三、念佛佛来了（净土宗）
子日：“仁远乎哉？我欲仁，斯仁至矣。”
念佛的法门也是如此神奇。只要心念一起，佛就在心中了，非常“便宜”。万善同归，归于净土念佛法门，是势所必然的事。佛门各家同归净门，是历来的态势，宋代也不例外，汇成潮流。宋代律宗的元照大师（1043～1116）持戒和修净并重；天台宗主要人物如知礼、遵式、智圆，几乎都提倡净土修行。禅宗在宋初就有延寿主张净禅合一，写了《净土指归》，认为净土更普济，禅宗很难修。天台宗的志磐写《佛祖统纪》，将宋代75位大德收入《往生高僧传》，各宗要人基本收齐。
如果从教理上看，只要修佛，必修净土，不管他归人哪一宗。修“唯心净土”的，一般信心大一些，因为净土无在无不在，心净则国土净，心不净则国土秽；国土性空，随众生心，现净现秽，叫做“真净土”，如来藏。修“念佛净土”的，多有依赖他力，以补自信之不足者。都很好，没有高下之分，而且相互融人，完全贯通，无自无他，不必在我和佛之间横生我见佛见。不过越到后来，从现象上看，修唯心净土的就越少，修念佛净土的就越多，这恐怕是末法时代信心不足的结果。律宗的元照就是主张全假他力的，受到僧众群起攻击。不过众说纷纭，不在乎言辞，这里也无法分类细说长短。
除宋初的永明延寿之外，列入净宗祖师的，宋代还有省常大师（959～1020）。大师俗姓颜，钱塘人，7岁出家。宋淳化年间，在杭州昭庆寺，远慕庐山慧远结莲社之风，发大愿望，广刻无量寿佛像，刺血书写《华严经净行品》，然后改莲社为净行社。公卿士大夫称净行弟子的120人，其中为首的是王文正公旦，曾经作过宰相。
省常大师精勤念佛，终生不停。62岁那一年正月十二，他端坐念佛，忽然大喊一声“佛来了！”泊然而化。大众都看到地面化成金色，很久才隐去。
国教奉藏传，方便有多门——元世佛子
帝师归喇嘛，汉土多禅僧（元代教统与佛法派系）
北宋和辽的对峙、南宋和金的对峙，汉人大体处于退守之势，出战也难以得胜，国力日益衰弱。其结果，乘隙兴起的蒙古人首先灭掉西夏，再联合南宋灭金，最后消灭了南宋，成为中国历史上版图最大的大元王朝，从忽必烈算起，延续98年。
汉人如今需要补胎打气，而补胎打气的又不代表先进文化。虽然如此，蒙古族人富于朝气，又善于学习，能够用汉人的文化统治汉人，儒释道并举，以儒治国，以佛治心，将中国引入又一次民族大融合。不过，在佛教上的一个重要举措是定喇嘛教为国教，一方面借以沟通与西藏的关系，有安抚之意，另一方面也有意借此控制汉族，儒家地位相对底下。对于其他的宗教如基督教、犹太教、回教、摩尼教、婆罗门教等也一概允许发展。
“喇嘛”是蒙古、西藏、青海地区对僧人的称呼，相应地，佛教则被称为喇嘛教。元世祖带头提倡佛教，以后历代都请喇嘛为帝师，统领全国佛教，对蒙汉藏地的经济文化交流有促进作用。朝廷不惜巨资举办法会，修建寺院，雕刻经藏，而且赐给寺庙大量田地。这大大刺激了各派佛教的扩展，形势比宋代兴旺。据管理全国佛教的宣政院1291年统计，当时国内寺院有4万2千所，僧尼21万多人，加上私度等僧尼，到元代中叶可能达到100万。佛教徒在理论和修行上都不如以前，但是外在的“规模经营”却非常可观，特别是寺院大力经营农工商业，酒店、养鱼、当铺、旅馆、矿山等等应有尽有，搞得很活。生意都比宋代红火。税款自然要交纳的。
至于有没有把寺庙当作旅游胜地、名胜古迹而大举观光的业务？养鱼是否跟杀生不沾边？都不得而知。
火中生莲花，佛法就是世法，这没有什么不好。净法染法似乎都可以把人推向火坑，也似乎都可以度人升人天堂，要看个人自己的造化。比如喇嘛僧享有各种特权，有的人慢慢就腐化了，一般朝官也大受牵连，坠入“苦海”，不得解脱。最后是侵吞财物、残害百姓；乃至腐化堕落，骄奢淫逸，美其名日“秘密大喜乐禅定”，号称“事事无碍”，无恶不作，令人发指。到了这种时候，就会有人出来收拾烂摊子，改朝换代。
