在逻辑学中，“逻辑思想就形式而论有三个方面：（1）抽象的或知性（理智）的方面，（2）辩证的或否定的理性的方面，（3）思辨的或肯定的理性的方面”。“这三方面……是每一逻辑真实体的各环节，一般说来，亦即是每一概念或每一真理的各环节。”黑格尔指出，知性的思维是感性的具体的直接对立面，它对感性表象进行分析得出肯定的自身同一的抽象规定，坚持各规定的非此即彼的绝对界限。如果停留于这个阶段，那就是形而上学的思维方式。辩证的理性（否定的理性）是知性规定的自我否定的结果，它不承认有绝对的非此即彼的界限。但如果停留于这个阶段，那就可能陷入怀疑主义、相对主义和诡辩论。思辨的理性（肯定的理性）是上述两个阶段的对立面的统一，它扬弃了上述两个环节的片面性。这个阶段仿佛是第一阶段的回复，因为二者都是肯定的统一，实际上它处于更高的阶段，因为第一阶段是抽象的同一，它则是不同规定的统一，具体地包含了对立面的统一。与上述三个方面相应，逻辑学则分为“存在论”、“本质论”、“概念论”。
存在论所讨论的存在是绝对精神是逻辑范围内的第一发展阶段，它所研究的存在自身的规定，在本体论上是宇宙万物的最直接的规定，在认识论上则处在由感性的意识直接上升到知性的确定性的阶段，在逻辑学上是对逻辑学对象的直接肯定的表述。此时，概念运动的基本特征是直接的“过渡”。在这里，黑格尔着重讨论的存在的规定是质、量以及作为质与量的统一的尺度。就是在这里的讨论中，黑格尔在西方形而上学（哲学）史上，第一次依据对立面的统一和正、反、合的节奏，深入研究了质与量的辩证法。
本质论所讨论的本质是绝对精神在逻辑范围的第二发展阶段，它所研究的是存在的内在本质关系和规律的规定，在本体论上这些规定是存在的本质关系，在认识论上则处在知性规定在坚持自身时产生自我否定，陷入自身矛盾的阶段，在逻辑学上是对逻辑学对象的否定的间接的表述。此时，概念运动的基本特征是间接的“反思”。在这里，黑格尔着重讨论的存在的本质关系是本质、现象及作为二者对立面统一的现实，正是在这里的讨论中，黑格尔在西方形而上学（哲学）史上，第一次唯心而又辩证地分析了本质与现象的关系。也正是在“本质论”中，黑格尔在绝对唯心主义的基础上，详细研究了对立面统一（矛盾统一）的规律以及原因和结果、必然和偶然、自由和必然、可能和现实、形式和内容等一系列范畴。
概念论所讨论的概念是绝对精神在逻辑范围内的第三发展阶段，它所研究的概念是存在和本质的对立面的统一，在本体论上，概念“是自由的原则，是独立存在着的实体性力量。概念又是一个全体，这全体中的每一环节都是构成概念的一个整体，而且被设定和概念有不可分离的统一性”。所以，“概念观点一般地讲来就是绝对唯心论的观点”。在认识论上，它是在肯定的知性和否定的理性的对立面中把握它们的统一，扬弃它们各自的片面性而将其作为环节包含于自身之中。黑格尔说：“思想或逻辑理念的三个主要阶段，其彼此关系可以这样去看：只有概念才是真理，或者更确切点说，概念是存在和本质的真理，这两者若坚持在其孤立的状态中，决不能认为是真理。”
概念作为具体的统一，是具体的或绝对的真理。在逻辑学上，此时“概念的进展既不复仅是过渡到他物，也不复仅是映现于他物内，而是一种发展”。“过渡到他物是‘存在’范围的辩证过程，映现在他物内是‘本质’范围内的辩证过程。反之，概念的运动就是发展，通过发展，只有潜伏在它本身中的东西才得到发挥和实现。”在这里，黑格尔着重讨论了主观概念、客观概念及作为主观概念和客观概念统一的绝对理念。在这里的讨论中，黑格尔在批判形式逻辑的同时，研究了辩证逻辑的概念、判断和推论的各种具体形式及其相互关系，将其表述为一个有机的整体和合乎规律的发展过程。而且他还认为，辩证逻辑的逻辑形式虽然是主观的，但从来源和内容看，它们则是客观的。黑格尔在这里也讨论了认识的理念，讨论了认识理念中的理论理念和实践理念及其相互关系。此外，黑格尔还研究了理念、真理和辩证的方法。