像亚里士多德的其他学说一样，三段论在丰富曲折的轮廓中，有不少错误隐藏其中。它引起了不少人的兴趣，并进一步进行探索。首先，他混淆了特殊与普遍论证的关系。普遍的论证只需要证明某一事物的普遍性或说明其特性中的共性就可以，但证明特殊性并不能单单依靠其不属于普遍性就能说明。虽然普遍离开特殊便不存在，但三段论却使人产生一种信念，即以为存在着一种证明赖以进展的具有这种性质的事物。特殊性是普遍性之外的一种属性，其中的错误是割裂了特殊与普遍的概念（我们既不能说特殊是概念的基础，也不能说普遍来源于特殊）。例如说图形是特殊的，它必然在它的范畴中是普遍的，与别的范畴相比则无法比较。不能说平行四边形是特殊的三角形，甚至也不能说不等边三角形是特殊的三角形。特殊与普遍的概念只出现在假定绝对的概念里。在另一个方向上，亚里士多德沉迷于用三段论证明涉及存在的永不错误的证明和涉及不存在的错误证明，并认为前者在三段论中的应用会更好。这也是一个关于特殊和普遍的推理问题。例如，他提出：“关于匀称，匀称是一个具有明确特征的东西，它既不是线，不是数，不是立体，也不是平面，而是不同于这-切的东西——如果这类证明更接近于普遍证明，比特殊证明更少涉及存在，并且产生了某种错误的意见，那么可以推知普遍的证明不如特殊的证明。”这就是所谓的“三段论的大小性”。其实情况是不同的，单凭推断普遍和特殊是不能说明大小性的。即使不考虑外在物性的未知性，也不能用证明的方式推知是否有大小性存在，这其实是个思维习惯的问题。
在三段论中，逻辑学家的“气质”和“个性”表露无疑。准确地说，亚里士多德是一个具有浓烈偏爱兴趣的哲学家，他所选择的课题往往在他的撰述中发生了变形。我们在下面所要探讨正是这些被称为“风格”的东西，它们其实是亚里士多德的著述中和现代逻辑原则相悖的地方。亚里士多德模糊种类的类别，这是使他的三段论倍受批判的主要原因。康德所说的“大范畴”和“小范畴”在他的学说里根本毫无概念，即认为“柏拉图是两足动物”和“希腊人是两足动物”中“柏拉图”和“希腊人”的主语作用是一样的。但实际上，“柏拉图”、“希腊人”和“有些人”并不是一个种类，这实际是在抹刹个体与共相之间的特殊性，并给哲学认知带来了许多麻烦。尤为突出的是，很多人没有把注意力放在实际论证上，而只是在逻辑推证上动脑筋，认为一个种类和个体本身是等同的，这就把无穷尽的混乱带给了哲学。
亚里士多德用“形式一样”概括了“柏拉图是两足动物”与“希腊人是两足动物”间的关系。然而仔细研究就会发现它们之间存在着明显的差别，这是使三段论存在极大裂痕的地方。因为“希腊人是两足动物”的前提是：必然存在希腊人这一实际事物，否则整个命题便要失效了。与这样一个三段论类似：
“所有的希腊人是人，所有的希腊人都说希腊语，所以有些人是说希腊语的”；在希腊人这一范畴成立的情况下，命题即是正确的。因此，“希腊人”的前提即为两个，可以分解为“希腊人存在”和“如果有东西被称为希腊人，那他属于人”的独立结构。
“所有的独角兽都是动物，所有的独角兽都是独角，所以有些动物是独角的”；很显然，这个命题是错误的。因为到目前为止，独角兽这样一种动物还没有被验证是否存在。
在命题的结构上，说“柏拉图是人”和说“希腊人是人”是一样的，但后者远比前者困难。因为首先要确定要有“希腊人”这一群体存在才行，然而在三段论中并没有包含这个逻辑推衍。在“柏拉图是人”的论断中，我们首先确定知道柏拉图这个人，对于所有人来说，它应该包括声音、影像、记述、文物等一大堆东西，于是我们几乎可以断定有“柏拉图”这个人。“希腊人是人”就不同了，我们首先必须明确存在“希腊人”这一群体，其次还要了解到一个困难，即没有一种不是人的东西可以归并到希腊人当中，还要确证出希腊人并不包括一些不是人的东西。当然这只是在纯粹语法中才有意义，在实践中毫无先例可言；然而，从精神意义上说，一个永生的人在逻辑上却仍然是成立的，这就使简单的三段论有可能充斥着语式结构上的混乱。亚里士多德认为这是一个经常发生的情况——三段论证明的属性，在某种意义上是首要的和普遍的，即便是被证明不属于首要的和普遍的。一般人之所以认为这是犯错误，是由于“他们不能发现与个体相分离的更高的东西，要么这样的东西存在，但它应用于不同属的对象时却没有名字，要么证明的主体碰巧是作为另一事物一个部分的整体。尽管证明适用于包含在它之中的所有特殊事物可以作为它的全体的谓项”，实际上，我们已经看到，证明仍然不能首要地和普遍地应用于亚里士多德的全否三段论。因此只能敷衍地说，证明首要地和普遍地应用于一个主体时，它本身首先是属于那主体的。没有经过归纳，就不可能从一般中取得知识，同样，没有感性知觉，也不可能借助归纳得到知识。这一部分代表了他关于演绎逻辑和归纳逻辑应用的理论，即认知中有关通过归纳从个别到一般的普遍过程。可见亚里士多德对于个别到一般、感性到理性的问题的解决是失误的。要想验明个别命题的真理性，必须从确定的一般命题中推导出个别命题。
