下面以神霄派和清微派为例来看一看这一时期这些符箓类道教宗派的理论。
神霄派的理论大体上是由王文卿建立起来的。他以天人感应和内外合一为理论基础，说：“斩堪五雷法者，以道为体，以法为用。内而修之，斩尸灭鬼，堪合玄机，攒簇五行，合和四象，水火既济，金木交并，日炼月烹，脱胎神化，为高上之仙。外而用之，则斩除妖孽，堪合雷霆，呼吸五气之精，混合五雷之将，所谓中理五气，混合百神。以我元命之神，召彼虚无之神，以我本身之元气，合彼虚无之气，加之步罡诀目、秘咒灵符，翰动化机，若合符契。运雷霆于掌上，包天地于身中，日呖而旸，日雨而雨，故感应速如影响。”它以人身小天地与宇宙大天地等同合一为理论前提，认为雷法中所召见的神将神吏，都是自身的元神、元气、元精所化，它们所发的五雷，也是自己身中的五行之气相激剥的结果。他的弟子萨守坚在所著的《雷说》中对他的思想有所发展，说：“法本诸道，道源诸心。能以吾之精神，融会一气之精神，以吾之造化，适量五行之造化，则道法妙矣。”法以道为本，道存在于心中，靠心去发明。用心所发明的道去驾驭气，作用于五行运化的外物，法自然能够发挥功能。本着这个观点，萨守坚说：“学者无求之他，但求之吾身可也。夫五行根于二气，二气分而为五行，人能聚五行之气，运五行之气为五雷，则雷法乃先天之道，雷神乃在我之神，以气合气，以神合神，岂不如响斯答耶？”身外之物的运动遵循阴阳互化、五行生克的规律，身内之气的运化同样如此。身内身外同道同理。“会此之道，参此之理，则二气不在二气，而在吾身，五行不在五行，亦在吾身。吹而为风，运而为雷，嘘而为云，呵而为雨，千变万化，千态万状，种种皆心内物质之。”在萨守坚看来，只要调拨身中的小宇宙，就能左右、统御身外的大宇宙。后来的王惟一同样继承王文卿的思想并作了阐发。他在《道法心传》中说，道法取决于人心，心清静则存在，心秽浊就消亡，所以精住则气住，气住则神住，精、气、神住道法就完备，“散而为风云，聚而有雷霆，出则为将吏，纳则为金丹。”还说：“人有五藏，五藏之中有精神魂魄意，聚以成五雷。”他认为，登坛祈禳的诀窍就在于激发自己身内的阴阳之气交感，“阴阳升降而成雨，阴阳激博而成雷，阴阳凝流而为电，阴阳邻和而为雪。”但激励身内阴阳，感应身外阴阳的根本还在于自己心中的“元神”，它“统御万灵”，是三界的主宰。要使元神常明，就要修炼内丹。正如《道法心传》所说：“法何灵验将何灵？不离身中神炁精，精炁聚时神必住，千妖万怪化为尘。”按照这种理论，似乎人可以为所欲为，只要心到气就到，就能立刻作用于外物。事实当然不是这么简单。邹铁壁在《雷法秘旨》中说过：“有心感神，神反不灵，无心之感，其应如响。”这就是说，行使雷法的心，是“无心##之心，不是“有心”之心，凭“有心”之心行使雷法，只会徒劳无功。他强调：“但无妄念，一片真心，不知不识，心与雷神混然如一，我即雷神，雷神即我，随我所应，应元不可。”无心之真心，实即元神。
