有个浙江人叫宁采臣，为人慷慨豪爽，清廉自重。他常常对人说：“我这个人爱情专一，不见异思迁。”
有一次，宁采臣到金华去。走到城北后，他进一座寺庙里休息。只见寺庙大殿宝塔十分壮丽，地上却长满了比人还高的蓬蒿，显然，这里已好久没有人来过。再往里看，东西两边僧人居住的房舍，门都虚掩着，只有南面一间小屋的门上，好像挂着一把新锁。殿东角有一片修竹，台阶下有个大池子，里边丛生的野生莲藕已经开花。宁采臣很喜欢这个幽静的地方，况且，这期间城里房价飞涨，因为学使大人来到金华，参加考试的学子很多。
宁采臣于是决定暂时就住在这座寺庙里。他心想，这寺中的和尚也不知道什么时候回来，我何不散散步等他们呢？宁采臣独自一人在寺中漫步。傍晚时，有个读书人来开南面小屋的门，他赶忙上前行礼，并把自己想在这里留宿的打算告诉给对方。那个读书人说：“这里没有房主，我也是个在这里借宿的人。你不怕冷清住在这里，我早晚都能向你讨教，真是不胜荣幸。”宁采臣很高兴，他铺了些蒿草当床，又架起木板当桌子，准备在这里住些日子。
这天夜晚月光皎洁，宁采臣和那位书生在大殿的走廊里促膝长谈。书生说自己姓燕，叫燕赤霞。宁采臣以为他是来应考的秀才，但听他的口音，一点儿也不像浙江人。一问，才知道他是陕西人。两人说了半天话，才各自回床就寝。宁采臣每次在陌生的地方过夜，总是很久难以入睡。这一次也不例外。正在他欲睡未睡之际，却只听见北边房里有人在窃窃私语，好像住有家眷。于是，他起身趴在北墙石窗下，悄悄看了一眼。只见短墙外一个小院落里，有一位四十多岁的妇女，还有一个老太婆，穿着暗红色外衣，头上插着银梳子，一副老态龙钟的样子。原来是她们俩在月下说话。
那妇人说：“小倩为什么很长时间没到这里来？”老太婆说：“或许是她的相好来了吧。”妇人说：“她没向姥姥发牢骚吗？”老太婆回答：“虽没听她发什么牢骚，但她看起来好像心情不愉快。”妇人又说：“对这个小丫头不能太好了！”话未说完，就有个十七八岁的女孩进来了，模样好像很美。老太婆笑着说：“背后不说人，我们两个正说你呢，没想到你这个小妖精悄悄进来了，幸亏我们没说你什么坏话。”老太婆接着说：“小娘子长得好比画中人，我要是个男人，也会被你把魂勾跑。”女孩说：“姥姥不夸奖我几句，还有谁会说我好？”妇人和女孩子说了些什么，宁采臣没有听清。他以为她们是燕书生的亲眷，所以躺回床上，不再听她们说话。
过了一会儿，寺庙里一片寂静。宁采臣刚要入梦境时，觉得好像有人进了他的卧室。他急忙起身一看，发现是北院那个叫小倩的女孩子进来了。他不由得吃了一惊，问她进来干什么，她说想跟他一起睡。宁采臣一本正经地说：“你不怕别人议论，我还怕别人说闲话呢。偶然一失足，就会成为一个道德沦丧的无耻之徒。”女孩说夜里没人知道。宁采臣吼道：“快走开！要不然，我就要喊南边小屋里的人了。”听了这话，那女孩有些害怕，只好走开了。刚走出门又转身回来，把一锭金子放在宁的床褥上。宁马上把它扔到院子的台阶上，斥责说：“不义之财，弄脏了我的口袋。”女孩羞愧地拣起金子走了，嘴里还说：“这个男人真是铁石心肠。”
第二天一早，有个兰溪的书生带着一个仆人来应考。他们住在寺庙的东厢房里。不料，书生竟在当天夜里暴死了。死后发现，他的脚板心有个小孔，像是被锥子刺的，还有一缕缕血丝流出来了。大家都不知道这是怎么回事。过了一个晚上，书生的仆人也死了，他的症状和书生一模一样。晚上，燕生回来了。宁采臣问他知不知道死因，他认为这是鬼魅干的。但自己为人耿直，根本没把鬼的事放在心上。到了夜里，那个女孩子又来找他。她对宁采臣说：“我见过的人多了，但没有像你这样刚直的人。你有圣贤人的品德，我不敢欺骗你。我叫聂小倩，十八岁就病死了，埋在这座寺院旁，不幸遭受妖物的威胁，干了不少伤天害理的下贱勾当。我用美貌去迷惑别人，这本来并不是我愿意做的。现在这寺中没有人可以杀，夜叉很可能要来杀你。”宁采臣听了，十分害怕，他请求小倩帮他想办法。聂小倩说：“你跟燕赤霞住在一屋就能免除凶灾。”宁采臣问：“你怎么不去迷惑燕赤霞呢？”小倩回答说：“他是个奇人，我不敢接近他。”宁采臣又问：“你们是怎样去迷惑人的呢？”聂小倩说：“和我亲热的人，我悄悄地用针刺他的脚心，这样，他很快就昏迷过去了，于是我再吸他的血给夜叉喝。有时候，我用金子去勾引，其实那不是金子，是夜叉的骨头。这东西留在谁那儿，就能把谁的心肝掏去。这两种方法，无非是迎合了人们贪财好色的心理。”宁采臣问她什么时候能行动，她说明天晚上。告别时，小倩哭着说：“我掉进了大海，找不到岸。你是正直的君子，一定能救苦救难。如果你能把我的尸骨带到一个清净的地方安葬，我将感激不尽。”宁采臣答应了她的要求，问她的坟在哪里，她说：“白杨树上有乌鸦巢穴的地方便是。”说完就出门了，片刻消失不见了。
