导致全真教在元代显赫一时的主要是两次机遇。一次是金世宗大定二十七年（1187年）召见了王处一，次年春天又召见了丘处机。金世宗的本意是想得点御女术之类的享乐方法，但王、丘二人的马屁没有拍对，只得到了一点象征性的赏赐。金世宗死后，金章宗看到全真教在民间的势力膨胀很快，害怕它作乱，所以就下诏禁罢。但过了几年，由于一些士大夫的支持，金章宗就改变了主意，转而采取拉拢利用的手段，把王处一再次召来，封了王一个“体玄大师”的称号，赏了他一座道观。还召了刘处玄来，让他住在天长观中。金章宗的宠妃元氏待丘处机也不薄，赏王处一、丘处机每人一部《道藏》。全真教遂顺风而长，风风火火地显赫起来，在民间拥有强大的势力。这是全真教的第一次机遇。此后，丘处机看到金、宋的统治均摇摇欲坠，朝不保夕，就率领十八个弟子，千里迢迢，历时四年，餐风饮露，从山东半岛跑到今天阿富汗的大雪山朝见成吉思汗，投其所好，以“不嗜杀人”对“欲一天下”，以“敬天爱民”对“为治之方”，以“清心寡欲”对“长生久视之道”，正中成吉思汗下怀，成吉思汗称他为“丘神仙”，给了他主领天下道教的圣旨。伴随着元一统天下，全真教再一次急剧膨胀起来，遍传大江南北。但是，一旦被政治利用，全真教早期的卓伟傲岸的气节也就很快消退得无影无踪。元人虞集就曾说过：“自朝廷命之，势位甚尊重，而溯其立教之初意，同不同未可知也。王喆创建的北宗全真教倡导三教一致、三教平等、三教和同。王喆在山东半岛建立的五个会社，均以“三教”二字打头命名，如“三教平等会”之类。他让刚入教门的弟子阅读的经典，除了道教的《道德经》、《清静经》外，还包括佛教的《般若心经》和儒家的《孝经》。把儒家和佛教的重要经典明确规定为本宗修道者的必读书，这在道教历史上还是第一次。就儒家和佛教相比，北宗受禅宗思想影响要大一些，这与它强调修性有关。
全真教北宗视家庭为“牢狱”、“火宅”，把父子、夫妻亲情称为“金枷玉锁”，要求信徒抛妻弃子，“跳出樊笼”，出家居住宫观修道。为了保证修道的成功，全真教北宗在初期奉行俭朴的生活方式和绝对的禁欲主义信条，要求道士断绝酒色财气，遏制食、色、睡三种基本的生活需要，把人的七情六欲都视为成仙证真的障碍，生死轮回的根源。王喆规定：“凡人修道先须依此一十二个字：断酒色财气，攀援爱念，忧愁思虑。”尹志平进一步规定道士要减食、省睡、断色欲。全真教在元代进入鼎盛时期后，有了华丽的宫观和田产，生活上不再那么俭朴，但也制定了周密森严的清规戒律。
北宗在修炼上强调清静自然、淡泊无为。王喆说过：“诸公若要真修行，饥来吃饭，睡来合眼，也莫打坐，也莫学道，只要尘冗事除，只要心中清静两个字。”（《重阳全真集》卷十）如果不是强调清静二字，这简直与禅宗没有什么差别了。那王吉占的所谓“清静”的含义是什么呢？他认为，“清静”包含两个方面：“内清静者，心不起杂念；外清静者，乃是见性。”（《重阳授丹阳二十四诀》）仅就这里而言，清静似乎也与禅宗所说的明心见性没有什么差别。不过，它的实质是“自然”，达到“自然”的途径是养气安神。他在《赠道友》中说过：“自然消息自然恬，不论金丹不论仙；一气养成神愈静，万金难买日高悬”（《重阳全真集》卷九）。
在修炼的最终目标上，北宗认为，修炼到阳神出窍后，一旦天帝召见，就可丢下身体这一臭皮囊，上可飞升仙境，下可悠游仙岛仙山，长生不死，逍遥自由，享受真乐。为此，他们把肉体飞升解释为：“离凡世者，非身离也，言心地也”，他们提倡的是心灵对现实的超越功夫，“得道之人，身在凡而心在圣境矣”（《重阳立教十五论》）这实际上是否定了传统的肉体飞升的观点，企图超越生死，与庄子的《齐物论》的思想很接近。
这说明，北宗在汲取佛教思想后，已经放弃了肉体成仙不死的理想，变为追求精神（“阳神”）不死了。这必定是有感于通过内丹修炼而企求肉体飞升的失败，似乎预示了内丹道教后来的总体失败。那么，超越生死何以可能呢？全真教认为，这是因为人自身有“性”，也就是“本性”、“真性”、“本来真性”、“元神”。为此，北宗把“识心见性”作为修道的最高目标。