清微派的理论大体上与神霄派的雷同，无过是把“元神”替换为“本性灵光”，也就是把行法的根本由心进一步深入到性。正如《清微元降大法》卷二十五所说：“一点灵光通天彻地，精神所寓，何者非符？可虚空，可水火，可瓦砾，……可通可变，是谓道法。”获得“一点灵光”同样是通过内丹修炼。黄舜申是清微派的理论家和清微雷法的集大成者。他在《清微斋法》卷上说：“盖行持以正心诚意为主。心不正，则不足以感物；意不诚，则不足以通神。神运于此，物应于彼，故虽万里，可呼吸于咫尺之间。”天人合一，诚于中，方能感于外，修于内，方能发于外。“将吏只在身中，神明不离方寸。”“将吏”、“神明”都是施行雷法时所役使的神，人之所以能够召令它们，是因为人的心诚意正和有深厚的内炼功夫。
《道法会元》卷一《法序》也说：“五行之妙用，寂然不动，感而遂通。
夫天地以至虚中生神，至静中生熏，人能虚其心则神见，静其念则炁融。
……凡炁之在彼，感之在我；应之在彼，行之在我。是以雷霆由我作，神明由我召，感召之机在此不在彼。”所以该书专门设了《清微丹诀》一章，专言内丹修炼。清微派认为，只有内丹修炼达到一定程度，才谈得上雷法的行使。内丹修炼以了心复性为目标。达到这一目标后，身中之气就是先天本源之炁。调拨运转这种阴阳之炁，激荡而出，便可转为风雷雨电，如《清微丹法》说：“我禀阴阳二熏，出则轰天震地，神归山岳摧崩，煞去精邪粉碎。”《道法会元》的《发用章》继承黄舜申的思想把这一点阐述得更清楚。它说，风、云、雷、雨、火等的发用，都要求道士的内丹修炼达到比较高的程度，这样登坛作法时，才能把气调运出来：“耳热生风，眼黑生云，腹中震动即雷鸣，汗流大小皆为雨，目眩之时便火生。入息静定良久，神息既调，直待内境不出，外境不人，但觉身非我有，天地虚无人定光中，……次复收敛运一炁七遍之妙，……酿成五事。临坛之际，拔动关捩，随窍而发也。”⑧与内丹修炼相比，画符祈禳，只是外在的仪式，不是法术的实质，应以简易为要。《清微神烈秘法》卷一《雷奥秘旨》就说，清微雷法“不若有为，不落无作，不贡存想，无泥虚文，无祭祀无祷祝。”这是对传统符篆的革新。黄舜申之后，元末赵宜真（？～1382年）著有《玉宸登斋内旨》、《玉宸经法炼度内旨》、《灵宝归空诀》、《仙传外科秘方》、《原阳子法语》、《道法会元》（后二书为其弟子所辑）
等，把清微派的上述理论、全真教南宗金丹之学、净明忠孝之道等作了融会贯通的阐发。
这一时期其他符箓派别的理论，大体上也象神霄派、清微派一样以天人合一、内外一致为理论核心，深受内丹修炼的影响。例如，《灵宝领教济度金书》卷三二零强调召神劾鬼必须用“元始之灵光”，“以运神为主，至于歌章吟偈，乃科仪耳。”灵宝斋法的重要传人郑所南所著的《太极祭炼内法》也说炼度阴鬼的道士必需“志诚为体，慈悲为用”，为了炼度阴鬼，必须先炼化自己。“须常行内炼法，内养精神”，以内炼内养为基础，“合内炼我之阳神与祭炼阴鬼通为一片精密功夫”。他认为，祭炼过程中所祈祷、存想的太一天尊本来就是自己的元神，所诵的咒语是“吾心神之内纬”，“宝篆者是聚吾身中之神光。##从上述可以看出，元代江南诸符箓派别在理论创新方面确实还是做了一些工作的。虽然属于完全独创的东西不多，但移植其他宗派的理论来丰富自己，这也是一种创新。
从上述也可以看出，各派的教义、法术差别不大，这说明这些符箓派别在逐渐走向融合，向全真教靠拢。就全真教而言，这一时期也大搞符水祈禳。所以，总体来看，元代以后，道教诸派逐渐走向融合。这首先是江南道教诸派联合形成正一道。这以元成宗大德八年（1304年）封三十八代天师张与材为正一教主为标志。正一派道士可以不住宫观，可以娶妻生子，被称为“火居道士”。正一道的宫观规模比全真教小，戒律也不很严格，道士的素质也比较低劣。正一道以张陵后嗣为首领，组织比较松散，并人正一道后的龙虎宗、茅山宗、阁皂宗、太一教、净明道、神霄、清微、天心、东华等各个小支派仍然可以继续承传。正一道以《正一经》为共同信奉的主要经典，主要法术是画符念咒，斋醮祈禳。
