征服了蒲来矢，解除了境内的纷斗，完成了朱熹的一大心愿。为了确保境内不再有类似的情况发生，朱熹又向朝廷作了折子，请求皇上将“飞虎军”由湖北襄阳调至湖南节制。
再说这“飞虎军”乃地地道道的“湘军”，当年辛弃疾任湖南路安抚使时，为了镇压境内农民起义而募湘勇组建，当时召了步兵两千人，马军五百。辛弃疾在募建之时，虽然得到了朝廷的批准，但却多有异议，特别是枢密院，认为潭州本有八指挥的皇家军队，再募湘勇，另创一军，朝廷难于节制。但在辛弃疾看来，这所谓的“八指挥”其实也不过是一些太爷兵，只能小打小闹，难成气候，于是不顾朝廷之命，执意创建，终成熊虎之师。因“飞虎军”所募乃地道的湘勇，个个剽悍善战，器械齐备，旋即就成诸军之冠。后来在辛弃疾的统领下，在收复国土的抗金战斗中成了中流砥柱，立F了汗马功劳。朝廷见此，无话可说，作了正规部队而保留下来。
辛弃疾去世，“飞虎军”留守湖北襄阳，因战功卓著，又没辛帅节制，将士有了些骄横的情绪。应了朝廷之命，“飞虎军”归了朱熹节制。初入长沙，尽管将士皆为湘人，对朱熹亦是极为敬重，却终究有些懒散惯了，纪律松弛，有些无法尢天之举。本来朱熹想节制“飞虎军”而弹压“战祸”，却没想到却把“祸事”引到了长沙。朱熹感到很伤脑筋，于是“申教令”严格军纪，对“飞虎军”将帅进行大规模的调换。
调换将帅，可不是一件说到就能做到的事情。因“飞虎军”内部，士兵对于将帅的感情是极深的，将帅对于统领的感情亦是如此。辛弃疾在时，“飞虎军”眼里只有辛帅，而不知有皇上，现在将帅眼里哪有他朱熹？朱熹也很明白，凭几条教令是解决不了问题的。所以他一方面对寻衅闹事的士兵进行镇压，以此树立自己在“飞虎军”的威风，一方面亲自到营中慰问，问寒问暖，对将帅、士兵的家庭情况亦是一一过问，又召集将帅进行理学培训。因为所募之勇，大都文化水平相对较低，对朱熹的“正心诚意”之说，“存天理，灭人欲”之说，大都似懂非懂。不过这些将帅见朱熹不厌其烦，与其倾心交谈，心中热乎乎的，从而开始忠心于朱熹。节制了“飞虎军”，使其归顺于己，对于潭州的治安保护及其备战也就有了保障。朱熹又筑了城墙，使得古镇长沙固若金汤。数十年后，元兵阿里海牙以数万之众来攻，守将李芾仅以二千之兵与之相拒，竟固守三个余月，大小战事七十余场，不能说不是朱熹当年之功呢！
朱熹知潭州I兼湖南路安抚使，朝野皆知其心不在为政，而主要是为“岳麓书院”而来，朝廷在任命书中，亦说得十分明白：“学古粹深，风节峻特，可以为世之师……儒先相望，士气方振，尔为朕教之。”所以朱熹在征服了蒲来矢，节制了“飞虎军”后，就把所有精力集中放在岳麓书院的建设上。
因为张栻的早逝，而长期虚了山长之位，岳麓书院也就有了些“师道陵夷，讲论废息，士气不振”。为了振兴书院，朱熹对书院提出了大规模更新的设想：在书院之前要兴修宣圣殿五间，专祀至圣孔子，殿前引泉作泮池，其列屋殆百间，其南为风雩亭，殿后堂室两层，每层各七间，两厩亦如之。无奈当时经费无着落，朱熹只好对书院进行改建与部分的整修以后，就开始招生。他又为书院聘了讲书职事与学录。