元代的儒学没有特别的发展，许衡、刘因、吴澄虽然称为元代三大理学家，可是创新不大。由于元代将国人从高到低分为蒙古、色目、汉人、南人四等，儒士在开朝颇受冷落，不过也有儒释兼通的耶律楚材做到宰相之位，实施“以儒治国，以佛治心”的政策。仁宗时（1312～1320），同样由于认识到佛教有利于明心见性，儒道有利于修身治国，开始恢复久已废止的科举考试，儒学渐渐走俏。尊孔在很大程度上成了朝廷的基本国策。
道教方面，有张天师嫡系的正一教，有实力最大的全真教；其他还有太一教，真大道教。其中，王重阳（1113～1169）博采古代儒学、宋代理学和禅宗渐修的法门，剔除他所认为的禅宗达性而不明命、儒家谈命而不言性的弊端，以性命兼修为全真之道，创立全真教，声势显赫，威名远播，影响到大元的国策。王重阳的弟子丘处机（1148～1227），深得成吉思汗敬重，数次下诏迎请。丘处机却不是以方术动人，而是强调统一天下，必定在于不乱杀人；治理国家，要以敬天爱民为本；至于长生久视之道，需要清心寡欲。成吉思汗极为钦佩，敬称神仙，不称其名。
汉地佛教仍然以禅宗为主流，以净土为底色。禅宗在北方是曹洞为主；南方是临济做东，主要是杨歧法系。天台宗在江浙的杭州、天台一带流传，华严宗主要在五台山。各宗特色都不是太大，各宗各派继续走向调和，走向世俗，融入儒道。此外，江南还有白莲教和白云宗在民间流行，最后导致了元末农民大起义。因为元朝重义学（教），从义学沙门中选拔僧官，重教抑禅，而南方僧众消极抵抗，汉地佛教北教南禅的基本格局逐步形成。由于藏传佛教（主要是藏传密教）在汉地大行其道，所以汉地佛教并不是一个地域概念。吕建福先生认为，隋唐以来的佛教是诸教诸宗的佛教，而元代则是显教密教两分天下的佛教，密教地位大为突出，从一宗的位置上升到半分佛教的地位，首先是朝廷的大力提倡，继而深入到民间，甚至达到泛滥的程度。除了地位显赫的藏传密教，以及汉地的传统密教之外，还有云南大理密教、西域密教、印度密教，都在汉土各地有相当影响。
大元有帝师，首推帕思巴．（喇嘛教）
一、喇嘛教派系（后弘期）
达磨灭佛后，西藏的战乱和分裂到10世纪末才平息。
佛教只有密教在民间余息尚存，最活跃的是本土的苯教。
978年，佛教从多康地区返回西藏，佛教后弘期从此开始。
达磨的弟弟精究佛典，被藏人拥立为王，召回了流亡在外的三位佛教大师，在分裂局势下艰难地恢复佛教。因此，后弘期的佛教一开始就受到贵族支持，成为抵抗伊斯兰东进、稳定割据形势和推进封建化的精神支柱，具有政教合一的特点；僧侣管理的寺院成为政治经济文化教育中心，影响极为巨大；佛教继承莲华生的传统，大力吸收当地的苯教，加速佛教本土化进程，深得群众拥护，佛教派系开始产生。
莲华生创始的一系后来算作宁玛派，即古旧派，俗称红教，因为其僧人穿红衣、戴红帽，其寺庙墙壁涂红色的缘故。莲华生之后，宁玛派大士不断出现，著名的有素尔波且（1002～1062）、素尔穷喜饶扎巴（1014～1074）、隆钦然绛巴（1308～1364）等五人。主要传承大圆满法，但是组织松散，没有形成统一的中心寺院，不过后来却受到有权势的格鲁派的支持。
阿底峡（982～1054或980～1052）的弟子仲敦巴（1005～1064）等人创立革新的噶当派。“噶”是佛的言教，“当”是教授教诫，噶当就是佛的一切显密教诲。此派组织严密，不滥用势力干预政权，是专弘教化的一派，15世纪格鲁派兴起后，并人格鲁派。
进入元代，西藏最活跃的是萨迦派，由贡却杰布（1034～1102）在1073年于后藏迦萨地方创立萨迦寺而得名，从此该家族也称萨迦。该派贯通显密，融合二乘，政治活动能力极强，跟元朝王室联系紧密，有帕思巴等14位喇嘛在元朝获帝师称号，隆盛之极。最后僧众骄佚，久而生弊，襁格鲁派（新噶当派）取而代之。迦萨派也称花教，因为它的一个支派“俄尔派”把寺院墙壁涂成红白青三色而得名。
此外，噶举派形成于11世纪中叶，创始人是达波拉杰。噶举就是“上师口传”的意思。此派分支众多，其中噶玛噶举派率先采用活佛转世制度，又分红帽系和黑帽系。噶举派多用大手印法，显密兼修；以拙火定开端，修炼不畏寒冷不怕饥渴之法，由此进入无善无恶无分别的禅定，最后以无上瑜珈的双身修法证得佛果。此派又称白教，因为它的远祖玛尔巴（1012～1097）和米拉日巴（1040～1123）在修行时身穿白衣。达波拉杰是米拉日巴最得意的弟子。
