击之前，对李鸿章来说事情十分明了了，就是说太平军首领已经失去了信心，这场叛乱很快就会结束。1863年秋天的一段时间，在白齐文背叛朝廷倒向太平军后，李鸿章对戈登部队的吝啬做法好像有可能让相当多的官兵效仿白齐文的做法。
白齐文把部队带到敌人的阵营，是为了报复李鸿章对他傲慢无礼的做法，他打算率领一支能够取得胜利的太平军进攻北京，他甚至打算劝服戈登也加入他这项伟大的冒险事业中。但他很快就觉醒了。在苏州的城墙内，他无法施展自己无可争辩的指挥才能，那里只有意见分歧的争吵，以及即将发生的分崩离析。太平军中八个“大王”里只有一个慕王目标坚定，决心要将斗争坚持到底。其他几个大王在大约三万名追随者的拥护下，已经开始与朝廷将领程学启秘密来往，希望用投降来换取大赦。
白齐文和那些跟他一起投靠太平军的人很快就意识到太平天国已经毫无指望，于是他们为了自己的利益向戈登提出，只要他愿意接受，他们就愿意回到朝廷的军队，条件是不能对他们的逃兵行为作出任何处罚。在做好这个安排后不久，慕王在太平军的一次会议上就被杀害了，他们打算杀掉最后一个立场坚定的首领，以期为投降争取更好的条件。
在这个邪恶的事件发生之前，在程学启的陪同下，戈登曾与投降的各位大王有过一次会面，戈登向他们许下免死的承诺；作为回报，各位大王承诺可以在暗地里撤下一个城的守兵，把苏州交给朝廷。程学启将军是这个秘密协议的参与者，双方达成一致协议，不在城里进行抢夺。