第二天，宁采臣怕燕赤霞外出，便早早地到他房里，邀请他喝酒。上午九、十点的样子，酒菜准备好了。酒席上，宁采臣留意观察燕赤霞。宁采臣表示想和他同屋睡，燕赤霞推脱说自己喜欢清静，宁采臣不听，到了晚上，强行把被窝铺盖都搬过来了，燕赤霞不得已，只好与他同睡，他嘱咐宁采臣：“我知道你是正人君子，对你也很佩服。但是，我有些私事，不便告诉你。请你不要翻看我的小箱子，否则对你我都没好处。”宁采臣恭敬地答应了。后来，各自就寝。燕赤霞在睡前把小箱子放在窗台上，过了一会儿，他就开始打鼾了。宁采臣半天也睡不着。大约在半夜时分，他发现窗外隐隐约约有人影，正在慢慢靠近窗户往里看，目光闪闪。宁采臣很害怕，正要喊叫燕赤霞，忽然听见有个东西从小箱子中飞出，像一匹白色绸缎闪闪发亮，它折断窗户上的石格，猛然一射，马上像电光火花一样熄灭了。这时，燕赤霞起身来，宁采臣假装睡着了，在暗中观察他。只见燕赤霞拿起箱子检查，从里面取出一个东西，映着月光闻了闻。那东西亮晶晶的，大约有两寸长，像一片韭菜叶子那么大。然后，燕赤霞将它紧紧包牢，又放进箱子里。燕赤霞自言自语说：“什么老妖怪，竟敢有这么大的胆子，把我的箱子都弄坏了。”然后，他又躺了下来。宁采臣觉得太奇怪了，便起身问燕赤霞，并把刚才看到的告诉了燕赤霞。燕赤霞说：“我们已经是好朋友了，我也就不必再隐瞒了。我是个剑客，要不是那个石格子阻挡，妖怪当时就会死的。虽然这次它没死，但它已经受了重创。”宁采臣问他刚刚收起来的是什么东西，燕赤霞说是剑，并说刚才闻了下，上面有股妖气。宁采臣说想看看这柄剑，燕赤霞拿出来给他看，原来这是一把小剑。第二天一早，宁采臣到窗外查看，发现地上有滩血迹。这天，宁采臣走出寺院，在寺院北边，他看到一片荒冢。再往旁边一看，果然有棵白杨树，树上有个乌鸦巢。
宁采臣办完事后，急忙整理行装准备回家。临行前，燕赤霞设宴为他送行，并把破皮囊赠送给宁采臣。他告诉宁采臣：“这是剑袋。你好好收藏，可以避妖怪。”宁采臣想跟他学剑术，燕赤霞说：“像你这样正直的男子，本来是可以学的，但你将来必定是富贵的人，不是干我这行的。”宁采臣撒谎说有个亲故葬在寺院北边，打算迁葬。于是，他挖出聂小倩的尸骨，用布包好，租船返回家。
宁采臣的书斋靠近郊野，他回家后就把小倩的坟建在斋外。他说：“把你葬在我的小屋这边，这样你的悲欢我都能听见，也不会再有恶鬼来欺负你。”说完他正准备回家，忽然听见背后有人喊着：“等一下。”他回头一看，竟然是小倩。聂小倩笑着说：“你的恩情我永远也报答不完，请让我跟随你回家，拜见婆婆，我做个丫头侍候你们也是愿意的。”宁采臣答应了，带小倩一同回家。他先告诉了母亲，这个时候宁采臣的妻子已经病了很长时间，母亲叫他先不要声张这件事，怕刺激到病人。说话间，小倩已经悄悄进屋了，她跪在地上说：“我孤身一人，承蒙公子照顾，使我摆脱了困境。现在我愿意服侍他，以报答他的恩情。”宁母起初有些害怕，后来见小倩的模样可爱，才敢与她说话。见小倩说的话十分真诚，宁母也答应了小倩的请求，让小倩留下来做个小丫头。
第二天一早，小倩向母亲请安，端水给她盥洗，家务活忙个不停，而且，样样都合宁母的心。傍晚时，小倩自动离开书斋。她经过书房时，经常借着烛光念经，直到宁采臣要睡觉时才凄然离去。本来，自从宁妻病倒以后，宁母便操持起所有的家务，她已疲劳不堪。自从小倩来到家以后，宁母就清闲多了。天长日久，宁母和小倩渐渐熟悉，她对小倩也越来越疼爱。到后来，宁母已忘记小倩是鬼变的，而不忍心晚上叫她走，便把她留下来跟自己一起睡。小倩初来时，不吃不喝，半年后才开始吃点稀饭。宁采臣母子都很喜爱她，从来不说她是鬼。不久，宁妻病逝了。宁母想收小倩做儿媳，但怕她不能生儿育女，小倩对宁母说，宁采臣将有三个男孩，不会因为有鬼妻就没有后代。于是，宁家大办酒席，遍请亲友。婚礼那天，小倩穿戴一新，大大方方地出来见亲友，令满堂亲友都看呆了。人们不怀疑她是鬼，而怀疑她是仙人。小倩和宁采臣结为人鬼夫妇后，生活很美满。几年后，宁采臣考中进士，小倩也生下一个男孩。他们的孩子后来也成了一个有名望的人。