在上述这些人物的推动下，全真教的内丹学理论在元代继续得到发展。例如，在形神关系上，他们提出：“形中以神为君，神乃形之命。”这从内丹修炼的立场把形神关系说得更简洁明白了。再如，对于性功修炼，《修真十书》卷五十三《盘山语录》说：“心同太虚则无我也，无我则与道相应矣。”这也是一个很有价值的思想。在融合南宗之后，全真教的修炼除了强调明心见性的方面外，也强调内丹修炼，即精气神三宝混合，去阴滓炼纯阳，在丹田中炼成“阳神”，从顶门上出入，从而自主生死，一旦玉帝招赴，即弃壳升天而到天宫做天仙。
全真教传布全国后，它的势力就远远超过太一、真大两派，足以与江南正一派相抗衡。元代统治者对全真教也很重视，优赏有加。至元六年（1269年），忽必烈封全真教所尊的东华帝君、钟离权、吕洞宾、刘海蟾、王吉占五祖为“真君”，王吉吉的七大弟子为“真人”。元武宗至大三年（1310年），加封全真五祖为帝君，七真人为真君，丘处机十八高徒尹志平等为真人。全真历任掌门尹志平、李志常、张志敬、王志坦、祈志诚、张德或等都被封为真人，他们往往出任玄教大宗师、知集贤院道教事。全真教在元代中后期，也逐渐与另外的丹鼎派会归合流，组成规模更大的全真教。最后，在元代末期，道教就基本上只有正一道和全真道两个大宗派。
北宗全真教从创建之始就倡导三教合一。王喆接引人人教的开始，都是劝人先诵读佛教的《心经》、道教的《道德经》、《清静经》、儒家的《孝经》。南宗全真教也同样倡导三教合一。不过，丘处机从大雪山归来，全真教贵盛之后，由于全真教侵占了不少佛教寺院，引发两教攻讦争斗，从1255年至1284年持续不断，最后全真教在辩论中失败，所占寺庙被迫归还，全真教所刊《老子化胡》等道经被迫焚毁。
元代中期以后，全真教长期贵盛，上层道士居于京城，结纳权贵，生活逐渐趋于腐化。早期的“真行”思想和功夫逐渐消磨尽净。全真教也逐渐由盛入衰，元统三年（1335年）完颜德明任掌教后，后继者再未见于史籍。元代末期之后，也再未出现影响比较大的高道。全真教很重视道教经籍的整理。丘处机在世时就已有重修《道藏》的设想，可惜未实现。后来尹志平掌教期间，宋德方（1183～1247年）、秦志安（1188～1244年）为首的全真教道士，以当时仅存的管州《大金玄都宝藏》为底本，历时六年有余，至1244年，修成《大元玄都宝藏》，共计7800余卷。这部《道藏》后来在佛道之争中被毁。全真教道士以自己一教之力修《道藏》，是道教史上仅有的一次（其余均为官修），意义非同小可。
净明教
净明教是尊崇许逊为教主的一个道教宗派。这一派的产生，可考的证据最早是南宋初期的道士何守证。他于1131年撰写了《灵宝净明新修九老神印伏魔密法》。在《序》中首先提及了以许逊为教主的道教宗派的活动。这一派似乎是宋室南渡之年周真公在江西南昌西山玉隆万寿宫建坛传度弟子所开创的，其宗旨是“灵宝净明秘法”。这一派很快湮没无闻，但留下了一些典籍。元代初期，在南昌西山出了个出身儒家的道士刘玉（1257～1308年），于至元十九年（1282）年，元贞二年（1296年）分别称唐代净明法师胡超慧、晋代升仙的许逊下降，让他复兴净明教。于是他倡导三教并立相辅，化人归善。不过他主要是合会理学，从而打出了“净明忠孝道”的旗帜，把许逊作为第一代宗师，把自己作为第二代宗师。究其实，刘玉的创教活动当受南宋时期的净明道活动的影响。刘玉之后的第三代宗师是黄元吉（1271～1355年），第四代宗师是徐慧（1291～1350年）。徐慧编有《净明忠孝全书》6卷，其中内容主要是刘玉和黄元吉撰写的。此后净明道的传承就不甚明朗，说明已大体衰微。
