此时守龙台寺的护国军仅有一个连，如果龙台寺有失，两路口的黔军主力将陷入腹背受敌的不利境地。于是戴戡连忙命胡忠相支队到龙台寺东北的分水岭一带组织防御，同时，令新到达滇军华封歌支队（受蔡锷命改道援黔）部分兵力到高庙一带支援友台寺作战，该支队主力增援两路口熊其勋支队，合力进攻綦江。他认为只要拿下綦江，攻击龙台寺袁军会不攻自破。但是防守龙台寺的护国军在袁军优势兵力的进攻面前，无法守住阵地，被迫于24日退往东溪。这样侧后不保，正面护国军主力攻打綦江的计划只得告吹，转兵到侧后。经过25日一天的激战，护国军夺回了龙台寺。两天后，驻綦江的袁军反攻马口垭，被华封歌支队击退。但袁军并不甘心，齐燮元旅已出南川，企图经青羊寺等地向护国军右翼进攻，夺回要地赶水、东溪。攻綦的护国军将再次面临腹背受敌的险境。在这种情况下，护国军决定退守东溪，以集中兵力，避免被各个击破。
按照这一决定，28日，护国军悄悄撤至东溪。此时护国军重新进行军事部署：以熊其勋部为右翼，阻击由南川来攻之敌；以华封歌部居中，警戒由綦江来攻之敌；以胡忠相部为左翼，阻击由江津来攻之敌。
袁军在护国军撤退后，占据了龙台寺和分水岭，接着集中兵力进攻护国军右翼。齐燮元旅与熊其勋部在油萝坪到青羊寺一带展开争夺，形成拉锯战局面。9日，袁军改变进攻方向，由齐旅和从泸州来援的李炳之一个团协力攻击华封歌部防守的中路，双方又是一场激战。经过数日的艰苦较量，人单势孤的攻綦护国军损失惨重。
3月中旬，北洋军第八师等部又开到了四川，蔡锷判断，袁军将集中力量全力消灭攻綦护国军，于是致电戴戡：“我军既是单弱，尽可竭力将范围缩小，以免将来腹背受敌”。攻綦护国军为避免更大的伤亡，退守松坎一线。袁军进占东溪、九盘子等要点后没有继续追击。至此，戴戡指挥的护国军攻打綦江，进窥重庆的计划落空。
在护国中攻打泸州、纳溪、綦江等地时，作为中华革命党人的刘伯承、王伯常等人在涪州一带起义，组建川东护国军，攻打长寿、丰都等地，袭击袁军后方运输线，配合了护国军在川南的作战。
其他战场
湘西之战云南宣布独立后，湖南将军汤芗铭按照袁世凯的命令，派驻长沙的暂编陆军混成旅到湘西，准备与护国军作战。袁世凯本想从湘西取道贵州作为北洋军进攻云南的主要方向。但后来他又改变计划，只派部分“征滇”部队向湘西运动。由于湘西地形复杂，道路难行，袁军向湘西运动的速度缓慢，到1916年2月中旬时，到达沅辰地区的北洋军只有原驻扎在湘南的第三师第五混成旅一部和第六师先遣队四个营。
云南护国军原来的湘西作战方案，是以第三军参谋长韩凤楼率该军赵钟奇第一梯团两个支队入黔，与黔军会合后，合力攻取整个湖南；以黄毓成率挺进军由贵州出湘西直捣武汉。但是护国战争局势的变化，使得作战预案更改：第一梯团的华封歌支队改为入川协攻綦江；赵钟奇率李植生支队配属黄毓成挺进军，协助第二军出广西进攻百色；徐进先遣纵队入黔后，分散配属于各路黔军中。护国军湘西方面的作战，主要由护国军右翼军东路司令王文华率领的黔军第一、二、三团进行。
王文华在受领进攻湘西的命令后，不待贵州宣布独立，就率部秘密向湘西运动，计划分三路从晃州、漠滨、铜仁分别突破，进攻湘西。
1916年2月2日，这一天正巧是农历除夕，入夜，王文华指挥的中路第一团部队乘守敌不备，向晃州城发起突然进攻。守敌仅有湘军一个连，他们在护国军突然的打击面前，慌了阵脚，没做什么抵抗就弃城而逃。护国军占领晃州县城。第二天，护国军继续推进，在蜈蚣关遇到袁军的有力抵抗。北洋军第五混成旅二个营和湘军一部凭借着险要地势进行顽抗。护国军昼夜不间断地发起强攻，终于在4日下午拿下了蜈蚣关，毙袁军80余人。接着，王文华率部乘胜前进，直逼沅州。同时他令右路吴传声第三团夺得洪江后，立即向中路靠拢，一、三团协力进攻沅州。