他们认为，“本来真性”（“本真”、“真性”、“真心”、“元神”）不生不死，超越生死，王喆在《授丹阳二十四诀》中说：“是这真性不乱，万缘不挂，不去不来，此是长生不死也。”真性是人长生不死的保证。懂得真性，还要落实到行动中，知行合一，在修炼中切切实实地按照真性而行，促使真性展现。正如王处一所说：“彻悟万有皆虚幻，惟知吾之性是真，此亦为见性；即知即行，行之至亦为见性”（《北游语录》卷四）。关于这种真性与道之间的关系，刘处玄说：“虚者，道之体也。阴阳明其虚，则万物生也；至性明其虚，则恍惚生也。万物生成，则济于世也；恍惚生成，则出于世也。……虚者，道之实也。……实者，道也。道生于天地之先，至今常有不朽者，谓之实也。实者，性也。性生于万物之外，至今常存而不朽也，谓之实也。”（《至真语录》）由此看来，真性实际上就是道性。道之体和道之性均具有虚和实两种含义。虚实二者相通，这就为人修真性而得道提供了可能。
为此，在实际修炼的总体方向上，北宗全真教主张先性后命、重性轻命。北宗道士们认为，性为神，命为气，先养神，后修命。身安定而无欲，精就全，精全可以保身；心清静无念气就全，气全可以养心。意诚神就全，神全身心就能合一，就能返虚得道。其中，性命是关键。他们认为：“金丹之秘，在于一性一命而已。性者，天也，常潜于顶；命者，地也，常潜于脐。顶者，性根也；脐者，命蒂也。一根一蒂，天地之元也、祖也。”（丘处机，《大丹直指·弃壳升仙超凡人圣诀义》）在修炼次序上，北宗道士们主张先收心息念，除情去欲，做明心见性的功夫，然后才调息养气。所以丘处机说全真丹法是“三分命术，七分性学”（《长春祖师语录》）。当然，对一般人，全真教也主张先修命后修性。北宗的这种修炼功法体系，明显与钟吕金丹派的性命双修思想有继承关系。
全真教北宗非常重视实修实证。他们把心性内：丹的修炼称为“真功”，把济世度人的践履称为“真行”，例如《晋真人语录》说：“若要真行，须要修仁蕴德，济贫拔苦，见人患难，常怀拯救之心，或化诱善人人道修行。所为之事，先人后己，与万物无私。元代道士李鼎在《大元重修古楼观宗圣宫记》中认为，自老子传教之后，道教昌盛，可惜往后的道教越来越偏离老子的真传，“一变而为秦汉方药，再变而为魏晋之玄虚，三变而为隋唐之禳禬，其余曲学小数，不可殚记”，以至于使老子“五千言之玄训，束之高阁”，直到王重阳，才“以道德性命之学倡全真，洗百家之流弊”。他认为，道教到了全真教这里，才又回到了老子的本色。这话未尝不对，但又不完全对。这种回归，是否定之否定，是哲理的提高，其实质是道教吸纳佛教和儒家宋代理学的精华提高了其哲理水平。王喆自己说得很明白：“引儒释之理证道，使学者知三教本一。”（《重阳授丹阳二十四诀》）王喆可能由于金宋交战，交通阻隔没有看到朱熹的著作，但其弟子们和全真后人则是花了很大精力学习被朱熹集大成的理学的。李道纯说得很清楚：“禅宗、理学与全真，教立三门接后人，……会得万殊归一致，熙台内外只登春。”
全真教南北宗合流及其在元代的发展
全真教在元代统一后，由于北宗受朝廷褒扬而位尊势重，由北传向南，南宗不得不在元代中期以后并入北宗。李道纯、李月溪、牧常晁、李钰、赵友钦等人从南宗的立场推动了南宗融入北宗的历史进程，并积极融合南北宗理论为层次井然，内容严整，整合了道教炼养、清修二学，有道有术，道、术一致的理论体系。
李道纯是元代初期著名的道教理论家。他的著作有《道德会元》、《三天易髓》、《周易尚占》、《中和集》、《全真集玄秘要》，以及《太上大通经注》、《太上老君说常清静经注》、《太上升玄消灾护命经注》、《无上赤文洞真经注》等多种注释类著作，他的弟子辑其语录为《清庵莹蟾子语录》。
李道纯解《老子》是以“真常”为义，认为老子的道是“真常之道”，具有无名无言、永恒不变、虚静无为、变动有则、顺应中和等五个特点。他进一步融和《老子》和《周易》，以真常之道来阐释内丹修炼。
