三、归来携群英，京都好译场
当时太宗正驾临洛阳，不在长安。玄奘面对八方的关照和慰问，一概不予回答，只是闭馆独坐，以免引起非议。他要首先等待晋见皇上，禀报留学见闻等事。唐太宗在洛阳深宫之中接见了玄奘。玄奘献上各国奇宝异物，汇报情况。皇上跟玄奘谈到深夜，不知疲倦。因为第二天有战事，太宗请玄奘同行。玄奘推辞说：“旅途太辛苦了，还有翻译的事情等着我做，请皇上许我留下。”太宗就命令房玄龄专门派人照顾玄奘，并要求玄奘写出游历见闻，又力劝玄奘还俗从政，玄奘极力辞谢。
从此，玄奘在朝廷的资助下，召集各地名僧20多人，在长安弘福寺组织译场，开展规模巨大的译经事业。当年5月就译出《菩萨藏》等经。第二年口授《大唐西域记》12卷，历述17年中，亲临110国，听闻28国的伟大经历，详细介绍当时印度各地的风土人情和宗教盛衰，使该书成为中国和世界文化史上最伟大的名著之一，被译成多国文字。据说印度近现代的考古发掘工作，有很多是借助于《大唐西域记》的记载而发现线索的。
玄奘带回梵经520夹，657部，花19年时间，译出75部1335卷，大约只占全部种类的八分之一。有关上座部、大众部的许多经律论，以及一些因明、声明著作，都没有译出，极为可惜。重点译介的是大乘瑜珈行派和小乘说一切有部的经论，对般若经类也花了很大功夫，将《大般若经》16会600卷全部译完。那时正是龙朔3年（663），玄奘译完《大般若经》，感到身体虚弱，支持不住，就不再翻译，一心行道。他在西域劳顿多年，所以60岁前后常有病痛。麟德元年（664）初，他在玉华宫病倒。玄奘一生崇信弥勒佛，精心研究弥勒所说的《瑜珈师地论》以及相关的瑜珈行派著作，病后更是一心称念弥勒，忏悔旧业，愿意往生弥勒所住的兜率天中，聆听弥勒说法。一天他对门人说：“有为之法，必归磨灭。泡幻形质，何得久停。行年65了，必定死在玉华宫。对经论有疑问的，就快问吧。”
大家吃惊地说：“年纪并不老迈啊，何出此言？”玄奘说；“这事我自己清楚。”于是前往佛像礼忏。
过了几天，玄奘又告门人说：“玄奘一定要死了。经上说，此身可恶，犹如死狗。我死了后，藏到宫寺后面山中静处就行。”从此卧床不起，开眼闭眼，总是看到大莲花洁白无瑕，又看见佛菩萨相好庄严，心里就明白一定会生在佛前了。就把门人叫来，问平生所译的经论，读读目录看有多少？门人一一读完，玄奘感到欣慰。然后吩咐把所有门人都叫来，说是“无常就要到了，马上来相见。”玄奘跟门人辞别后，给皇上留下遗表，然后默念弥勒，让旁人念“南无弥勒，如来，应供，等正觉，愿与含识，速奉慈颜。南无弥勒如来，所居内众，愿舍命已，必生其中。”于是右肋累足，右手支头，左手在股上，铿然不动。有人问：“见到什么相没有？”玄奘马上制止：“不要问，不要妨碍我的正念。”这样专心正念，求生弥勒天宫，到665年2月5日半夜，有弟子问：“和尚必定会生在弥勒面前吗？”
玄奘说：“必定得生！”说完欣然圆寂。过后两个月，颜色如常，还有种种灵验之事。
玄奘的翻译是我国译经史上的灿烂明珠，从他开始，往后佛典的翻译都称为新译，以前的都叫做旧译。由于玄奘的梵文造诣精深，由他主持译场，解决了梵汉转译中梵师和本土笔受者之间的隔阂或矛盾，纠正了旧译的许多错误，开辟了中国佛典翻译的新纪元。他的译经基本概括了当时印度佛学的全貌，也许只有密宗典籍在他的视野之外。
他还应印度僧人的要求，将据说是马鸣所著的《大乘起信论》由汉语译成梵语，传回印度。童子王托他介绍老子，他回国后，译出《老子》梵文本，流传于迦摩缕多国。
当时道士蔡晃、成英都竞相引用佛家中观来附会老子道德经，玄奘说：“佛教和道教相差天远，为什么用佛言来解释道家玄义？”
蔡晃说：“中观之论我很尊重的，以前学过，觉得跟老子有相通之处，所以引用来解释老子。过去僧肇写论，也是大引老子庄子，大家都不以为怪。佛理跟道理相似，没有什么不好的影响吧。”