第三团在吴传声的指挥下从2月3日开始进攻，成功地占领漠滨、黔阳等地。6日，占领洪江镇后，吴传声遵照王文华的命令，率部向沅州方向前进。
沅州守敌是进入湘西的北洋军先头部队汪学谦第五混成旅。护国军一举攻克晃州、黔阳等地后，汪学谦知道下一个目标将是沅州，于是，他连连向湘西镇守使田应诏从麻阳（今锦和）派兵增援，并向湘督汤芗铭求救。汤芗铭手中无兵可调，只好让汪学谦听天由命了。
2月13日，护国军第一、三团分左右两路向沅州发起猛烈进攻。战斗打得还是相当激烈，护国军第三团团长吴传声在战斗中牺牲。沅州袁军不敌，弃城逃之夭夭。14日护国军进入沅州。夺取沅州后，王文华派出一部北进，支援第二团攻打麻阳。
护国军左路第二团在新任团长卢涛率领下，从铜仁出发，连克米沙、小坡等边界据点，逼近麻阳。但是在进攻麻阳外围据点时，遇到守敌顽抗，护国军进攻受阻。2月8日后，北洋军第三师第五团和第六师一个营增援麻阳。在这种情况下，护国军于9日傍晚撤出战斗。16日晨，第二团在第一团一部的配合下，再次对麻阳袁军发起攻击。由于此时袁军已分兵驰援沅州，力量减弱，而护国军方面的力量得到加强，结果麻阳袁军抵挡不住，弃城而逃，护国军占领麻阳。
就在护国军连续取得胜利的时候，护国军游击队司令王华裔联络原湘西守备司令周则范起义，并连克靖县、通道、绥宁等城。
至此，护国军击溃袁军约三个混成团，一举攻克湘西八座县城，给袁军以重大打击。护国军的力量也得到发展，部队扩编为四个团。
袁世凯对袁军在湘西的失败大为光火，连连致电，指责第一路军司令马继增，并要他速调增援部队，与在湘西的护国军作战。2月29日，马继增因为他指挥的部队屡屡受挫，加上内部矛盾重重，心灰意冷，自杀身亡。马继增死后，袁世凯又任命第六师第十一旅旅长周文炳代理师长和第一路军司令，继续向湘西开进。3月中旬，袁军第一路军各部陆续到达湘西。袁军依靠优势兵力分四路向护国军反扑：卢金山第三混成旅和奉天骑兵一部向沅州进攻，汪学谦第五混成旅和湘军第二团向怀化、沅州进攻，周文炳第六师向麻阳进攻，刘跃龙第二混成旅和湘军第一团向绥宁方向进攻。面对袁军的进攻，护国军进行了英勇作战，但是由于袁军重兵压境，而护国军兵力分散、弹药不济，沅州、麻阳等城相继失陷。
4月7日夜，护国军奉蔡锷电令，与当面袁军停火休战。
此时，湘西一带在护国军湘西招抚使程潜、陈强等人的发动下，20余县宣布独立、护国讨袁。于3月中旬宣布护国讨袁的桂军，有20余营部队到达湘南的龙虎关、黄沙河一带，大有夺茶陵、占衡阳、直取长沙之势。
湘西之战，贵州护国军以不到四个团的兵力，连克湘西数县，给袁军造成极大的恐慌，牵制了约二个师四个混成旅的袁军，有力配合了主要方向上的作战。
滇桂边之战1916年1月中旬，龙觐光率部4000人经梧州到达南宁。龙觐光率部从广东到广西的途中又搜罗了4000人，增加了实力。龙是广西将军陆荣廷的女婿，他劝说陆荣廷效忠袁世凯，一同进攻云南。陆假装同意，派其子陆裕光带领5个营协助龙军。龙觐光在得到陆荣廷的承诺后，放心地进行攻滇的军事部署：以广东陆军第二旅第三团团长为第一路司令，率1500人由百色进攻云南剥隘；以虎门要塞司令黄恩锡为第二路司令，率1500人经西林（今定安）攻云南广南；以张耀山部编为第三队、吕春绾部编为第四队，各率2000人为后援；以朱朝瑛率千人北进西隆（今隆林），切断黔军经桂援滇道路。同时龙觐光派儿子龙体乾回老家云南蒙自，组织武装暴动，骚扰云南护国军的后方，配合龙觐光的正面进攻。