他指出“理念是合适的概念，客观的真或真本身”；而真理是客观性和概念的同一。作为客观性和概念的同一的真理，作为逻辑学中前此一切发展过程的结果的真理，是全面的、具体的真理，是对立面的具体同一，是不同诸规定的具体同一，它表现为一个发展过程。当然，在黑格尔那里，真理的发展过程是主观性统摄客观性的矛盾发展过程，它虽然是辩证的，但却是唯心的。黑格尔在绝对理念中讨论了辩证的方法。他说：“我们前此所考察过的每一个阶段，都是对于绝对的一种写照，不过最初仅是在有限方式下的写照。因此每一阶段尚须努力向前进展以求达到全体，这种全体的开展，我们就称为方法。”“在这里作为理念的形式，除了仍是这种内容的方法外没有别的了，———这个方法就是对于理念各环节〔矛盾〕发展的特定的知识。“理念是自在自为的真理，是概念和客观性的绝对统一。“”理念本质上是一个过程，因为只是就理念的同一性是概念的绝对的和自由的同一性来说，只是就理念是绝对的否定性来说，因此也只是就理念是辩证来说，〔它才是个过程〕。”绝对理念就是思辨的方法或辩证的方法，这个方法既是本体论的绝对方法（它是概念自己运动的形式），又是认识论的认识的规律，它是对自在自为的事物自身的考察，是分析和综合的辩证统一，还是逻辑的普遍法则。
（二）自然哲学
自然哲学所研究的是异在的理念，即绝对精神在自然界中的体现；自然哲学分为“机械论”、“物理论”和“有机论”三个部分，它们分别研究绝对精神在自然界中发展的“机械性”、“物理性”和“有机性”三个阶段。我们在研究自然哲学时，必须注意两个方面：第一，从黑格尔的本义来说，黑格尔提出自然哲学，研究自然界是为了论证绝对精神的宇宙本体地位，表明精神产生自然又高于自然，论证唯心主义基础上的思维与存在的统一，论证形而上学的绝对真理，论证形而上学是包罗万象的、凌驾于其他具体科学之上的“科学之科学”。所以，自然哲学看似研究自然界，实是研究精神；它所研究的自然的发展过程与其说是自然自身的发展过程，不如说是精神一步步地扬弃自己的异在的过程。物质自然界本身是没有发展的，在自然界中所表现出来的一切发展变化，诸环节的演化，实际上只属于体现在自然界的精神。所以，黑格尔说：“应当把自然界看做是一个诸阶段的系统，其中每一阶段都是必然地从另一只是就理念是辩证来说，〔它才是个过程〕。”
绝对理念就是阶段产生，而且是它由以产生的那一阶段的最切近的真理，但是这种产生，并不是一个阶段从另一个阶段中自然地产生，而是在内在的，构成自然界的根据的理念中产生。变形只属于概念本身，因为只有概念的变异才是发展。”第二，从客观的意义上说，从黑格尔自然哲学的客观结果说，黑格尔通过偶然性和必然性的矛盾（当然黑格尔本人认为这是自然和理念的矛盾，客观上可理解为自然界自身的矛盾），通过自然哲学的三个部分（也是精神的异在的三个发展阶段）描述了物质运动由低级到高级、由简单到复杂的发展过程，把自然界看成是一个由抽象到具体、由无机界到有机界再到人（及其意识）的有机整体。
在黑格尔看来，在自然界的发展中，当出现了人、人的自我意识时，就克服了精神的异在，实现了由“自然”向“精神”的转化，自然界便被遗弃，成了没有灵魂的僵尸，而精神则大踏步地自己前进了。
（三）精神哲学
精神哲学是黑格尔形而上学体系的最后部分，它研究体现在人类（个人、社会生活）的全部精神活动及其产物（一般意识形态）中的理念，以达到绝对理念自我认识的目的。所以，“精神的全部活动……只是一种把握它自身的活动，而一切真正科学的目的：只是精神在一切存在于天上和地上的东西中认识它自身”。正是在精神阶段，绝对理念达到了最后的自我认识。