玄奘说：“佛教初传中国的时候，文字和意义都深奥难解，稍微附会一下老子，象《肇论》那样，也可以。但是那样搞不是终究的办法。老子五千言，有中国的贤明之士何晏、王弼等数十家作注，怎么不引用他们的注解？反倒要旁通佛典？岂不是越走越远了吗？”
译完以后，成英想把序言一并译出，说：“老子幽微深奥，没有序言，怎么能懂？”玄奘说：“看看老子治身治国之文，文辞已经完备了。如果再用磨牙齿咽口水写出来的序言，那么鄙陋的文辞，恐怕西方人看了，会有损于我国的尊严啊。”成英等人见玄奘不肯，就汇报到宰相府。中书令马周问：“西域有没有像老庄这样的道士？”玄奘回答说：“西域有96种道人，都希望超生。他们的师徒传承，都有毛病，陷在‘有’里面出不来。
至于其他如顺势派的四大学说等，中国没有过。假如把老子序也译过去，恐怕被他们当作笑话看。”硬是不肯译。
除了翻译，玄奘也有一些著作。可惜除了由他口述、辩机记录的《大唐西域记》最为著名广为传播之外，其他重要的论著都没有留下，如在印度作的《会宗论》和《制恶见论》、《三身论》等，都是名篇。回国后他着力翻译，没有时间著述。
四、宗门神足四，窥基是第一
玄奘译经所带的倾向性，使他的门徒逐渐形成一个宗派，最著名的弟子有神昉、嘉尚、普光、窥基，号称“玄门四神足”。在窥基的协作下，玄奘综合唯识十家论师的注疏，编成《成唯识论》，一般认为这是玄奘思想的代表作，后来所称的法相宗或唯识宗（慈恩宗），虽然一般以玄奘的的弟子窥基作代表，但是《成唯识论》却是法相宗的理论基础。
窥基（632～682）是玄奘最得意弟子，身材魁梧，相貌堂堂，有40颗牙齿，是如来32妙相之一。
开首在协助玄奘翻译天亲菩萨的《唯识三十颂》和十大论师的注疏的时候，玄门四神足都参加了。译了一段时间，窥基主动要求退场。玄奘很奇怪，问他为什么退场？窥基说：“晚上梦见金容，早晨骑上白马，这样虽然可以得到法门的糟粕，却失掉了玄源的纯粹。我不愿意在杂糅上面建立功勋。假如能够慎重取舍，裁成一本，我可以领命受任。”于是建议玄奘师傅不要全部翻译唯识十大论师的所有注疏，不如以护法的注疏为中心，旁及其余十家，凡有相同之处，一概删掉，编译出书。玄奘采纳了窥基的建议，就辞掉其他三神足，带领窥基一人共同翻译编辑了著名的《成唯识论》，为法相宗的建立奠定了理论基础，人们都夸玄奘量才授任。后来窥基又作《成唯识论述记》10卷57万字，阐发《成唯识论》要旨。
玄奘和窥基的师徒关系有一个传说，很有意思。
开头是师傅找徒弟。贞观22年，窥基17岁时，有一次在路上被玄奘看见了，玄奘“一见钟情”，心想：“这个人如此眉秀目朗，举止豪爽，真像是将门之子！要是有缘度他做弟子，我法就有传人了。”于是去跟窥基的父亲尉迟公说起出家的事。
父亲说：“这种人粗悍得很，没法子调教。”似乎不愿意。他父亲本来是朝廷的将军，玄奘就说：“这孩子器度不凡，不是将军您，谁也生不出这种后生，不是贫僧我，也无人能识得他的才华。”父亲就答应了。
可是窥基却坚决不干。经再三激劝，窥基提出条件说：“许我三件事，我就出家。第一，不断情欲；第二，不禁荤血；第三，不能过午不食。”
玄奘说：“好好，都依你的。”于是安排车驾，共有三辆。第一辆装满经书，第二辆自己驾驭，第三辆是家伎女仆，时称“三车和尚”。人们说这是玄奘“先以欲勾牵，后令人佛智。”是大乘菩萨的方便法门。不过窥基自己后来却否认有这种事情。
可是在此之前还有一段因缘。玄奘去西天取经，路过喜马拉雅山。那时窥基已修到罗汉果位，正在喜马拉雅山的雪山中人定。玄奘把他从雪堆里弄出来，告诉他马上投胎到东土大唐的皇家。可是窥基搞错了门，投生到尉迟公家里。十几年后玄奘取经回来，去找他，一眼就看上了他，他却不认得玄奘了。这叫做“隔阴迷”，一投胎，上辈子的事情全忘了。