正一道形成之后，大大发展了道教原有的斋醮、方术，而且变出了越来越多的新花样。祈雨、兴云、招雷轰贼、让风停止、让雷消失、预言生死、让天降下黑雨等等，都是正一道道士们的法术。正一道法术的发展，不仅表现为术的种类的增多，而且表现在术的运用范围也扩大了。例如，符箓镇宅不仅管活人，也管死人，用途越来越广。禁咒术也是如此。
南宋至明代中期道教的总体特点
南宋至明代中期，道的阐释更富有形而上的玄理韵味，有明显的向老庄道家复归的色彩，当然，这种复归不是简单的重复，而是否定之否定。
不仅如此，这一时期，融汇三教的程朱理学，尤其是吸纳融汇了不少道家、道教思想精华在内的朱熹哲学，在南宋末年以后地位逐渐升高而成为官方意识形态。受其影响，道教学者们的理论成果几乎达到了专业哲学家的水平，道的圆融程度提高了，对道的阐释达到了完全成熟，道教理论达到了颠峰。不过，从思想层面来说，这一时期的三教融合，实质上变成了儒学为主，佛、道为辅。道教的特色淡化了，道教的衰败也就随之而到。
这一时期，术在整合中得到了精深化的发展。这可以对几个重要的术的情况来看。
这一时期，外丹术继续衰落。外丹烧炼虽然已经不占主导地位，但并未绝迹，而且有所发展。从元代或明代所编的《庚道集》所记载的丹法来看，这一时期的外丹烧炼广泛使用了植物药，剂量往往是以两、钱为单位。这说明当时对植物类药的药理、药性已经有了比较深刻的认识，金属类药物已经逐渐为植物类药物所取代。此外，这些丹法中还广泛使用了米醋。米醋是用米发酵制得的，质量比较高，这也表明随着酿造行业的出现和发展，参与黄白术实验的有机酸的质量也有了提高。
内丹术是这一时期道教法术的主流。全真教南宗在南宋时期已经基本完成了神气与性命这两对范畴的统一，从而把在此之前道教的炼气、修心的各种术融合在一起了。全真教南北宗统一后，性命先后的争论也在理论上得到了解决。内丹术形成了完备系统的有理论、有程序、有方法的体系，并进一步由术向学转变。再则，由于受理学的影响，性善论被一部分道教学者接受，从而内丹术中心性修炼的思想被与伦理思想相结合，从而内丹术与伦理之术有了嫁接融合的基础。这在净明道那里就有比较充分的表现。
这一时期，随着君主专制中央集权的加强，随着理学思想变成正统的官方意识形态，王道之术没有存在的土壤和发展的氛围，道教学者们逐渐失去关注和发展的兴趣。丘处机还使道教传统的王道之术有一次实际运用的机会，此后这样的机会再也没有出现过。杜道坚在这方面提出了“皇道帝德”的观点，用理学思想解注《老子》，企图以虚、静、诚来“正”人主，按照自然之道来治理国家。这虽然是针对元初的政治状况提出的，但就理论意义来说，创新不多。一部分与统治者关系密切的道教首领处理社会、政治问题时，用的并不是传统道教的王道之术，而是儒家的政治哲学。张留孙、吴全节、夏文咏就是典型的例子。这一时期道教的王道之术不得不与伦理之术结合起来，隐蔽地发生着一点作用。