朱熹主教“白鹿洞书院”多年，对于办学他确实有许多的经验，他认为从政应以“恤民”为本，以“仁爱”为辅，而为学则应该以教员为本，教员的好坏是决定书院好坏的关键。因此，他兴学岳麓书院，却虚山长而不置。他清楚，所谓山长，应该是学富五车、道德高尚之大儒，必须是可以引为师长、可以作为人伦之表的人才。他虚山长之位，当然并不是说潭州无此大儒，而是认为首先不设山长，而据绩效，再另行提升，这样就可以纪纲庶事，表率生徒，调动积极性，这其实也就是他“白鹿洞书院”的经验。基于这种考虑，朱熹聘了醴陵人黎昭文作讲书职事，湘潭人郑仲礼做学录。黎昭文为朱熹门生，曾从朱熹游，所学讲皆为朱氏正学，而郑仲礼则为张栻的高足。朱熹置二人为讲学和学录，其意亦是要将朱、张之学诵于岳麓，将其闽学融汇于湖湘正学之问。由于朱熹的影响，天下学子儒生于是不远千里云集于此，岳麓山也就弦歌不断，生机勃勃，又恢复了往日的风采。
朱熹整修打点了书院，使书院恢复了往日的风采。朱熹自己白天署理政事，夜晚或藉舟渡江留宿书院与诸学子讨论，或于府静候学子登门，每每讨论，通宵达旦，而他却全无倦容。
学子一时达千人之多。为了便于管理，朱熹又依了“白鹿洞书院”的学规，录制刻勒于石，并就这个学规作了跋语：“熹窃观古今圣贤所以教人为学之意，莫非使讲明义理，以修其身，然后推以及人。非徒欲其务记览，为词章，以钓声名取利禄而已也。今人之为学者，则既反是矣。然圣贤所以教人之法，具存于经。有志之士，固当熟读深思而问辨之。
为知其理之当然，而责其身以必然，则夫规矩禁防之具，岂待他人设之，而后有所持循哉！近世于学有规，其待学者为已浅矣。而为基，又未必与人之意也。故今不复施于此堂，而特取凡圣贤之所以教人为学之大深，条例于右，而揭之楣问，诸君其相与讲明，遵守而责之于身焉？则夫思虑云为士际，其所以戒谨而恐惧者，必有严于彼者矣。其有不然，而或出于禁防之外，言之所弃，则彼所谓规者，必将取之，因不得而略也，诸君其亦念之哉。”
尽管朱熹铭刻了学规，又作了跋语，本想以此循规而教，循规而学，也就相安无事，岂知这个学规勒石不久，岳麓书院却爆发了一条足以让古镇长沙为之震惊的消息：岳麓学子与地痞流氓流血械斗，造成许多学子受伤、学录郑仲礼也受伤的惨剧。当朱熹接到报案时，他几乎急得昏倒，于是立即派了“飞虎军”包围了岳簏山，重兵把守了各条下山路径。朱熹亲率“飞虎军”的精粹，直奔书院。却说这些地痞流氓在械斗之后，竟是无所畏惧，因学子打伤了几个地痞，这些地痞尚在书院耍赖，要求书院赔偿。朱熹在书院听了汇报以后，对受伤的人员进行了安抚，安排了治疗，然后又派下属进行了全面的调查。“飞虎军”将所有的肇事者，全部扣拿归案，暂羁牢笼。
却说这些流氓、地痞见守帅朱熹动了真格，根本不是曾任守帅…‘样软弱，有些心虚。这些流氓、地痞也是多次“进山闹事”的，他们有保护伞，以往肇事，甚至杀个把人试试手，过堂亦不过提审一下，打几十板屁股就可了事。而这一回，这朱守帅似乎并非如此，有过几次提审，却并不打他们屁股。他们清楚，不打屁股，其实就是无轻饶之意。朱熹不怒，只是大堂高座，很是严肃，三天一审，五天一过堂，却不作结论。