南宋末年以后，理学被作为官方意识形态，在社会上的地位逐渐上升，影响日益扩大。净明教受理学的影响非常深，几乎可以说是理学在道教中的翻版。净明教比此前的任何一个道教宗派都更加关心社会人事，更加迷恋世俗生活。刘玉认为：“人事尽时，天理自见。”（《净明忠孝全书》卷五）天理也就是仙道，尽人事也可成仙道，其间的关系，他认为是：“欲修仙道，先修人道。”（同上，卷三）这个思想虽然可以说是对道家、道教和光同尘思想的继承，但和光同尘思想的实质是对世俗社会持一种敬…而远之的态度，孤高自立，“独向道中醒”。而在刘玉这里，“修人道”变成了“修仙道”的前提，这是对世俗社会的完全认同、投入和融合，清高自立的意韵被大大削弱而几无踪影了。
刘玉用朱熹的正心诚意来诠释获得净明大道境界的方法，他说：“净明只是正心诚意，忠孝只是扶植纲常，但世儒习闻此语烂熟了，多是忽略过去，此间却务真践实履。”在他看来，在正心诚意扶植纲常这一点上，儒家与净明教没有什么差别，如果要说差别，也只是儒家对此熟视无赌，或者只停留于口头上而没有在实践中做到“真践实履”。净明教则是切切实实做到了。如果真的这样，净明教作为道教的特色不复存在，净明教还能存在吗？所以，他也指出，净明教所说的忠孝虽是儒家思想的引申，但区别还是有的，净明教把忠孝作为“大道之本”，认为“孝至于天，为日月之明；孝至于地，万物为之生；孝至于民，人道之为成”（《净明忠孝全书》卷二）。他们所说的“忠孝”的涵义是：“大忠者一物不欺，大孝者一体皆爱。”（《净明忠孝全书》卷三）这与儒家的“爱有差等”有区别，近似于墨家博爱、泛爱万物的主张。刘玉认为，这种忠孝人人皆有，“忠孝者臣子之良知良能，人人具此天理，非分外事也。”（《净明忠孝全书》卷五）只是因为后天被人欲遮蔽了，不能充分显露出来，为此要惩忿窒欲而明天理。这对后来的王阳明当不无影响。
净明教同样吸收了理学惩忿窒欲、灭人欲而存天理的思想。不过，净明教不是照搬照套，它也有所改造。刘玉说：“何谓净？不染物。何谓明？
不触物。”（《净明忠孝全书》卷三）不染不触，就得在念头初萌之处用功夫。惩忿，忿怒仇恨当然是要消灭的，对“嫉妒小狭，褊浅不能容物”的微小忿嫉，也要“以察察为明，一些个不放过”。窒欲，邪淫色欲当然是要断绝的，“但涉溺爱眷恋，滞着事物之间”的一切欲望，均须剿灭。这是吸收佛教的禁欲主义思想后，大大超越了理学的要求。对如何实现惩忿窒欲，净明教也有一些不同手理学的地方。从内丹修炼的角度，净明教作了一些有自己创新之处的解释：“惩忿则心火下降，窒欲则肾水上升，明理不昧则元神日壮，福德日增，水上火下，精神既济，中有真土为之主宰。”（《净明忠孝全书》卷三）这是道教人士对惩忿窒欲的一种解释。刘玉把这种以伦理实践为本的修炼称为“正心修身之学”、“真忠至孝之道”，以别于一般修炼精气神的内丹术。
正是由于深受理学影响，净明教的修炼目标和修炼步骤都与传统的道教宗派不同。净明教的修炼目标就是净明的精神境界。《净明大道说》认为，净明的本意是清而静，虚而明，在净明教这里是先天无形大道的宗本，在上为无上太虚，在天为中黄八极，在人为丹元绛宫。上为清虚之境，中黄八极为天心，丹元绛宫为人心。这三者同出而异名。天立中黄八极而报无上之本，人当忠孝而答君亲之恩。所以修炼要从忠孝开始，由人道而天道，进而达到无上太虚，即无极的先天大道。《净明忠孝全书·净明法说》：“无极而太极，无极者，净明之谓也。”净明大道作为修炼的最高境界就是理学的无极，中黄八极作为修炼的核心就是理学的太极或理，丹元绛宫作为修炼的着眼点就是理学的人心。
净明派既然是道教的一个宗派，当然还是把成仙得道作为修炼的终极目标。不过他们否定了长生不死，刘玉认为：“忠孝之道非必长生，而长生之性存。死而不昧（指忠孝之心不昧），列于仙班，谓之长生”（《正统道藏》第41册，第32919页）。他们还对传统的真人的内涵作了新的阐释。例如黄元吉认为：“净明教中所谓真人者，非谓吐纳按摩休粮辟谷而成真也，只是惩忿窒欲，改过迁善，明理复性，配天地而为三极，无愧人道，谓之真人。”（《净明忠孝全书》卷六）道由心悟，关键是内心的修炼。道德修养高，自然就是神仙。无怪乎刘玉称周敦颐、二程、朱熹、张载为“天人”，“皆从仙佛中来”了。这是用理学对道教进行了彻底的改造。