李道纯在《中和集》卷二中分丹法为二门三乘九品。九品为旁门。其中，下三品如外丹、房中、三峰采站等为“邪道”，中三品为辟谷、吞霞采气、想身中三气等为“外道”，上三品如存思、吐纳、按摩、闭息行气、屈伸导引、固守丹田、服中黄气等为旁门。李道纯认为，这些旁门九品至多只能却病，都不是正道。丹法正道有三乘，下乘为安乐之道，中乘为养命之道，上乘为延生之道，是为根器浅薄者所设，为渐门。还有最上乘的顿门，是为根器优异者所设。此法是“以太虚为鼎，太极为炉，清静为丹基，无为为丹母，性命为铅汞，定慧为水火，窒欲惩忿为水火交，性情合一为金木并，洗心涤虑为沐浴，存诚定意为固济，戒定慧为三要，中为玄关，明心为应验，见性为凝结，三元混一为圣胎，性命打成一片为丹成，身外有身为脱胎，打破虚空为了当。”这是“形神俱妙，与道合真”，大功告成之时。李道纯把全真教的三教合一宗旨从传教的权宜之计推进到了思想理论上圆融的程度。他的《中和集》的主旨就是三教合一，教虽为三，其源则一，三教皆明卦象未画之前的太极为本。金丹修炼即循太极之道而逆行之，精、气、神凝结为神胎而复归无极。金丹之要在于：“炼精化气，所以先保其身；炼气化神，所以先保其心。身定则形固，形固则了命。心定则神全，神全则了性。身心合，性命全，形神妙，谓之丹成也。”（卷三《全真活法》）李道纯认为，炼精化气使身不动，炼气化神使心不动后，还要炼神还虚使意不动，然后身、心、意合而“三家相见结婴儿”（卷二《三五指南图局说》）。李道纯强调，修道要“效天法地”，“虚”、“静”，认为“虚者大道之体，天地之始，动静自此出，阴阳由此运，是故虚者天下之大本也”，要“由虚里做功夫”（卷四《炼虚歌》）。但是，要使得身静心虚就必须致和，要致和就必须守“中”，所谓“中”，就是“玄关”。
李道纯对性命也作出了别具一格的解释。他说：“性者，先天至神一灵之谓也。命者，先天至精一气之谓也。精与性，命之根也。”这显然是用白玉蟾的先天精气神的思想来理解性与命的内涵。对于性与命的关系，他说：“精神乃性命之本也，性无命不立，命无性不存”，只有“性命双全”，才能“形神俱妙”。
陈致虚（1290～？）著有《金丹大要》、《金丹大要图》、《金丹大要列仙志》、《金丹大要仙派》、《元始无量度人上品妙经注解》、《参同契分章注》等。其中比较著名的是《金丹大要》。该书有浓厚的三教合一的思想，认为三教的根本是一致的，因为老子是三教之祖，万法之宗，内丹始祖。
为此，陈致虚把内丹之道与儒、释汇通，他在《金丹大要》卷二中说：“金丹之道，先明三纲五常，次则因定生慧。纲常既明，则道自纲常而出，非出纲常之外而别求道也。”在内丹功法上，该书融南北二宗丹法为一体，在很多方面作了比前人更加系统、精细的阐述。不过他的丹功似乎倾向于翁葆光一系双修。陈致虚的另一个在道教史上的重大贡献在于，他把北宗祖师王重阳与刘海蟾并列（二人同师吕洞宾），而把南宗尊奉为祖师的张伯端等南五祖作为王重阳的晚辈，明显地含有抬高北宗，贬低南宗的意思。但这种排列真实地反映了当时北宗势强，南宗势弱的现实，又符合元代皇室早已封王玄甫、钟离权、吕洞宾、刘海蟾、王重阳为“真君”、“帝君”的“皇命”，所以这种谱系能够为南北二宗共同接受，为二宗合并后共祀祖师奠定了基础，从而有力地推进了二宗的合并。
牧常晁也是属于南宗的道教学者，但又把南北二宗的思想作了融合。
他在所著的《玄宗直指万法同归》卷二中认为，丹法可分为顿、渐二乘，渐法即南宗先命后性之法，顿法即北宗先性后命之法。
在南北二宗的内丹功法的汇通方面，除了牧常晁的《玄宗直指万法同归》之外，李道纯的《中和集》、陈致虚的《金丹大要》、肖廷之的《金丹大成》也都做了大量的工作。这些著作综合南北宗丹法，使得内丹理论进一步系统化、成熟化。当然，汇通南北二宗，不只是南宗一方在做工作。王喆的《金关内锁诀》、赫大通的《金丹诗》、丘处机的《大丹直指》都对钟吕内丹思想有不少发挥。其中的一些思想与南宗有不少相通之处。
为汇通南宗奠定了基础。