玄奘自从荆州出来，心情一直很沉重，这不禁令人疑惑。作为一个年青的僧人，他的成就可以说是无以复加了，在他之前之后，没有人在他这个年龄上如此辉煌，无论走到哪里，都是一片喝彩，僧俗两道中不乏崇拜者。那他还有什么可忧虑的呢？
此时，玄奘所思虑的是两件事：
一是佛教本身的宗派问题。到唐初的时候，佛教在中国已经有了许多的宗派，其中比较大的就有三论宗、华严宗、净土宗、天台宗、律宗、禅宗等，每一宗下还有许多的小派，如果把他们列成表系的话，可以说是非常壮观的。宗派多了按说是好事，可内讧频仍，这无疑消耗了自己的能量，也使广大的俗众无所适从。
二是李唐政权对佛教的态度。李渊父子自称是道教祖师李耳的后裔，李耳就是老子，因为同是李姓，可以为自己的门楣涂上神圣的色彩。这样，李唐王朝就自然而然地抬高道教地位，道教徒备受尊崇，而佛教徒则屡受裁抑。当时李渊在位时，曾在一些人的煽动下颁诏质问僧尼：
“弃父母须发，去君臣之章服，利在何门之中，益在何情之外？”
意思是说，父母给的须发你都不要了，君臣间相见时应该穿的衣服你都没有，这样合情合理吗？
之后，他就下令减省诸州寺塔、淘汰寺僧。因为当时政权不稳，再加上许多僧人的激烈反对，这一措施未得到有力的执行。
后来有一个叫傅奕的大臣，给李渊上疏，其中讲了许多佛教对国家的危害，还提出了具体的限佛措施。
虽说李渊当时没有采取傅奕的建议，但从中可以看出李唐王朝初期对佛教的态度是不友好的。
玄奘深深感到一种危机，他在荆州时得到的消息比在蜀中要多，屡次听人讲起这些事，不能不让他忧心忡忡。一是佛教内的宗派纷争，对教义解释的杂乱，一是道教的步步相逼和统治者的暧昧态度，一个内忧，一个外患，当时已经将普度众生为己任的玄奘，不能不为之烦恼。
玄奘自荆州继续沿江东下，按计划游历扬州、吴会等地。扬州也是当时佛教中心之一，吴会为南朝涅槃、三论与成实学派的重要地区。玄奘在蜀中所学大都是瑜伽学派的内容，对于其他的学派，他不但不排斥，反而很有兴趣。
在苏州，有一位六十岁高龄的智琰法师，玄奘专程去拜访了他。智琰字明璨，是隋代佛教成实派的代表人物。他对《涅槃》、《法华》、《维摩》等经典的研究非常深厚。当时智琰是东寺的住持。
玄奘来到东寺挂单，了解到智琰每月都要集会一日，建斋讲观，听讲的信徒有五百多人。玄奘和智琰一见如故，一起研学佛典，讨论佛理，相处甚是融洽，没几天，智琰对这位少年僧人的学问有了深刻印象。他积极地组织了一批能“解穷三藏”的名僧一起与玄奘讨论佛学，似乎想试试这位少年才俊到底有多大的本事。玄奘对此毫无异议，更无惧色，众人执经辩难，玄奘从容应对，还不时妙语连珠，引得众人啧啧称赞。智琰在一旁故作镇静，却是汗不能禁。他发现玄奘确是学问广博，妙辩无极。未等众人辩完走散，他便独自一人回到禅房。闷坐片刻，深感自己难以企及，又想到自己偌大的年纪，怕是一生也难达如此境界了，于是潸然泪下，悲叹自己是“桑榆末光”，而玄奘是“太阳初运晖”，一种老之将至，有心无力的感慨油然而生。从此以后，他对玄奘是“执礼甚恭”。而玄奘对智琰也极尊敬，两人终成忘年之交。
玄奘在智琰处研习佛法几个月，之后他北上相州，相州在今天的河南安阳一带，当时这里的佛事很兴盛。相州有个著名的法藏寺，它是隋朝僧人信行创立的三阶教的大本营。信行是相州人，十七岁在法藏寺出家，博览经论，受具足戒后，开始创立自己独具特色的三阶教理论体系，他认为佛灭后第一个五百年是“正法”时期，第二个五百年是“像法”时期，而现世是“末法”时期。在末法时期，众生所住都是“秽土”，因居秽土，所以众生“根性低劣”，因为根性低劣，修行的方法自然也就不能和“正法”、“像法”时期的众生所用方法一样，这时的“法”也不能再分大小，人也不能再分“圣”和“凡”，要普敬一切法，普敬一切人。
三阶教给人印象最深的不是它的教义，而是他们修行的方式。玄奘到法藏寺后，所见所闻令他瞠目结舌。
只见寺中僧人，全都从事苦役苦行。他们每天只吃一餐，还不在庙中吃饭，而到外面去讨饭。修头陀苦行，这个头陀行可不好修，就是在路上不管碰到什么人，不管是男女老幼，都要跪下磕头。玄奘来时，信行已经圆寂，只见到了信行的弟子灵琛。这个灵琛和尚苦修的功夫不亚于他的师父，只见他面色黝黑，弯腰驼背，浑身上下皮包骨头，衣衫褴缕。见玄奘来到，还硬撑着要行头陀行，被玄奘一把扶住。再看他身后的那些徒弟们，形容枯槁，面容憔悴，骨瘦如柴。玄奘对他们这种苦行做法虽不赞成，但对他们苦行利他的精神却颇为同情。
后来玄奘回到长安才知道，这三阶教发展却是很快，他们劝人行十六种“无尽藏”行，也就是劝人布施，凡是加入无尽藏的，每天至少要舍“一分钱或一合粟”。这一理论的提倡，使得三阶教的经济实力大增，在很短的时间内，他们在长安就建立了许多新的寺院。他们对财物的大量占有，引起了统治者的不满，之后不久，就被封杀了。
玄奘到相州来，还有一件重要的事，就是师从慧休法师学习《杂心论》。《杂心论》又称《杂阿毗昙心论》。慧休法师是遍读诸经的佛学大师。他的住寺在相州南街的慈润寺。玄奘在这里学习了几个月，对小乘毗昙学进行了深入研究，这对他后来开创法相宗是十分有益的。
说到这里，我们得提一提大乘和小乘的问题了。这大乘和小乘和玄奘所学佛法关系重大，玄奘所学基本上都是大乘佛教内容，但他对小乘佛教内容也很精通，后来到印度后，在辩经问难中，大小乘都精通的玄奘取得了得天独厚的优势。
在吴承恩的《西游记》中，也提到过大乘和小乘两个教派的问题。在描写唐太宗举办“水陆大会”超度众鬼时，各地高僧和京师官民云集长安化生寺，听坛主唐僧讲演诸品妙经。这时化为癞和尚的南海观世音菩萨近前来，拍着宝台厉声高叫道：“那和尚，你只会谈‘小乘教法’，可会谈‘大乘教法’么？”玄奘闻言，心中大喜，翻身跳下台来，对菩萨起手道：“老师父，弟子失瞻，多罪。见前的盖众僧人，都讲的是‘小乘教法’，却不知‘大乘教法’如何。”菩萨道：“你这小乘教法，度不得亡者超升，只可浑俗和光而已；我有大乘佛法三藏，能超亡者升天，能度难人脱苦，能修无量寿身，能作无来无去。”正因为这“大乘佛法”，才引出了唐僧的西天取经。