一、佛子通孔教（曹洞万松）
中唐以来，由于灭佛等因素，佛教义学走下坡路，禅宗及时改制，借丛林制度而独步僧门，“从教人禅”成为潮流。禅宗流行过程中，不读经不学习的风气越来越盛，内外都有不满的声音，禅宗本身也起来拨乱反正，于是有宋代兴起的文字禅，导致新的争论和变化。元代则有政府明文规定，从义学沙门中选拔地方僧官，尽可能把禅寺改为讲寺，“从禅入教”一时形成大潮。北方禅宗受到的打击最大，不久归于淡薄。但是元初仍有临济宗和曹洞宗在北方活动，曹洞比临济更活跃些。
曹洞主要代表有万松行秀等，临济在北方的名僧有海云印简等。南方几乎只有临济宗杨岐派唱戏，有功利禅和山林禅两类。功利禅积极靠拢朝廷，主要有之善系和居简系。山林禅避官隐居，活跃于民间，主要是祖先系，是南禅乃至元代影响最大的禅宗流派，他们倡导的看话禅是南方禅学的主流。
行秀（1166～1246）俗姓蔡，河内之解（河南洛阳）人，跟当时南方的天童如净并称为曹洞两大宗匠。他在邢州（河北邢台）净土寺传法时，在寺旁建有“万松轩”，被人称作万松行秀。
行秀儒释兼备，宗说精通，辩才无碍。著作繁多，以《从容录》名世，继文字禅遗风；弟子成群，以耶律楚材称雄，掌中书令大权。
行秀著《从容录》，是应俗家弟子、当时的朝臣耶律楚材之请，于1223年在燕京报恩寺从容庵写成的。耶律楚材为此书作序。此书是行秀整理多年讲解公案和颂古的旧稿而成，将禅学引向考据学和诠释学。而且借题发挥，大量述说儒家、道家经典和神话故事。汇通三教，重在纳儒入禅。他的在家弟子耶律楚材、李纯甫、赵秉文等人，继承他的宗风，倡导孔门禅。
耶律楚材（1190～1244）出身辽的皇室，在金做过官。自小博览群书，精通经史。目睹战乱，于是有归佛之心，拜行秀为师，学禅三年，得到印可，号湛然居士。元初成为最著名的宰相，内修佛法，外用儒术。当时元帝想消灭汉人，将所有土地化为牧场。耶律楚材极力劝阻，才保住了中华耕地，功德无量。
二、沙门精儒术（临济海云）
印简（1202～1257）俗姓宋，字海云，山西岚谷宁远（山西岚县）
人。临济宗在元初兴盛于北方，有赖于印简的政治活动。印简在汉僧中权势最大，跟随成吉思汗、窝阔台、贵由、蒙哥4朝，贵由和蒙哥都令他统领僧众。他与忽必烈联系密切，圆寂后，忽必烈命令建塔，谥号“佛日圆明大师”。
印简参与朝政，对北方禅宗和整个佛教都有深远影响。大体说来，有三件事。一件事，是影响考试僧道的规定。第二件，是以佛僧身份在朝廷宣传孔教。第三件，是培养弟子参与军政大事。
元代不但选拔地方僧官要考试，普通僧道也要考试。蒙古主考官规定：“识字的可以为僧，不识字的都还俗。”印简反对，并说自己就“不曾看经，一字不识。”其实他从小就跟父亲读过孝经。
厦里丞相问：“不认得字，怎么做长老？”
印简反问：“如今的大官人认得字吗？”
在座的蒙古官人大惊失色。
印简接着说：“应当知道世法就是佛法，道情怎么能跟人情不同？古代也有挑担的小贩建立了大功名，名垂史册。今天圣明天子在上，有如日月照临。考试僧道，应当兴修万善，敬奉三宝，以奉上天，永延国运。我等沙门的取舍问题，又何足道哉！”
据称，这次考试，是蒙古连宋灭金后的第一项文化措施。许多名僧都担心考不好，被刷下来。印简却胸有成竹，知道主上必有深意，目的是通过考试让僧人循规蹈矩，考试只是名义上的。结果人人都过了考关。
印简还积极谏劝蒙古王公贵族接受汉文化，以儒术治国。1242年，忽必烈请印简到漠北讲法，问佛法大意，受菩提心戒。忽必烈问起佛法中有没有安天下的法门，印简说：“我释迦之法，论说朝廷大事的，在《王法正论品》。道理本来很明白，不难不易。只恐怕王者不能全部做到。不如广求天下大贤硕儒，请教古今治乱兴亡之事，会有所收获的。”
忽必烈很高兴，告别时，又问：“我这一去，怎么受持佛法？”
印简奏日：“信心难生，善根难发。今天已经大发善根，就应当好好护持，专念不忘。应当不见三宝有什么过错，常常惦记百姓的生活还不够好；善抚绥，明赏罚，执政无私，任贤纳谏，一切时中常行方便。这都是佛法。”把佛儒轻松打通，不留痕迹。