黑格尔认为，精神不是某种现成的东西，而是一个在产生、运动、发展着的活生生的整体。精神的这种发展过程既是从必然到自由的过程，也是从存在到思维的过程。从第一个过程看，精神的本质是自由，即不依赖他物并在他物中争得对他物的不依赖性而成为自为存在着的精神（类似于黑格尔所解释的精神的“观念性”特征）；但这种自由要想由自在到自为，由可能到现实，就必须认识到必然性，揭示必然性的观念本性，从而扬弃世界的“对象性”；这时精神才会真正意识到自己的自由实为精神本性，从而达到自在自为，达到现实的自由。从第二个过程说，精神所以是发展着的东西，在于它包含了内在的自我矛盾，其中最根本的矛盾是主体与客体、思维与存在的矛盾，精神的发展过程主要就是精神不断去克服客体、外在对象，以揭示人类世界、历史的观念本性，从对象中发现自己，从而回复到自己，达到思维与存在、主体与客体的统一的过程，这也就是用思维统摄存在，用主体统摄客体的过程。由此可见，上述两个过程都是通过精神意识到对象（客体、必然）的观念本性，从而达到精神的自我认识，达到精神与其对象的一致的过程。它体现了一条绝对唯心主义路线，因为它主张精神在对象中发现自己的本性；它也体现了辩证法的思想，因为这是一个矛盾进展过程，特别是主体与客体、思维与对象的矛盾进展过程，即精神通过自我否定而自我发展，自我实现，自我认识的过程。
精神哲学也分为三个部分，即主观精神，客观精神和绝对精神。
主观精神阶段研究个人意识的特征，说明人是如何逐渐认识到其客观对象即是其主观思维的。它分为研究灵魂的“人类学”、研究意识的“精神现象学”和研究（个人）精神的“心理学”。
客观精神即精神体现在客观的精神性世界亦即人类社会生活和人类历史之中，所以，客观精神阶段研究精神的客观表现，就是研究人类的社会及其历史。黑格尔认为，在主观精神范围内达到的自由意志必须真正实现出来，这种真正的实现必须在主观之外的领域（社会历史）中，在人与人的相互关系中；而在社会历史中，自由意味着要克服个人的任性，个别性的意志必须受到限制，也即必须受到自由意志本身所建立的法的限制。
客观精神的发展经历了抽象法、道德、伦理三个阶段。在抽象法阶段，黑格尔认为，抽象法就是自由意志借外在的财产来实现自身，因此他分析了私有制问题；在道德阶段，他认为道德就是自由意志在内心中的实现。在这里，黑格尔指出善是道德目标，但善不是不可及的“应当”，而是被实现出来的自由；在伦理阶段，黑格尔讨论了个体与家庭、市民社会和国家的关系，在讨论中，表达了黑格尔关于家庭、市民社会和国家的观点。接着，黑格尔在研究人类历史的时候，虽然他把历史说成是世界精神的历史，是世界精神通过个体玩弄“理性的狡计”的历史，但他把辩证法引入了历史，客观上把世界历史描述为一个矛盾发展的、有着内在必然规律的前进发展的历史，一个由必然到自由的历史。
绝对精神是主观精神和客观精神的对立面的统一，它不仅是黑格尔精神哲学发展的最高阶段，也是黑格尔整个哲学体系发展的最高阶段。它扬弃了主观精神和客观精神各自的片面性（前者是精神在个人内心中的发展，其片面性在于内在于内心的性质；后者是精神在社会的、伦理的、国家的以及它们在历史形态中的发展，其片面性在于它的外在性和不自觉性），把它们作为自身的一个环节。绝对精神是无限自由的精神，它以自身为对象，自觉地表现自己的本质，是主体和客体的绝对同一，因而也是精神对自我的最高认识，是绝对知识。
在黑格尔看来，作为绝对知识的绝对精神本身仍有一个发展过程。绝对精神的自我辩证发展过程经历了艺术、宗教和哲学三个阶段，这三个阶段也是先后交替占优势的三种意识。在艺术阶段，绝对精神以具体的感性直观形式表现自己，经历了“象征型艺术”、“古典型艺术”和“浪漫型艺术”；在宗教阶段，绝对精神以内心表象表现自己，用神话、象征和譬喻的图像思维表现自己，经历了“自然宗教”、“自由宗教”和“天启（绝对）宗教”；哲学是艺术和宗教的统一，它以概念、纯粹思维的形式表现自己，是思维的绝对的自我意识。
黑格尔认为，哲学和哲学史是同一的，二者都是关于真理的科学，是对真理的概念式的把握，都表现为一个合乎逻辑的过程。“概念的发展在哲学里面是必然的，同样概念的发展的历史也是必然的。”