玄奘找到窥基，让他先住在弘福寺，后来随玄奘搬进大慈恩寺。高宗永徽5年（654），窥基被度为大僧，应选学习五印度的语言。两年后，窥基25岁，应诏参加译经，从此一直跟着玄奘，译了9年佛经。玄奘658年迁入西明寺的时候，有50位大德被选派同往，其中一个叫做圆测的，也是俊朗之器。玄奘在那里讲唯识论，圆测大概是不在其列，就以金钱贿赂讲堂的看门人，化了装悄悄潜入讲堂听法。圆测是个聪明人，很快就理解了大意，于是写出论疏，在西明寺里叫板集僧，开起了唯识论讲座，好多僧人都去听。窥基听说此事后，深感惭愧，觉得自己不如圆测。玄奘安慰勉励他说：“测公虽然造疏，但是不懂因明。”窥基从此跟玄奘学习陈那的因明论，很有成就；纵横立破，著书立说，无人能比。又请奘师专门给他一个人讲《瑜珈师地论》，这一回又让圆测偷听了去，圆测又到外头抢先讲了《地论》。佛门也真是好玩。不过玄奘有言在先：“五性宗法，只有你窥基才能流通，别人不行。”
五性宗法是唯识宗的独到之处，大意是仿照印度的种姓，把众生成佛的可能性分成五种，即定性声闻、定性缘觉、定性菩萨、无性、不定性。
玄奘到印度走一遭，17年的心血，主要就是为了解决众生成佛可能性的问题。众生是现有佛性功德，还是将有佛性功德？谁能成佛，谁不能成佛？
是都能成佛，还是一部分能够成佛？可能他在印度就已经有了答案，回来后再加以整理，归结为“五性宗法”，这是法相宗得以独立成宗的主要依据，玄奘就以这个跟华严宗、天台宗等宗派抗衡，也跟菩提流支和真谛为首的旧唯识学对抗。既然五性宗法如此重要，它简直就等于法相宗，所以的确就有人称玄奘一宗为五性宗。可能玄奘在这里给窥基吃的小灶，是圆测和其他人偷听不到的，或者偷听了也没有用，掌握不了，或者不很赞成，因此玄奘才那么说。玄奘说，阿赖耶识是染净合一的，需要通过修持，把染污的种子转弱，清净的种子增强，最后有些人转识成智，转阿赖耶识成为佛智，也就是成佛。但是，并不是人人都能成佛，因为染净种子多种多样，根据人所分有的染净种子的差别，人分成五种，其中——定性声闻、定性缘觉和无性这三种众生，虽然都有作好人、生天上的有漏种子，但是都没有可以成佛的无漏种子，所以都不可能成佛。这叫做“三无”。另外就是“二有”，一是定性菩萨有可以成佛的无漏种子，二是不定这一类里面有些众生具备无漏种子，这两种众生可以成佛。信仰旧唯识学“自性清净无染说”的人，喜欢《涅檗经》、《华严经》主张的“人人有佛性”“人人可成佛”的人，赞同儒家“人皆可以为尧舜”的人，自然都很不愿意听到玄奘的这种声音。法相宗之所以垮得比较快，除了很多人觉得法相唯识的概念抽象细密难懂之外，可能这个“三无二有”的五性宗法也是很难懂——或者难以接受的，会使很多人失望，甚至绝望。
可是，就是如来自己，在《涅槃经》中也说过一阐提不能成佛。不过如来只是一种权说，就是要让某些人绝望。有时候人就是要绝望，才能产生巨大的渴望；反过来也是一样，它们互为表里，相互蕴含转化。鲁迅曾经引用裴多菲的诗句说——“绝望之为虚妄，正与希望相同。”而照中观论的逻辑，所谓绝望和希望，都是戏论；哪里有什么绝望，哪里有什么希望呢？比如说，希望和绝望，都还是在“我见”里面没有逃出来，还在那里“我”希望、“我”绝望地喊。菩萨无我，谈什么希望绝望？一切众生本来无我，即便他们在那里呼天喊地，又哪里真有什么“我希望、我绝望”？所以大乘经典里面大谈菩萨不发菩提心、是名真发菩提心。
不管玄奘是不是权说，窥基既然得了上师真传，理所当然成了法相宗的代表。或称玄奘为法相宗祖师，称窥基为宗师。
不过尽管玄奘单传窥基，圆测还是可以跟窥基一样宣传五性宗法，虽然并不是照本宣科，而是颇有自己的看法。圆测后来受武则天的皈依，可见他在朝廷影响之大。
664年玄奘在玉华宫译场去世后，译经事业中断，窥基又回到大慈恩寺，专门从事注疏，成为著名的“百部疏主”。后人了解玄奘的思想，主要通过窥基的疏注。奘师去世后，窥基也曾有一段时间驾着三辆车子前呼后拥地到五台山、太行山等地游历弘法，据说“三车和尚”的称呼是从这里而来。