印简培养弟子多人，嗣法者14位。其中刘秉忠深受忽必烈器重，官做到光禄大夫，参领中书省大事。忽必烈即位后，刘秉忠起草的朝仪和官制等一切典章，成为元代的政治制度。
三、祖先爱看话（南方临济）
南人虽然在元代被定为最末的第四等人，但作为元代最兴旺的禅宗流派的南方临济宗祖先系却宗匠辈出，有高峰圆妙、中峰明本、天如惟则、千岩元长等大士。他们虽然擅长诗文，喜欢搞点文字禅，但是更偏爱看话禅。这里主要介绍原妙。
高峰原妙（1238～1295），号高峰，俗姓徐，吴江（江苏苏州）人。
祖先系的法脉是这样来的——宋代慈明楚圆（986～1039）的门人黄龙慧南（1002～1069）创黄龙派，另一弟子杨岐方会（992～1049）创杨岐派。随后杨岐派从方会开始，传五祖法演（？～1104），再传佛果克勤（圆悟，1063～1135）。克勤门下的大慧宗杲（1089～1163）提倡看话禅；另一弟子虎丘绍隆（1077～1136）传密庵咸杰，出现了松源崇岳和破庵祖先两支。破庵一系就是祖先系。
高峰原妙在尊教抑禅的时势下逆潮流而动，20岁弃教人禅，跟从杭州净慈寺断桥妙伦学习，参究“生从何来，死从何去”的话头。直参得肋不至席，口体俱忘，仍然懵懵懂懂。只好转到雪岩祖钦门下，参究“赵州狗子无佛性”的话头，还是一无所获。又到径山参究，半个月后，忽于梦中想起妙伦说过的“万法归一、一归何处”的话头，从此疑情顿发，打成一片，以至于东西不辨，寝食俱忘。大获悟解后，游学江浙，又去临安龙须山苦行隐居9年，一次大雪封山，旬月之间不见他生起烟火，都以为他死了。雪化了后，大家进去看望，只见他正在坐禅人定，可见功夫之深。
1279年，转到杭州天目山西狮子岩，造小室住下，称作“死关”，10多年足不出户，直到圆寂。在此期间，他道名远闻，前来参学的有几万人，世称高峰古佛。
高峰原妙因参“万法归一、一归何处”得悟，他的看话禅也就以此为中心。方法是大疑大信，“疑以信为体，悟以疑为用。信有十分，疑有十分；疑得十分，悟得十分。”这原是十分玄妙的。无疑则无信，无信则无疑。打成一片，也不是一片，一归何处？原妙说，功夫极处，自然入于无心三昧。既然无心，大概也就不存在“一归何处”的罗嗦话头了吧。说一道万，说有说无，有什么意思呢？又怎么没有意思呢？
中峰明本（1263～1323）也提倡看话禅，认为这是不得已而为之。
因为法久成弊，生出许多异端派别，什么五位君臣、四种料简之类，本来很好，久则成滥，流弊后人。于是就有看话禅。看话禅多了，也会生弊。明本又是禅净合一的提倡者，有“有禅有净土，无禅无净土，有禅无净土，无禅有净土”四种料简。这本来不是独创，永明延寿早就提过了。但是有人认为明本是说禅外还有净土，净土外面还有禅。明本解释说：不对不对，两家本性相通，都要了生死。生死既了，说什么禅，说什么净土呢？所以话头禅和净土念佛法门可以合一，只需把话头放在念佛心中就行。
元代末年的天如惟则也喜欢看话禅，主张禅净合一。元末的千岩元长（1284～1357）致力于禅密统一，用禅理解释密教。可是，禅宗教外别传，也说是无上密意；而密宗首先强调通达显教，又是由显人密。当代山东高密刘汉文所传的禅密功，也说是禅宗和密宗相结合的祖传功法。
门门是佛家，指归在弥陀——明朝高僧
黄教兴藏地，中土哭末法（明代教制与帝国限佛）
明代由出身和尚的朱元璋打下江山，也以他为首制定周密的崇儒限佛政策，实在是意味深长的事。
朱元璋早年出家为僧，对元末僧家的底细了如指掌。