然而，亚里士多德认为三段论是一切逻辑的基础，并对它作出了极高的评价。他断定，“三段论必须奠基于必然的前提之上，这从下面的论证中也可以明显地看出：一个人尽管有着可以采用的证明，却不能解释事实的原因，那么，他就不具有知识。如果我们肯定这样一个三段论，当A作为谓项必然属于C的时候，结论由此得以证明的中词B却并不与其他项处在一种必然的联系中，那么，他就不知道原因。因为这个结论并不依靠中词，中词可以不是真实的，但结论却是必然的”。在一切学科中，数学不是这样的，它是完全演绎的科学，虽然其有可能用三段论法重新书写一番，但显然是没必要的。但在今天存在的解析几何中，仍能看到三段论的影子，不过这几乎是经过严格的简缩了的。如果一个三段论的问题与陈述对立面之一方的命题相同，而每门科学都有它自己三段论所依据的命题，那么必定存在着科学的问题，它与由此可以推得适合于科学的结论的前提相应。很显然，并不是每个问题都是几何学的（或医学的，其他科学亦相同），只有其根据与证明几何定理或任何在其证明中所使用的公理与几何学相同的科学定理（如光学）相应的问题才是，其他科学亦相同。几何学家必须根据几何学的本原和结论对这些问题做出解释，但作为一个几何学家，他没有必要对本原做出解释。与之相同的是其他科学的情况。
因而，亚里士多德便认为，既然不能把任何问题提问给每个专家，那么，对于提出的与每个给定的主题相关的一切东西，专家也不会回答。根据惯例，专家只回答属于他自己的学科范围内的问题。一个不是几何学家的人跟一个几何学家相辩论，如果他通过从几何学本原中所证明的论点来辩论，那么他显然是适当的，否则就是不适当的。如果他的辩论不恰当，那他显然就不能驳倒一个几何学家，除非出于偶然。所以，不应该在-群不懂几何学的人中讨论几何学，因为他们觉察不出不可靠的论证。这种情况也适用于其他一切科学。如果知识就是我们所规定的那样，那么，作为证明知识出发点的前提必须是真实的、首要的、直接的，是先于结果、比结果更容易了解的，并且是结果的原因。只有具备这样的条件，本原才能适当地应用于有待证明的事实。没有它们，可能会有三段论，但决不可能有证明，因为其结果不是知识。在采用三段论的时候，首先要规定什么是辩证的命题以及什么是辩证的问题，因为不能把一切命题和一切问题都当作是辩证的。没有一个有意识的人会提出一个无人主张的命题，或者提出一个所有人或多数人都明白的问题。因为后者无人质疑，而前者则无人接受。辩证的命题存在于一切人或多数人或先哲们的思想，即所有或多数或其中最负盛名的先哲所提问题的意见中，而不是与这种意见相悖。逻辑学的价值高于其本质意义，这是因为人类的空间概念来源于我们自身的生理构成。随着空间概念产生的还有数形学及几何学等一些科学，它们是物理空间的经验的理想化的产物。逻辑科学和形象科学是两种不同归属的科学体系，数理和几何属于前者，其主要来源于概念资料的逻辑分类。所有的认识方法都在近代几何学中留下了它们的痕迹。因此，关于空间和几何学的认识论探究涉及到生理学家、心理学家、物理学家、数学家、哲学家，同样也涉及到逻辑学家，他们只有考虑这里提供的广泛歧异的观点，才能够被带到他们的肯定的解答。
我们在亚里士多德的逻辑学背后，看到了世界可知性的轮廓，它是坚定的、肯定的，却也是天真的，认识理性、能力及客观事物的因果关系时，抱有简单朴素的信仰，“并且在一般与个别的辩证法、即概念与感觉得到的个别对象、事物、现象的实在性的辩证法上陷入稚气的混乱状态，陷入毫无办法的困窘的盲目状态（列宁《哲学笔记》）。”亚里士多德的逻辑学既然被定名为《工具论》，就是指它是为《形而上学》服务的学科。事实的确是，亚里士多德从逻辑学的大量证明中引申出了形而上学的观点，但由于他丰富的知识储备和先进的逻辑学研究能力，因此，反而更远离束缚形而上学的唯心主义，很少出现形而上学的通病——内容空洞，把思维形式（逻辑形式）与现实存在相剥离，相反而是努力在现实事物的发展形式中证明他的逻辑形式，不由得使人敬佩他思维的深度与广度。