二、一人之上师（帕思巴）
帕思巴作为元代最盛的萨迦派的最初代表，是萨迦派第5代祖师，有“一人之上”的帝师称号，全称很长，叫做“皇天之下、一人之上、开教宣文、辅治大圣、至德普觉、真智佑国、如意大宝法王、茵天佛子、大元帝师”，是圆寂后的谥号。在世时曾获“皇天之下、大地之上、西天佛子、化身佛陀、创制文字、辅治国政、五明班智达帕思巴帝师”称号。这些称号概括了帕思巴一生的事业。
帕思巴（1235～1280）是西藏萨迦地区萨迦家族人。蒙古人征服西藏后，帕思巴跟西藏的噶举几个派系争夺地位，最后帕思巴取得忽必烈的信任，追随左右数年。在忽必烈即汗位后，帕思巴担任国师，统管西藏和全国佛教，从此迦萨派在藏地和全国平步青云。忽必烈定都北京，凡遇军国大事、自然灾害、诞辰、祛病等事，都邀请帕思巴举行法事。他又受命为蒙古族创制拼音文字（帕思巴字），推行全国。
帕思巴19岁就为忽必烈夫妇等25人传喜金刚4种灌顶。忽必烈感恩戴德，将西藏13万户作为供养。从此萨迦派掌管西藏政教大权70多年。
帕思巴的一个好友、大学者奈塘正理剑，对此大为不满，写诗予以讥讽，诗云——
嘎厦乌云障佛教，国王夺去众生乐。
浊世沙门贪富贵，不悟此理非圣人。
帕思巴和诗一首，作为回答——
教有盛衰佛明训，有情安乐系自业。
随类被机施教化，不解此理非学者。
忽必烈对帕思巴推崇备至，想把西藏所有教派都纳入萨迦派，帕思巴却建议让各派自由发展，各安自位。
元代开国之初，道教和佛教地位都很高。道教教主丘处机深得朝廷信任。后来有道士李志常等人散发《老子八十一化图》，想把佛寺改为道观。
1258年，忽必烈召集佛道辩论会，帕思巴跟道士有一番辩论。
道士以《史记》等书作为老子化胡的根据，帕思巴问： “这是什么书？”
道士说：“前代帝王之书。”
忽必烈问：“今天讨论教法，攀援前代帝王做什么？”
帕思巴则问：“我也有天竺的史记，你听说过吗？”
道士说：“没听说。”
帕思巴说：“我给你说天竺《频婆娑罗王赞佛功德》，里面说：‘天上天下无如佛，十方世界亦无比，世间所有我尽见，一切无有如佛者’。说这种话的时候，老子在哪里？”
道士答不出来。帕思巴又问：“你的《史记》里面有化胡之说吗？”
道士说：“没有。”
“那么老子所传的是什么经呢？”帕思巴问。
“《道德经》。”道士说。
“此外还有什么经？”
“没有了。”道士说。
帕思巴就说了：“《史记》中没有，《道德经》又不载，可见化胡经是假的。”
道士无话可说，被削发为僧，伪经都烧掉，被道教占据的佛寺237所全部归还佛教。道教的优势地位被削弱。
帕思巴弟子众多，著名的有胆巴、阿鲁浑萨利、沙罗巴、达益巴、迦鲁纳答思等。1280年，帕思巴圆寂，阳寿46。
三、广照无上师（胆巴）
胆巴（1230～1303）是“微妙”的意思，圆寂后谥号“大觉普惠、广照无上巴帝师”。
帕思巴之后，胆巴在内地极为活跃。一般尊称为胆巴金刚上师。是突甘思（多康藏区，今西藏昌都专区、四川甘孜州、青海玉树州一带）丹麻（长江上游通天河一带）人。
胆巴自幼丧父，靠叔父养大。12岁起送到萨迦寺，遍览三藏。24岁开讲经论，并于同年受帕思巴之命，前往印度求法。回藏后，建寺弘法。
当时帕思巴在内地已经受到重用，1264年返回迦萨一次，胆巴组织万人法会，并拜帕思巴为师。1270年，胆巴随帕思巴到内地，被推荐给忽必烈，作了龙兴寺首席主持。很快名闻遐迩，被称为金刚上师，负责皇室法事，曾经为元军攻宋做法助威。又奏请皇上不要淘汰僧尼，建议成宗免除僧家赋税；1295年为成宗设曼荼罗法坛，修大黑天神法，退掉侵犯西番边境的海都军。1302年成宗巡行柳林时得病，胆巴前往，修观法7昼夜，龙体转安。成宗大悦，给胆巴以丰厚布施，并大赦天下。
大德7年（1303）夏天，胆巴在上都（内蒙多伦县西北）示疾，成宗派御医前往探视，胆巴笑着说：“色身有限，药岂能留？”不久，在弥陀院面向西方，飘然化去。
萨迦派到元末腐化堕落，实力大减。明代有宗喀巴为首的格鲁派盛行藏地，远传汉土。
曹洞主北国，临济化江南（禅宗）