喇嘛教的肆无忌惮和悲惨下场，以明教和弥勒教为旗帜的元末农民起义对朝廷的巨大威胁，都对朱元璋的宗教政策产生了重大影响。废除喇嘛教的至尊地位是众望所归，限制佛教的政策一一出台。废止白莲社、大明教、弥勒教等一切“邪教”自不必说，免费发放度牒又对出家年龄和人数严加控制，加上严格的考试，也出于深思熟虑：男的40、女的50才准剃度。又严禁游僧四处活动、严禁僧人和官吏交往，鼓励僧侣隐居，使我佛“法身”为之一缩。更以禅、讲、教三等划分寺院，禅僧只管参禅悟道，不能参与讲僧的讲经活动，不能参与教僧的各种法事。等级森严，不得逾越，以衣服的颜色为标识：禅僧平常穿茶褐色衣，袈裟为青条玉色；讲僧穿玉色常服，袈裟为绿条浅红色；教僧常服皂色，袈裟黑条浅红色。禅宗被皇上敲了这一闷棍，并不像昔日大德的当头棒喝那样如雷轰顶，豁然开悟，而是从此走上穷途末路。禅僧纷纷转向，光着脑袋往教僧讲僧里硬挤，或者转业他图，露出了他们的世俗相，说明大明的政策的确是正大光明，无有偏颇，深合佛意。其实，教僧和讲僧都走在同一条末路穷途上，谁钵里的粥饭都不多了。最放达无忌、随遇而安的禅门都吱吱作响、摇摇欲坠，法事教僧和义学讲僧又能风光几天？
朱元璋极力崇儒。他和刘基定下八股取士的方针，这就是科举制。考的是八股文，学科是孔门四书五经，但必须用朱熹注释的本子，考上就有官做。虽然孔圣人听见，未必会手之舞之足之蹈之，但也不能因此否认科举制的积极意义。正是这个科举，曾经引起西方文艺复兴人士的强烈兴趣。不过，官场盛行的特务统治，不知考生们是否有所耳闻？否则即便考上作了大官，也等于跳进坟场，继续学习。况且朝中又有文字狱兴起，是为明代一大创新。
智者千虑，必有一失。漏洞总是有的。考试严，我就猛搞私度；兴文字狱，我就闷在心里，等候发作。天网恢恢，疏而不漏，作法自毙，法尔如此。世法即是佛法，时时得到印证，何需如来动嘴动舌，动手动脚。而且海外又来了葡萄牙、西班牙、荷兰人的兵舰和大炮，北面还有骁勇善战的女真和后金摩拳擦掌，虎视眈眈。到处都是参禅悟道好魔窟，谁不知道无边地狱乃是头号佛学院？一次最悲惨的坠落，日子很长很长；一次最伟大的复兴，年月很多很多。感谢所有这一切的厄运，感谢这一切促人醒悟的天赐之福吧。阿弥陀佛！
明初盛行的程朱理学，到中叶失去魅力，阳明先生（1472～1528）的新理学以“心学”的面貌出台。儒学总算有了又一次艰难和伟大的新生，其获取佛法之多，其离高妙佛法之远，都令人不胜感叹。在佛学凋零之日，横生一道阳明，也是上好景观。
说到道家，出人道儒、胸有奇谋、世传神异的开国元勋刘伯温，装疯卖傻的仙人周颠，都和朱元璋因缘深厚，关系微妙。至于明成祖和武当道士张三丰有何瓜葛，尚难确考，但明世宗压抑佛家，自服道家丹药而死，却发人深省。
佛家在明代也不是一无是处，最可以说说的是明末四大高僧，和喜马拉雅山上伟大改革家宗喀巴的格鲁派的兴盛——世事就是如此奇怪，明朝在崇儒抑佛的大政下，对佛教是有意于汉地而冷淡藏地，但是宗喀巴在藏地的伟业却大大超过当时汉地的任何一位高僧。
此外就是明末李贽（1527～1602）居士对已经转为偶像、禁锢人心的宋明理学的激烈抨击，喊出了清代居士佛教的先声。至于久已有之的禅净合一和万法归净，由于以禅宗为首的各宗已近乎绝响，到明代更加是把禅结合到净土里去，而净土也更加倾向于他力了：菩萨保佑！
而且明中叶开始，由于饥荒时常发生，朝廷为赈灾济贫，就实行收费发牒。有牒道士僧侣人数扶摇直上，寺庙道观于是激增，道佛二教仿佛再现了昔日的“繁荣”景象，直到明末。
好在资本主义正在萌芽，新生力量在悄然而缓慢地聚集。
文殊师利佛，化身宗喀巴（藏地格鲁派）
明太祖虽然取消了喇嘛教的特权地位，但是对喇嘛教仍然给与礼遇。明代藏地佛教派系很多，有宁玛（红教）、噶举（白教）、萨迦（花教）等派。14世纪末，宗喀巴（1357～1419）鉴于红教多有不守戒规之弊，立志整顿宗风。于是融合各派之长，汇成一家新学，叫做格鲁派，意思是“谨守戒律、善具德行”。由于采用噶当派教义制定其内容属于一切有部的戒律，格鲁派也称为新噶当派。这一派的喇嘛头戴黄帽身着黄服，表示持戒，所以格鲁派又被称为黄教。
宗喀巴于元末顺帝至正17年（1357）诞生在今青海西宁一个叫宗喀的地方，即今天的塔尔寺。他原名罗桑扎巴，后来人们尊称他为宗喀巴，即“宗喀地方的人”。父母都是佛教徒。未生之前，父亲梦见大喇嘛从五台山来，手捧经卷，身穿黄色袈裟，对父亲说：“愿借一处，以作休息。”