从这个修炼目标出发，净明教修炼所用的法术、途径也与传统道教宗派有所不同。他们认为，修炼“要不在参禅问道，人山炼形，贵在乎忠孝立本，方寸净明。四美俱备，神渐通灵，不用修炼，自然道成。”（《净明忠孝全书》卷二《净明大道说》）这样，服气炼形是不予考虑了。刘玉说：“本心以净明为要，行制贵在中孝。”（《玉真刘先生语录》内集）也就是通过修炼，使得心中一尘不染，并在日常生活中以忠孝为行为准则。从这样的修炼思想出发，净明道反对出家修行，认为“欲修仙道先修人道（《净明忠孝全书》卷三），“人事尽时，天理自见”（《净明忠孝全书》卷四），在世俗生活中就可修炼成仙。他们提出了“不欺心”和“慎独”的方法，力图通过惩忿窒欲的功夫达到正心诚意。他们“为弟子说忠孝为本，立本以成仙”（《四规明鉴经·立本章第一》），主张忠孝是“人人分内有”的“良知良能”。这样就把忠孝落实到了心性层次。他们认为：“上士得道之妙在心性”（《四规明鉴经·建功章第三》），通过心性的修炼就可达到净明境界。净明派虽在一定程度上认同道教传统的肉体飞升的说法，要把修身的内丹、行善的道德修养与心性的参炼结合起来。但更主要的是强调精神超越。《道元正印经》说：“明明了了，识吾本形，形中有神，神中有伸，伸而不屈，超达飞升。”所以，该派强调“治心”，“治心”的根本是“无欲”。
综上所述，净明教的修炼步骤，如刘玉所说：“始于忠孝立本，中于去欲正心，终于直至净明”。这是三个互相衔接，紧密联系的修炼步骤。
净明教也主张内丹修炼，它们的方法是钟吕一系功法与上清、灵宝一派存思法的结合。净明教把内丹修炼作为行持符法的根本。
关于斋醮，刘玉认为重在精诚修德，才能感通天地。修斋贵在和淡而欲念平，也才能正心诚意，合乎无为，与天地同一。所以他对告斗（即向星辰祷告）之法进行改革，革除了设斗灯这一程序。关于雷法，刘玉认为雷霆的一阴一阳得自于先天之道，诛击世间不孝之人和恶物。至于符法，净明教强调简易，他们简化了仪式，抛弃了多而无用的符，使得净明炼度（即斋祭亡魂的度化）之法仅为一符。他们认为，先天净明之心是画符念咒的根本，画符诵咒之前，要先体究“一念未动以先”。总之，他们认为，通真达灵，要由博返约，从修而证，尤其贵在得先天之气，返真还元，同归太极，而归无形。这实际上预示了曾经作为道教主流法术的符箓斋醮科仪，在社会的理性主义思潮的影响下在逐渐走向消亡。
净明教还强调救度。救度的主要内容是“济物”，即将忠孝推行天下，让普天之下的人都成为忠孝之士，使四海高歌太平，使人民进入长寿之域。
它特别强调：“以我心之真净，化天下之贪染；以吾心之光明，化天下之蒙昧；以吾愿之必忠，化天下之迷罔；以我力之无怠，扬我教之无边。”（《真诠·明善诚身章第三》）“济物”的另一个重要内容是“为国王父母资崇福寿”（《太上灵宝净明人道品》），即普度国君和天下的父母的生命。
净明教的道术系统是“上品以孝，中品炼形，下品救度”（《洞神上品经·列班升籍篇第九》）。也就是说，净明道法的三大要素是：忠孝、炼形、救度。净明派把忠、孝、廉、谨、宽、裕、容、忍作为“八极”和“垂世八宝”，即成仙了道的根基。这一点的核心就是忠孝，即敬奉君亲。
炼形即役使鬼神，以拯救自己。救度即济世度人，拯救他人和社会。净明派虽然大体上是灵宝派的一种新形式。但其道术系统却很有独特之处。它把伦理之术、符箓之术、王道之术、内丹术等以心性修炼为核心完整地融和为一体，构成了一个身内身外相结合、个人与社会相贯通、高低层次相衔接的系统。而且，从前面的分析可以看出，这个道术系统是一个真正的道术系统，它从道来衍生术，用道的义理来选择、改造、组合术，用道来指导术的修炼，通过术而上达道，道与术达到了水乳交融的程度。